genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43080323--43080490	46	3.6	45	82	10	155	25	19	30	25	1.98
43080365--43080587	48	4.7	49	77	14	200	24	17	30	27	1.97
43087766--43087816	27	1.9	26	88	4	75	35	17	11	35	1.87
43087825--43087922	27	3.6	27	93	2	144	42	20	8	28	1.80
43087849--43087981	27	4.9	27	83	5	108	39	21	9	29	1.86
43087825--43087977	54	2.8	54	77	6	141	40	22	8	28	1.83
43087973--43088031	27	2.2	27	81	0	64	33	23	8	33	1.85
43088023--43088157	27	5.0	27	83	0	153	33	20	22	23	1.97
43088671--43088735	22	3.0	22	80	17	89	23	23	21	32	1.98
43088910--43088960	26	1.9	26	84	4	66	23	23	19	33	1.97
43088908--43088992	27	3.2	28	81	8	79	23	22	17	36	1.95
43088927--43088999	27	2.8	26	85	8	94	20	24	19	35	1.95
43092373--43092433	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
43094622--43094680	27	2.3	26	85	8	84	37	16	10	35	1.83
43094691--43094789	27	3.7	27	94	0	153	42	22	7	28	1.79
43094665--43094833	54	3.2	53	75	5	153	40	21	8	29	1.82
43094773--43094897	27	4.6	27	73	4	90	38	21	8	32	1.83
43094882--43094951	27	2.6	27	81	0	68	38	18	15	27	1.91
43094890--43094969	27	3.0	27	84	0	97	35	18	20	26	1.95
43095481--43095546	22	3.0	22	73	8	62	19	25	21	33	1.97
43096035--43096154	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
43097281--43097505	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43097281--43097538	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	1.99
43100945--43101032	6	14.3	6	72	17	65	17	18	15	48	1.81
43100948--43101011	25	2.6	25	87	0	92	15	20	17	46	1.83
43103049--43103201	27	5.7	27	82	5	132	38	23	9	28	1.85
43102997--43103207	54	3.9	53	73	10	162	37	22	9	29	1.87
43102991--43103255	27	9.9	27	78	4	108	37	22	8	30	1.85
43103247--43103381	27	5.0	27	78	1	146	37	19	20	23	1.95
43103248--43103381	53	2.5	54	83	1	171	36	19	20	23	1.95
43104115--43104218	27	3.9	27	78	5	84	19	21	21	38	1.94
43104340--43104406	25	2.7	26	81	6	84	17	20	14	46	1.84
43106374--43106427	27	2.0	26	92	3	90	37	20	7	35	1.81
43106384--43106577	54	3.6	54	75	9	166	40	22	8	28	1.84
43106420--43106630	27	7.9	27	78	8	144	38	24	8	28	1.84
43106411--43106606	107	1.8	107	84	8	274	39	24	8	27	1.84
43106384--43106641	107	2.4	108	79	8	269	39	23	8	29	1.83
43106626--43106766	27	5.2	27	86	0	165	36	14	20	28	1.92
43106909--43106939	16	1.9	16	93	0	53	29	22	12	35	1.91
43107120--43107512	216	1.8	217	82	4	517	23	19	21	35	1.96
43107504--43107587	27	3.1	27	77	6	80	16	20	26	36	1.93
43107539--43107611	27	2.7	26	85	6	92	21	24	21	31	1.98
43107737--43107795	25	2.4	25	85	5	75	16	22	16	44	1.87
43109473--43109648	46	3.8	45	76	12	153	26	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43109570--43109684	46	2.5	44	88	4	158	26	18	31	24	1.97
43111405--43111527	43	2.9	43	81	4	144	30	26	16	26	1.96
43111405--43111541	43	3.3	43	78	11	142	32	26	16	24	1.96
43114269--43114298	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
43117223--43117337	43	2.7	42	77	9	126	18	16	33	31	1.93
43120874--43120956	27	3.1	27	84	8	107	31	19	25	24	1.98
43122186--43122301	27	4.3	27	81	7	130	26	19	15	37	1.92
43122253--43122488	27	8.8	27	80	1	215	29	10	20	39	1.86
43122225--43122488	27	9.8	26	79	6	190	29	11	20	39	1.87
43122481--43122690	27	7.8	27	89	1	323	39	9	23	28	1.85
43122439--43122704	81	3.3	81	84	1	273	36	8	22	31	1.85
43122481--43122687	80	2.6	81	90	0	335	39	9	23	28	1.85
43122335--43122714	27	14.1	27	84	2	210	34	8	22	33	1.86
43122470--43122703	107	2.2	108	84	0	335	37	8	23	31	1.85
43124705--43124761	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
43132339--43132364	8	3.2	8	100	0	52	46	0	26	26	1.53
43142170--43142376	46	4.5	45	77	11	154	24	28	18	28	1.98
