genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  230  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76256823--76256979	43	3.7	43	81	7	151	28	25	19	26	1.99
76256825--76256981	42	3.7	43	78	10	160	27	26	20	26	1.99
76259160--76259211	22	2.2	24	90	6	81	40	7	17	34	1.78
76266847--76266949	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
76266931--76267004	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76267354--76267458	39	2.6	39	80	10	122	27	20	27	23	1.99
76267320--76267532	40	5.3	40	81	7	127	25	22	27	24	2.00
76267395--76267549	80	2.0	80	83	3	197	25	21	29	23	1.99
76267437--76267549	40	2.8	40	94	0	190	25	22	29	23	1.99
76270914--76271585	47	14.1	47	93	1	1074	32	9	29	28	1.88
76270914--76271585	96	7.0	96	92	3	1058	32	9	29	28	1.88
76270914--76271585	143	4.7	141	92	2	1065	32	9	29	28	1.88
76271704--76271782	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76273976--76274000	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
76280741--76280868	27	4.7	27	90	1	152	42	24	7	25	1.81
76280850--76281215	27	13.6	27	83	2	405	36	18	18	25	1.94
76280850--76281232	54	7.1	54	87	1	493	36	18	19	25	1.94
76281797--76281933	27	5.1	26	79	7	139	18	20	21	40	1.92
76281797--76281953	82	1.9	79	84	6	208	19	21	21	38	1.93
76282119--76282193	6	12.3	6	71	13	55	20	16	13	50	1.77
76282050--76282111	25	2.5	25	83	0	79	19	20	14	45	1.85
76282104--76282184	37	2.2	37	88	0	117	19	18	12	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76282078--76282167	19	4.8	19	78	8	103	20	21	13	45	1.84
76284205--76284359	27	5.7	27	82	3	136	41	21	10	27	1.85
76284321--76284698	27	14.0	27	82	0	407	37	19	17	25	1.93
76284260--76284698	81	5.4	81	81	1	443	38	19	16	25	1.92
76284287--76284655	54	6.8	54	87	0	479	38	19	16	26	1.92
76285279--76285398	27	4.4	28	74	12	99	19	20	20	40	1.92
76285262--76285373	27	4.1	27	74	11	95	18	19	22	39	1.93
76285518--76285579	25	2.5	25	89	0	88	19	17	14	48	1.81
76285515--76285630	6	18.8	6	68	15	67	18	17	13	50	1.79
76285537--76285630	37	2.5	37	87	0	143	19	18	13	48	1.80
76296338--76296467	54	2.4	54	85	2	172	30	21	9	39	1.85
76296338--76296468	27	4.9	27	83	3	156	29	21	9	39	1.84
76296446--76296699	27	9.4	27	78	4	235	38	21	9	30	1.84
76296372--76296495	54	2.3	54	80	0	140	32	20	9	37	1.85
76296446--76296700	81	3.2	80	83	5	309	39	21	9	30	1.84
76296717--76296768	27	1.9	27	88	7	79	38	11	13	36	1.81
76296813--76296891	27	2.9	27	86	3	88	34	21	24	20	1.97
76296830--76296913	27	3.1	27	86	3	107	32	20	25	22	1.98
76297716--76297851	26	5.2	26	86	6	188	28	21	23	26	1.99
76297716--76297839	54	2.3	55	87	6	186	26	23	24	25	2.00
76297949--76298040	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
76300369--76300769	27	14.8	27	77	3	196	36	19	9	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76300800--76300859	27	2.2	27	82	5	68	35	16	28	20	1.94
76300814--76300891	27	2.9	27	86	3	104	32	19	25	23	1.98
76301694--76301813	54	2.3	54	91	7	194	25	23	24	26	2.00
76301694--76301819	26	4.8	26	89	6	184	25	23	23	26	2.00
76301964--76302055	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
76304361--76304730	27	13.7	27	78	8	182	38	21	7	32	1.82
76304456--76304757	81	3.7	80	79	7	306	40	20	9	30	1.84
76304470--76304702	54	4.3	52	80	5	232	40	20	9	29	1.83
76304854--76304937	27	3.1	27	87	3	116	30	20	26	22	1.98
76305740--76305957	26	8.8	26	81	9	251	27	22	21	28	1.99
76305740--76305957	52	4.4	52	81	11	287	27	22	21	28	1.99
76305782--76305910	69	1.9	69	88	0	195	28	20	20	30	1.98
76305851--76305957	51	2.1	51	94	3	189	25	22	23	28	1.99
76306109--76306190	42	2.0	42	87	4	121	31	13	15	39	1.87
76308529--76308657	27	4.8	27	86	0	177	28	20	9	41	1.84
76308635--76308992	27	13.2	27	75	6	206	40	19	8	31	1.82
