genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  276  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92603065--92603367	138	2.3	130	86	5	401	37	14	24	22	1.92
92603628--92603674	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
92605159--92605313	43	3.6	42	80	5	152	27	17	23	31	1.97
92605210--92605313	42	2.5	42	79	7	120	27	18	24	29	1.98
92606046--92606106	30	2.0	30	96	0	113	32	1	26	39	1.66
92606975--92607008	11	3.1	11	91	0	50	55	0	29	14	1.40
92608455--92608488	16	2.1	16	88	0	50	17	8	8	64	1.47
92610368--92610425	24	2.3	26	82	11	68	53	10	1	34	1.45
92610701--92610739	14	2.7	15	88	11	55	35	0	5	58	1.20
92611430--92611476	17	2.7	17	80	12	51	38	4	2	55	1.31
92616121--92616280	80	2.0	80	95	0	284	38	18	24	18	1.93
92616615--92616668	19	2.8	18	78	10	63	42	5	11	40	1.64
92616615--92616675	20	3.1	19	75	13	61	42	4	9	42	1.59
92617780--92617813	11	3.1	11	100	0	68	8	17	35	38	1.81
92620832--92620877	23	2.0	23	95	0	83	36	17	19	26	1.94
92620974--92621007	12	2.7	13	86	9	52	38	20	5	35	1.77
92623542--92623579	15	2.4	16	82	4	51	47	0	2	50	1.15
92628820--92628891	22	3.3	22	86	7	103	34	2	18	44	1.64
92634875--92635079	46	4.4	45	76	14	163	27	19	29	23	1.98
92642566--92642686	46	2.6	49	85	13	159	26	20	29	23	1.99
92645460--92645527	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
92645348--92645675	175	1.9	175	89	2	507	31	24	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92645637--92645708	29	2.5	30	80	13	87	30	29	13	26	1.94
92652370--92652439	22	3.2	22	79	0	77	38	8	18	34	1.81
92655225--92655268	21	2.2	19	84	8	52	22	4	13	59	1.53
92655662--92655705	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
92658681--92658705	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
92663533--92663570	15	2.6	15	87	4	51	68	2	0	28	1.03
92663916--92664029	44	2.6	42	74	19	108	64	2	1	31	1.18
92664992--92665018	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
92665538--92665577	4	9.8	4	94	5	71	50	0	0	50	1.00
92667447--92667504	27	2.1	27	87	0	80	43	15	22	18	1.88
92667447--92667511	27	2.4	27	84	0	67	43	16	21	18	1.88
92678145--92678181	17	2.2	16	90	4	56	43	5	0	51	1.24
92678122--92678217	10	9.2	10	70	18	54	32	8	0	59	1.27
92690073--92690645	218	2.6	218	90	3	870	32	17	23	27	1.96
92690556--92690917	132	2.7	131	91	1	571	31	14	25	28	1.95
92690556--92690917	44	8.2	44	86	1	485	31	14	25	28	1.95
92692741--92692789	19	2.5	20	83	12	66	36	4	0	59	1.17
92692730--92692830	10	10.2	10	68	19	52	31	7	0	60	1.25
92696250--92696295	21	2.1	21	84	4	56	34	8	13	43	1.74
92700598--92700788	103	1.9	103	83	6	253	35	13	23	27	1.92
92704636--92704754	41	2.9	41	85	8	143	28	18	28	24	1.98
92713013--92713274	139	1.9	139	91	1	427	33	20	7	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92717357--92717409	28	2.0	26	85	7	70	30	15	7	47	1.73
92719027--92719106	31	2.5	32	89	2	117	47	16	3	32	1.64
92725035--92725097	32	2.0	32	100	0	126	33	25	9	31	1.88
92728504--92728547	20	2.2	20	84	4	54	45	4	13	36	1.64
92732849--92732876	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
92733064--92733143	39	2.1	39	92	0	133	20	3	27	48	1.66
92754204--92754228	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
92754414--92754493	39	2.1	39	92	0	133	20	3	27	48	1.66
92766145--92766371	46	4.9	45	77	11	178	29	20	28	22	1.98
92767809--92767958	73	2.0	74	87	1	212	28	13	15	42	1.84
92768857--92769102	27	9.1	27	82	3	271	28	21	8	41	1.81
92768857--92769102	81	3.0	81	82	3	307	28	21	8	41	1.81
92769107--92769302	27	7.3	27	87	0	257	35	18	19	26	1.95
92769502--92769587	27	3.2	26	83	4	82	19	23	20	36	1.95
92769705--92769891	6	30.8	6	75	16	154	20	16	13	49	1.79
92769705--92769891	30	6.4	30	81	9	215	20	16	13	49	1.79
92769705--92769891	85	2.2	85	95	0	329	20	16	13	49	1.79
