Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  297  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98939086--98939179
30
3.2
29
66
20
77
56
13
0
29
1.38
98939089--98939190
34
3.2
34
65
25
87
54
14
0
30
1.40
98939030--98939297
130
2.1
128
80
10
287
54
14
0
30
1.41
98939270--98939368
34
3.2
33
66
26
88
50
14
0
35
1.43
98939261--98939379
60
2.0
60
96
0
220
52
14
0
32
1.41
98939816--98939875
25
2.5
22
73
10
57
56
0
1
41
1.09
98948446--98948881
45
9.7
45
74
11
347
26
22
21
29
1.99
98948360--98948877
180
2.9
180
87
1
763
25
22
21
30
1.99
98948681--98948950
135
2.0
134
88
2
398
28
22
19
29
1.98
98948358--98948924
45
12.6
44
72
11
241
25
22
21
30
1.98
98948919--98949371
220
2.1
220
89
0
692
25
22
21
30
1.98
98949191--98949359
89
1.9
89
81
4
207
21
27
20
30
1.98
98952921--98952996
38
2.0
38
97
0
143
30
22
7
39
1.82
98954067--98954091
5
5.0
5
100
0
50
80
20
0
0
0.72
98957585--98958143
127
4.4
125
78
7
515
27
16
20
35
1.94
98969286--98969409
64
1.9
64
83
6
162
28
16
17
37
1.92
98969785--98970258
127
3.8
128
78
8
501
26
16
20
36
1.93
98969793--98970330
252
2.1
251
79
4
564
27
15
20
36
1.93
98972575--98972676
15
6.9
15
72
23
76
33
2
0
62
1.17
98972532--98972619
33
2.9
30
79
14
90
30
3
2
63
1.23
98972535--98972675
19
7.8
19
69
21
72
31
3
2
62
1.24
98972576--98972680
12
10.2
10
70
25
60
34
2
0
61
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98972578--98972680
27
3.6
27
82
10
100
33
2
0
62
1.17
98972594--98972680
9
9.6
9
68
24
58
33
2
1
63
1.15
98972574--98972679
39
2.8
39
73
21
109
33
2
0
63
1.16
98976670--98976717
15
3.3
15
81
16
57
22
25
12
39
1.89
98984728--98985202
119
4.0
119
88
1
682
32
16
20
31
1.94
98987040--98987142
27
3.6
27
79
10
91
33
3
1
61
1.25
98987018--98987141
12
10.5
12
68
19
82
31
4
1
62
1.23
98991135--98991174
21
2.0
20
85
5
53
57
2
7
32
1.40
98996093--98996148
29
1.9
29
92
0
94
10
37
26
25
1.88
99011827--99011860
14
2.3
15
90
5
52
61
8
2
26
1.40
99026627--99026668
13
3.3
13
83
6
59
16
14
16
52
1.75
99027353--99027386
11
3.1
11
86
0
50
0
14
52
32
1.42
99031346--99031389
17
2.5
17
81
7
52
11
20
36
31
1.88
99032058--99032110
27
2.0
27
81
7
63
33
9
13
43
1.76
99036847--99036908
26
2.4
26
97
0
115
40
8
11
40
1.70
99038040--99038083
17
2.6
17
82
7
54
75
0
22
2
0.92
99040642--99040685
23
1.9
23
86
9
63
18
20
2
59
1.49
99040642--99040691
23
2.2
23
82
7
57
18
20
4
58
1.55
99043993--99044101
53
2.1
53
87
0
155
36
12
22
28
1.91
99044054--99044130
38
2.0
39
87
2
111
33
11
24
29
1.91
99044253--99044456
56
3.6
55
81
6
230
29
15
26
27
1.96
99044253--99044392
28
4.9
28
68
18
92
32
15
27
25
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99052273--99052316
22
2.0
22
100
0
88
22
0
13
63
1.29
99052663--99052731
31
2.3
31
87
7
97
53
11
2
31
1.52
99067656--99068108
75
6.0
75
80
7
472
28
18
21
32
1.97
99067656--99068333
151
4.4
147
78
10
567
28
17
22
31
1.97
99067864--99068385
238
2.2
237
83
8
624
28
16
22
32
1.96
99068117--99068385
75
3.5
75
85
7
341
28
15
24
30
1.96
99077982--99078041
27
2.3
26
80
11
68
61
5
1
31
1.27
99077984--99078044
28
2.2
26
80
11
68
62
4
1
31
1.26
99080248--99080354
25
4.4
25
80
12
107
27
20
22
29
1.98
99080248--99080355
50
2.2
50
81
6
132
26
20
23
29
1.99
99080616--99080715
27
3.7
27
74
12
82
29
13
20
38
1.90
99080646--99080784
27
5.2
27
75
6
113
29
7
20
41
1.81
99080763--99080919
27
5.8
27
89
0
224
40
8
21
29
1.84
99080737--99080930
81
2.4
81
80
0
235
38
8
20
32
1.83
99082334--99082455
44
2.8
44
75
7
113
29
22
18
30
1.97
99092101--99092160
27
2.3
26
80
11
68
61
5
1