76308635--76308986	54	6.5	54	77	4	296	40	19	8	31	1.81
76308644--76308907	81	3.3	81	84	1	298	42	19	7	31	1.79
76309016--76309112	27	3.6	27	83	2	79	35	21	20	22	1.96
76309027--76309116	27	3.3	27	85	3	119	36	20	22	21	1.95
76309919--76310093	26	6.8	26	87	0	228	27	22	22	28	1.99
76309919--76310093	52	3.4	52	92	1	282	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76310238--76310329	42	2.2	42	86	0	130	28	13	23	34	1.92
76314143--76314317	46	3.8	45	74	10	165	29	26	20	23	1.99
76316709--76316797	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
76316709--76316791	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
76316720--76316797	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
76319709--76319884	46	3.8	46	78	12	189	29	28	19	21	1.98
76319717--76319887	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
76325424--76325462	17	2.3	17	90	0	60	20	10	12	56	1.65
76331182--76331220	19	2.0	19	85	5	51	53	0	12	33	1.39
76333801--76333873	35	2.1	35	97	0	137	39	13	20	26	1.90
76338203--76338277	37	2.0	37	94	0	132	33	13	16	37	1.87
76340390--76340446	28	2.1	28	90	3	89	43	12	5	38	1.65
76340587--76340807	46	4.8	46	78	12	186	27	17	29	25	1.97
76360651--76360918	40	6.7	40	93	0	455	32	20	26	21	1.98
76365352--76365524	46	3.8	44	80	13	188	26	19	30	24	1.98
76365354--76365566	46	4.6	46	77	12	170	26	19	30	23	1.98
76367058--76367102	19	2.4	18	85	7	54	51	0	13	35	1.41
76367067--76367102	18	1.9	19	88	5	56	47	0	16	36	1.47
76371278--76371575	45	6.9	45	73	10	221	23	16	26	33	1.95
76371358--76371538	85	2.1	84	87	3	265	23	17	25	33	1.96
76380213--76380291	30	2.6	30	95	0	140	24	44	17	13	1.85
76381245--76381401	56	2.8	53	80	7	145	28	31	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76383995--76384241	52	4.6	54	76	8	232	35	22	12	29	1.91
76384008--76384167	55	2.9	54	77	12	157	36	23	11	28	1.90
76384892--76384975	42	2.0	42	97	0	159	30	22	21	25	1.98
76386144--76386187	17	2.6	17	85	0	61	40	4	2	52	1.34
76388003--76388117	43	2.7	43	78	5	133	33	26	14	25	1.95
76389552--76389582	15	2.0	16	93	6	55	41	6	0	51	1.27
76392770--76392949	40	4.4	40	87	5	240	23	24	26	25	2.00
76403826--76404010	40	4.7	40	84	6	216	25	21	26	26	2.00
76403827--76404010	79	2.3	81	83	6	234	25	21	26	26	2.00
76403827--76404043	79	2.7	77	78	10	233	27	21	25	25	1.99
76413578--76413762	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
76413579--76413762	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
76413631--76413785	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
76420923--76420947	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
76421096--76421146	9	5.7	9	90	0	84	37	27	9	25	1.87
76421891--76422075	40	4.7	40	80	7	200	25	22	26	25	2.00
76421891--76422075	79	2.3	81	83	7	227	25	22	26	25	2.00
76421892--76422108	79	2.7	79	81	7	201	27	22	25	24	2.00
76426336--76426559	40	5.6	40	85	3	279	24	22	26	26	2.00
76426342--76426559	83	2.7	80	87	5	280	23	22	27	26	2.00
76428096--76428215	19	6.2	19	74	18	79	63	0	1	35	1.05
76428095--76428243	34	4.6	33	73	14	114	63	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76428101--76428241	15	9.3	15	73	15	85	63	0	2	34	1.09
76428891--76429021	46	2.9	45	88	5	183	22	23	12	40	1.89
76431482--76431518	7	5.6	7	87	12	51	62	0	2	35	1.10
76431518--76431571	9	6.2	9	82	4	58	20	0	1	77	0.86
76431526--76431555	8	3.8	8	100	0	60	10	0	0	90	0.47
76431518--76431571	17	3.1	18	78	7	58	20	0	1	77	0.86
76431553--76431583	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
76432284--76432421	7	19.6	7	69	14	61	40	36	0	21	1.59
76432378--76432459	29	2.9	28	76	15	80	46	31	0	21	1.52
76432387--76432470	14	5.9	14	67	8	53	47	28	0	23	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344