92773378--92773678	41	7.4	41	90	1	455	33	24	22	19	1.97
92774087--92774140	25	2.2	25	100	0	108	27	7	24	40	1.81
92774740--92774770	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
92785815--92786062	129	1.9	131	83	3	322	27	19	21	31	1.98
92785815--92786050	43	5.5	43	83	0	274	27	19	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92785815--92786050	86	2.7	86	86	2	323	27	19	21	31	1.97
92788706--92788748	20	2.2	20	83	8	52	32	0	23	44	1.54
92789279--92789405	46	2.7	46	82	11	152	27	17	29	25	1.97
92795832--92795901	22	3.2	22	72	0	59	38	8	18	34	1.81
92796778--92796829	22	2.3	23	93	3	88	30	1	15	51	1.54
92799128--92799187	22	2.7	22	89	5	86	35	8	20	36	1.82
92800024--92800050	11	2.5	11	100	0	54	29	0	14	55	1.40
92800828--92800883	25	2.2	25	100	0	112	30	35	0	33	1.58
92802754--92802778	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
92807096--92807159	27	2.3	28	89	2	94	32	26	7	32	1.85
92807264--92807326	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
92807274--92807337	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
92807780--92807818	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
92808392--92808425	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
92814915--92814979	28	2.3	28	89	0	94	33	27	6	32	1.82
92815085--92815147	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
92815611--92815649	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
92822422--92822454	17	1.9	17	93	0	57	36	0	3	60	1.12
92822769--92822852	3	27.3	3	73	20	59	27	4	2	65	1.25
92822780--92822826	23	2.0	23	84	8	60	25	0	2	72	0.96
92822771--92822817	23	2.1	23	88	11	71	23	0	2	74	0.93
92835266--92835404	75	1.9	75	90	0	224	31	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92835341--92835557	88	2.5	88	78	9	230	28	14	19	37	1.91
92845011--92845134	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
92845021--92845128	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
92849702--92849825	30	4.1	30	91	1	194	26	23	6	43	1.78
92855956--92856053	3	32.0	3	73	11	74	60	2	7	30	1.35
92856311--92856352	19	2.2	19	87	8	59	64	0	35	0	0.94
92859930--92860695	389	2.0	388	87	3	1112	37	15	14	31	1.88
92865038--92865084	11	4.3	11	73	10	51	44	6	0	48	1.28
92869767--92869838	31	2.3	30	83	4	81	54	13	2	29	1.54
92872253--92872327	31	2.3	32	88	4	107	60	21	6	12	1.55
92873020--92873048	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
92876360--92876385	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
92892687--92892895	46	4.5	44	72	14	145	29	20	26	23	1.99
92898689--92898860	40	4.3	40	93	2	267	26	27	21	25	1.99
92898689--92898912	79	2.8	79	85	7	269	25	27	21	25	1.99
92910880--92910949	22	3.2	22	75	0	68	37	8	20	34	1.83
92913690--92913739	21	2.6	19	84	9	57	24	4	12	60	1.49
92913690--92913739	18	2.5	20	81	15	59	24	4	12	60	1.49
92914128--92914171	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
92917166--92917190	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
92921030--92921061	4	7.8	4	93	6	55	50	0	0	50	1.00
92922635--92922733	45	2.2	45	83	3	128	40	9	23	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92922890--92922947	27	2.1	27	81	6	64	41	15	24	18	1.89
92933058--92933181	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
92933068--92933175	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
92949062--92949136	3	24.0	3	75	12	62	62	4	4	29	1.31
92949061--92949163	22	5.0	21	73	18	83	65	2	4	27	1.27
92949048--92949136	13	6.6	14	74	15	64	61	3	6	28	1.37
92949388--92949443	20	2.8	19	91	8	85	64	0	35	0	0.94
92949393--92949454	15	4.1	15	75	6	54	66	0	33	0	0.92
92952950--92953713	387	2.0	388	87	2	1117	39	15	14	31	1.87
92956618--92956694	11	8.0	10	74	20	58	66	1	31	1	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344