31
1.27
99092103--99092163
28
2.2
26
80
11
68
62
4
1
31
1.26
99098534--99098576
21
2.1
20
86
4
59
48
4
11
34
1.60
99098721--99098752
12
2.7
12
95
0
55
62
0
0
37
0.95
99098836--99098866
13
2.3
14
94
5
55
51
6
0
41
1.27
99098906--99098964
21
2.5
23
78
18
68
61
1
1
35
1.16
99099407--99099464
24
2.5
24
86
11
84
43
0
56
0
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99100668--99100870
88
2.3
88
82
3
221
36
20
14
27
1.92
99100813--99100964
72
2.1
73
86
6
211
37
23
16
23
1.93
99100839--99101076
120
1.9
124
88
5
358
36
23
15
24
1.94
99101240--99101449
78
2.8
77
80
9
218
30
24
14
30
1.94
99114354--99114423
33
2.2
31
87
7
97
31
14
7
47
1.71
99115571--99115596
7
3.7
7
100
0
52
46
11
0
42
1.40
99117715--99117749
12
2.8
13
91
8
56
65
0
0
34
0.93
99117717--99117749
3
11.0
3
87
12
50
66
0
0
33
0.92
99118872--99118905
17
2.0
17
100
0
68
5
0
41
52
1.25
99119621--99120013
127
3.1
127
94
2
670
35
20
16
28
1.94
99132493--99132535
21
2.1
20
86
4
59
48
4
11
34
1.60
99132555--99132644
27
3.4
27
75
20
77
62
5
1
31
1.25
99132682--99132713
12
2.7
12
95
0
55
62
0
0
37
0.95
99132793--99132823
13
2.3
14
94
5
55
51
6
0
41
1.27
99132864--99132919
20
2.5
21
80
16
60
58
1
1
37
1.19
99133382--99133422
8
4.9
9
85
11
52
56
0
43
0
0.99
99134389--99134426
12
3.1
12
85
7
58
26
0
2
71
1.00
99136502--99136540
3
13.0
3
100
0
78
33
0
0
66
0.92
99137999--99138046
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
99137995--99138050
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
99137995--99138046
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
99138215--99138268
22
2.3
24
84
9
67
51
7
7
33
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99138287--99138410
23
5.5
23
67
19
66
58
2
4
35
1.30
99138200--99138410
25
9.0
25
70
14
94
56
3
5
33
1.41
99138279--99138419
45
3.2
43
71
14
117
61
2
4
31
1.29
99138899--99139043
30
4.8
30
91
0
227
23
3
47
25
1.67
99138899--99139043
60
2.4
60
94
0
254
23
3
47
25
1.67
99139791--99139840
14
3.6
14
81
7
57
64
4
12
20
1.43
99139820--99140060
76
3.2
75
83
5
274
34
19
16
29
1.94
99140050--99140077
14
2.0
14
100
0
56
57
7
21
14
1.61
99139970--99140153
89
2.1
88
86
6
264
38
19
16
25
1.93
99140065--99140300
72
3.2
72
86
4
319
33
21
16
27
1.95
99140287--99140314
14
2.0
14
100
0
56
57
7
21
14
1.61
99139812--99140692
237
3.7
238
91
3
1361
34
21
16
27
1.95
99140206--99140372
91
1.8
90
86
6
239
34
20
16
28
1.94
99140305--99140533
72
3.2
73
89
3
329
34
21
17
26
1.95
99140517--99140548
14
2.3
14
94
0
55
65
9
12
12
1.47
99140380--99140676
160
1.9
157
86
4
427
33
22
16
27
1.95
99148430--99148465
12
3.0
12
95
0
63
41
5
25
27
1.77
99149988--99150039
8
6.5
8
82
8
61
63
1
1
32
1.16
99149987--99150043
24
2.4
24
82
8
80
63
1
3
31
1.22
99150194--99150242
25
2.0
25
92
8
82
53
6
8
32
1.55
99150194--99150258
25
2.8
24
84
11
73
53
6
7
32
1.54
99150274--99150336
14
4.4
14
74
16
58
58
1
3
36
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99150279--99150400
23
5.5
23
68
20
64
58
2
4
35
1.31
99150274--99150332
25
2.4
25
77
5
68
59
1
3
35
1.24
99150353--99150397
20
2.2
20
84
7
56
60
0
4
35
1.17
99150888--99151062
30
5.8
30
91
0
287
22
3
49
24
1.65
99150888--99151062
60
2.9
60
96
0
323
22
3
49
24
1.65
99154326--99154494
89
1.9
87
86
3
239
50
5
3
40
1.42
99156092--99156122
12
2.6
12
94
0
53
6
29
41
22
1.78
99157304--99157357
25
2.2
25
89
0
81
29
20
24
25
1.99
99159023--99159054
15
2.1
15
94
0
55
68
9
0
21
1.17
99174089--99174137
23
2.1
23
84
3
62
20
10
16
53
1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344