genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21391057--21391108	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
21395733--21395807	30	2.5	30	85	6	91	25	34	0	40	1.56
21397622--21397670	15	3.1	15	78	18	55	69	0	12	18	1.19
21402571--21402619	7	7.0	7	100	0	98	28	0	28	42	1.56
21411496--21411521	11	2.4	11	100	0	52	42	0	0	57	0.98
21412646--21412712	19	3.5	20	80	17	70	23	2	2	70	1.15
21413912--21413992	40	2.0	40	97	0	153	40	17	6	35	1.74
21415140--21415381	42	5.7	42	80	3	227	18	22	15	43	1.87
21415199--21415347	21	7.0	21	80	4	147	17	23	15	43	1.87
21415201--21415381	85	2.1	84	79	4	193	18	23	14	43	1.87
21415201--21415376	21	8.3	21	77	3	84	17	23	15	43	1.87
21418621--21418669	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
21421395--21422371	487	2.0	487	99	0	1918	35	18	8	37	1.81
21422517--21422625	46	2.4	45	75	1	110	20	24	13	41	1.89
21422637--21422787	46	3.3	46	93	1	241	19	24	13	42	1.88
21422564--21422708	76	1.9	76	92	0	245	19	24	13	42	1.88
21422758--21422881	45	2.8	45	91	0	194	21	25	17	35	1.95
21422640--21422901	46	5.8	45	80	10	212	19	24	17	39	1.92
21424541--21424609	34	2.0	34	100	0	138	8	23	14	53	1.68
21425099--21425150	25	2.1	25	96	0	95	28	26	3	40	1.74
21435374--21435399	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21437183--21437229	14	3.1	15	79	17	53	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21437637--21437668	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
21437678--21437711	13	2.7	13	86	4	52	76	5	14	2	1.09
21438784--21438899	51	2.2	54	83	7	141	18	19	18	43	1.89
21439024--21439130	18	5.9	18	82	4	108	30	15	17	35	1.92
21439024--21439133	36	3.1	36	84	2	132	30	15	17	36	1.91
21439024--21439130	54	2.0	54	85	3	144	30	15	17	35	1.92
21439042--21439133	18	5.1	18	84	5	123	32	15	16	35	1.90
21439139--21439195	18	3.2	18	82	9	71	35	5	19	40	1.74
21453526--21453586	31	2.0	30	83	3	77	36	0	4	59	1.19
21453725--21453774	20	2.5	20	86	3	73	50	12	10	28	1.71
21455937--21456474	46	11.8	46	89	2	773	39	14	23	22	1.90
21455938--21456492	138	4.1	138	92	3	865	40	14	23	22	1.90
21457323--21457368	22	2.0	22	83	4	56	23	2	4	69	1.17
21462141--21462250	29	3.9	29	78	8	118	28	30	15	26	1.96
21464012--21464115	29	3.6	28	79	2	100	27	12	30	28	1.93
21464025--21464135	57	1.9	58	85	1	152	27	14	30	27	1.95
21468433--21468531	29	3.4	29	84	1	119	24	18	30	27	1.98
21476971--21476998	3	9.3	3	100	0	56	32	0	67	0	0.91
21478735--21478760	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21482396--21482446	27	1.9	26	88	11	77	45	1	0	52	1.12
21482375--21482495	44	2.7	44	82	8	149	45	3	0	51	1.17
21482450--21482501	26	2.0	25	85	3	68	48	3	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21488265--21488315	5	10.2	5	100	0	102	41	0	0	58	0.98
21488340--21488385	18	2.5	19	80	13	53	73	6	15	4	1.19
21489871--21489900	4	7.2	4	92	7	51	23	0	23	53	1.46
21493296--21493471	46	3.8	45	79	10	194	21	20	28	28	1.98
21493292--21493463	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
21495811--21495863	17	3.2	15	79	15	52	62	7	1	28	1.33
21498103--21498155	18	2.9	18	80	8	54	45	0	5	49	1.26
21499398--21499441	22	2.0	22	82	8	54	43	4	0	52	1.22
21525005--21525083	34	2.5	31	80	13	81	43	6	10	40	1.64
21525021--21525102	34	2.4	34	95	0	146	39	7	12	41	1.70
21539709--21539775	20	3.4	20	77	6	66	43	20	25	10	1.84
21539800--21539910	20	5.6	20	72	0	69	33	18	25	23	1.97
21539809--21540025	40	5.4	40	83	1	247	34	17	25	23	1.96
21540981--21541095	54	2.1	54	86	0	167	57	6	6	28	1.51
21542130--21542170	21	2.0	21	85	9	57	73	0	4	21	1.02
21561033--21561099	20	3.4	20	77	6	66	43	20	25	10	1.84
21561124--21561234	20	5.6	20	72	0	69	33	18	25	23	1.97
