genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67669996--67670177	40	4.6	40	91	2	287	23	23	25	27	2.00
67679365--67679450	40	2.2	39	82	2	100	24	17	29	29	1.97
67680422--67680473	26	2.0	26	96	0	95	40	9	11	38	1.74
67689322--67689394	34	2.1	34	92	5	121	27	23	24	24	2.00
67689322--67689419	34	2.9	34	85	8	103	25	24	25	24	2.00
67691083--67691259	39	4.5	39	95	0	309	27	3	22	45	1.70
67691112--67691178	17	3.7	17	70	25	57	28	1	23	46	1.61
67697607--67697658	28	2.0	26	85	11	70	73	1	11	13	1.19
67698036--67698085	20	2.6	18	79	17	55	44	2	0	54	1.11
67698041--67698102	30	2.0	33	84	9	85	46	1	0	51	1.10
67698041--67698106	33	2.0	33	82	11	82	48	1	0	50	1.10
67698228--67698273	23	1.9	25	86	8	69	41	0	8	50	1.33
67722911--67723049	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
67729904--67729945	18	2.3	18	87	0	57	42	4	47	4	1.45
67731415--67731457	24	1.9	23	86	13	63	44	6	0	48	1.29
67735126--67735158	11	2.7	13	86	13	52	45	0	6	48	1.27
67735246--67735350	51	2.1	51	94	0	183	31	14	19	35	1.91
67737185--67737273	29	3.1	29	90	0	142	39	14	24	21	1.91
67738265--67738290	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
67740115--67740162	21	2.3	21	88	0	69	20	29	33	16	1.95
67740217--67740296	21	3.8	21	74	12	74	28	28	26	16	1.97
67744628--67744662	4	8.5	4	93	6	61	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67748504--67748550	25	1.9	24	83	12	60	44	0	4	51	1.21
67749935--67749993	21	2.8	21	84	0	73	18	23	23	33	1.97
67750815--67750865	22	2.4	22	70	9	52	15	1	29	52	1.54
67753339--67753393	21	2.6	21	76	0	56	30	25	27	16	1.96
67755026--67755158	67	2.0	67	98	0	257	35	0	30	34	1.58
67755263--67755345	9	8.6	9	70	18	51	40	0	0	59	0.98
67755274--67755348	32	2.6	27	86	14	105	42	0	0	57	0.98
67755257--67755348	39	2.4	38	80	5	107	40	0	0	59	0.97
67755274--67755359	30	2.9	30	81	11	106	40	0	0	59	0.97
67755261--67755368	41	2.7	40	72	21	98	37	0	0	62	0.96
67755404--67755463	20	2.9	21	75	20	56	30	1	5	63	1.25
67756352--67756424	36	2.0	36	100	0	146	24	27	8	39	1.84
67773953--67774062	26	4.2	26	95	0	166	34	5	23	36	1.78
67779760--67779869	26	4.2	26	94	0	157	33	5	24	36	1.79
67787438--67787483	16	2.8	16	83	3	56	84	6	6	2	0.84
67787430--67787487	25	2.3	25	85	5	73	84	5	8	1	0.83
67789667--67790407	73	10.2	72	94	1	1241	32	16	16	34	1.92
67789667--67790407	145	5.1	145	92	1	1209	32	16	16	34	1.92
67789668--67790407	218	3.4	218	95	0	1329	32	16	16	34	1.92
67790475--67790504	13	2.3	13	94	0	51	16	6	6	70	1.31
67790315--67790544	89	2.6	87	81	6	277	31	14	17	36	1.90
67790499--67790807	54	5.8	54	92	5	524	29	16	17	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67791389--67791436	25	1.9	25	95	0	87	29	31	10	29	1.90
67791836--67792007	15	11.5	15	79	15	162	55	20	7	16	1.66
67791852--67791918	16	4.4	16	81	7	86	53	19	8	17	1.70
67791837--67792007	31	5.7	30	79	14	160	54	20	7	16	1.66
67791956--67792017	27	2.3	27	83	5	72	62	17	6	12	1.50
67792432--67792504	36	2.1	34	82	10	85	16	0	34	49	1.46
67794586--67794839	131	1.9	131	94	1	447	25	17	20	37	1.94
67795468--67795548	39	2.1	39	97	0	153	30	0	19	49	1.49
67798500--67798601	39	2.6	39	92	3	168	29	27	22	20	1.99
67800331--67800371	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
67813664--67813708	23	2.0	23	100	0	90	44	24	26	4	1.72
67814851--67815656	180	4.5	178	84	2	983	30	16	23	29	1.96
67814851--67815674	359	2.3	359	84	3	1054	30	17	23	29	1.97
67820466--67820517	20	2.7	19	85	5	77	48	0	3	48	1.20
67821441--67821759	127	2.5	127	79	8	323	38	19	14	27	1.91
67822275--67822317	18	2.4	18	84	3	52	67	2	6	23	1.27
67822645--67822671	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
67822764--67822805	15	2.7	15	77	22	50	64	0	9	26	1.24
67825316--67825601	137	2.1	136	95	0	509	31	24	18	25	1.98
