genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79935523--79935572	21	2.6	18	81	12	55	18	30	38	14	1.89
79938281--79938312	16	2.0	16	93	0	55	50	21	6	21	1.71
79939768--79939874	29	3.7	29	79	9	121	26	12	32	28	1.92
79944561--79944598	5	8.0	5	91	8	62	42	0	0	57	0.98
79945354--79945395	20	2.1	20	86	0	57	50	2	7	40	1.43
79955175--79955199	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
79960873--79961017	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
79966591--79966968	48	7.9	48	71	1	254	24	27	18	29	1.98
79966591--79966955	96	3.8	95	73	4	302	23	27	19	29	1.98
79966591--79966857	144	1.9	143	82	3	338	24	28	19	27	1.98
79966595--79966968	192	1.9	192	87	2	545	24	27	18	29	1.98
79986623--79986966	45	7.6	45	87	0	420	36	16	20	26	1.94
79986626--79987014	90	4.3	89	84	1	357	37	16	19	25	1.93
79986713--79987014	135	2.2	135	83	3	367	37	17	20	23	1.94
79991311--79991385	26	2.9	25	92	4	114	37	26	20	16	1.93
79991819--79991859	19	2.3	17	87	8	55	21	43	19	14	1.87
79998910--79998971	32	1.9	33	83	9	83	29	25	20	24	1.99
80000397--80000442	19	2.5	19	79	13	51	65	0	6	28	1.17
80000788--80000813	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
80006763--80006849	43	2.0	43	93	0	147	29	31	21	17	1.96
80016866--80016964	46	2.2	46	92	0	162	28	14	18	39	1.89
80023433--80023546	43	2.7	43	78	6	117	25	15	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80024836--80024873	18	2.2	18	90	4	60	42	2	7	47	1.46
80025551--80025587	19	1.9	19	94	0	65	35	0	29	35	1.58
80026219--80026251	16	2.0	17	88	5	50	27	3	18	51	1.60
80028873--80029049	40	4.4	40	80	4	198	27	27	20	24	1.99
80028906--80029053	80	1.9	80	91	0	242	25	27	21	25	2.00
80036516--80036679	40	4.1	40	83	8	201	26	28	21	23	1.99
80036516--80036679	80	2.1	79	87	7	235	26	28	21	23	1.99
80038635--80038754	37	3.2	37	80	0	123	15	10	28	45	1.78
80041513--80041572	23	2.6	23	79	10	77	48	16	16	18	1.82
80041655--80041748	47	2.0	47	95	0	170	26	15	17	40	1.89
80052315--80052559	49	4.9	49	85	3	310	28	27	18	25	1.98
80052328--80052559	100	2.3	99	85	2	313	29	27	18	25	1.98
80060817--80061040	79	2.8	81	80	9	232	24	20	27	26	1.99
80060817--80061040	40	5.7	40	82	8	219	24	20	27	26	1.99
80068596--80068819	79	2.8	81	80	9	232	24	20	27	26	1.99
80068596--80068819	40	5.7	40	82	8	219	24	20	27	26	1.99
80076384--80076607	79	2.8	81	80	9	232	24	20	27	26	1.99
80076384--80076607	40	5.7	40	82	8	219	24	20	27	26	1.99
80088118--80088304	40	4.7	40	84	2	225	27	24	20	27	1.99
80095841--80095988	40	3.7	40	87	3	199	27	24	20	27	1.99
80095810--80095988	80	2.2	80	84	2	218	27	25	20	27	1.99
80099635--80099676	21	2.0	21	100	0	84	38	9	28	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80099784--80099849	32	2.1	32	94	0	114	15	19	10	54	1.69
80105256--80105350	46	2.1	46	93	0	163	52	14	7	25	1.67
80117669--80117701	15	2.3	15	89	5	50	57	9	12	21	1.62
80118533--80118710	49	3.6	50	81	7	161	24	17	32	24	1.97
80118533--80118703	50	3.5	50	81	7	181	24	18	32	24	1.97
80124217--80124359	41	3.5	41	84	1	180	22	20	20	36	1.95
80124217--80124380	82	2.0	82	81	2	195	21	20	21	35	1.96
80124217--80124380	41	4.0	41	82	1	168	21	20	21	35	1.96
80128332--80128632	39	7.6	39	89	4	396	24	27	22	25	2.00
80135431--80135703	39	6.9	39	91	4	392	24	27	22	26	2.00
80143374--80143434	28	2.1	28	84	3	77	27	29	14	27	1.95
80149420--80149581	41	4.0	41	77	4	148	20	19	22	38	1.94
80152309--80152366	30	1.9	31	96	3	109	55	6	0	37	1.27
80155759--80155816	27	2.1	29	81	18	88	32	15	15	36	1.89
80162704--80162799	48	2.0	48	93	0	165	29	21	21	27	1.99
80164285--80164412	47	2.7	46	80	11	154	27	16	31	25	1.96
80168272--80168344	37	2.0	37	100	0	146	24	16	19	39	1.91
80172242--80172304	29	2.2	29	80	5	74	58	4	0	36	1.19
80175365--80175429	32	2.0	32	100	0	130	44	18	9	27	1.80
