genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  83  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27516031--27516213	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
27529499--27529542	23	1.9	23	95	0	79	29	6	27	36	1.83
27530565--27530656	26	3.5	26	70	12	71	30	4	6	58	1.43
27531737--27531771	16	2.1	17	94	5	63	48	5	0	45	1.26
27542287--27542386	49	2.0	50	86	1	139	30	9	20	41	1.83
27543581--27543627	22	2.2	22	84	3	60	61	2	0	36	1.08
27543933--27544027	30	3.2	29	79	10	84	31	7	1	60	1.31
27543957--27544015	10	5.9	10	74	11	50	30	1	1	66	1.12
27543955--27544015	9	6.3	9	72	12	50	32	1	1	63	1.13
27544230--27544438	88	2.4	89	79	11	232	34	9	18	37	1.82
27544888--27544983	40	2.4	41	75	16	103	61	0	6	32	1.21
27544917--27545012	39	2.5	39	80	11	99	61	1	7	30	1.30
27545192--27545242	19	2.7	19	78	0	66	27	3	0	68	1.07
27545201--27545332	9	14.6	9	67	11	65	30	4	1	63	1.23
27545201--27545268	28	2.4	27	80	4	64	29	5	1	63	1.27
27545947--27546308	129	2.8	128	80	7	367	29	24	16	29	1.96
27545947--27546219	86	3.2	85	76	6	246	30	26	16	27	1.96
27546067--27546316	86	2.9	86	80	2	225	28	24	17	30	1.97
27545968--27546308	43	8.0	42	72	4	180	28	24	16	30	1.97
27546073--27546348	129	2.1	129	80	6	292	29	23	16	30	1.96
27546692--27546747	21	2.7	21	100	0	112	5	42	14	37	1.68
27547190--27547218	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27551136--27551297	39	4.2	39	86	1	218	25	28	21	24	1.99
27551136--27551297	77	2.1	78	88	1	236	25	28	21	24	1.99
27558365--27559368	336	3.0	335	88	2	1440	34	12	25	28	1.91
27561681--27561732	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
27565425--27565588	81	2.0	81	97	0	310	20	29	9	40	1.83
27566655--27566904	27	9.4	26	84	6	263	24	15	20	40	1.91
27566655--27566875	107	2.1	108	86	5	306	24	15	19	40	1.90
27566695--27566904	107	2.0	107	85	5	291	24	15	20	39	1.91
27569749--27569827	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27569946--27570340	47	8.4	47	91	0	610	29	28	8	32	1.87
27572500--27572711	27	7.9	26	85	5	194	24	15	19	40	1.90
27572488--27572711	54	4.2	53	82	4	236	23	16	20	40	1.91
27572526--27572711	81	2.3	80	87	3	266	23	15	19	41	1.89
27573051--27573091	18	2.3	18	91	0	64	19	26	14	39	1.90
27574504--27574534	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27574501--27574540	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
27574731--27574986	55	4.8	53	81	9	222	22	25	16	35	1.95
27574778--27574977	108	1.8	110	88	4	307	23	25	16	34	1.95
27582086--27582116	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27582083--27582122	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
27584431--27584516	42	2.0	42	100	0	172	22	23	19	34	1.96
27585437--27585509	27	2.6	28	78	4	76	23	16	39	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27588070--27588245	51	3.5	51	81	6	160	26	18	26	28	1.98
27600200--27600239	21	1.9	21	89	0	62	40	20	5	35	1.74
27615393--27615454	30	2.1	30	87	0	88	58	9	8	24	1.57
27616024--27616346	159	2.1	155	80	3	369	35	18	18	27	1.94
27616711--27616757	22	2.2	22	77	14	53	23	0	29	46	1.52
27616720--27616764	7	6.3	7	82	5	54	20	0	31	48	1.49
27616776--27616850	21	3.5	21	65	15	55	25	0	38	36	1.56
27618960--27619098	48	2.9	48	81	4	181	23	28	21	26	1.99
27622774--27623102	9	36.9	9	75	10	212	43	16	1	38	1.57
27622777--27622896	34	3.6	34	72	21	112	45	20	0	33	1.57
27622775--27623029	61	4.3	60	78	11	215	45	16	1	36	1.55
27622838--27622943	43	2.5	44	83	11	148	48	15	0	35	1.51
27627383--27627426	20	2.2	20	87	4	61	18	4	0	77	0.94
27627410--27627470	24	2.5	25	81	13	81	19	6	1	72	1.16
27630351--27630375	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27631660--27631693	6	5.8	6	96	3	61	11	35	0	52	1.38
