genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82771007--82771340	134	2.5	131	86	1	488	26	23	19	29	1.98
82784257--82784296	21	1.9	21	89	0	62	22	0	12	65	1.26
82784627--82784681	27	2.0	27	82	6	67	50	1	3	43	1.30
82786046--82786117	36	2.0	36	94	0	126	29	12	15	43	1.83
82786059--82786127	36	1.9	36	87	0	102	31	13	10	44	1.76
82786571--82786637	6	11.0	6	87	3	80	35	16	16	31	1.91
82789546--82789655	39	2.8	39	87	0	157	27	27	20	24	1.99
82789799--82789912	39	2.9	39	86	0	156	26	27	20	26	1.99
82789533--82790054	257	2.0	257	98	0	1017	33	24	13	28	1.93
82796119--82796348	46	5.0	46	91	0	325	38	13	25	22	1.91
82809909--82809941	6	5.5	6	100	0	66	30	0	69	0	0.88
82810982--82811046	30	2.2	30	88	0	94	27	16	9	46	1.78
82815967--82816189	46	4.8	46	76	14	203	26	20	29	23	1.99
82822425--82822449	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
82825334--82825577	49	4.9	49	82	5	274	28	27	18	25	1.98
82825346--82825568	101	2.2	101	84	3	274	29	27	17	25	1.97
82834864--82835042	91	2.0	91	84	0	232	33	12	22	31	1.91
82834901--82835050	46	3.3	46	66	12	119	36	11	20	32	1.88
82835389--82835434	20	2.3	20	96	0	83	6	4	41	47	1.49
82837127--82837204	39	2.0	39	100	0	156	30	28	2	38	1.70
82837395--82837441	20	2.6	18	78	15	60	51	8	0	40	1.33
82849394--82849515	54	2.3	53	88	1	190	18	31	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82849406--82849510	53	2.0	54	94	1	185	19	31	21	27	1.97
82858274--82858334	30	2.0	30	100	0	122	19	16	26	37	1.93
82858572--82858990	109	3.8	109	83	3	446	30	14	20	34	1.93
82858578--82858990	145	2.8	146	84	3	515	30	15	20	34	1.93
82858572--82858990	36	11.4	37	82	4	391	30	14	20	34	1.93
82859961--82859994	17	2.0	17	88	0	50	44	8	0	47	1.34
82886420--82886682	46	5.7	46	90	1	366	20	25	16	38	1.93
82888773--82888824	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
82889317--82889376	28	2.1	28	93	0	102	16	53	18	11	1.72
82889324--82889382	28	2.1	28	100	0	118	16	50	16	15	1.78
82890336--82890459	47	2.7	46	82	10	130	25	29	16	29	1.96
82897543--82897570	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
82902718--82902752	14	2.5	14	90	0	52	22	8	22	45	1.79
82918572--82918598	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
82920365--82920430	33	2.0	33	93	0	114	19	25	19	34	1.96
82924633--82924721	44	2.0	44	88	0	133	34	12	6	46	1.68
82927451--82927502	24	2.2	24	100	0	104	44	7	21	26	1.79
82928909--82928949	20	2.0	20	90	4	64	17	4	4	73	1.19
82932514--82932557	22	2.2	20	84	12	54	18	2	4	75	1.09
82935129--82935157	6	5.0	6	95	4	51	48	0	17	34	1.47
82940926--82941111	40	4.7	40	88	5	252	24	21	26	26	1.99
82940926--82941134	80	2.6	79	81	10	221	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82943681--82943817	47	2.9	48	80	5	172	22	13	18	45	1.85
82950745--82950969	40	5.7	40	83	5	242	25	27	21	25	1.99
82952105--82952224	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
82952811--82952864	26	2.1	26	85	0	72	14	14	27	42	1.85
82957215--82957331	29	4.0	29	80	0	117	27	28	15	29	1.96
82966639--82967007	199	1.9	199	90	1	596	24	25	31	17	1.97
82967022--82967073	22	2.5	21	85	11	72	23	0	1	75	0.91
82967022--82967206	19	8.7	20	70	25	89	27	1	0	70	1.00
82967106--82967227	17	7.1	16	77	16	86	22	1	0	76	0.88
82967135--82967207	26	2.8	26	87	2	103	23	0	0	76	0.78
82967109--82967229	6	20.0	6	73	15	81	21	1	0	76	0.87
82967169--82967234	26	2.5	26	80	9	62	13	4	0	81	0.83
82967169--82967252	22	3.8	21	83	13	80	11	7	1	79	0.97
82967300--82967334	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
82969742--82969768	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
82970563--82970623	30	2.0	30	90	0	95	24	32	29	13	1.93
82980564--82980785	23	9.2	25	74	13	125	27	22	16	34	1.95