80176342--80176382	21	1.9	21	85	14	57	36	26	2	34	1.70
80185058--80185141	31	2.6	31	75	3	87	20	22	11	45	1.83
80185058--80185155	33	3.0	33	77	2	101	19	23	12	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80190949--80191204	55	4.8	53	76	10	229	36	16	23	23	1.94
80196111--80196176	33	2.0	33	96	0	123	43	9	28	18	1.80
80199394--80199458	24	2.7	24	83	4	78	26	32	18	23	1.97
80199417--80199464	24	2.0	24	88	8	71	27	27	18	27	1.98
80206107--80206218	49	2.3	48	77	7	118	25	25	16	32	1.97
80206132--80206217	24	3.5	24	78	6	84	25	26	18	29	1.98
80206107--80206194	25	3.6	25	76	14	85	23	25	17	34	1.96
80206609--80206651	18	2.4	17	81	11	50	41	2	2	53	1.26
80211886--80212055	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
80211908--80212090	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
80219061--80219243	40	4.6	39	81	6	161	24	22	27	25	2.00
80219114--80219278	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
80222856--80223025	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
80222803--80223027	80	2.8	79	82	3	236	24	21	28	25	1.99
80222878--80223060	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
80228315--80228538	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
80228315--80228538	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
80236529--80236752	40	5.6	40	83	7	276	26	26	22	23	2.00
80236529--80236751	83	2.8	80	85	6	274	26	26	22	23	2.00
80238610--80238721	24	4.6	24	77	2	89	26	30	16	26	1.96
80246768--80246803	16	2.2	17	90	9	58	33	11	5	50	1.61
80251197--80251268	37	1.9	37	94	0	126	22	22	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80255179--80255609	61	7.1	61	83	3	483	30	16	25	28	1.96
80255330--80255434	32	3.4	32	70	17	94	25	14	28	31	1.95
80255179--80255609	183	2.4	183	85	1	569	30	16	25	28	1.96
80255633--80255809	61	2.9	62	81	5	173	33	16	21	28	1.95
80255471--80255770	161	1.9	161	85	1	422	33	17	22	27	1.96
80255408--80255811	222	1.8	222	83	1	540	32	16	23	28	1.96
80272155--80272183	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
80280571--80280599	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
80282863--80283038	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
80282860--80283031	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
80288601--80288653	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
80292487--80292512	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
80309537--80309620	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
80313895--80313940	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
80315714--80315756	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
80318236--80318332	3	32.0	3	85	2	86	56	2	8	32	1.40
80319962--80320005	21	2.1	22	83	8	56	72	0	2	25	0.96
80328026--80328063	19	2.0	19	94	0	67	34	21	7	36	1.82
80331476--80331561	25	3.5	25	79	1	84	22	22	19	36	1.96
80337768--80337871	53	2.0	53	90	0	163	25	15	17	41	1.89
80338205--80338252	25	2.0	24	84	8	62	29	16	0	54	1.43
80340518--80340552	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80341701--80341787	45	1.9	45	97	0	165	32	9	14	43	1.77
80341712--80341783	24	3.1	24	63	25	64	31	11	15	41	1.82
80346377--80346415	19	2.1	19	95	0	69	35	25	17	20	1.95
80348496--80348530	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
80351772--80351859	28	3.1	27	77	15	72	37	5	1	55	1.31
80351805--80351865	17	3.9	17	73	20	69	39	4	0	55	1.21
80351814--80351872	29	2.0	29	100	0	118	37	6	0	55	1.26
80351919--80352080	81	2.0	80	80	3	182	28	8	4	58	1.47
80352059--80352118	22	2.6	24	81	7	70	31	3	1	63	1.20
80363879--80364042	44	3.7	44	81	1	177	29	18	23	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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