43145432--43145615	40	4.6	40	81	6	187	23	21	26	28	1.99
43153380--43153563	40	4.6	40	82	6	196	24	20	27	28	1.99
43153380--43153560	80	2.3	81	83	9	221	24	20	27	27	1.99
43157147--43157551	201	2.0	201	88	1	607	28	22	14	34	1.94
43160874--43160934	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43166379--43166461	24	3.5	24	86	3	114	33	2	38	25	1.69
43166375--43166475	24	4.2	24	84	2	105	33	2	39	23	1.70
43166379--43166473	48	2.0	48	83	4	120	33	3	37	25	1.72
43167878--43167985	27	4.0	27	87	1	146	15	23	22	38	1.92
43173766--43173866	24	4.2	24	88	2	132	32	2	40	23	1.70
43175274--43175384	27	4.2	26	82	5	123	17	22	20	39	1.92
43177521--43177620	28	3.6	28	73	10	87	30	18	26	26	1.98
43177698--43177789	32	2.9	32	88	3	123	35	9	23	30	1.87
43179382--43179423	22	1.9	22	90	0	66	35	2	11	50	1.52
43180559--43180650	39	2.4	39	90	0	139	28	19	28	23	1.98
43190599--43190637	20	2.0	20	84	0	51	20	2	28	48	1.62
43191016--43191041	11	2.4	11	100	0	52	15	7	38	38	1.76
43195298--43195475	47	3.8	47	81	2	180	32	26	15	25	1.95
43204934--43204995	25	2.5	25	84	2	72	33	27	20	17	1.96
43208536--43208738	53	3.8	53	78	10	207	34	17	23	23	1.96
43209698--43209729	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
43214739--43214961	40	5.6	40	85	3	236	25	20	27	26	1.99
43214814--43214996	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
43221627--43221661	1	35.0	1	88	0	52	94	2	2	0	0.37
43226185--43226400	38	5.6	38	83	10	230	25	21	27	25	1.99
43226234--43226433	79	2.6	77	83	7	194	26	21	27	25	1.99
43244532--43244575	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43244801--43245022	40	5.6	40	92	1	349	28	26	22	22	1.99
43258903--43259013	43	2.6	42	80	7	116	24	14	30	30	1.94
43258932--43259017	43	2.0	43	90	0	136	23	16	32	27	1.96
43263783--43263956	46	3.8	46	72	13	158	29	28	18	22	1.98
43271177--43271213	18	2.1	18	89	0	56	54	0	24	21	1.45
43272066--43272236	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
43272058--43272233	46	3.8	46	77	12	207	29	28	20	21	1.98
43272659--43272718	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
43273530--43273894	47	7.5	47	82	11	430	32	11	29	26	1.92
43273590--43273617	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
43273543--43273664	61	2.0	61	100	0	244	34	9	27	27	1.89
43273547--43273679	61	2.2	60	91	5	205	33	10	27	27	1.90
43273725--43273799	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
43273604--43273894	47	6.2	47	94	0	501	32	11	29	26	1.91
43273916--43274092	46	3.8	46	92	0	282	34	9	32	24	1.87
43275571--43276065	40	12.4	40	95	0	864	24	21	28	26	1.99
43276093--43276249	57	2.8	57	88	0	206	22	17	28	31	1.97
43276122--43276249	29	4.5	27	77	9	112	21	16	29	32	1.95
43276125--43276235	29	3.9	29	78	11	120	22	16	28	32	1.95
43280063--43280441	47	8.1	47	90	0	535	34	10	28	26	1.90
43280415--43280597	46	4.0	46	91	0	276	35	9	30	24	1.87
43287919--43288059	40	3.5	40	81	6	151	29	24	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43287909--43288075	40	4.2	40	82	3	140	28	23	20	26	1.99
43294091--43294262	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	21	1.98
43294084--43294253	46	3.7	45	75	12	166	30	29	19	20	1.97
43300464--43300673	40	5.3	40	90	0	296	24	21	28	25	1.99
43300467--43300708	80	3.0	80	83	2	229	26	20	28	25	1.99
43304216--43304384	47	3.6	47	81	10	229	28	28	20	21	1.98
43304169--43304433	93	2.8	93	95	0	458	29	29	20	21	1.98
43304162--43304428	46	5.8	46	78	13	269	29	29	20	20	1.98
43306899--43307377	47	10.1	47	92	0	715	31	10	29	28	1.90
43307540--43307618	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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