genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85266190--85266332	43	3.3	43	78	4	110	29	16	23	30	1.96
85271715--85271744	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
85272038--85272256	41	5.4	40	89	3	312	34	23	24	17	1.96
85272022--85272256	81	2.9	80	87	4	319	33	22	24	19	1.97
85272414--85272504	7	12.4	7	71	9	56	26	1	26	46	1.60
85272415--85272499	21	3.9	21	77	11	98	27	1	27	44	1.62
85272422--85272515	46	2.0	46	97	0	179	28	2	26	42	1.67
85272447--85272582	72	1.9	70	83	8	177	27	1	29	41	1.65
85278720--85278765	13	3.8	13	72	21	55	34	13	15	36	1.86
85278724--85278765	22	1.9	22	100	0	84	35	11	14	38	1.83
85278855--85278887	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
85279361--85279391	16	1.9	16	93	0	53	16	3	9	70	1.26
85279553--85279653	43	2.3	43	86	3	141	20	23	28	26	1.99
85283953--85284048	27	3.5	26	81	7	93	33	12	2	52	1.51
85283947--85284058	7	16.1	7	78	9	86	32	15	1	50	1.54
85283973--85284057	27	3.1	27	84	1	89	32	11	2	52	1.50
85284001--85284078	34	2.3	33	80	8	86	28	10	1	60	1.37
85288813--85289285	40	11.8	40	93	0	802	23	27	20	29	1.98
85297871--85298059	39	4.5	39	74	18	139	21	25	19	33	1.97
85297881--85298046	89	1.9	90	92	3	282	22	24	19	33	1.97
85310104--85310182	3	26.3	3	100	0	158	34	0	0	65	0.93
85310204--85310228	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85311752--85311776	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
85320234--85320305	31	2.3	31	80	4	81	38	0	2	58	1.13
85320940--85320973	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
85322216--85322261	20	2.2	20	85	11	58	63	6	4	26	1.38
85323831--85323895	29	2.2	29	83	2	76	40	12	10	36	1.78
85324434--85324483	24	2.1	23	85	3	64	26	2	2	70	1.09
85325743--85325804	30	2.1	30	87	0	88	45	0	35	19	1.51
85327136--85327180	2	23.0	2	95	4	83	0	51	0	48	1.00
85327543--85327596	28	1.9	28	84	0	72	35	11	24	29	1.90
85330156--85330186	13	2.5	12	90	10	53	35	12	12	38	1.82
85330867--85330913	23	2.0	23	91	0	76	48	8	21	21	1.76
85339930--85340009	42	1.9	41	85	7	108	25	5	1	68	1.17
85340083--85340115	12	2.7	13	90	9	52	27	0	0	72	0.85
85344572--85344678	26	4.2	26	92	1	180	36	24	7	31	1.83
85351558--85351665	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
85357039--85357194	54	2.9	53	80	2	152	31	16	13	39	1.87
85357524--85357578	24	2.3	24	84	6	67	32	18	3	45	1.67
85359247--85359278	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
85359329--85359380	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
85359329--85359444	59	2.0	59	94	0	205	31	13	9	45	1.76
85363721--85363752	9	3.6	9	91	0	55	15	0	6	78	0.95
85363803--85363854	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85363803--85363918	59	2.0	59	94	0	205	31	13	9	45	1.76
85371119--85371162	21	2.1	22	87	8	65	40	2	0	56	1.11
85371856--85371898	17	2.5	17	88	0	59	44	11	32	11	1.77
85373716--85373760	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
85375851--85376016	46	3.9	40	89	10	210	34	16	25	23	1.95
85375890--85376106	46	4.7	46	88	1	292	39	14	24	21	1.90
85375841--85376106	138	2.0	130	84	7	345	38	14	24	22	1.91
85380809--85380927	60	2.0	60	91	0	193	52	12	1	33	1.49
85381109--85381141	3	11.3	3	87	6	50	0	33	3	63	1.10
85381112--85381158	17	2.9	17	79	14	55	0	34	2	63	1.06
85381109--85381167	9	6.0	10	77	18	54	0	35	1	62	1.05
85384286--85384324	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
85386399--85386628	46	5.0	46	97	0	388	39	14	23	22	1.91
85386414--85386681	46	5.7	49	91	4	292	39	14	23	21	1.91
85396982--85397064	29	2.6	32	77	14	100	26	9	12	51	1.69
85399140--85399244	28	3.7	28	77	1	111	35	20	22	20	1.96
85412302--85412359	22	2.6	22	91	0	89	31	53	3	12	1.54
