genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15641480--15641551	14	5.1	14	86	3	90	50	34	0	15	1.44
15643674--15643725	23	2.3	23	80	12	63	75	1	0	23	0.91
15646997--15647041	13	3.4	14	79	17	60	75	0	0	24	0.80
15646999--15647038	18	2.2	18	90	4	62	75	0	0	25	0.81
15653823--15653888	32	2.1	32	86	8	91	25	0	16	57	1.39
15655482--15655636	53	2.9	51	74	11	159	24	27	16	32	1.96
15655485--15655656	54	3.2	51	74	12	143	25	25	15	34	1.95
15661084--15661143	29	2.1	29	100	0	120	38	16	6	38	1.75
15669692--15669777	46	1.9	46	83	4	113	32	29	18	19	1.96
15673372--15673403	11	2.8	12	95	4	57	0	21	0	78	0.76
15682996--15683047	21	2.5	21	96	0	95	21	28	32	17	1.96
15686066--15686153	40	2.2	40	95	2	158	36	14	17	31	1.90
15698776--15698933	79	2.0	79	100	0	316	37	16	2	43	1.62
15707553--15707710	51	3.2	47	72	19	149	49	14	11	24	1.76
15707549--15707845	102	3.0	100	85	2	391	49	13	11	25	1.76
15707549--15707845	49	5.9	49	79	7	319	49	13	11	25	1.76
15716517--15716541	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
15718798--15718838	21	1.9	22	85	14	59	31	2	26	39	1.70
15731199--15731507	100	3.1	100	88	2	408	51	14	10	24	1.73
15731199--15731507	49	6.2	49	81	4	332	51	14	10	24	1.73
15732191--15732279	38	2.3	38	90	0	142	32	8	24	33	1.87
15733053--15733102	10	5.2	10	75	18	52	38	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15733061--15733103	17	2.8	16	82	13	54	37	0	2	60	1.10
15733055--15733103	14	3.6	14	81	13	57	36	0	2	61	1.08
15751286--15751678	48	8.1	48	92	3	626	31	25	6	36	1.82
15751300--15751671	196	1.9	194	94	2	656	30	26	6	36	1.83
15755573--15755919	80	4.3	80	94	0	559	28	28	19	22	1.98
15755561--15755919	40	9.0	40	86	0	484	28	28	19	22	1.98
15757176--15757284	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
15757433--15757883	48	9.1	48	89	5	652	31	25	6	37	1.81
15757436--15757883	100	4.5	98	91	5	704	31	25	6	37	1.81
15760927--15760963	11	3.5	11	82	10	51	27	0	2	70	1.01
15772899--15773027	44	2.9	44	84	2	179	29	11	26	32	1.91
15773114--15773523	87	4.7	87	78	6	407	33	18	20	27	1.96
15773013--15773425	176	2.4	176	91	0	659	34	18	19	26	1.95
15776304--15776411	24	4.5	24	74	4	74	26	16	29	26	1.97
15777932--15777994	17	3.5	17	77	14	63	34	0	1	63	1.04
15777946--15777993	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
15777932--15778001	18	3.8	18	80	10	79	34	0	1	64	1.03
15777948--15778001	27	2.0	28	82	10	69	29	0	1	68	1.00
15782809--15782914	26	4.1	26	86	6	153	36	24	5	33	1.79
15782809--15782914	51	2.1	52	89	5	162	36	24	5	33	1.79
15792902--15793034	26	5.1	26	92	0	221	33	24	9	32	1.87
15802737--15802914	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15802758--15802913	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
15802737--15802913	54	3.3	54	81	6	196	29	27	15	27	1.96
15809738--15809833	42	2.3	43	87	5	151	32	29	27	11	1.91
15812757--15812795	14	2.7	14	80	4	51	76	5	17	0	0.96
15813046--15813101	21	2.7	21	78	15	62	35	0	16	48	1.46
15813467--15813523	5	11.2	5	82	1	51	33	0	26	40	1.56
15813486--15813523	15	2.5	15	95	0	67	39	0	26	34	1.57
15813932--15814126	45	4.3	45	86	0	219	20	18	19	42	1.90
15814306--15814496	18	10.6	18	73	14	135	37	12	13	36	1.83
15814294--15814576	36	7.6	36	70	14	182	37	12	14	35	1.84
15814535--15814576	18	2.3	18	87	0	57	38	11	16	33	1.86
15815874--15815906	15	2.1	16	88	5	50	6	18	0	75	1.00
15818276--15818320	5	9.0	5	100	0	90	60	0	0	40	0.97
15823676--15823775	52	1.9	52	91	0	164	46	8	4	42	1.52
15830197--15830414	39	5.5	39	91	1	330	29	27	22	20	1.98
15832537--15832590	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
15835114--15835215	39	2.6	39	95	0	177	46	19	2	31	1.65
15835248--15835290	16	2.7	15	79	10	50	48	25	0	25	1.51
