genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77076906--77076980	37	2.0	37	97	0	141	24	5	16	54	1.62
77083915--77083958	21	2.3	18	88	11	61	27	0	0	72	0.85
77083923--77083978	21	2.7	22	78	15	57	32	0	1	66	1.03
77089903--77089969	34	2.0	34	100	0	134	20	11	23	43	1.85
77093071--77093168	39	2.5	39	93	0	160	25	28	21	24	1.99
77100131--77100316	39	4.8	39	92	2	313	22	23	30	23	1.99
77100131--77100316	76	2.4	76	91	3	291	22	23	30	23	1.99
77104382--77104493	51	2.2	51	90	0	170	25	20	12	41	1.88
77105996--77106054	30	1.9	31	86	3	84	25	22	5	47	1.71
77105996--77106063	30	2.2	31	82	7	77	26	19	7	47	1.75
77112727--77112849	43	2.7	48	72	19	125	27	18	23	30	1.98
77113872--77113979	43	2.5	43	87	3	164	26	24	28	20	1.99
77117341--77117463	39	3.1	39	80	5	140	30	4	19	45	1.71
77117437--77117479	17	2.6	17	92	3	70	27	0	25	46	1.53
77138790--77138830	16	2.4	17	88	8	57	78	0	4	17	0.93
77169808--77170137	75	4.5	74	77	9	315	40	8	4	46	1.56
77169808--77170137	141	2.3	142	82	10	377	40	8	4	46	1.56
77172177--77172225	25	1.9	26	87	4	73	14	10	12	63	1.53
77177925--77178112	48	3.9	48	80	0	223	27	17	29	25	1.98
77177929--77178147	96	2.3	96	84	3	289	28	18	28	24	1.98
77177929--77178146	48	4.5	48	78	2	215	28	18	28	24	1.98
77180273--77180535	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77180312--77180570	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
77201914--77202242	74	4.5	73	78	10	311	40	8	4	46	1.56
77201915--77202242	148	2.2	148	82	10	376	40	8	4	46	1.55
77204281--77204329	25	1.9	26	87	4	73	14	10	12	63	1.53
77210022--77210209	48	3.9	48	80	0	223	27	17	29	25	1.98
77210026--77210244	96	2.3	96	84	3	289	28	18	28	24	1.98
77210026--77210243	48	4.5	48	78	2	215	28	18	28	24	1.98
77212364--77212626	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
77212403--77212661	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
77220313--77220575	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
77220352--77220610	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
77228003--77228098	44	2.2	44	85	7	126	35	27	15	21	1.94
77231091--77231225	43	3.1	44	83	6	184	25	17	28	28	1.98
77231522--77231686	38	4.3	38	92	1	269	21	20	25	32	1.98
77231668--77231705	19	2.0	19	100	0	76	21	15	26	36	1.93
77231630--77231743	57	2.0	57	92	0	192	20	21	24	34	1.97
77231687--77231788	38	2.7	38	87	0	141	18	21	25	34	1.96
77231592--77231781	95	2.0	95	91	2	310	20	21	24	33	1.97
77231779--77231905	45	2.8	44	86	2	173	22	22	28	26	1.99
77236632--77236691	25	2.4	24	74	17	59	13	6	13	66	1.43
77237782--77237941	85	1.9	85	86	2	232	38	18	16	26	1.92
77251634--77251668	3	11.7	3	93	0	61	62	0	37	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77252485--77252518	16	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
77264619--77264670	20	2.6	20	84	0	77	11	28	34	25	1.91
77266353--77266442	45	2.0	45	95	0	162	37	24	13	24	1.91
77266371--77266442	21	3.3	21	69	17	65	37	23	13	25	1.92
77269809--77269871	27	2.3	27	76	10	65	36	17	25	20	1.94
77276182--77276564	136	2.8	138	91	2	617	44	6	7	41	1.59
77278605--77278644	17	2.4	17	91	4	64	42	12	0	45	1.42
77281954--77282023	27	2.6	27	93	2	113	31	27	12	28	1.93
77281953--77282049	27	3.5	28	85	2	106	31	27	12	27	1.93
77282504--77282535	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
77285513--77285584	31	2.3	31	90	0	117	29	12	15	43	1.83
77286970--77287028	28	2.1	28	90	0	91	20	16	38	23	1.92
77287344--77287709	27	13.6	27	80	9	329	38	21	9	30	1.86
77287366--77287709	54	6.4	54	85	3	399	38	20	9	30	1.86
77287344--77287705	134	2.7	134	82	5	410	38	20	9	30	1.86
77287395--77287778	27	14.3	27	82	5	150	38	19	11	30	1.88
77287366--77287736	81	4.6	81	84	5	405	38	20	9	31	1.85