82980564--82980729	73	2.3	73	100	0	332	27	21	16	34	1.95
82982991--82983168	27	6.6	27	80	5	162	29	28	14	27	1.95
82983017--82983167	82	1.9	81	87	4	223	28	28	15	27	1.96
82991228--82991405	27	6.6	27	81	5	171	29	28	14	27	1.95
82991254--82991404	82	1.9	81	87	4	223	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82996141--82996482	50	6.7	50	87	4	434	19	29	24	26	1.98
82996133--82996482	150	2.3	155	86	4	496	20	29	24	26	1.99
82996577--82996608	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
83009891--83009929	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
83011194--83011236	15	3.0	15	77	22	56	67	0	6	25	1.15
83011190--83011247	28	2.2	26	87	6	80	63	0	5	31	1.16
83013733--83013758	8	3.2	8	100	0	52	0	15	0	84	0.62
83014601--83014650	25	2.0	25	100	0	100	36	24	8	32	1.84
83022672--83022699	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
83025762--83025805	21	2.0	22	86	4	63	34	2	4	59	1.30
83026883--83027182	152	2.0	153	97	0	575	42	12	15	29	1.83
83033807--83033969	43	3.8	43	79	5	170	27	15	25	31	1.96
83039208--83039271	21	3.3	19	75	24	62	31	34	7	26	1.85
83041070--83041145	21	3.6	21	79	12	75	15	32	27	23	1.95
83048516--83048543	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
83051543--83051736	46	4.2	46	74	10	155	22	29	19	28	1.98
83051566--83051739	94	1.9	92	81	4	215	22	29	20	27	1.98
83054601--83054673	36	2.0	36	100	0	146	39	19	5	35	1.75
83057982--83058071	26	3.4	27	73	11	78	37	1	1	60	1.12
83065115--83065154	13	3.1	13	88	0	62	27	7	25	40	1.82
83076542--83076616	24	3.2	23	71	19	66	12	20	9	58	1.60
83078976--83079038	18	3.6	18	78	8	76	31	9	23	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83080770--83080813	9	4.9	9	91	0	61	0	31	0	68	0.90
83094160--83094184	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
83109519--83109567	6	8.2	6	95	0	71	57	0	26	16	1.40
83109711--83109783	26	2.8	26	77	4	67	43	6	19	30	1.76
83111711--83111895	43	4.3	43	83	2	210	30	30	15	23	1.95
83111716--83111895	86	2.1	86	86	2	245	29	30	15	24	1.96
83111848--83111990	74	1.9	74	79	0	160	38	23	13	24	1.91
83111990--83112015	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
83111966--83112059	46	2.0	48	83	10	122	59	4	4	31	1.36
83115963--83115991	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
83116466--83116496	15	2.1	15	100	0	62	67	6	0	25	1.14
83116768--83116921	7	21.3	7	71	9	67	40	36	1	21	1.62
83116774--83116895	37	3.3	35	72	18	97	38	37	0	22	1.60
83117231--83117281	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
83117234--83117297	7	9.0	7	75	3	56	46	28	1	23	1.61
83117420--83117502	37	2.2	39	89	4	125	19	1	31	48	1.57
83117521--83117611	41	2.2	42	86	7	125	23	21	17	37	1.94
83121512--83121557	6	7.7	6	95	4	76	32	0	2	65	1.05
83122157--83122753	298	2.0	293	97	1	1113	39	9	10	40	1.72
83123468--83123506	19	2.2	17	86	9	51	56	2	2	38	1.27
83123500--83123543	19	2.4	19	81	14	56	61	0	6	31	1.22
83123727--83123854	9	13.4	9	70	16	80	31	0	3	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83123726--83123795	28	2.5	28	88	4	97	31	1	4	62	1.23
83123772--83123830	21	2.8	21	82	12	84	35	0	0	64	0.94
83123735--83123855	10	12.5	10	71	11	58	31	0	2	65	1.12
83124636--83124693	29	2.0	29	83	6	73	25	8	25	39	1.84
83132772--83132840	30	2.3	30	82	9	79	27	23	14	34	1.94
83134045--83134150	49	2.3	47	81	6	117	36	0	54	7	1.35
83134171--83134242	30	2.4	30	88	0	99	31	11	26	30	1.91
83143333--83143516	40	4.6	40	84	2	244	26	23	26	23	2.00
83151088--83151246	27	5.9	27	79	10	166	19	25	20	33	1.96
83151085--83151246	54	3.0	54	90	2	229	19	25	20	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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