genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79496598--79496769	47	3.7	46	75	7	186	29	27	20	22	1.98
79496544--79496719	46	3.8	46	76	7	167	30	27	21	21	1.98
79503817--79503929	59	1.9	59	100	0	226	30	15	20	34	1.93
79505696--79506083	131	3.0	131	82	5	417	34	15	12	37	1.85
79511889--79512036	63	2.3	63	82	2	163	37	5	9	47	1.59
79515490--79515661	86	2.0	86	96	0	317	48	5	8	37	1.57
79518820--79518866	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
79523602--79523678	40	1.9	40	89	0	118	35	12	10	41	1.78
79524608--79524686	29	2.7	29	88	5	115	24	13	32	29	1.94
79534699--79534760	31	2.0	31	87	0	88	37	14	20	27	1.92
79537743--79537850	53	2.0	53	98	0	207	26	12	22	38	1.89
79542872--79542902	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
79542869--79542908	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
79542981--79543025	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
79543094--79543348	55	4.8	53	81	7	227	20	25	17	36	1.95
79543141--79543341	108	1.8	110	88	4	309	21	25	17	34	1.96
79548909--79548967	23	2.6	23	81	5	66	16	15	23	44	1.86
79558717--79558867	53	2.8	54	83	9	189	29	34	17	18	1.94
79565911--79566068	54	2.9	56	80	3	187	30	33	17	18	1.94
79569950--79570033	42	2.1	40	88	6	125	25	33	19	22	1.97
79572149--79572178	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
79572210--79572235	10	2.6	10	100	0	52	34	7	0	57	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79576375--79576417	21	2.0	21	100	0	86	20	18	23	37	1.94
79579993--79580072	40	2.0	41	87	9	119	12	41	25	21	1.88
79581078--79581294	46	4.7	44	76	14	156	23	29	19	27	1.98
79581031--79581302	94	2.9	93	76	11	270	24	29	19	27	1.98
79594546--79594582	11	3.1	13	81	18	53	67	0	0	32	0.91
79597497--79597582	22	4.0	21	73	18	63	67	0	3	29	1.07
79603256--79603329	38	1.9	38	91	0	121	27	12	21	39	1.89
79606148--79606183	11	3.4	11	92	3	56	38	2	0	58	1.13
79607268--79607301	6	5.7	6	100	0	68	50	50	0	0	1.00
79614692--79614907	46	4.6	45	76	9	184	23	29	19	27	1.98
79614737--79614910	94	1.9	92	84	7	235	24	29	20	25	1.99
79621776--79621924	72	2.1	72	98	0	289	42	20	12	25	1.86
79622473--79622596	46	2.7	45	82	6	149	23	29	20	27	1.99
79632812--79632968	78	2.0	78	90	2	244	32	22	10	34	1.88
79640064--79640099	19	1.9	18	88	5	54	58	0	11	30	1.33
79641062--79641089	8	3.5	8	100	0	56	28	21	0	50	1.49
79642563--79642593	16	1.9	16	93	0	53	48	25	19	6	1.72
79643774--79643821	25	1.9	25	87	8	71	29	12	25	33	1.92
79650018--79650054	18	2.1	18	94	0	65	37	21	5	35	1.77
79660139--79660496	46	7.6	46	77	12	227	27	17	30	24	1.97
79660322--79660454	48	2.7	48	83	4	151	27	15	33	24	1.95
79667966--79668131	40	4.2	40	90	0	262	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79669560--79669602	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
79669560--79669598	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
79676067--79676272	40	5.2	40	89	0	297	26	27	21	23	1.99
79677701--79677743	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
79677701--79677739	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
79693307--79693334	11	2.5	11	100	0	56	32	21	14	32	1.93
79693529--79693758	44	5.1	45	69	15	154	30	21	23	23	1.99
79693529--79693789	45	5.8	43	73	12	186	29	21	23	24	1.99
79693537--79693778	135	1.8	133	89	1	385	28	21	23	25	1.99
79693545--79693825	135	2.1	133	84	4	350	29	21	23	25	1.99
79712774--79712820	6	7.7	6	79	13	51	74	2	2	21	1.03
79712774--79712820	19	2.5	18	89	3	67	74	2	2	21	1.03
79726824--79726877	17	3.2	17	100	0	108	40	12	24	22	1.89
79733359--79733407	25	2.0	25	83	0	62	38	10	10	40	1.73
79735448--79735476	13	2.2	13	100	0	58	34	20	0	44	1.52
79745516--79745572	15	3.7	15	73	17	53	54	1	0	43	1.10