67825849--67825901	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
67827389--67827472	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
67830071--67830585	131	4.0	130	78	4	520	26	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67832656--67832692	19	1.9	20	94	5	67	32	5	0	62	1.18
67834172--67834237	31	2.1	31	91	0	105	40	12	13	33	1.82
67835111--67835141	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
67835540--67835614	37	2.0	37	92	0	123	62	9	5	22	1.45
67837266--67837326	24	2.6	23	82	12	70	59	4	6	29	1.44
67837280--67837325	23	2.0	24	86	4	67	58	6	4	30	1.43
67837519--67837616	48	2.0	48	98	0	187	58	4	11	26	1.51
67838079--67838176	41	2.4	40	86	3	133	36	23	20	19	1.95
67838079--67838198	41	2.9	40	82	2	132	33	22	23	20	1.97
67838184--67838328	41	3.6	41	85	1	211	26	20	24	28	1.99
67838521--67838570	14	3.5	14	75	2	55	18	0	46	36	1.49
67841196--67841378	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
67841175--67841378	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
67847515--67847616	23	4.4	23	88	0	159	34	4	20	40	1.74
67849744--67850146	44	8.8	43	72	11	214	29	20	18	32	1.96
67849878--67850152	94	2.9	93	84	3	320	29	19	18	32	1.96
67858219--67858256	19	2.0	20	89	5	60	47	5	18	28	1.70
67869118--67869142	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
67869519--67869728	110	1.9	106	90	3	330	26	23	16	32	1.96
67870416--67870484	29	2.3	30	80	5	77	37	15	15	30	1.90
67870875--67870901	13	2.1	13	100	0	54	22	0	7	70	1.12
67875395--67875558	81	2.0	81	95	2	294	34	8	23	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67875652--67875689	3	12.7	3	94	0	67	34	0	0	65	0.93
67876814--67876889	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
67876843--67876921	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
67876864--67876919	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
67876850--67876921	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
67877035--67877075	21	2.0	20	85	4	55	12	2	14	70	1.26
67877268--67877466	44	4.5	45	85	1	249	23	28	15	33	1.94
67877268--67877449	89	2.0	89	87	2	258	23	29	14	32	1.95
67885617--67885651	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
67885905--67885980	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
67885934--67886012	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
67885955--67886010	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
67885941--67886012	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
67888823--67888866	23	1.9	23	90	9	72	61	2	4	31	1.28
67890312--67890432	47	2.6	46	84	11	158	29	17	28	24	1.97
67897263--67897395	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
67898767--67899275	47	10.7	47	92	2	822	33	8	29	29	1.87
67902112--67902382	47	5.7	47	74	11	196	28	18	28	25	1.98
67905591--67905714	42	2.9	42	85	5	135	32	27	15	25	1.95
67905576--67905724	43	3.5	43	80	7	160	31	24	16	27	1.96
67915915--67915943	13	2.2	13	100	0	58	27	27	13	31	1.94
67917453--67917817	134	2.8	133	80	4	382	35	20	19	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67919646--67919691	20	2.5	18	83	13	58	32	2	0	65	1.05
67919657--67919689	10	3.3	10	84	16	50	36	3	0	60	1.12
67919630--67919689	3	19.0	3	74	16	50	33	1	3	61	1.22
67919661--67919771	45	2.6	42	74	20	106	33	8	0	58	1.27
67919659--67919771	20	5.4	20	69	22	65	33	7	0	58	1.27
67919716--67919920	14	14.4	14	67	19	54	30	4	3	60	1.36
67919827--67919867	20	2.0	20	86	9	57	24	0	4	70	1.06
67920180--67920209	14	2.1	14	93	0	51	23	3	3	70	1.18
67920423--67920463	21	2.0	21	85	9	57	21	9	9	58	1.59
67931764--67932238	119	4.0	119	92	2	756	33	16	18	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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