genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21032836--21033427	44	13.5	44	62	18	160	32	21	23	21	1.98
21034456--21034524	29	2.3	29	79	20	81	30	7	0	62	1.22
21034453--21034559	44	2.4	45	83	10	130	30	7	0	61	1.23
21034459--21034524	15	4.5	15	83	14	84	30	6	0	63	1.18
21034416--21034534	15	7.1	15	68	19	58	27	6	1	63	1.29
21034663--21034780	25	4.7	25	73	11	98	31	5	3	60	1.35
21041288--21041412	64	2.0	64	88	0	187	32	16	15	36	1.89
21041487--21041593	44	2.5	45	87	7	159	33	20	19	26	1.97
21041540--21043320	88	20.3	87	84	1	2033	33	21	22	22	1.97
21041804--21042033	44	5.2	43	70	12	164	32	23	21	23	1.98
21041544--21043312	264	6.7	264	85	1	2256	33	21	22	22	1.97
21042899--21043030	43	3.0	43	64	18	101	31	20	24	24	1.98
21043074--21043211	44	3.1	44	68	12	129	31	21	25	21	1.98
21043274--21043445	45	3.9	45	72	14	167	33	24	22	19	1.97
21043190--21043445	133	1.9	132	92	3	435	33	24	22	19	1.97
21043249--21043438	44	4.3	42	73	14	143	33	24	23	18	1.97
21043322--21043931	88	6.9	88	86	1	776	33	22	23	21	1.98
21043011--21043628	308	2.0	308	88	1	918	33	22	23	20	1.98
21044290--21044316	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
21044898--21044946	15	3.1	15	88	8	62	26	8	0	65	1.20
21048723--21048780	28	2.1	28	100	0	116	39	10	3	46	1.55
21049804--21049905	31	3.3	31	91	1	159	37	18	8	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21053430--21053537	26	4.2	26	96	0	198	29	6	27	36	1.82
21055020--21055072	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
21056322--21056398	38	2.0	38	94	0	136	32	16	9	41	1.80
21061238--21061634	196	2.0	198	82	6	489	56	7	6	29	1.52
21063184--21064049	177	4.9	177	85	2	1123	28	24	18	29	1.98
21063715--21063810	44	2.2	46	81	9	110	30	27	13	29	1.94
21063184--21064052	353	2.5	354	83	2	1111	28	24	18	29	1.98
21072601--21072647	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
21078015--21078045	14	2.2	14	94	0	53	0	16	0	83	0.64
21091601--21091627	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
21093641--21093710	35	2.0	35	94	0	122	37	11	14	37	1.82
21100469--21100508	17	2.3	17	86	4	53	20	0	2	77	0.88
21100467--21100514	14	3.4	14	77	13	53	22	0	2	75	0.91
21104621--21104650	12	2.5	12	94	0	51	6	26	43	23	1.78
21107855--21107892	18	2.1	18	90	0	58	42	0	2	55	1.14
21109931--21110024	43	2.2	42	81	5	109	22	18	27	31	1.97
21114280--21114335	2	28.0	2	92	0	94	50	0	50	0	1.00
21117292--21117335	22	2.2	19	88	12	61	52	0	2	45	1.13
21125600--21125684	44	1.9	44	85	4	118	32	22	22	22	1.98
21126554--21126599	8	6.1	8	80	14	53	41	0	0	58	0.98
21134720--21134744	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
21135294--21135498	27	7.6	27	85	3	241	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21135294--21135498	109	1.9	109	85	2	286	26	15	27	30	1.96
21137071--21137121	15	3.4	15	70	20	52	13	35	27	23	1.93
21137060--21137127	30	2.3	30	100	0	136	19	36	26	17	1.94
21140238--21140356	25	4.8	25	81	0	130	29	21	19	29	1.98
21156260--21156350	48	2.0	48	89	8	145	29	8	23	38	1.85
21161449--21161528	31	2.6	30	74	5	79	42	12	10	35	1.76
21181946--21181973	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
21182252--21182438	94	2.0	94	98	0	365	43	8	22	25	1.81
21190040--21190687	46	15.0	46	83	12	820	23	24	15	36	1.94
21190040--21190687	84	7.5	88	88	7	705	23	24	15	36	1.94
21190084--21190687	130	4.7	133	89	6	791	23	24	15	36	1.94
21200966--21201013	20	2.4	20	80	13	55	31	6	16	45	1.72
21201312--21201534	110	2.0	110	98	0	428	36	11	16	36	1.84
21203238--21203262	7	3.6	7	100	0	50	48	40	0	12	1.40
21207429--21207481	18	3.0	18	97	2	99	11	28	49	11	1.73
21212267--21212310	23	2.0	22	86	13	63	38	11	11	38	1.77
