genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73757678--73757704	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
73759458--73759507	22	2.3	21	86	10	66	16	32	34	18	1.92
73761793--73761833	21	1.9	22	85	5	57	53	0	26	19	1.45
73763674--73763798	48	2.6	48	89	0	178	28	31	14	26	1.95
73764879--73764954	13	5.9	13	81	1	91	36	22	7	32	1.83
73770962--73771133	46	3.7	46	76	13	190	23	21	27	27	1.99
73770959--73771128	93	1.8	93	92	0	286	22	21	27	27	1.99
73771358--73771395	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73778500--73778624	46	2.7	46	93	0	214	20	21	28	29	1.98
73778849--73778886	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73784764--73784937	46	3.8	45	77	13	192	22	21	28	27	1.99
73786621--73786672	21	2.5	21	100	0	104	34	11	26	26	1.91
73791157--73791335	51	3.5	51	82	3	164	27	27	17	26	1.98
73801884--73802152	47	5.7	47	82	6	298	21	30	19	28	1.98
73801881--73802147	140	1.9	139	86	8	380	22	29	19	28	1.98
73801884--73802152	94	2.9	93	88	6	366	21	30	19	28	1.98
73804886--73804986	41	2.5	41	90	0	148	18	25	3	51	1.63
73830262--73831177	70	13.2	71	74	7	517	29	24	18	27	1.98
73830386--73831160	140	5.6	140	79	4	741	29	24	18	26	1.98
73830349--73830970	203	3.0	201	76	8	475	30	25	18	26	1.98
73831255--73831302	18	2.7	18	80	0	60	29	4	18	47	1.67
73831602--73831660	30	1.9	30	82	3	73	49	1	22	27	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73831873--73831936	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
73831914--73831938	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73836350--73836409	21	2.9	21	79	16	63	38	15	21	25	1.92
73836703--73836741	18	2.2	18	90	0	60	51	0	15	33	1.44
73836710--73836738	15	1.9	15	100	0	58	48	0	17	34	1.47
73837695--73837747	19	2.7	19	85	8	63	33	1	0	64	1.05
73839751--73839790	11	3.8	11	83	12	57	37	5	0	57	1.21
73839751--73839790	20	2.0	21	90	5	64	37	5	0	57	1.21
73843452--73843493	21	2.1	20	86	8	59	66	19	0	14	1.25
73844592--73844630	15	2.7	14	88	7	60	23	10	2	64	1.37
73844694--73844751	26	2.1	27	84	6	73	31	10	1	56	1.43
73844784--73844946	3	55.0	3	71	12	88	28	7	2	61	1.36
73845015--73845078	12	5.1	12	72	10	56	21	1	7	68	1.23
73851453--73851502	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
73867451--73867569	61	2.0	61	96	0	220	36	22	18	22	1.95
73870855--73870906	20	2.6	20	77	17	54	34	1	0	63	1.06
73873388--73873416	12	2.3	13	94	5	51	68	0	3	27	1.05
73882480--73882518	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
73883533--73883558	12	2.2	12	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73883648--73883681	16	2.1	16	88	0	50	70	11	2	14	1.27
73885399--73885438	21	1.9	21	84	0	53	35	5	10	50	1.58
73887628--73887730	37	2.8	37	95	0	179	25	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73887871--73888304	48	9.0	48	90	0	679	32	26	6	34	1.81
73888212--73888341	37	3.2	37	73	21	107	32	26	7	33	1.85
73898219--73898281	33	1.9	32	84	9	83	31	25	14	28	1.95
73899910--73900039	47	2.8	47	83	2	118	24	13	26	34	1.93
73905846--73905992	78	2.0	72	86	10	206	27	19	29	23	1.98
73919706--73920067	44	8.3	44	71	13	207	34	23	23	18	1.96
73919551--73919988	87	5.1	86	87	3	551	35	21	22	19	1.96
73919830--73920117	129	2.2	129	90	2	452	33	23	22	20	1.97
73937732--73937818	43	2.0	43	100	0	174	41	6	11	40	1.68
73940774--73940819	21	2.2	21	84	7	58	56	0	0	43	0.99
73941101--73941152	9	5.6	9	74	17	52	32	0	1	65	1.04
73953016--73953080	33	2.0	33	90	0	103	40	21	12	26	1.88
73954250--73954283	8	4.4	8	88	7	52	8	0	2	88	0.62
73956315--73956357	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
73959899--73959933	16	2.2	16	100	0	70	31	17	5	45	1.71
73964778--73964859	40	2.1	40	90	6	132	25	23	17	34	1.96