27657657--27657681	7	3.6	7	100	0	50	28	28	16	28	1.97
27662760--27662825	29	2.2	30	81	10	82	21	25	10	42	1.85
27662816--27663035	29	7.6	29	81	5	214	25	25	13	36	1.92
27662780--27663005	115	2.0	116	89	0	346	24	26	13	36	1.92
27664825--27664872	24	2.0	24	100	0	96	20	25	16	37	1.93
27668813--27669075	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27672395--27672493	44	2.2	44	96	0	180	27	19	21	32	1.97
27677044--27677161	43	2.7	43	94	0	209	31	33	23	11	1.91
27678525--27678771	40	6.2	40	89	1	327	29	27	20	22	1.98
27680800--27680928	43	3.0	43	95	2	233	31	33	23	12	1.92
27686368--27686481	45	2.6	45	83	8	128	25	26	24	23	2.00
27686811--27686965	43	3.6	43	91	0	265	30	31	25	12	1.93
27686811--27686986	86	2.1	84	92	2	289	30	31	24	13	1.94
27686958--27687041	38	2.2	38	86	0	123	30	26	21	21	1.98
27690772--27690929	40	4.0	40	86	3	219	28	28	17	25	1.98
27699104--27699261	40	4.0	40	94	0	271	28	30	18	22	1.97
27704341--27704393	26	2.0	26	92	0	88	41	5	16	35	1.73
27709543--27709766	47	4.8	48	79	11	232	24	29	18	28	1.98
27709543--27709814	94	2.9	93	80	9	270	25	29	17	28	1.98
27709551--27709811	140	1.9	140	85	9	363	24	28	17	29	1.97
27715566--27715651	27	3.2	26	69	18	77	47	16	9	26	1.76
27715566--27715675	54	2.0	54	96	0	202	48	16	9	26	1.76
27715582--27715664	27	3.1	26	66	24	73	44	15	10	28	1.80
27715591--27715675	27	3.2	26	66	24	68	48	16	8	27	1.74
27716917--27717000	43	2.0	43	90	0	132	27	27	20	25	1.99
27716928--27717049	43	2.9	43	77	2	120	31	27	18	22	1.97
27719704--27719763	15	4.0	15	86	0	84	56	13	16	13	1.67
27724532--27724586	22	2.4	23	79	11	60	40	27	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27725179--27725270	44	2.2	43	80	5	107	35	25	15	23	1.94
27727180--27727212	12	2.8	12	100	0	66	45	18	24	12	1.83
27730456--27730602	42	3.4	45	79	10	139	33	23	15	27	1.95
27731262--27731339	25	3.2	25	60	10	61	43	15	16	24	1.86
27731263--27731364	49	2.1	49	96	0	186	41	17	15	25	1.89
27731276--27731352	24	3.2	24	62	10	57	42	15	18	23	1.88
27738683--27738725	6	7.5	6	84	10	63	16	2	0	81	0.79
27739132--27739164	3	11.0	3	87	12	50	0	0	33	66	0.92
27739665--27739849	97	1.9	97	86	2	264	29	15	24	30	1.95
27740454--27740491	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
27740517--27740564	10	4.8	10	82	10	62	25	10	2	62	1.38
27755821--27755995	47	3.8	46	75	11	158	32	27	16	24	1.96
27756418--27756477	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
27757562--27757597	17	2.1	17	100	0	72	41	16	22	19	1.90
27763396--27763569	47	3.7	46	79	12	203	31	28	17	22	1.96
27763404--27763574	94	1.8	93	91	1	279	31	28	18	22	1.97
27763993--27764052	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
27767436--27767503	33	2.1	33	100	0	136	41	23	8	26	1.83
27772093--27772202	54	2.0	54	96	0	202	27	23	11	37	1.90
27774496--27774525	7	4.3	7	95	0	51	46	53	0	0	1.00
27777942--27777990	21	2.3	21	82	0	53	32	2	18	46	1.60
27778552--27778706	43	3.6	42	75	6	132	30	16	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27779909--27780020	26	4.2	26	82	5	127	20	18	17	42	1.89
27779922--27780031	27	4.1	27	78	9	66	22	18	20	39	1.93
27780015--27780166	27	5.6	27	85	0	196	39	15	15	29	1.88
27797058--27797090	17	1.9	17	93	0	57	27	0	12	60	1.32
27819023--27819055	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
27819097--27819180	26	3.0	29	82	10	120	29	23	29	16	1.96
27837209--27837330	62	2.0	62	95	0	217	43	18	12	25	1.85
27841320--27841400	42	1.9	42	89	0	126	33	22	14	29	1.94
27859639--27860157	47	11.0	47	96	0	930	33	8	28	29	1.87
27860327--27860405	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344