genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83151088--83151246	81	2.0	80	81	8	189	19	25	20	33	1.96
83158671--83158734	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
83158678--83158734	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
83162957--83163177	40	5.6	40	80	2	223	24	27	22	25	2.00
83175828--83175977	26	6.0	25	70	14	87	17	26	22	34	1.95
83175889--83175957	24	2.8	24	74	12	77	18	30	20	30	1.97
83176389--83176434	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
83182563--83182663	48	2.1	48	86	0	139	28	20	22	27	1.99
83185481--83185568	25	3.5	25	71	0	77	23	15	23	36	1.94
83185608--83185655	25	1.9	25	86	0	69	22	12	22	41	1.88
83191753--83191804	20	2.6	20	96	0	95	17	32	32	17	1.93
83193774--83193844	36	2.0	36	100	0	142	19	30	11	38	1.87
83198413--83198597	40	4.7	40	81	7	200	24	22	27	25	2.00
83198468--83198630	79	2.1	79	83	6	206	26	20	27	25	1.99
83201379--83201447	30	2.3	30	97	0	129	15	36	24	23	1.94
83206251--83206289	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
83206716--83206842	48	2.6	48	86	2	175	23	14	32	29	1.95
83212715--83212757	4	10.2	4	97	2	68	30	0	23	46	1.52
83233667--83233744	38	2.1	38	97	2	149	47	0	19	33	1.50
83233823--83233860	20	1.9	20	88	0	58	34	2	2	60	1.24
83238562--83238622	6	9.8	6	94	3	68	24	0	3	72	1.00
83238558--83238622	20	3.4	19	83	6	69	26	0	3	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83238771--83238804	9	3.8	9	84	0	50	29	0	0	70	0.87
83242351--83242422	34	2.1	34	87	5	101	29	23	16	30	1.96
83244182--83244451	47	5.8	45	70	12	154	24	30	18	25	1.98
83244181--83244438	94	2.8	93	80	5	245	25	29	18	25	1.98
83248730--83248768	13	3.0	13	78	14	53	30	0	23	46	1.53
83251344--83251376	15	2.1	17	88	11	52	6	15	6	72	1.24
83256246--83256316	35	2.0	35	97	0	133	23	18	25	32	1.97
83257712--83257794	41	2.0	41	92	0	139	18	21	19	40	1.91
83262994--83263049	28	2.0	28	100	0	112	42	10	21	25	1.85
83264434--83264588	71	2.3	63	79	10	166	52	10	5	30	1.59
83264864--83264914	19	2.7	19	82	8	59	56	5	1	35	1.35
83265045--83265080	7	5.0	7	86	6	54	69	0	0	30	0.89
83265045--83265082	15	2.6	15	91	4	60	68	0	0	31	0.90
83265050--83265178	21	6.8	19	65	21	56	63	2	4	29	1.27
83265099--83265204	7	15.9	7	68	16	55	63	3	0	32	1.19
83265121--83265320	13	14.8	13	64	21	56	61	2	1	35	1.16
83265108--83265176	32	2.2	32	84	10	88	65	4	1	28	1.21
83265137--83265310	47	3.4	50	72	16	119	61	1	1	35	1.14
83265228--83265342	9	12.7	9	76	4	106	62	0	0	36	1.01
83265216--83265309	18	5.2	18	81	1	98	63	0	0	36	0.94
83265232--83265337	27	3.9	27	97	2	194	64	0	0	35	0.94
83266780--83267096	90	3.5	90	88	1	456	26	25	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83266795--83267129	45	7.5	44	69	10	196	27	24	16	31	1.96
83278005--83278092	43	2.0	44	82	10	110	57	11	1	29	1.41
83278305--83278370	20	3.3	19	79	8	69	56	4	1	37	1.29
83278490--83278532	7	6.0	7	89	5	68	69	0	0	30	0.88
83278490--83278532	22	2.0	21	90	4	68	69	0	0	30	0.88
83278502--83278658	21	7.7	19	67	21	54	61	2	3	31	1.27
83278551--83278656	7	15.9	7	67	16	55	61	3	0	33	1.20
83278490--83278657	15	10.9	15	70	18	80	62	2	3	31	1.25
83278574--83278614	13	2.9	14	85	10	57	58	4	0	36	1.20
83278636--83278749	15	7.4	15	66	15	63	58	0	1	38	1.14
83278668--83278705	19	2.0	19	94	0	67	65	0	0	34	0.93
83278674--83278735	29	2.1	28	88	8	88	62	0	0	37	0.95
83282079--83282121	20	2.3	18	80	8	50	44	18	2	34	1.63
83285633--83285857	40	5.7	40	83	5	278	25	21	27	25	1.99
83285633--83285890	119	2.2	119	79	6	265	26	20	27	25	1.99
83293648--83293871	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
83293648--83293871	79	2.8	80	83	6	269	24	21	28	25	1.99
