genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  239  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79101934--79101984	26	2.0	26	92	0	84	60	5	5	27	1.43
79102296--79102400	50	2.1	52	90	3	169	50	4	10	34	1.58
79110636--79110674	8	4.9	8	96	0	60	33	12	43	10	1.77
79115380--79115550	43	4.0	43	86	1	227	22	31	21	25	1.98
79115381--79115544	86	1.9	85	89	1	256	21	32	21	24	1.98
79116329--79116407	39	2.0	39	92	0	131	37	21	6	34	1.79
79118274--79118415	40	3.6	40	88	2	207	24	21	26	26	2.00
79123455--79123513	29	2.0	29	96	0	109	33	23	16	25	1.96
79125225--79125414	43	4.6	42	77	8	158	24	30	19	26	1.98
79125304--79125431	43	3.0	43	90	2	186	23	30	20	25	1.98
79129651--79129712	11	5.6	11	77	7	54	79	0	3	17	0.87
79129662--79129706	21	2.2	20	88	4	63	82	0	2	15	0.77
79129646--79129699	6	9.0	6	81	6	56	77	0	5	16	0.94
79129663--79129712	17	2.9	17	85	11	66	80	0	2	18	0.82
79135358--79135443	42	2.0	42	100	0	172	27	23	16	32	1.96
79142374--79142501	55	2.3	55	83	0	148	16	22	32	28	1.96
79151524--79151606	28	3.0	28	100	0	166	18	39	21	20	1.92
79162265--79162325	23	2.7	23	97	0	113	24	11	8	55	1.62
79162265--79162335	23	3.1	23	89	0	70	23	9	11	54	1.65
79167357--79167404	21	2.3	20	96	3	87	22	0	8	68	1.16
79167356--79167394	10	3.8	10	81	18	53	23	0	7	69	1.14
79167367--79167408	11	3.9	11	79	17	52	28	0	9	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79180148--79180373	122	1.9	122	92	0	380	26	16	28	28	1.97
79188249--79188313	20	3.2	20	72	12	60	9	18	0	72	1.11
79192717--79193115	145	2.7	144	77	7	421	43	9	8	39	1.66
79195170--79195640	237	2.0	237	83	4	601	31	15	20	32	1.93
79195929--79195986	27	2.1	27	100	0	116	36	15	6	41	1.74
79202966--79203013	22	2.2	22	81	7	53	27	14	2	56	1.50
79203513--79203547	13	2.6	14	86	13	56	14	5	2	77	1.07
79204778--79204812	18	1.9	18	88	0	52	42	11	8	37	1.72
79206092--79206119	11	2.5	11	100	0	56	89	0	10	0	0.49
79216881--79217026	48	3.0	48	96	0	265	34	6	28	30	1.82
79217167--79217238	37	1.9	37	88	5	110	22	19	30	27	1.98
79218179--79218336	43	3.7	43	81	7	178	30	27	19	22	1.98
79218174--79218336	86	1.9	85	83	6	213	31	26	19	22	1.98
79218179--79218344	44	3.9	41	80	8	145	32	27	18	21	1.97
79225789--79225945	44	3.7	43	75	13	146	31	25	19	24	1.98
79239873--79240018	73	2.0	71	92	2	238	26	13	21	38	1.91
79241637--79241676	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
79245844--79245892	21	2.3	22	85	3	64	36	20	18	24	1.94
79247139--79247172	16	2.1	16	100	0	68	47	35	5	11	1.65
79247827--79247880	23	2.4	22	76	14	56	24	14	14	46	1.83
79252931--79252971	20	2.0	20	85	0	55	46	4	12	36	1.63
79253031--79253067	17	2.2	17	95	0	65	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79253160--79253192	5	6.6	5	100	0	66	42	0	0	57	0.98
79254378--79254496	51	2.3	53	86	4	161	17	21	20	41	1.91
79254478--79254518	6	6.8	6	86	10	57	19	19	12	48	1.80
79254629--79254734	18	5.8	18	73	12	81	40	11	14	33	1.81
79255865--79255936	37	1.9	37	91	5	119	26	30	19	23	1.98
79256077--79256270	48	4.0	48	93	0	334	31	27	5	35	1.80
79269396--79269464	30	2.3	31	82	7	79	27	20	7	44	1.77
79275684--79275880	40	4.9	40	94	0	340	25	21	28	24	1.99
79283416--79283612	40	4.9	40	91	0	304	27	21	27	23	1.99
79293028--79293161	50	2.8	48	78	13	143	26	15	32	26	1.96
79296913--79297046	39	3.5	39	87	6	193	44	22	3	29	1.70
79296919--79297035	37	3.1	37	86	7	164	45	22	2	29	1.66
79296975--79297040	22	3.2	21	69	20	59	43	22	3	30	1.68
79314207--79314252	21	2.2	21	100	0	92	32	23	17	26	1.97
79319401--79319560	37	4.3	37	77	3	151	34	31	17	16	1.93
79319401--79319560	74	2.2	74	81	4	180	34	31	17	16	1.93