77288289--77288356	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
77296344--77296463	43	2.8	42	81	7	152	29	20	16	33	1.95
77299310--77299340	4	7.8	4	100	0	62	0	25	0	74	0.82
77299881--77299960	40	2.0	40	100	0	160	20	17	10	52	1.72
77316848--77316882	14	2.5	14	90	0	52	8	0	51	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77316917--77316970	18	3.4	17	70	29	55	27	27	29	14	1.95
77321162--77321319	27	5.9	27	83	0	118	35	20	7	36	1.82
77321162--77321305	54	2.7	54	76	0	162	34	20	7	36	1.82
77321256--77321561	27	11.3	27	75	6	172	39	19	9	31	1.85
77321270--77321460	80	2.4	80	79	4	206	41	20	8	28	1.82
77321579--77321644	27	2.4	27	78	14	73	34	24	19	21	1.96
77321600--77321651	27	1.9	27	84	7	70	30	25	23	21	1.99
77322850--77322924	31	2.4	31	90	0	123	28	26	16	29	1.96
77322948--77323039	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
77324669--77325011	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
77339392--77339659	40	6.7	40	95	0	473	21	27	20	30	1.98
77342720--77342803	35	2.5	34	86	7	118	26	21	26	26	1.99
77345025--77345077	27	2.0	26	85	3	70	28	20	22	28	1.99
77346255--77346612	175	2.0	175	97	0	671	33	22	8	35	1.84
77352988--77353069	23	3.6	23	84	0	110	23	18	15	42	1.88
77353031--77353082	23	2.3	23	86	0	68	21	19	21	38	1.94
77379195--77379248	27	2.0	27	96	0	99	20	11	20	48	1.80
77379191--77379254	27	2.6	24	77	15	76	23	10	21	43	1.84
77382047--77382169	55	2.2	57	91	2	196	26	11	27	34	1.91
77382047--77382169	28	4.4	28	93	2	194	26	11	27	34	1.91
77399864--77400603	47	15.6	47	94	1	1246	29	29	8	33	1.87
77399864--77400603	143	5.2	142	94	1	1218	29	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77406219--77406289	26	2.8	26	73	14	67	33	15	4	46	1.65
77406723--77406775	19	2.7	20	77	13	65	43	13	30	13	1.82
77409301--77409347	3	15.7	3	100	0	94	0	31	0	68	0.90
77412344--77412382	16	2.5	15	84	8	51	56	2	0	41	1.13
77420150--77420246	34	2.9	34	78	6	92	32	23	21	21	1.98
77425235--77425395	43	3.8	42	77	6	128	32	24	17	26	1.97
77428139--77428244	40	2.6	41	87	3	160	32	26	16	25	1.96
77431143--77431274	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
77439032--77439201	40	4.3	40	90	0	225	26	27	21	24	1.99
77439032--77439178	79	1.9	80	89	1	233	27	27	20	24	1.99
77439030--77439254	40	5.6	39	84	5	191	26	27	21	24	1.99
77443515--77443732	40	5.5	40	87	4	266	24	23	26	25	2.00
77449103--77449303	90	2.2	92	88	4	289	23	29	21	25	1.99
77449126--77449294	46	3.7	46	73	15	172	23	29	22	24	1.99
77461055--77461092	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
77461084--77461121	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
77467696--77467845	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
77467720--77467903	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
77472167--77472351	67	2.9	64	77	8	196	29	17	29	23	1.97
77474258--77474359	34	3.0	33	79	9	109	30	23	21	24	1.99
77497491--77497520	12	2.6	12	94	5	53	40	6	16	36	1.75
77505117--77505191	34	2.2	34	86	6	100	26	21	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77512726--77512757	15	2.1	15	94	0	55	18	37	21	21	1.94
77513554--77513588	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
77519427--77519519	25	3.6	25	75	4	87	59	5	3	32	1.36
77519544--77519634	26	3.5	26	72	19	82	61	5	1	31	1.26
77519564--77519657	35	2.8	32	80	11	98	65	4	2	27	1.22
77519574--77519653	16	4.9	16	76	11	65	63	3	1	31	1.20
77519538--77519648	54	2.1	54	85	8	149	62	4	1	31	1.26
77519550--77519656	16	6.1	16	67	20	54	63	3	1	30	1.22
77519604--77519677	35	2.0	35	82	7	85	64	2	4	28	1.25
77520173--77520276	3	34.0	3	70	14	61	59	4	3	31	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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