83293685--83293894	80	2.7	79	83	7	223	26	20	27	25	1.99
83299089--83299231	42	3.4	42	78	5	162	30	15	23	31	1.95
83299884--83299971	39	2.2	40	87	2	124	34	19	21	25	1.96
83299908--83300030	40	3.1	38	77	10	122	26	20	20	32	1.97
83300395--83300466	28	2.6	28	80	8	67	20	0	41	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83300427--83300477	7	7.3	7	82	6	59	21	0	41	37	1.54
83300413--83300477	14	4.6	14	80	3	69	20	0	41	38	1.52
83300680--83300755	21	3.6	21	79	8	73	23	0	31	44	1.54
83300680--83300754	7	10.6	7	76	2	51	24	0	30	45	1.53
83300787--83300829	14	3.1	14	78	15	54	25	0	32	41	1.56
83301180--83301267	44	2.0	44	84	0	113	36	34	6	22	1.81
83301258--83301301	18	2.4	18	85	7	54	22	38	0	38	1.55
83305134--83305175	13	3.1	14	80	10	52	40	4	0	54	1.21
83305223--83305251	11	2.7	11	94	5	51	48	0	10	41	1.37
83305378--83305503	43	3.0	43	81	5	114	24	15	30	28	1.96
83307947--83307984	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
83312127--83312211	27	3.2	27	63	15	68	21	25	17	35	1.95
83312078--83312385	53	5.8	53	85	6	342	21	25	18	35	1.96
83317814--83317874	27	2.3	27	82	0	68	32	27	8	31	1.86
83317798--83317927	54	2.4	54	82	5	138	30	24	9	36	1.87
83317825--83317954	27	4.8	27	91	0	179	28	23	8	40	1.83
83317825--83317982	54	2.9	54	84	0	190	30	22	8	38	1.83
83317933--83318265	27	12.3	27	78	6	221	39	20	8	31	1.83
83317933--83318265	54	6.1	54	76	8	264	39	20	8	31	1.83
83317795--83317997	81	2.5	81	75	0	199	33	23	8	35	1.85
83317933--83318231	81	3.7	81	76	7	252	41	19	8	31	1.81
83317947--83318179	27	8.7	27	81	3	240	41	21	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83317947--83318178	80	2.9	81	82	4	265	41	20	8	29	1.81
83318295--83318359	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
83319336--83319425	42	2.1	42	95	0	162	31	14	21	33	1.93
83319456--83319527	31	2.3	31	95	0	135	23	19	25	31	1.98
83328953--83329060	26	4.2	25	88	7	162	34	7	22	36	1.82
83328953--83329060	52	2.1	52	92	0	180	34	7	22	36	1.82
83330662--83330817	27	5.8	26	81	8	170	20	24	20	34	1.96
83330656--83330817	54	3.0	54	90	2	229	19	24	20	34	1.96
83330662--83330817	81	1.9	80	84	6	208	20	24	20	34	1.96
83336949--83337056	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
83338657--83338747	31	3.2	27	81	14	112	17	24	23	35	1.95
83338657--83338737	31	2.8	30	87	9	114	18	25	20	34	1.96
83339189--83339267	40	2.0	39	95	2	140	25	11	8	54	1.65
83340612--83340670	15	4.0	15	82	2	66	57	16	16	8	1.63
83351778--83352002	40	5.7	39	86	3	254	26	28	22	23	1.99
83351778--83352002	79	2.8	78	81	6	256	26	28	22	23	1.99
83358502--83358866	1	365.0	1	100	0	730	100	0	0	0	0.00
83358914--83359122	37	5.6	38	77	11	182	27	29	20	22	1.98
83358914--83359088	75	2.4	75	80	11	191	28	29	21	21	1.99
83374529--83374716	40	4.7	40	91	3	308	25	27	22	24	2.00
83382566--83382753	40	4.7	40	88	5	265	27	27	21	24	1.99
83382533--83382749	80	2.7	80	86	5	282	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83411454--83411601	43	3.5	42	78	14	144	25	25	19	29	1.99
83428884--83428948	33	2.0	33	93	0	112	21	12	24	41	1.87
83431918--83432007	45	2.0	45	95	0	162	17	23	25	33	1.96
83435356--83435404	23	2.1	23	100	0	98	40	12	20	26	1.87
83435501--83435564	29	2.1	31	88	5	96	46	0	1	51	1.10
83437484--83437539	29	1.9	29	89	7	87	33	0	28	37	1.58
83437889--83437928	22	1.9	20	90	10	62	32	0	0	67	0.91
83440481--83440655	49	3.6	49	77	6	160	26	18	28	25	1.98
83442411--83442982	48	11.9	48	78	6	455	27	19	27	25	1.99
83442413--83442982	146	4.0	145	81	7	599	27	19	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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