79745518--79745592	32	2.4	32	88	4	109	52	1	0	46	1.09
79748607--79748632	13	2.0	13	100	0	52	7	23	0	69	1.14
79751788--79751840	24	2.2	24	100	0	106	52	0	24	22	1.47
79754112--79754179	33	2.2	30	82	12	75	41	4	1	52	1.30
79754778--79754804	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
79766348--79766407	22	2.6	22	78	19	61	46	5	1	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79766526--79766569	23	1.9	23	82	17	56	43	4	0	52	1.22
79766653--79766714	27	2.2	28	80	5	72	43	6	8	41	1.60
79769872--79769930	29	2.1	29	80	3	66	22	23	13	40	1.89
79770781--79771036	8	29.1	9	72	20	90	24	2	21	51	1.60
79770775--79770821	23	2.0	24	91	4	78	21	2	21	55	1.54
79770915--79771036	4	30.2	4	91	1	181	25	1	26	46	1.62
79775360--79775438	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
79775557--79775938	47	8.1	47	91	0	557	27	30	9	31	1.89
79779402--79779637	40	5.9	40	86	6	309	25	27	22	23	1.99
79779945--79780023	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
79780005--79780107	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
79781961--79782039	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
79782158--79782586	47	9.1	47	92	0	615	27	31	9	31	1.89
79785315--79785346	13	2.4	14	89	10	57	15	0	25	59	1.36
79788669--79788750	43	1.9	43	87	2	121	21	18	31	28	1.97
79802328--79802413	43	2.0	43	90	0	136	20	18	32	27	1.96
79806671--79806921	87	2.9	87	90	0	387	35	21	15	27	1.94
79809445--79809620	46	3.8	46	82	5	221	20	21	30	28	1.98
79809441--79809612	93	1.8	93	93	2	301	20	21	30	27	1.98
79836508--79836690	48	3.8	47	77	14	178	29	19	30	21	1.97
79836473--79836740	98	2.8	93	82	8	283	29	19	27	22	1.98
79836473--79836731	49	5.4	48	77	12	223	29	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79838236--79838411	46	3.8	46	82	5	221	20	21	30	28	1.98
79838232--79838403	93	1.8	93	93	2	301	20	21	30	27	1.98
79841350--79841418	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
79841341--79841428	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
79843350--79843476	46	2.8	46	90	4	197	20	21	28	29	1.98
79848036--79848218	38	4.8	38	84	0	222	37	27	18	17	1.93
79849575--79849634	27	2.2	27	84	0	75	23	20	26	30	1.98
79855781--79855838	19	3.1	19	90	5	82	56	5	0	37	1.21
79855781--79855833	20	2.7	20	91	5	81	58	5	0	35	1.22
79861190--79861249	31	1.9	31	89	0	93	33	8	6	51	1.58
79861606--79861643	20	2.0	20	84	5	51	39	0	2	57	1.12
79861784--79861864	41	2.0	41	95	0	144	38	11	3	46	1.57
79872777--79872954	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
79880902--79881075	27	6.4	27	82	4	170	29	27	15	27	1.96
79883871--79883999	47	2.7	49	79	13	153	29	19	28	22	1.98
79887774--79887959	94	2.0	94	97	0	354	38	10	11	39	1.75
79889514--79889602	42	2.1	42	80	0	97	21	31	24	22	1.98
79899734--79899778	12	3.7	12	76	5	54	33	15	26	24	1.95
79899762--79899844	34	2.5	34	90	5	125	28	22	25	22	1.99
79903005--79903100	33	2.9	33	83	7	106	30	25	21	22	1.99
79903674--79903706	11	3.1	11	95	4	59	18	30	18	33	1.94
79910800--79910849	15	3.1	17	75	16	52	4	28	0	68	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79910817--79910859	22	2.0	22	81	9	52	2	34	0	62	1.08
79912582--79912621	21	1.9	21	84	0	53	25	15	30	30	1.95
79912712--79912762	6	8.8	6	91	6	70	17	7	0	74	1.05
79920355--79920406	24	2.2	23	83	10	61	48	13	25	13	1.79
79920630--79920692	29	2.2	29	79	0	72	23	9	38	28	1.86
79927760--79927784	12	2.1	12	100	0	50	40	44	8	8	1.63
79929760--79929938	85	2.1	85	96	0	331	36	8	27	27	1.86
79931203--79931754	47	11.6	47	92	3	829	33	8	28	28	1.87
79931203--79931754	96	5.8	96	90	4	850	33	8	28	28	1.87
79931203--79931754	143	3.9	142	92	2	851	33	8	28	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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