genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  264  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87991919--87992006	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
87994373--87994544	45	3.8	46	75	11	174	21	19	29	29	1.98
88006811--88006889	25	3.2	25	96	0	140	22	13	22	40	1.90
88007066--88007341	48	5.8	48	71	11	183	27	20	24	27	1.99
88012070--88012254	70	2.6	70	80	0	226	24	22	23	29	1.99
88014607--88014784	27	6.6	27	83	3	196	27	15	28	29	1.96
88014608--88014763	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
88014604--88014784	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
88017294--88017364	24	3.0	24	91	0	115	36	1	36	25	1.65
88017289--88017388	48	2.1	47	81	7	112	37	4	37	22	1.73
88018505--88018616	27	4.1	27	81	12	115	17	21	23	37	1.94
88035165--88035347	40	4.6	40	82	6	212	25	22	26	25	2.00
88035166--88035347	79	2.3	81	81	7	212	25	22	26	25	2.00
88035218--88035381	79	2.1	78	80	7	181	26	20	26	25	1.99
88043391--88043575	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
88043392--88043575	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
88043444--88043608	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
88054158--88054338	40	4.6	40	91	2	285	25	26	23	24	2.00
88061320--88061460	40	3.5	40	89	2	214	24	26	24	24	2.00
88064652--88064767	43	2.7	40	78	13	115	29	25	18	25	1.98
88065236--88065278	21	2.0	21	95	0	77	60	13	2	23	1.45
88071079--88071250	87	2.0	87	97	0	326	40	14	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88071706--88071808	43	2.4	44	76	11	106	28	26	19	26	1.99
88072760--88072804	10	3.9	11	83	16	56	42	8	0	48	1.34
88074571--88074748	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
88075231--88075262	12	2.7	12	95	0	55	43	0	6	50	1.27
88079465--88079608	49	2.9	49	81	4	173	27	27	19	26	1.99
88081113--88081140	13	2.2	13	100	0	56	25	21	17	35	1.95
88082773--88083000	50	4.6	50	81	8	248	28	27	19	24	1.99
88088620--88088887	46	5.7	46	72	15	169	28	19	27	24	1.99
88088575--88088885	140	2.2	138	80	8	326	28	18	27	24	1.98
88093478--88093529	27	2.0	25	85	7	68	30	3	5	59	1.39
88093693--88093811	56	2.1	56	96	0	220	23	21	6	47	1.74
88096866--88096926	30	2.0	30	83	0	77	32	22	9	34	1.87
88100790--88100857	25	2.7	26	84	6	86	41	10	16	32	1.82
88108106--88108193	43	2.1	42	93	2	149	37	6	14	40	1.73
88108123--88108192	21	3.3	21	66	9	61	40	8	12	38	1.74
88108203--88108315	56	2.0	56	92	0	190	38	17	8	35	1.81
88108793--88108847	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
88110150--88110220	28	2.5	28	90	0	106	26	14	15	43	1.85
88114744--88114855	40	2.8	40	87	2	154	27	20	24	27	1.99
88114760--88114930	40	4.3	40	88	5	204	25	19	26	28	1.99
88118053--88118128	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
88119315--88119459	40	3.6	40	84	4	184	26	24	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88133827--88133949	46	2.7	46	83	11	162	26	30	17	26	1.97
88145283--88145404	46	2.6	45	85	7	147	28	19	28	22	1.98
88148137--88148176	21	1.9	21	84	0	53	32	17	7	42	1.77
88149894--88150113	48	4.6	48	78	2	226	21	18	27	32	1.96
88149894--88150113	96	2.3	96	85	4	284	21	18	27	32	1.96
88160059--88160206	40	3.7	40	82	5	201	25	26	22	25	2.00
88163012--88163124	43	2.7	43	80	1	129	30	26	16	25	1.97
88164223--88164248	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
88179012--88179159	55	2.7	55	77	0	161	16	31	29	22	1.96
88184080--88184149	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
88184080--88184177	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
88191858--88191927	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
88191858--88191955	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
88203482--88203529	21	2.3	21	88	0	69	33	18	45	2	1.61
88203854--88203985	43	3.1	43	73	14	130	35	21	13	29	1.92