73964778--73964859	39	2.1	39	90	6	130	25	23	17	34	1.96
73965601--73965633	11	3.1	11	86	4	50	36	0	0	63	0.95
73965634--73965673	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
73976644--73976673	12	2.4	12	94	5	51	0	16	3	80	0.85
73989557--73989624	33	2.1	33	100	0	136	27	8	8	54	1.61
73989557--73989618	29	2.0	30	87	12	90	27	9	9	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73995495--73995523	13	2.2	13	100	0	58	65	0	13	20	1.26
73997017--73997079	7	8.9	7	77	16	58	34	1	1	61	1.15
73997010--73997134	3	40.3	3	68	20	62	32	4	1	61	1.24
73997010--73997079	19	3.8	18	78	14	72	32	1	1	64	1.11
73997011--73997132	30	3.9	30	75	12	111	32	4	1	61	1.25
73997106--73997202	52	2.0	50	82	13	121	30	6	4	58	1.41
73997441--73997475	15	2.2	16	90	5	54	34	0	0	65	0.93
73997531--73997589	17	3.4	17	71	17	50	27	1	3	67	1.16
74003444--74003509	23	3.0	23	73	6	64	42	21	18	18	1.89
74004572--74004602	14	2.2	14	100	0	62	32	6	19	41	1.77
74004764--74004805	16	2.7	15	85	10	57	47	0	0	52	1.00
74005009--74005097	46	1.9	46	90	0	142	43	20	7	28	1.79
74005071--74005119	22	2.2	22	100	0	98	46	22	4	26	1.69
74005033--74005159	68	1.9	68	91	0	209	44	22	7	25	1.78
74009160--74009267	26	4.2	26	87	0	162	34	6	22	37	1.80
74010450--74010483	8	4.2	8	84	0	50	50	23	23	2	1.63
74010873--74011013	27	5.2	27	81	11	173	17	23	24	34	1.96
74010870--74011013	54	2.7	54	93	2	236	17	23	24	34	1.96
74010873--74011031	27	5.9	26	83	7	140	18	23	22	34	1.96
74010873--74011031	81	2.0	80	82	8	198	18	23	22	34	1.96
74016754--74016782	13	2.2	13	100	0	58	48	6	0	44	1.29
74018838--74018883	17	2.6	17	82	3	56	17	19	41	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74019709--74019763	26	2.1	26	100	0	110	18	10	29	41	1.84
74030904--74033520	206	12.7	206	92	0	4302	29	17	23	29	1.97
74035719--74035761	22	2.0	22	90	0	68	20	2	2	74	1.04
74040081--74040158	33	2.4	32	78	6	84	29	11	26	32	1.91
74044075--74044238	56	2.9	56	84	1	213	24	13	26	35	1.92
74046283--74046499	40	5.5	40	87	3	280	24	28	23	23	1.99
74048704--74048801	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
74048704--74048794	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
74048786--74048829	21	2.0	22	86	4	63	36	4	15	43	1.68
74060772--74061067	78	3.8	78	88	1	450	31	18	23	26	1.98
74061080--74061279	45	4.5	45	84	3	224	34	16	26	23	1.95
74061099--74061262	89	1.8	89	89	0	256	31	15	27	25	1.96
74061628--74061699	19	3.9	19	83	10	105	40	11	12	36	1.79
74061636--74061699	17	3.6	17	81	8	74	40	12	10	35	1.78
74061628--74061697	35	1.9	37	88	8	108	40	11	11	37	1.77
74066462--74066596	28	4.8	28	81	7	164	24	34	15	25	1.95
74066462--74066601	29	4.9	28	81	10	151	25	34	15	25	1.94
74066462--74066608	57	2.6	55	84	11	181	25	32	14	27	1.94
74066677--74066712	18	2.0	18	89	10	56	27	38	8	25	1.84
74066819--74066877	16	3.7	16	81	0	73	15	22	13	49	1.79
74067198--74071950	592	8.0	593	94	0	8124	37	22	15	24	1.93
74079859--74079896	19	2.0	19	100	0	76	31	36	5	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74084019--74084116	19	5.2	19	87	7	146	37	9	16	36	1.80
74084019--74084116	36	2.6	37	85	9	135	37	9	16	36	1.80
74088903--74088961	16	3.9	15	82	10	75	79	0	20	0	0.73
74088900--74088961	23	2.7	23	90	2	99	80	0	19	0	0.71
74088904--74088961	7	7.7	7	78	14	62	79	0	20	0	0.74
74089911--74090520	84	7.3	84	88	6	900	29	23	22	24	1.99
74089911--74090520	249	2.4	248	89	5	910	29	23	22	24	1.99
74091259--74091337	19	4.2	19	87	9	117	39	8	16	35	1.80
74091265--74091337	36	2.0	37	91	5	121	39	9	15	35	1.80
74092782--74092850	17	3.8	18	90	9	106	36	11	14	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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