21561133--21561349	40	5.4	40	83	1	247	34	17	25	23	1.96
21562316--21562430	54	2.1	54	86	0	167	57	6	6	28	1.51
21563485--21563547	26	2.5	25	76	20	69	63	0	4	31	1.15
21580696--21580756	25	2.4	27	76	18	67	4	36	3	55	1.38
21581249--21581274	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21584657--21584709	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
21601310--21601379	35	2.0	35	97	0	131	25	10	30	34	1.89
21604037--21604062	6	4.3	6	100	0	52	30	19	19	30	1.96
21606551--21606614	30	2.1	31	83	11	80	35	12	12	39	1.81
21606717--21606761	21	2.1	22	87	4	65	31	0	2	66	1.04
21617267--21617293	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21620540--21620568	9	3.3	9	95	4	51	0	6	0	93	0.36
21620539--21620568	15	1.9	15	93	6	51	0	10	0	90	0.47
21623135--21623177	21	2.0	22	90	4	70	69	0	0	30	0.88
21626435--21626475	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21630159--21630198	19	2.1	19	100	0	80	35	10	22	32	1.87
21631061--21631100	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
21631344--21631383	18	2.3	17	91	4	62	5	10	0	85	0.75
21631344--21631383	9	4.4	9	83	0	53	5	10	0	85	0.75
21634994--21635036	23	2.0	21	81	9	50	34	6	2	55	1.39
21652771--21652831	13	4.7	13	77	0	68	26	6	27	39	1.81
21654848--21655018	72	2.4	71	84	4	236	54	13	7	25	1.64
21655443--21655508	18	3.7	18	95	0	114	39	13	13	33	1.84
21659082--21659137	21	2.6	21	85	2	67	16	33	26	23	1.95
21659101--21659145	21	2.1	21	100	0	90	13	35	26	24	1.92
21660150--21660206	28	2.0	28	86	0	78	38	15	3	42	1.65
21660237--21660277	18	2.3	18	86	0	55	41	17	9	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21660246--21660280	18	1.9	18	94	0	61	37	17	14	31	1.89
21661649--21661677	9	3.3	9	90	9	51	34	0	0	65	0.93
21668726--21668835	48	2.3	48	95	0	193	30	1	7	60	1.34
21668765--21668835	15	4.5	15	69	27	58	29	1	5	63	1.26
21670356--21670392	18	2.1	18	94	0	65	24	16	16	43	1.87
21672084--21672139	17	3.4	17	72	18	64	66	0	0	33	0.92
21672082--21672141	8	7.6	8	75	15	54	66	0	0	33	0.92
21678404--21678437	18	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
21678397--21678452	27	2.0	28	89	3	87	48	0	0	51	1.00
21681100--21681230	66	2.0	65	95	1	235	47	5	4	42	1.46
21681961--21682013	22	2.3	23	77	3	63	64	1	0	33	1.05
21682171--21682229	29	2.0	30	86	6	84	27	13	15	44	1.84
21685235--21685363	54	2.4	55	79	6	131	25	24	16	34	1.95
21714271--21714329	31	1.9	30	93	3	100	44	8	5	42	1.57
21718976--21719249	124	2.2	124	83	3	320	24	20	18	36	1.95
21719693--21719731	14	2.8	14	88	0	60	56	38	0	5	1.22
21719770--21719810	7	5.9	7	85	0	55	53	29	0	17	1.44
21724996--21725079	40	2.1	39	84	2	105	25	13	29	32	1.93
21728185--21728267	35	2.3	35	85	10	105	39	6	13	40	1.69
21728779--21728908	55	2.5	51	81	9	170	47	13	13	26	1.78
21728792--21728902	55	2.0	55	91	0	177	45	13	13	27	1.81
21732495--21732537	10	4.3	10	82	11	61	20	6	2	69	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742675--21742735	30	2.0	30	84	6	79	27	4	24	42	1.75
21743027--21743082	28	2.0	28	92	0	94	23	12	23	41	1.88
21748051--21748138	45	2.0	45	95	0	158	34	19	18	28	1.95
21755047--21755079	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
21755040--21755081	15	2.8	16	85	10	61	21	0	2	76	0.90
21758683--21758722	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
21760901--21760995	45	2.1	45	84	7	122	31	17	22	28	1.97
21760871--21761308	178	2.5	178	88	0	662	30	18	21	29	1.97
21761146--21761441	133	2.2	131	86	4	382	29	18	21	30	1.97
21761232--21761595	178	2.0	179	86	5	515	29	18	22	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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