88203874--88203997	43	2.9	43	79	11	148	33	21	15	29	1.94
88205411--88205436	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
88207508--88207683	27	6.5	27	82	3	192	27	14	27	30	1.95
88207505--88207683	82	2.2	81	81	3	216	27	14	27	30	1.95
88207643--88207696	27	2.0	27	81	0	63	27	11	27	33	1.91
88227569--88227613	23	2.0	23	90	0	72	35	6	4	53	1.47
88234611--88234751	40	3.5	40	84	6	169	29	26	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88234601--88234767	40	4.2	40	83	4	160	29	25	19	25	1.99
88251341--88251398	27	2.1	27	90	0	89	34	13	17	34	1.89
88254207--88254357	42	3.6	42	76	10	146	31	25	13	29	1.94
88257173--88257389	26	8.4	25	78	5	137	37	26	12	23	1.91
88257192--88257389	52	3.8	52	82	1	254	37	26	13	22	1.91
88257173--88257389	78	2.8	78	82	2	258	37	26	12	23	1.91
88268519--88268552	16	2.2	15	89	5	50	38	0	5	55	1.24
88272246--88272502	39	6.5	39	90	1	372	29	28	21	19	1.98
88276276--88276313	17	2.3	17	90	4	60	5	21	0	73	1.02
88276270--88276314	17	2.6	17	80	13	56	6	17	0	75	1.01
88291881--88292026	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
88292240--88292620	47	8.0	47	90	4	584	25	30	12	31	1.92
88292240--88292620	194	2.0	188	91	4	620	25	30	12	31	1.92
88292409--88292597	100	1.9	100	96	0	351	26	30	12	30	1.93
88294808--88294986	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
88297832--88297975	41	3.5	42	81	9	172	21	18	23	36	1.95
88298540--88298623	37	2.3	37	95	0	150	26	10	19	44	1.83
88301948--88301994	20	2.3	20	85	0	58	27	40	17	14	1.89
88302586--88302630	22	2.0	22	83	8	56	44	20	8	26	1.80
88306301--88306428	43	3.0	44	87	5	190	32	25	13	28	1.93
88314513--88314587	3	26.3	3	75	20	72	70	0	1	28	0.95
88314509--88314586	20	4.0	18	80	14	75	69	0	1	29	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88314510--88314585	8	9.4	8	81	12	77	71	0	1	27	0.95
88314510--88314597	14	6.5	13	79	11	88	70	0	2	27	0.99
88314516--88314597	6	15.6	5	78	16	62	70	0	2	26	0.99
88320947--88320973	10	2.7	10	100	0	54	62	0	7	29	1.22
88321002--88321031	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
88321407--88321679	140	2.0	140	81	5	320	39	10	11	37	1.77
88326041--88326066	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
88327466--88327495	13	2.3	13	100	0	60	36	0	0	63	0.95
88329034--88329266	117	2.0	116	91	2	378	54	2	5	38	1.36
88329702--88329751	20	2.4	21	83	9	59	54	2	0	44	1.11
88329710--88329751	22	2.0	20	86	9	57	54	2	0	42	1.13
88330211--88330235	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88333602--88333650	21	2.3	21	92	0	80	28	32	0	38	1.57
88333786--88333822	8	4.8	8	86	6	58	45	0	0	54	1.00
88333786--88333822	15	2.4	15	90	4	56	45	0	0	54	1.00
88335516--88335541	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
88338485--88338513	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
88339351--88339380	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
88340161--88340202	19	2.3	18	84	12	50	28	11	4	54	1.57
88341040--88341112	35	2.1	35	97	0	137	39	8	19	32	1.81
88342928--88342961	15	2.1	17	89	10	54	29	5	11	52	1.61
88353076--88353169	25	4.0	25	69	25	64	43	3	5	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88353035--88353169	69	2.0	69	89	1	209	41	3	5	49	1.43
88353069--88353172	32	3.1	32	72	13	93	42	2	6	48	1.44
88354564--88354645	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
88362018--88362184	47	3.6	45	75	12	151	26	18	29	25	1.98
88362014--88362184	91	1.8	95	83	5	233	26	19	29	24	1.98
88381780--88381850	21	3.4	21	86	9	94	30	7	22	39	1.81
88389172--88389338	47	3.6	45	75	12	151	26	18	29	25	1.98
88389168--88389338	91	1.8	95	83	5	233	26	19	29	24	1.98
88406264--88406313	6	8.7	6	77	16	52	24	2	0	74	0.93
88406264--88406313	12	4.4	11	80	9	64	24	2	0	74	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344