79326462--79326506	6	7.7	6	97	2	83	0	15	0	84	0.62
79331806--79331838	16	2.1	16	100	0	66	39	12	12	36	1.80
79348693--79348866	37	4.6	38	76	4	156	37	28	17	15	1.91
79348802--79348920	54	2.2	54	84	3	150	36	28	21	14	1.92
79348857--79348966	37	2.9	38	78	9	118	37	30	18	13	1.89
79356779--79356839	29	2.1	29	81	0	68	40	11	4	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79358488--79358526	20	2.0	20	84	0	51	33	2	0	64	1.08
79358486--79358545	30	1.9	30	83	6	75	36	5	0	58	1.20
79361348--79361623	88	3.1	88	69	10	229	26	17	23	32	1.97
79361321--79361646	177	1.8	176	84	1	447	27	18	22	31	1.97
79361672--79361799	45	2.9	45	76	8	127	28	18	20	32	1.96
79366134--79366298	81	2.0	85	84	4	221	51	6	16	24	1.69
79377202--79377266	29	2.2	29	78	15	71	70	4	3	21	1.19
79377498--79377530	11	3.0	11	91	8	50	24	0	3	72	0.98
79381262--79381307	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
79382457--79382554	33	2.9	34	74	21	98	52	0	3	44	1.16
79382759--79382793	12	2.8	13	86	8	54	34	5	14	45	1.68
79383865--79383904	4	9.5	4	84	10	53	77	0	22	0	0.77
79387743--79387800	30	1.9	30	82	6	73	5	32	32	29	1.79
79395925--79396061	54	2.5	54	90	0	211	25	16	24	33	1.95
79402925--79403058	50	2.7	50	82	3	155	23	28	19	28	1.98
79402924--79403194	46	5.7	48	72	10	175	23	28	18	28	1.98
79417715--79417934	84	2.6	84	83	5	248	34	21	9	34	1.86
79417715--79417934	86	2.6	86	81	5	225	34	21	9	34	1.86
79418215--79418342	10	13.2	10	70	16	65	32	2	0	64	1.12
79418215--79418342	19	6.6	19	71	16	84	32	2	0	64	1.12
79418214--79418317	29	3.6	28	74	7	95	33	1	0	63	1.12
79418225--79418337	18	5.9	19	66	22	58	34	1	0	62	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79419836--79419910	22	3.5	22	76	15	59	53	4	4	38	1.39
79420573--79420597	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
79420636--79420684	11	4.4	11	79	5	53	75	0	8	16	1.03
79421718--79421933	90	2.4	91	85	6	275	35	18	16	29	1.93
79422028--79422202	77	2.3	77	89	0	260	33	18	21	26	1.96
79422116--79422290	91	1.9	89	85	6	237	35	20	20	24	1.96
79422207--79423073	76	10.9	74	68	20	364	30	21	18	28	1.97
79422282--79422456	92	1.9	89	85	6	237	32	19	19	28	1.96
79421807--79422997	165	7.2	166	89	4	1500	32	20	19	28	1.97
79422372--79423060	76	8.7	75	71	17	375	30	22	18	28	1.97
79421807--79422997	331	3.6	329	87	4	1547	32	20	19	28	1.97
79422603--79422788	90	2.1	88	90	6	286	31	18	19	30	1.96
79422733--79423052	156	2.1	156	95	1	570	30	25	15	27	1.96
79422702--79423077	76	4.9	74	84	6	457	31	24	16	27	1.97
79435280--79435390	31	3.5	32	74	12	79	52	6	5	36	1.50
79435333--79435407	31	2.6	29	83	10	82	49	4	6	40	1.48
79435468--79435516	11	4.2	11	80	12	53	57	4	0	38	1.18
79436166--79436205	11	3.5	11	87	12	55	27	0	2	70	1.01
79436155--79436216	30	2.1	29	81	6	70	30	0	4	64	1.14
79443027--79443051	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
79443564--79443590	6	4.5	6	100	0	54	33	48	0	18	1.49
79445405--79445530	59	2.0	60	80	7	137	33	7	3	55	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79463087--79463140	27	2.0	26	82	10	65	50	3	1	44	1.30
79469577--79469896	46	6.7	47	84	7	328	20	25	15	39	1.91
79469692--79469784	30	3.2	30	64	27	83	17	26	17	38	1.91
79469688--79469801	56	2.0	56	98	0	219	19	28	15	36	1.92
79469642--79469847	102	2.0	102	90	0	322	19	26	15	37	1.92
79469596--79469893	148	2.0	148	89	0	452	20	25	15	39	1.91
79473432--79473491	3	20.0	3	89	6	95	63	1	33	1	1.14
79490107--79490185	37	2.1	37	95	0	140	25	16	24	34	1.95
79493596--79493638	18	2.3	19	80	4	52	65	0	0	34	0.93
79496553--79496766	93	2.3	93	91	0	347	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344