genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39761225--39761285	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
39765911--39765950	15	2.7	15	88	0	62	55	10	17	17	1.69
39767508--39767554	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
39772012--39772280	46	5.7	49	73	10	172	23	29	18	27	1.98
39789855--39789902	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
39790866--39790905	21	2.0	20	85	5	53	27	30	32	10	1.89
39802222--39802393	42	4.1	42	90	3	251	25	18	22	33	1.97
39806435--39806497	21	2.9	22	85	2	83	31	3	31	33	1.74
39808761--39808798	17	2.2	17	100	0	76	10	5	10	73	1.23
39810984--39811020	13	3.0	13	84	7	51	13	8	0	78	0.96
39810986--39811033	24	2.0	24	83	4	60	10	12	2	75	1.14
39811334--39811396	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
39816465--39816596	42	3.2	42	91	4	214	25	18	21	34	1.96
39816469--39816596	40	3.2	40	91	4	202	24	19	22	33	1.97
39817488--39817548	18	3.4	17	74	17	52	77	3	16	3	1.04
39817489--39817559	36	1.9	37	83	8	92	74	4	18	2	1.10
39817525--39817561	20	2.0	20	89	10	60	78	2	18	0	0.87
39822377--39822478	27	3.8	26	82	8	123	38	20	24	16	1.93
39823146--39823192	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
39839325--39839359	18	1.9	19	88	11	56	17	40	11	31	1.85
39840284--39840318	10	3.4	10	84	7	52	54	8	8	28	1.60
39841373--39841476	27	3.9	27	82	10	124	37	22	24	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39842870--39842940	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
39845636--39845746	43	2.6	43	71	8	109	33	24	13	28	1.93
39845703--39845924	50	4.6	49	75	10	163	25	28	17	28	1.97
39848795--39848881	44	2.0	44	84	4	113	37	12	24	25	1.90
39849018--39849138	47	2.6	47	89	0	188	35	14	23	26	1.93
39849125--39849310	55	3.4	54	81	7	207	34	17	24	23	1.95
39851986--39852018	18	1.9	17	88	11	50	27	6	21	45	1.75
39852942--39853014	37	2.0	37	97	0	137	21	6	21	49	1.73
39855472--39855556	44	1.9	44	83	9	111	35	14	23	27	1.93
39855560--39855769	47	4.5	46	78	8	169	34	18	24	22	1.96
39855683--39855815	47	2.8	47	91	1	203	33	15	24	26	1.95
39855797--39856001	53	3.8	54	74	4	162	35	18	23	22	1.95
39864259--39864395	67	2.0	67	94	0	238	18	18	28	33	1.95
39864459--39864533	23	3.3	23	79	7	82	22	24	20	33	1.97
39871396--39871579	40	4.6	40	83	13	193	32	26	15	26	1.96
39871753--39871793	21	1.9	22	90	5	66	17	9	14	58	1.62
39878198--39878246	25	2.0	25	87	0	71	32	22	18	26	1.97
39878283--39878330	20	2.3	21	89	3	71	33	10	22	33	1.88
39878378--39878445	26	2.7	25	88	2	91	32	25	20	22	1.98
39878378--39878448	25	2.8	26	89	2	99	30	23	21	23	1.99
39878669--39878752	29	2.8	29	84	13	109	28	19	23	28	1.98
39885817--39885862	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39885918--39885989	25	2.8	26	85	4	92	29	23	20	26	1.99
39885944--39886016	25	3.0	23	82	11	74	30	21	20	27	1.98
39886211--39886292	29	2.7	30	81	9	96	31	19	21	26	1.97
39889099--39889195	48	2.0	48	95	0	176	32	6	28	31	1.82
39889329--39889400	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
39894316--39894467	43	3.6	41	73	11	128	23	18	29	28	1.98
39896682--39896785	39	2.7	39	83	7	122	24	28	26	20	1.99
39898808--39898833	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
39899315--39899492	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
39899316--39899471	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39899312--39899492	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
39914274--39914439	27	6.6	25	78	11	137	25	15	29	28	1.96
39914274--39914439	26	6.6	24	75	12	113	25	15	29	28	1.96
39921752--39921777	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
39922259--39922436	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
39922260--39922415	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39922256--39922436	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
