genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76673322--76673378	17	3.3	18	85	11	84	29	10	7	52	1.62
76677826--76677911	3	28.7	3	67	9	50	55	5	0	38	1.24
76677835--76677894	19	3.4	19	73	21	76	50	6	0	43	1.28
76677832--76677872	22	1.9	21	90	5	64	51	7	0	41	1.30
76677807--76677906	33	3.2	31	87	8	127	52	7	0	41	1.29
76681786--76681829	22	2.0	23	86	4	63	50	6	9	34	1.61
76684325--76684375	14	3.6	14	86	0	75	68	7	1	21	1.25
76684396--76684435	20	1.9	21	90	10	64	77	7	0	15	0.98
76685611--76685742	56	2.2	60	84	7	182	41	3	8	46	1.49
76685993--76686100	37	2.9	37	77	0	117	18	19	11	50	1.76
76688776--76688949	49	3.5	49	86	1	240	31	28	14	25	1.95
76688776--76688960	99	1.9	99	93	0	316	30	29	15	24	1.95
76694538--76694605	33	2.1	33	97	0	127	47	19	5	27	1.72
76702860--76702891	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
76703991--76704024	16	2.2	16	89	5	52	29	17	17	35	1.93
76704995--76705022	12	2.3	12	100	0	56	21	7	14	57	1.61
76709166--76709196	16	1.9	16	93	0	53	61	3	6	29	1.37
76716486--76716582	42	2.3	42	89	0	149	29	22	16	30	1.96
76718009--76718061	15	3.7	15	80	10	65	32	30	18	18	1.96
76718002--76718067	28	2.4	28	89	0	96	30	33	16	19	1.94
76718002--76718067	15	4.8	13	75	14	60	30	33	16	19	1.94
76718002--76718075	28	2.6	28	80	16	82	31	32	16	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76727052--76727099	21	2.2	22	85	3	62	75	2	20	2	1.02
76727069--76727100	16	2.0	16	100	0	64	81	0	18	0	0.70
76734220--76735193	176	5.5	176	81	4	1052	27	23	18	31	1.97
76734758--76735027	88	3.1	87	66	14	228	24	22	21	31	1.98
76743586--76743625	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
76753882--76753933	18	2.9	18	85	0	77	23	17	11	48	1.79
76753882--76753933	6	8.7	6	86	0	68	23	17	11	48	1.79
76762341--76762435	42	2.2	43	83	9	115	31	24	16	27	1.97
76767112--76767279	40	4.2	40	81	8	139	27	26	20	25	1.99
76767147--76767332	80	2.3	80	84	8	236	27	26	20	24	1.99
76767149--76767332	40	4.6	40	81	7	196	27	26	21	24	1.99
76775087--76775272	80	2.3	80	83	9	220	27	26	20	24	1.99
76775089--76775272	40	4.6	40	82	7	196	27	26	21	24	1.99
76795902--76796147	40	6.2	40	90	0	368	24	23	26	25	2.00
76800155--76800189	18	2.0	18	88	5	54	51	5	11	31	1.61
76813857--76813985	40	3.2	40	86	2	188	24	19	27	28	1.99
76813802--76813982	80	2.3	81	84	7	228	24	20	27	27	1.99
76813803--76814022	40	5.6	38	76	10	156	25	20	26	27	1.99
76829742--76829925	79	2.3	81	84	7	234	24	22	27	25	2.00
76829742--76829925	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
76829794--76829958	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
76837347--76837532	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76837400--76837565	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
76843613--76843654	15	2.7	16	82	14	52	9	7	14	69	1.37
76852467--76852612	57	2.5	58	82	9	174	28	15	21	35	1.93
76860772--76860852	39	2.1	39	95	0	144	27	12	16	44	1.83
76866548--76866595	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
76866639--76866697	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
76866643--76866697	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
76866748--76866891	24	6.0	24	86	2	182	27	20	21	30	1.98
76870823--76871121	150	2.0	150	95	0	544	29	13	28	28	1.94
76874903--76874948	20	2.3	20	96	0	83	34	10	21	32	1.88
76874999--76875166	24	7.0	24	87	2	239	29	19	21	29	1.98
76879100--76879175	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
76879079--76879408	47	7.0	47	95	0	552	30	12	31	25	1.92
76879382--76879518	46	3.0	46	86	0	184	35	9	30	24	1.87
76881730--76881825	40	2.4	40	81	5	104	35	22	15	26	1.94
76893617--76893648	13	2.3	15	89	10	50	21	34	6	37	1.79
76897162--76897335	46	3.8	46	75	13	176	30	28	20	20	1.98
76900056--76900112	30	1.9	29	92	3	96	56	15	15	12	1.68
