genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74092782--74092853	19	3.9	19	91	8	123	37	11	15	36	1.83
74092782--74092876	17	4.8	22	86	11	79	36	9	15	37	1.80
74093145--74093178	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
74101459--74101831	78	4.6	78	85	6	428	33	18	23	25	1.97
74101692--74101952	45	5.8	45	77	8	253	29	16	28	26	1.96
74101782--74101951	89	1.9	89	91	0	277	28	14	31	26	1.95
74102307--74102349	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
74102315--74102351	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
74102315--74102374	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
74102641--74102675	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
74104285--74104382	34	2.9	34	87	0	133	27	8	18	45	1.77
74105157--74105219	19	3.5	19	75	14	71	28	15	6	49	1.69
74105289--74105326	18	2.2	17	86	9	51	23	28	2	44	1.67
74105689--74105730	20	2.1	20	86	0	57	23	14	7	54	1.64
74105989--74106070	40	2.1	38	80	13	87	21	8	2	67	1.30
74107977--74108020	12	3.4	12	79	14	52	63	0	0	36	0.95
74113182--74113496	49	6.6	49	77	7	288	37	13	24	25	1.91
74113184--74113452	145	1.8	146	82	7	341	37	13	24	24	1.91
74114959--74115050	27	3.4	27	83	3	105	45	14	16	23	1.84
74117182--74117230	25	2.0	25	91	0	80	69	24	2	4	1.17
74117182--74117240	26	2.3	25	85	5	73	66	27	3	3	1.24
74117876--74117918	17	2.4	18	84	11	61	34	4	11	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74117886--74117919	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
74119737--74119772	16	2.2	16	100	0	72	19	11	25	44	1.83
74119846--74119887	20	2.0	20	86	9	57	16	4	19	59	1.54
74129676--74129724	25	1.9	26	84	12	66	44	22	0	32	1.53
74131801--74131908	26	4.2	26	89	0	171	33	6	23	37	1.80
74135898--74136146	41	6.1	40	85	4	311	33	22	23	20	1.97
74136845--74136891	21	2.2	21	88	0	67	19	2	31	46	1.61
74137303--74137364	7	8.6	7	85	7	52	70	0	0	29	0.87
74137276--74137393	8	14.9	8	76	16	77	69	1	0	28	0.98
74137310--74137393	15	5.6	15	77	4	89	72	1	0	26	0.92
74137301--74137393	37	2.5	38	87	7	136	72	1	0	26	0.92
74137303--74137405	44	2.3	45	93	1	172	66	0	0	32	0.98
74137317--74137380	7	8.7	7	84	8	56	78	0	0	21	0.76
74137452--74137496	17	2.6	17	100	0	90	75	0	4	20	0.97
74140569--74140593	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
74141012--74141057	21	2.2	21	84	0	56	45	2	21	30	1.64
74142604--74142750	43	3.5	43	77	9	167	23	19	29	27	1.98
74146881--74146988	26	4.2	26	89	0	171	32	7	23	37	1.82
74153310--74153358	23	2.2	23	82	10	57	40	4	0	55	1.19
74154817--74154872	21	2.6	22	88	2	78	39	0	3	57	1.16
74157203--74157246	20	2.1	21	91	4	72	54	9	15	20	1.68
74157280--74157314	17	1.9	18	88	11	54	31	2	0	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74157438--74157494	20	2.9	21	84	7	66	52	1	12	33	1.49
74159492--74159526	18	1.9	18	88	0	52	54	2	2	40	1.30
74160368--74160404	15	2.4	15	86	4	56	51	5	2	40	1.39
74164362--74164662	49	6.1	49	80	1	325	36	16	22	24	1.94
74164381--74164743	98	3.7	98	81	1	404	35	15	23	25	1.94
74164362--74164697	49	6.9	48	78	4	314	35	16	22	25	1.94
74164390--74164709	147	2.2	147	80	2	347	36	14	22	25	1.93
74167512--74167547	16	2.2	16	90	0	54	63	0	5	30	1.17
74168536--74168563	9	3.1	9	100	0	56	0	10	0	89	0.49
74169772--74169797	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
74191494--74191544	24	2.1	24	85	0	66	35	1	37	25	1.67
74192959--74193070	27	4.2	26	83	7	125	15	24	23	37	1.93
74192959--74193070	54	2.1	54	84	3	145	15	24	23	37	1.93
74194027--74194068	18	2.5	17	84	7	59	28	0	7	64	1.20
74196186--74196272	40	2.1	41	82	2	104	65	8	2	24	1.31
74199233--74199390	40	4.0	40	84	1	210	34	15	29	20	1.93
74199315--74199376	20	3.1	20	67	17	56	35	12	32	19	1.90
74205685--74205738	26	2.1	27	86	6	76	25	14	22	37	1.93