39926825--39927008	39	4.7	40	89	5	252	25	27	22	25	2.00
39926825--39927008	79	2.3	80	86	6	250	25	27	22	25	2.00
39930538--39930799	39	6.7	40	86	7	310	25	26	22	25	2.00
39933260--39933363	47	2.2	47	78	0	118	34	29	14	21	1.93
39934189--39934359	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39934193--39934364	46	3.7	46	77	13	190	22	21	27	28	1.99
39935754--39935925	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
39943548--39943719	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
39947158--39947222	29	2.3	28	86	2	85	30	26	1	41	1.65
39947163--39947222	28	2.1	29	87	3	86	31	26	1	40	1.66
39953666--39953779	46	2.6	44	87	8	153	25	28	23	21	1.99
39953772--39954008	38	6.2	38	91	0	366	30	24	23	21	1.99
39958695--39958796	24	4.2	24	92	0	159	34	3	41	20	1.71
39958707--39958794	12	7.3	12	67	14	56	31	4	43	20	1.72
39960228--39960292	27	2.4	27	85	10	80	20	24	23	32	1.98
39960240--39960311	27	2.7	26	82	6	81	23	25	16	34	1.95
39967842--39968019	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
39967863--39968018	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
39969844--39969945	24	4.2	24	93	0	168	35	3	41	19	1.70
39971375--39971457	27	3.1	27	84	6	114	19	25	20	34	1.96
39971375--39971486	54	2.1	53	84	1	143	20	23	20	35	1.96
39971375--39971486	27	4.2	26	80	7	109	20	23	20	35	1.96
39980417--39980451	18	1.9	18	100	0	70	28	20	11	40	1.87
39985697--39985765	30	2.3	30	82	5	86	8	21	2	66	1.32
39985768--39985810	12	3.6	12	100	0	86	25	16	13	44	1.85
39985858--39985909	19	2.5	21	78	12	63	3	11	3	80	0.97
39985862--39985924	20	3.2	20	80	17	69	3	14	4	77	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39990402--39990441	16	2.6	16	92	4	64	22	5	0	72	1.04
39997879--39997994	56	2.1	56	96	0	214	43	9	23	23	1.82
39999423--39999607	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
39999423--39999607	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
39999476--39999640	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
40006075--40006190	56	2.1	56	98	0	223	44	8	23	23	1.80
40007620--40007804	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
40007620--40007804	40	4.7	40	83	6	216	24	22	27	25	2.00
40007673--40007837	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
40013275--40013315	20	2.0	21	90	4	66	21	0	19	58	1.39
40016877--40016913	16	2.3	16	95	0	65	48	18	24	8	1.75
40017131--40017246	29	4.1	29	86	3	137	27	13	31	26	1.94
40020905--40020978	26	2.8	26	85	0	112	28	17	24	29	1.97
40021980--40022030	25	2.0	25	100	0	102	27	35	7	29	1.85
40024684--40024854	93	1.8	93	92	2	290	28	28	21	22	1.99
40024679--40024851	46	3.8	45	77	13	183	28	27	20	22	1.99
40025278--40025337	30	2.0	30	86	0	84	31	25	5	38	1.77
40027155--40027218	23	2.8	23	90	0	101	73	3	18	4	1.14
40029090--40029267	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
40029111--40029266	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
40029090--40029281	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
40031648--40031731	43	2.0	43	97	0	159	35	20	9	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40031648--40031744	43	2.3	43	90	3	142	34	19	10	36	1.86
40033308--40033366	18	3.3	18	72	13	50	42	18	16	22	1.89
40033618--40033673	23	2.4	23	80	14	62	42	21	12	23	1.86
40033708--40033905	27	7.3	27	84	6	204	20	18	19	41	1.91
40033709--40033905	54	3.6	54	87	4	227	20	18	19	41	1.90
40033897--40033997	27	3.7	27	89	0	157	34	16	14	33	1.90
40033813--40033932	54	2.2	54	83	2	143	21	15	20	42	1.88
40036722--40036780	28	2.1	28	96	0	109	28	13	11	45	1.79
40039905--40040089	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
40039905--40040089	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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