genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99178134--99178245	27	4.2	26	82	7	125	38	22	23	16	1.93
99178134--99178245	54	2.1	54	84	3	145	38	22	23	16	1.93
99179676--99179749	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
99180450--99180495	24	2.0	24	86	4	67	15	23	23	36	1.93
99181939--99182016	31	2.8	28	76	18	81	38	0	2	58	1.12
99181939--99182008	30	2.3	29	83	13	81	40	0	2	57	1.14
99181961--99182013	27	2.0	26	82	10	63	39	0	1	58	1.09
99181995--99182024	8	3.6	8	95	4	51	26	0	0	73	0.84
99183799--99184057	46	5.6	46	86	2	342	41	14	24	19	1.88
99183789--99184047	138	1.9	138	90	1	412	42	13	25	19	1.87
99185328--99185375	25	1.9	25	91	0	78	22	20	14	41	1.89
99186979--99187051	31	2.3	32	84	11	89	39	0	2	57	1.13
99187037--99187067	8	3.8	8	95	4	53	25	0	0	74	0.82
99188916--99188987	21	3.2	21	68	21	56	38	13	23	23	1.91
99188927--99189311	46	8.4	46	91	0	547	42	13	23	20	1.88
99189207--99189280	24	3.2	24	66	21	66	44	14	21	18	1.86
99192162--99192263	51	2.0	51	100	0	204	52	7	11	27	1.65
99205174--99205256	21	3.8	21	68	21	53	62	1	12	24	1.36
99205185--99205483	75	4.0	73	82	10	369	64	1	13	21	1.34
99205185--99205483	28	12.3	25	66	25	92	64	1	13	21	1.34
99205232--99205290	28	2.1	28	100	0	118	71	0	15	13	1.15
99205217--99205351	27	5.2	26	73	14	118	63	0	13	22	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99205227--99205571	48	7.2	46	78	12	288	63	1	12	22	1.35
99205322--99205391	21	3.3	21	75	11	79	65	1	10	22	1.30
99205419--99205492	22	3.2	21	68	25	60	60	2	12	24	1.44
99205220--99205568	145	2.4	144	82	10	394	63	1	12	23	1.36
99205260--99205568	96	3.2	94	79	11	335	62	1	11	23	1.36
99205234--99205621	118	3.2	115	73	16	326	63	1	12	23	1.35
99205610--99205719	11	10.1	10	73	14	85	57	2	16	23	1.52
99205610--99205719	5	20.2	5	75	15	85	57	2	16	23	1.52
99205619--99205719	22	4.6	22	89	0	139	58	2	14	23	1.51
99205635--99205710	28	2.7	27	84	8	82	57	3	11	26	1.51
99206101--99206157	20	2.9	19	80	15	64	61	0	14	24	1.33
99206201--99206240	18	2.1	20	86	9	57	72	0	7	20	1.08
99206229--99206306	5	14.0	5	77	15	57	56	1	14	28	1.46
99206245--99206306	28	2.2	28	82	5	72	58	1	12	27	1.44
99206342--99206440	18	5.1	19	74	14	69	60	4	8	27	1.43
99206432--99206530	16	6.6	16	69	22	63	60	2	17	20	1.45
99206433--99206530	11	9.3	10	71	17	74	61	2	17	19	1.45
99206433--99206530	5	18.6	5	74	17	74	61	2	17	19	1.45
99211499--99211549	25	2.0	25	100	0	102	27	29	15	27	1.96
99212053--99212358	91	3.4	91	88	4	440	56	11	4	27	1.55
99218162--99218255	45	2.1	45	95	0	170	34	14	10	40	1.81
99221948--99222006	26	2.3	26	91	2	93	35	22	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99223468--99223507	15	2.7	15	96	0	71	42	12	40	5	1.64
99237198--99237263	31	2.2	31	86	5	100	62	10	1	25	1.37
99242437--99242536	18	5.6	18	80	2	76	37	15	13	35	1.85
99242431--99242533	54	1.9	54	84	4	136	36	15	13	33	1.87
99242453--99242536	36	2.3	36	87	0	132	36	15	13	34	1.86
99243891--99243922	14	2.4	14	90	10	50	50	6	0	43	1.27
99244281--99244348	25	2.6	25	80	17	77	45	2	0	51	1.16
99244331--99244377	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
99247226--99247277	17	3.2	16	79	17	54	42	7	0	50	1.31
99253748--99253794	17	2.8	16	75	18	51	36	12	0	51	1.40
99254875--99254901	12	2.2	12	100	0	54	37	7	14	40	1.74
99255165--99255316	76	2.0	76	100	0	304	36	13	3	46	1.61
99255467--99255519	3	17.7	3	96	0	97	67	1	0	30	1.01
99266424--99266464	21	2.0	21	85	9	57	65	0	2	31	1.05
99266424--99266468	11	4.2	11	83	13	58	66	0	2	31	1.04
99269182--99269227	18	2.6	18	83	10	58	73	0	6	19	1.04
99270464--99270512	15	3.4	14	83	8	62	12	0	8	79	0.93