76911231--76911398	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
76911254--76911398	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
76920231--76920300	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
76920231--76920325	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76930411--76930578	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
76930434--76930578	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
76944145--76944419	40	6.9	40	92	0	444	26	20	26	26	1.99
76952368--76952629	40	6.6	40	91	1	402	26	22	25	25	2.00
76971646--76971724	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
76971843--76972224	47	8.1	47	92	1	602	28	30	9	31	1.88
76975617--76975852	40	5.9	40	80	4	210	25	27	22	25	2.00
76975632--76975852	80	2.8	81	83	4	234	24	27	23	24	2.00
76976158--76976236	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
76976218--76976320	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
76978183--76978261	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
76978380--76978761	47	8.1	47	91	1	593	28	29	9	32	1.88
76981510--76981588	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
76981794--76981929	26	5.3	26	87	3	190	26	22	22	28	1.99
76981794--76981929	52	2.7	51	93	5	224	26	22	22	28	1.99
76982728--76982806	27	2.9	27	85	7	99	20	25	20	34	1.96
76982733--76982819	27	3.2	27	86	3	86	20	25	18	35	1.95
76982936--76983209	27	10.2	25	77	12	194	29	8	21	41	1.81
76982963--76983209	54	4.6	53	81	6	284	29	7	21	41	1.81
76982963--76983196	81	2.9	79	87	5	335	29	7	20	42	1.80
76983188--76983317	27	4.9	27	87	0	172	41	8	20	29	1.82
76983180--76983362	81	2.3	81	75	0	179	38	7	19	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76985165--76985323	44	3.7	43	76	9	155	32	27	17	22	1.97
76985165--76985323	43	3.7	44	77	7	157	32	27	17	22	1.97
76987337--76987495	41	3.9	41	88	1	214	32	25	16	25	1.97
76987337--76987495	81	2.0	81	84	2	212	32	25	16	25	1.97
76992003--76992028	7	3.7	7	100	0	52	26	42	0	30	1.56
76993516--76993558	22	2.0	22	85	0	59	37	23	25	13	1.92
76993793--76993853	27	2.3	27	88	0	86	29	19	14	36	1.92
76994081--76994118	19	2.0	19	85	10	51	23	42	23	10	1.85
77001345--77001622	38	7.3	38	88	1	403	29	24	23	22	1.99
77001345--77001622	116	2.4	114	89	1	421	29	24	23	22	1.99
77006669--77006848	46	3.9	47	79	12	185	30	18	28	22	1.97
77008117--77008146	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
77015274--77015431	38	4.1	38	90	1	226	32	24	22	20	1.97
77021852--77021994	40	3.5	40	85	4	189	23	26	25	25	2.00
77021816--77021996	81	2.3	79	84	2	220	23	26	24	24	2.00
77032314--77032398	32	2.4	36	78	18	88	48	2	1	48	1.22
77032494--77032536	21	2.0	21	86	8	61	39	0	0	60	0.97
77033326--77033412	43	2.0	43	95	0	156	54	13	5	26	1.62
77037467--77037496	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
77052162--77052260	27	3.5	28	86	2	110	31	28	13	27	1.94
77052711--77052737	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
77060129--77060198	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77060129--77060226	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77060675--77060701	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
77065325--77065368	22	2.0	22	100	0	88	50	13	22	13	1.77
77066049--77066115	35	2.0	32	82	8	80	43	16	5	34	1.72
77066097--77066148	18	2.9	18	72	11	52	40	13	7	38	1.73
77066386--77066500	51	2.3	51	87	6	187	42	21	18	17	1.89
77067933--77067966	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
77068221--77068259	16	2.4	17	82	8	53	61	2	0	35	1.10
77068226--77068262	19	1.9	19	88	0	56	59	2	0	37	1.12
77074954--77075146	97	2.0	97	97	0	368	31	19	12	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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