21212879--21212915	17	2.2	17	90	4	58	59	8	5	27	1.48
21213794--21213885	43	2.1	43	83	15	111	25	18	29	27	1.98
21220151--21220209	20	3.0	19	82	7	73	61	0	0	38	0.96
21220170--21220223	26	2.0	28	85	7	76	61	0	0	38	0.96
21220489--21220670	9	19.6	9	65	20	65	33	2	1	62	1.20
21220489--21220598	10	11.3	10	67	15	52	30	4	0	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21220489--21220670	19	9.7	19	68	19	80	33	2	1	62	1.20
21220564--21220674	45	2.5	44	78	7	116	36	0	2	60	1.17
21221800--21221826	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
21221800--21221838	16	2.5	16	87	4	53	28	2	0	69	1.02
21234548--21234894	52	6.9	52	85	8	468	34	14	22	28	1.93
21234548--21234905	98	3.6	98	90	3	520	34	13	22	28	1.93
21234548--21234906	195	1.8	196	88	3	549	34	13	22	28	1.93
21234869--21235014	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
21236269--21236459	96	2.0	98	89	3	296	23	14	30	31	1.94
21236269--21236459	49	3.9	49	91	3	287	23	14	30	31	1.94
21239603--21239950	52	6.9	52	85	7	468	34	14	22	28	1.93
21239655--21239961	98	3.1	98	91	1	438	35	14	22	28	1.93
21239589--21239950	150	2.4	144	92	5	580	34	14	22	28	1.93
21239925--21240070	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
21243994--21244151	74	2.1	74	92	0	271	34	9	13	43	1.76
21244011--21244128	38	3.2	38	68	13	118	33	7	16	42	1.77
21256645--21257735	137	7.7	138	85	9	1270	59	5	4	30	1.38
21256728--21257086	6	59.5	6	66	18	53	61	5	3	30	1.33
21256635--21257744	281	3.9	282	87	7	1392	60	5	3	30	1.38
21257246--21257287	14	3.1	14	83	6	52	57	4	0	38	1.20
21257263--21257359	21	4.7	20	71	19	58	63	6	2	27	1.29
21257675--21257718	21	2.0	21	82	8	52	56	11	2	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21256742--21257767	141	7.4	132	81	10	779	60	5	3	29	1.36
21257712--21257767	3	18.7	3	78	7	60	67	0	1	30	1.01
21272477--21272589	43	2.7	42	78	5	120	25	20	26	27	1.99
21272431--21272589	85	1.9	86	86	6	234	26	18	26	28	1.98
21275526--21275679	43	3.6	43	79	8	161	25	18	27	28	1.98
21275526--21275661	42	3.2	42	81	6	148	24	19	27	27	1.99
21286641--21286811	39	4.3	40	88	5	181	25	28	21	25	1.99
21286641--21286864	40	5.7	40	85	6	262	25	27	21	25	1.99
21286641--21286864	79	2.8	79	82	8	258	25	27	21	25	1.99
21294568--21294791	39	5.6	39	82	6	229	26	27	21	25	1.99
21294568--21294791	79	2.8	80	81	8	242	26	27	21	25	1.99
21294562--21294789	118	1.9	120	83	7	295	25	27	21	25	1.99
21294549--21294791	40	6.1	40	80	10	211	25	27	21	25	1.99
21301811--21301863	17	3.1	17	77	0	61	32	9	16	41	1.81
21309858--21309892	5	6.8	5	96	3	61	20	0	0	80	0.72
21314304--21314331	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
21314390--21314429	21	1.9	21	89	0	62	17	32	20	30	1.95
21333228--21333958	47	15.6	47	90	4	1102	32	8	29	29	1.87
21347646--21347848	39	5.6	39	83	16	253	21	26	20	31	1.98
21347627--21347848	77	3.1	70	80	16	253	20	26	20	31	1.98
21347663--21347846	63	2.6	73	86	12	253	21	26	20	32	1.98
21356249--21356431	40	4.7	40	82	15	240	22	25	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21357553--21357618	31	2.2	29	79	12	71	39	18	3	39	1.66
21364752--21365170	40	10.7	40	92	3	676	22	26	20	30	1.98
21368211--21368250	16	2.4	17	87	4	55	52	0	2	45	1.14
21370224--21370261	18	2.1	19	95	5	69	10	0	47	42	1.38
21382862--21382891	13	2.3	13	94	0	51	70	0	3	26	1.03
21383139--21383214	21	3.7	21	73	23	56	57	6	1	34	1.33
21383100--21383625	138	3.8	134	80	13	530	59	5	3	31	1.38
21383607--21383681	3	25.7	3	81	8	84	64	0	1	34	1.02
21383588--21383666	12	6.4	12	76	12	63	60	2	1	35	1.18
21389086--21389137	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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