85413737--85413767	16	1.9	16	100	0	62	41	0	6	51	1.27
85415407--85415570	82	2.0	82	100	0	328	25	12	13	48	1.77
85425361--85425388	13	2.2	13	100	0	56	50	21	14	14	1.78
85426125--85426268	78	1.9	77	82	4	182	34	13	22	29	1.92
85426564--85426702	72	1.9	71	82	5	172	22	17	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85426636--85426838	88	2.3	88	83	3	239	27	14	20	37	1.91
85427530--85427587	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
85433043--85433073	13	2.4	13	94	0	53	9	0	16	74	1.07
85435963--85435995	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
85438057--85438097	21	2.0	21	86	9	59	19	34	26	19	1.96
85445459--85445545	45	1.9	45	90	0	138	25	16	25	33	1.96
85450708--85450823	41	2.8	41	79	7	119	27	17	25	30	1.97
85468194--85468230	16	2.3	16	100	0	74	45	13	5	35	1.66
85470517--85470566	9	5.6	9	92	0	82	48	18	8	26	1.75
85470587--85470651	6	10.5	6	86	6	94	16	0	4	78	0.91
85470587--85470648	32	1.9	32	93	0	106	17	0	4	77	0.94
85470622--85470674	18	2.9	18	78	13	54	24	0	1	73	0.93
85470677--85470713	18	2.1	18	94	0	65	13	0	45	40	1.43
85473126--85473219	47	2.0	47	100	0	188	34	6	19	40	1.77
85476141--85476598	231	2.0	229	93	1	785	38	15	13	31	1.88
85493281--85493331	26	2.0	26	84	0	66	33	13	11	41	1.81
85501743--85501822	40	2.2	34	73	23	88	16	38	20	25	1.92
85501707--85501849	41	3.5	41	88	2	216	18	39	19	22	1.93
85507063--85507103	17	2.4	17	100	0	82	31	24	12	31	1.92
85513850--85513895	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
85520300--85520509	28	7.5	28	92	1	332	33	27	11	27	1.92
85523758--85523803	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85527032--85527070	6	6.5	6	93	0	51	15	23	0	61	1.33
85527032--85527070	12	3.2	12	88	0	60	15	23	0	61	1.33
85533567--85533654	44	2.0	44	95	0	158	22	23	17	36	1.94
85538647--85538706	29	2.1	28	84	6	77	35	23	13	28	1.92
85541446--85541562	37	3.1	37	90	1	171	28	30	17	23	1.97
85541459--85541567	37	2.9	37	91	0	173	28	31	18	22	1.97
85541718--85541814	50	1.9	50	89	4	151	28	25	8	37	1.85
85541772--85541964	47	4.1	47	91	2	255	26	29	10	33	1.90
85541817--85541935	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
85545322--85545441	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	23	1.80
85546822--85546935	45	2.4	48	92	5	189	35	6	28	30	1.81
85546907--85547001	31	2.8	36	81	18	148	30	11	31	26	1.91
85546961--85547441	47	10.2	47	90	2	720	33	9	30	26	1.89
85546965--85547426	187	2.4	189	92	4	797	32	10	30	26	1.90
85547292--85547413	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
85549318--85549669	40	8.8	40	87	0	506	25	26	22	25	2.00
85550938--85551083	37	3.9	37	95	0	247	27	32	19	21	1.97
85551234--85551330	50	1.9	50	89	4	151	28	25	8	37	1.85
85551288--85551480	47	4.1	47	89	2	246	25	29	11	33	1.91
85551380--85551451	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
85554590--85554763	46	3.7	46	73	14	135	21	28	18	31	1.97
85554502--85554758	140	1.8	140	79	8	299	22	27	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85559679--85559736	27	2.1	27	93	0	98	29	17	18	34	1.94
85560716--85560780	29	2.2	29	83	5	78	41	26	15	16	1.88
85560932--85561007	28	2.6	29	87	4	100	39	21	13	26	1.89
85574758--85574783	12	2.2	12	100	0	52	42	15	0	42	1.47
85578655--85578714	30	2.0	30	96	0	111	51	20	5	23	1.66
85587802--85587846	13	3.5	13	87	0	72	33	20	31	15	1.93
85587802--85587859	26	2.2	26	96	0	107	31	22	31	15	1.95
85587812--85587864	13	4.1	13	87	0	70	26	24	32	16	1.97
85589923--85590107	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
85589904--85590107	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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