15839958--15840074	62	1.9	59	87	5	171	40	4	4	51	1.41
15851811--15852031	40	5.6	40	85	3	232	24	21	28	25	1.99
15851886--15852068	79	2.3	80	81	3	210	25	20	27	25	1.99
15865234--15865258	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15866013--15866276	46	5.6	47	75	13	156	27	16	30	25	1.96
15866155--15866276	47	2.5	46	82	6	127	28	15	29	26	1.96
15867255--15867310	28	2.0	28	82	10	69	23	21	37	17	1.94
15867345--15867381	13	2.8	13	95	0	65	18	24	48	8	1.75
15867731--15867779	24	2.0	24	100	0	98	26	12	24	36	1.91
15873012--15873036	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
15873745--15874105	47	7.7	48	73	13	216	27	19	29	23	1.98
15873745--15873911	46	3.6	47	80	7	189	27	18	29	24	1.98
15873745--15874003	140	1.8	141	83	5	346	27	18	30	24	1.98
15886233--15886314	40	2.1	39	84	6	103	29	15	25	29	1.96
15894686--15894733	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
15894773--15894811	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
15894772--15894811	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
15894857--15894926	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
15894856--15894953	25	4.0	24	82	11	85	27	23	22	26	1.99
15894857--15894951	50	1.9	50	80	8	113	27	23	23	26	2.00
15902488--15902538	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
15902578--15902616	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
15902577--15902616	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
15902662--15902731	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
15902661--15902744	25	3.4	24	88	6	116	28	23	22	25	1.99
15902662--15902756	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15913899--15914068	43	4.0	42	76	10	157	27	12	25	34	1.92
15914319--15914389	35	2.0	35	100	0	142	29	8	14	47	1.73
15916828--15916867	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
15917841--15917883	15	2.9	15	83	16	63	69	0	6	23	1.12
15921235--15921313	39	2.0	39	100	0	158	46	5	17	30	1.70
15921503--15921555	22	2.7	18	74	23	52	28	0	5	66	1.15
15923439--15923667	101	2.3	101	85	0	296	31	16	23	28	1.96
15926488--15926712	49	4.5	49	87	2	297	25	18	27	29	1.98
15926481--15926720	99	2.4	100	85	2	313	24	19	27	28	1.98
15929349--15929523	46	3.8	45	76	10	174	29	28	20	22	1.98
15929357--15929527	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	22	1.99
15929948--15930007	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
15949791--15949827	16	2.3	16	90	0	56	37	0	0	62	0.96
15951018--15951049	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
15957664--15957721	25	2.3	26	84	3	73	63	1	1	32	1.14
15958325--15958358	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
15979744--15979998	55	4.8	54	80	7	256	36	16	24	22	1.94
15979751--15979953	108	1.9	110	88	4	313	33	17	24	24	1.96
15985670--15985728	29	2.0	29	93	0	100	37	25	11	25	1.90
15991906--15991951	21	2.2	21	96	0	83	8	36	0	54	1.32
15991957--15992023	15	4.5	15	77	7	55	13	44	7	34	1.72
15991965--15992030	6	11.5	6	76	9	57	15	43	7	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15992788--15992840	26	2.0	26	92	0	88	52	1	3	41	1.30
15995439--15995480	17	2.5	17	88	11	61	69	0	21	9	1.17
15997730--15997782	22	2.4	22	84	9	63	47	9	9	33	1.68
15999490--15999533	23	1.9	23	85	0	61	36	9	6	47	1.62
16006063--16006139	36	2.2	36	92	2	129	16	11	14	57	1.66
16010394--16010475	25	3.1	26	77	10	87	41	3	1	53	1.26
16010490--16010523	15	2.4	14	85	9	50	58	0	0	41	0.98
16019361--16019400	19	2.0	20	90	4	64	55	7	5	32	1.50
16019516--16019545	12	2.4	13	88	11	53	73	0	26	0	0.84
16020627--16020719	45	2.1	45	100	0	186	43	4	13	38	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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