genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8869599--8869658	29	2.1	29	87	0	84	31	8	16	43	1.78
8877198--8877540	40	8.6	40	90	2	280	24	20	27	27	1.99
8877198--8877540	80	4.3	80	89	1	449	24	20	27	27	1.99
8877251--8877540	120	2.4	119	90	1	454	24	20	27	27	1.99
8891061--8891092	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
8899516--8899633	59	2.0	59	88	0	173	32	5	11	51	1.59
8905157--8905231	5	14.2	5	74	18	55	22	2	2	72	1.11
8906079--8906122	23	1.9	23	95	0	79	31	25	25	18	1.97
8906984--8907040	6	9.0	6	83	11	69	19	1	3	75	1.04
8908012--8908043	12	2.6	13	90	9	50	84	6	6	3	0.86
8914993--8915043	6	8.0	6	83	12	66	78	3	1	15	0.99
8914993--8915074	42	2.0	39	83	6	101	74	6	3	15	1.16
8920149--8920263	57	2.0	57	94	1	205	45	2	4	47	1.36
8920155--8920244	29	3.1	29	69	13	87	43	3	5	47	1.43
8924262--8924301	4	10.2	4	84	15	57	77	0	0	22	0.77
8924255--8924300	20	2.3	20	96	3	85	76	0	0	23	0.79
8924942--8925072	61	2.1	62	83	8	169	42	6	12	38	1.68
8927977--8928001	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8929174--8929320	39	3.8	39	87	0	213	37	12	9	40	1.76
8929170--8929320	78	1.9	78	93	0	257	37	13	9	39	1.76
8929244--8929307	18	3.4	18	73	12	65	39	14	4	42	1.66
8930503--8930563	27	2.1	30	88	8	92	50	6	1	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8932747--8932786	20	2.0	20	100	0	80	15	20	20	45	1.86
8937012--8937057	21	2.2	21	88	7	67	52	0	0	47	1.00
8938132--8938184	26	2.0	26	92	0	88	39	7	1	50	1.41
8939272--8939303	10	3.1	10	91	8	55	90	0	9	0	0.45
8939272--8939303	11	3.0	11	95	4	57	90	0	9	0	0.45
8943592--8943616	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
8943616--8943640	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8945390--8945428	6	6.3	6	96	3	69	35	48	0	15	1.45
8946528--8946599	20	3.5	20	64	7	54	25	13	22	38	1.91
8946531--8946615	42	2.0	42	100	0	170	25	14	21	38	1.91
8947111--8947138	13	2.2	13	100	0	56	53	10	14	21	1.70
8961365--8961441	31	2.5	31	87	4	102	25	31	25	16	1.97
8970571--8970652	23	3.6	22	88	3	119	29	18	23	29	1.97
8978591--8978680	39	2.3	38	90	3	144	12	17	34	35	1.87
8980567--8980591	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
8990351--8990478	61	2.1	60	85	5	168	25	27	20	26	1.99
8990492--8990517	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
8993827--8993866	21	1.9	21	85	10	55	20	17	15	47	1.83
8995593--8995638	22	2.0	23	84	12	60	58	0	19	21	1.39
8996954--8997173	40	5.4	40	85	3	280	23	23	25	27	2.00
8996958--8997173	83	2.7	80	86	4	283	23	23	26	26	2.00
8997405--8997446	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8998870--8998989	29	4.2	29	84	1	152	27	29	14	29	1.95
9003382--9003529	73	2.0	73	97	0	278	31	27	21	20	1.98
9007353--9007480	61	2.1	60	81	4	141	28	31	19	21	1.97
9011634--9011696	27	2.3	27	83	5	83	39	34	6	19	1.77
9012197--9012230	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
9013098--9013153	3	18.7	3	89	7	78	67	3	0	28	1.07
9015031--9015060	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
9023943--9024041	52	1.9	52	93	0	171	12	39	21	27	1.88
9024053--9024165	55	2.1	55	81	0	127	16	23	27	31	1.96
9028088--9028127	21	1.9	21	85	10	55	22	17	30	30	1.97
9040163--9040299	41	3.3	41	88	2	202	28	25	16	29	1.96
9040104--9040309	42	4.9	41	83	3	214	29	25	15	29	1.96
9049314--9049357	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
9055152--9055194	21	2.0	21	95	0	77	41	16	13	27	1.86
9059186--9059266	41	2.0	41	87	0	117	25	14	25	33	1.95
9061273--9061401	47	2.7	47	83	5	161	34	29	14	20	1.93
9074819--9074909	42	2.2	42	87	0	128	34	17	20	27	1.95