99270666--99271275	44	13.6	43	75	12	387	28	19	18	33	1.96
99270785--99271275	88	5.5	87	76	9	436	28	19	17	34	1.95
99270785--99271275	132	3.7	132	78	9	494	28	19	17	34	1.95
99270689--99271320	182	3.5	182	76	8	535	28	19	18	33	1.95
99271718--99271762	22	2.0	22	100	0	90	42	13	8	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99276457--99276491	18	1.9	18	94	0	61	14	0	20	65	1.26
99296513--99296633	55	2.2	55	82	2	136	21	23	33	21	1.97
99305685--99306004	46	7.0	46	89	0	417	38	15	25	20	1.92
99307058--99307086	11	2.6	11	100	0	58	34	0	37	27	1.57
99309136--99309171	19	1.9	18	88	5	54	72	0	5	22	1.05
99310455--99310500	14	3.3	14	79	11	58	8	0	10	80	0.91
99311609--99311672	27	2.3	27	84	13	76	62	15	3	18	1.45
99313371--99313417	19	2.5	19	89	0	76	25	4	17	53	1.62
99319584--99319631	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
99324017--99324359	172	2.0	172	95	0	623	39	8	23	28	1.84
99324767--99324939	93	1.9	93	86	0	247	21	21	28	28	1.98
99324772--99324946	46	3.8	46	71	10	140	21	21	28	29	1.98
99326317--99326350	16	2.1	17	94	5	61	67	0	0	32	0.91
99331780--99331830	24	2.1	24	82	7	59	62	3	0	33	1.13
99337367--99337422	27	2.1	27	89	0	85	32	10	5	51	1.59
99345497--99345640	10	15.4	9	68	18	55	34	4	2	59	1.31
99345497--99345546	19	2.5	20	80	3	57	36	6	0	58	1.23
99345655--99345712	27	2.1	27	84	12	75	32	10	1	55	1.44
99345712--99345794	35	2.4	34	80	8	87	34	2	2	60	1.23
99352394--99352498	17	6.2	16	70	13	68	49	13	9	27	1.73
99352519--99352735	17	12.4	17	72	11	107	43	10	13	32	1.78
99352533--99352609	34	2.2	35	88	2	120	48	11	11	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99352533--99353059	18	29.7	18	66	15	145	44	9	12	32	1.75
99352655--99352732	35	2.2	35	84	4	95	47	8	15	28	1.75
99352565--99352736	90	1.9	90	79	3	195	41	10	14	33	1.80
99352816--99352873	19	2.9	21	77	15	59	48	6	12	32	1.67
99352825--99352873	20	2.5	18	81	15	53	46	6	10	36	1.63
99352891--99352974	39	2.2	39	80	6	91	50	8	7	34	1.60
99352970--99353059	17	5.2	17	78	5	99	50	13	11	25	1.74
99352970--99353055	35	2.5	35	80	3	102	48	13	10	26	1.75
99353680--99353731	8	6.4	8	84	8	61	0	21	0	78	0.74
99353680--99353727	15	3.0	15	87	9	60	0	20	0	79	0.74
99353682--99353731	23	2.1	25	92	7	86	0	20	0	80	0.72
99353680--99353744	23	3.0	23	73	22	68	0	21	0	78	0.75
99353874--99353903	10	3.0	10	95	0	51	0	10	3	86	0.67
99354026--99354068	3	13.0	3	86	13	50	0	32	0	67	0.91
99354029--99354067	18	2.0	20	90	9	64	0	30	0	69	0.89
99354445--99354546	30	3.4	30	86	2	134	46	3	21	28	1.69
99354411--99354546	60	2.3	59	82	5	150	43	3	22	30	1.70
99354817--99355034	54	4.1	55	88	8	324	37	17	16	28	1.92
99355013--99355047	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
99355146--99355400	91	2.9	88	80	9	288	36	17	18	27	1.93
99355795--99355989	72	2.7	70	76	8	187	35	20	13	30	1.91
99355358--99356164	194	4.2	192	96	1	1465	34	20	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99355358--99356164	384	2.1	383	96	1	1472	34	20	13	30	1.91
99372045--99372277	25	9.3	24	76	16	174	27	15	18	37	1.92
99372046--99372277	48	4.6	50	77	13	230	28	15	18	37	1.91
99372046--99372277	100	2.3	99	84	7	276	28	15	18	37	1.91
99372206--99372278	28	2.9	24	82	13	76	28	16	15	39	1.89
99373113--99373153	18	2.4	18	84	8	50	68	9	14	7	1.39
99373225--99373282	28	2.1	28	81	6	66	34	51	8	5	1.55
99373234--99373297	28	2.3	27	89	10	94	26	56	6	10	1.57
99379467--99379834	26	14.2	26	85	1	452	26	16	20	36	1.93
99381647--99381681	17	2.0	17	88	5	52	48	2	0	48	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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