74205694--74205750	26	2.2	25	84	3	69	29	14	19	36	1.91
74220066--74220241	72	2.5	72	83	4	196	26	19	24	30	1.98
74222096--74222152	22	2.6	22	100	0	114	14	31	33	21	1.92
74223177--74223261	41	2.1	41	95	0	152	34	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74224438--74224468	6	5.2	6	92	0	53	48	19	0	32	1.49
74226235--74226288	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
74226544--74226717	49	3.5	49	80	7	217	26	16	27	29	1.97
74226536--74226717	99	1.8	99	91	0	301	26	17	28	28	1.97
74228693--74228728	13	2.8	13	91	8	56	0	25	0	75	0.81
74228753--74228797	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
74231825--74232014	40	4.8	40	78	9	201	25	22	26	25	2.00
74231883--74232047	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	24	2.00
74239791--74239975	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
74239791--74239975	40	4.6	41	82	7	222	24	22	27	24	2.00
74239844--74240008	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
74246695--74246776	36	2.3	36	93	0	146	17	10	24	47	1.79
74266814--74266859	23	2.0	23	100	0	92	30	30	13	26	1.93
74267353--74267573	3	73.7	3	68	12	80	58	1	9	29	1.41
74267712--74267802	46	2.0	46	80	10	105	64	1	5	28	1.22
74267731--74267830	3	34.3	3	75	11	84	59	0	7	34	1.25
74270187--74270229	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
74270233--74270274	21	2.0	21	100	0	84	38	9	19	33	1.84
74273126--74273199	36	2.1	36	100	0	148	54	16	8	21	1.68
74273687--74273780	46	2.0	46	100	0	188	45	8	14	30	1.75
74273782--74273864	34	2.4	36	78	13	93	45	12	12	30	1.77
74273805--74273872	34	2.0	34	88	0	100	50	10	10	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74273917--74274049	43	3.3	42	76	11	109	42	12	13	31	1.81
74273984--74274056	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
74273792--74274138	188	1.9	182	91	7	567	40	12	12	34	1.81
74273955--74274277	139	2.3	139	92	4	531	40	13	13	33	1.82
74274129--74274201	36	2.0	36	86	0	101	47	10	9	31	1.71
74273797--74274442	327	2.1	303	88	8	949	41	12	12	33	1.81
74274101--74274599	165	2.8	176	85	11	673	41	11	13	33	1.80
74274405--74274485	43	1.9	42	90	7	128	39	8	18	33	1.81
74274476--74274550	37	2.0	38	84	5	100	45	10	10	33	1.73
74274544--74274638	47	2.0	47	93	0	163	40	11	13	34	1.81
74274716--74274747	16	2.0	16	93	0	55	53	18	15	12	1.73
74275240--74275305	32	2.0	34	94	5	118	33	3	48	15	1.60
74291221--74291265	18	2.7	16	77	12	54	62	6	0	31	1.21
74291224--74291260	18	2.1	17	90	5	56	67	5	0	27	1.12
74292222--74292333	27	4.2	26	83	7	125	37	23	24	15	1.93
74293749--74293799	24	2.1	24	85	0	66	25	37	1	35	1.67
74310437--74310548	27	4.2	26	84	7	134	36	23	25	15	1.93
74310437--74310548	54	2.1	54	86	3	154	36	23	25	15	1.93
74311965--74312015	24	2.1	24	88	0	75	21	39	3	35	1.72
74313080--74313123	18	2.6	16	80	13	52	31	0	0	68	0.90
74313248--74313287	20	2.0	20	90	4	64	42	0	0	57	0.98
74313248--74313286	19	1.9	20	85	15	53	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74315397--74315442	14	3.4	14	78	6	58	60	10	8	19	1.55
74317059--74317089	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
74323076--74323112	14	2.6	14	100	0	74	18	35	0	45	1.50
74328874--74328925	17	3.0	17	76	20	54	73	3	11	11	1.23
74329053--74329083	16	1.9	16	100	0	62	32	6	16	45	1.72
74329544--74329577	15	2.3	15	89	0	50	41	0	23	35	1.55
74333387--74333898	153	3.4	152	83	3	618	25	20	23	30	1.98
74334918--74334942	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
74335196--74335233	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
74339509--74339568	30	2.0	30	96	0	111	38	5	10	46	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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