9074807--9074965	85	1.9	84	82	3	203	31	16	23	28	1.96
9078458--9078543	26	3.2	26	66	18	75	26	24	6	41	1.80
9078435--9078549	56	2.1	56	100	0	230	26	24	6	42	1.79
9083667--9083692	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
9092051--9092076	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9102736--9102782	14	3.1	14	75	24	51	53	0	0	46	1.00
9104011--9104073	20	3.2	18	74	17	54	14	22	19	44	1.86
9104084--9104149	20	3.3	20	71	0	69	12	30	21	36	1.90
9104101--9104179	20	4.0	20	72	6	61	13	31	16	37	1.88
9103988--9104172	40	4.6	40	85	2	228	15	27	18	38	1.91
9104121--9104188	20	3.4	20	78	11	77	10	32	17	39	1.84
9103988--9104198	80	2.6	80	82	4	212	16	27	18	37	1.91
9105763--9105807	12	3.5	13	85	8	65	62	11	11	15	1.55
9105633--9105903	137	2.0	136	94	2	470	42	12	12	32	1.80
9105641--9105909	140	1.9	136	93	2	457	42	12	13	31	1.81
9125722--9125904	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
9125701--9125904	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
9130768--9130923	23	6.7	24	77	12	98	25	20	18	35	1.95
9130776--9130923	45	3.2	45	82	10	147	25	20	18	35	1.96
9130826--9130923	23	4.4	22	83	6	101	26	20	19	33	1.96
9134218--9134456	118	2.0	118	98	0	460	42	19	8	29	1.80
9134965--9135076	40	2.8	40	77	9	102	31	27	16	25	1.96
9151353--9151501	75	2.0	75	98	0	289	41	16	16	26	1.88
9155578--9155670	37	2.5	37	87	5	136	41	30	12	15	1.84
9167673--9167737	26	2.5	26	82	12	80	40	12	10	36	1.78
9172360--9172394	12	2.9	12	91	0	52	17	17	0	65	1.27
9174739--9174797	31	1.9	31	85	0	82	8	32	33	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9184654--9184690	19	1.9	19	88	0	56	43	35	5	16	1.71
9185775--9185822	20	2.4	20	83	10	62	43	14	4	37	1.65
9187561--9187592	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
9199654--9199681	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
9199960--9200011	20	2.6	20	87	0	68	40	5	15	38	1.71
9207796--9207842	23	2.0	23	100	0	94	53	0	29	17	1.44
9215896--9216149	125	2.0	125	83	1	321	33	18	17	30	1.94
9222029--9222256	40	5.7	40	97	0	420	31	20	27	21	1.98
9224159--9224190	15	2.2	14	94	5	55	31	31	0	37	1.58
9238795--9238839	16	2.9	16	81	15	58	51	4	17	26	1.65
9239464--9239781	45	7.1	45	83	5	340	37	16	21	25	1.93
9242159--9242192	17	1.9	18	94	5	61	20	32	35	11	1.89
9248024--9248105	42	2.0	42	100	0	164	26	28	25	19	1.99
9253918--9253956	20	1.9	21	89	5	62	15	5	0	79	0.90
9261435--9261523	43	2.1	43	85	8	119	28	26	19	25	1.99
9273253--9273423	43	4.0	44	71	11	131	27	19	21	31	1.97
9275241--9275303	21	3.0	21	100	0	126	33	14	9	42	1.78
9283246--9283319	27	2.7	26	79	4	76	40	24	6	28	1.80
9283311--9283874	27	20.9	27	88	2	769	36	18	18	26	1.94
9284304--9284434	6	21.3	6	73	16	99	19	18	14	47	1.83
9284314--9284371	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
9284304--9284422	31	3.9	31	89	1	168	20	18	14	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9286524--9286656	69	1.9	69	87	6	198	33	13	18	35	1.89
9287421--9287920	39	12.7	39	80	7	456	21	22	27	28	1.99
9287430--9287881	40	11.5	39	82	7	450	21	22	28	28	1.99
9287421--9287920	158	3.2	156	88	3	657	21	22	27	28	1.99
9287430--9287881	118	3.8	117	85	5	518	21	22	28	28	1.99
9287422--9287952	118	4.5	117	82	7	448	21	22	27	29	1.99
9287855--9287952	39	2.5	39	88	1	133	23	22	22	31	1.98
9301471--9301605	68	2.0	69	98	1	236	31	22	13	32	1.92
9315830--9315891	25	2.4	27	81	5	74	38	1	4	54	1.31
9321787--9321847	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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