genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  312  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102843095--102843195	47	2.1	47	85	3	132	23	18	22	34	1.96
102849013--102849076	19	3.3	18	69	14	56	56	0	17	26	1.41
102849029--102849096	20	3.5	20	70	11	68	61	1	17	19	1.42
102849013--102849097	39	2.2	39	95	0	152	58	1	17	22	1.45
102849535--102849581	22	2.1	22	84	0	58	34	2	14	48	1.56
102851353--102851398	15	2.9	16	83	6	58	32	13	0	54	1.39
102851346--102851405	16	3.9	16	77	14	54	31	13	0	55	1.39
102851346--102851404	15	3.9	15	80	4	55	32	13	0	54	1.40
102853948--102854121	46	3.8	45	79	8	197	24	28	18	28	1.98
102855094--102855132	20	2.0	20	89	0	60	15	25	2	56	1.52
102858933--102859243	46	6.8	46	85	3	337	42	14	22	20	1.88
102858939--102859243	92	3.3	90	87	3	405	41	14	22	20	1.89
102858932--102859233	137	2.2	138	85	2	403	42	13	22	20	1.87
102859528--102859560	17	2.0	17	88	5	50	48	3	12	36	1.56
102866655--102866693	20	2.0	21	90	10	64	17	28	2	51	1.59
102870303--102870336	15	2.2	16	90	10	54	38	0	2	58	1.13
102881761--102881977	108	2.0	105	97	0	353	32	24	9	33	1.88
102884447--102884484	20	1.9	20	84	10	51	57	2	15	23	1.51
102891514--102891555	22	2.0	22	95	4	77	9	42	28	19	1.82
102894822--102894882	31	2.0	31	83	0	77	27	26	18	27	1.98
102894884--102894942	31	1.9	31	89	0	91	28	22	18	30	1.97
102894950--102895098	50	3.0	50	93	0	262	27	21	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102899900--102899969	31	2.3	31	82	0	86	28	25	20	25	1.99
102899924--102900015	46	2.0	46	89	0	139	27	23	22	26	2.00
102899970--102900028	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
102900039--102900077	19	2.1	19	100	0	78	25	15	20	38	1.92
102900058--102900203	50	2.9	50	97	0	274	26	21	16	34	1.95
102906184--102906280	46	2.1	46	81	7	108	29	19	27	22	1.98
102913447--102913517	35	2.0	35	94	0	124	42	14	15	28	1.86
102913535--102913581	24	2.0	24	91	0	76	34	2	12	51	1.52
102918820--102918849	8	3.8	8	95	0	51	36	23	3	36	1.71
102922039--102922164	61	2.1	58	85	7	164	52	3	0	44	1.17
102922127--102922172	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
102922443--102922483	21	2.0	21	85	9	57	53	7	0	39	1.29
102922577--102922648	35	2.1	35	97	0	135	37	11	9	41	1.74
102926024--102926048	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
102929586--102929622	20	1.9	19	89	10	58	51	10	0	37	1.37
102931250--102931314	25	2.6	25	78	9	69	26	16	24	32	1.96
102931299--102931367	25	2.8	25	84	0	84	34	20	23	21	1.96
102939790--102939817	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
102940873--102940912	21	1.9	21	85	10	55	10	37	5	47	1.59
102948147--102948185	18	2.1	19	85	4	53	30	12	15	41	1.85
102959402--102959447	15	2.9	16	77	6	58	45	0	0	54	0.99
102964381--102964531	53	2.8	53	86	2	194	30	27	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102966624--102966684	23	2.6	23	80	10	70	54	6	0	39	1.27
102968534--102968589	24	2.3	24	79	14	62	57	3	3	35	1.34
102968614--102968657	15	2.9	15	80	12	54	56	9	4	29	1.50
102970411--102970514	45	2.3	45	80	6	113	27	25	14	32	1.94
102970593--102970745	43	3.6	41	71	8	110	19	18	23	37	1.94
102970586--102970745	86	1.9	85	80	7	189	19	20	23	37	1.94
102971126--102971272	44	3.4	43	71	10	129	21	23	20	35	1.96
102971786--102971960	55	3.2	55	96	0	332	51	10	17	20	1.75
102983861--102984025	70	2.4	70	90	0	258	34	25	9	30	1.87
102983861--102984025	35	4.7	35	87	1	233	34	25	9	30	1.87
102984995--102985118	45	2.7	46	93	1	214	20	25	13	40	1.89
102994233--102994343	51	2.2	51	96	0	204	27	23	16	33	1.95
103003977--103004029	23	2.4	22	87	6	72	58	7	1	32	1.37
103003980--103004050	3	23.3	3	73	8	54	60	5	2	30	1.34
103004515--103004552	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
103005030--103005054	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
103013475--103013653	91	2.0	91	94	0	313	40	12	18	29	1.87
103014168--103014228	31	2.0	31	93	0	104	55	21	9	13	1.66
103014469--103014529	21	2.9	21	87	4	79	4	47	16	31	1.68
103014477--103014537	21	2.9	20	77	18	61	4	47	18	29	1.69
103024687--103024822	70	1.9	71	88	5	204	38	5	36	19	1.74
103024986--103025267	115	2.5	114	84	3	361	33	19	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103025668--103025715	22	2.2	22	84	0	60	22	0	27	50	1.50
103025676--103025728	14	3.7	14	77	5	52	20	0	28	50	1.48
103025676--103025771	29	3.3	28	77	4	93	23	2	29	44	1.65
103025756--103025805	21	2.3	21	86	10	66	24	0	40	36	1.55
103026323--103026388	15	4.5	15	77	9	57	42	40	0	16	1.48
103028350--103028399	21	2.4	21	96	0	91	6	0	68	26	1.13
103029834--103029858	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
103034219--103034354	70	1.9	71	88	5	204	38	5	36	19	1.74
103034518--103034799	115	2.5	114	84	3	361	33	19	16	29	1.94
103035199--103035246	22	2.2	22	84	0	60	22	0	27	50	1.50
103035207--103035259	14	3.7	14	77	5	52	20	0	28	50	1.48
103035207--103035302	29	3.3	28	77	4	93	23	2	29	44	1.65
103035287--103035336	21	2.3	21	86	10	66	24	0	40	36	1.55
103035854--103035919	15	4.5	15	77	9	57	42	40	0	16	1.48
103037879--103037928	21	2.4	21	96	0	91	6	0	68	26	1.13
103039364--103039388	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
103043761--103043896	70	1.9	71	88	5	204	38	5	36	19	1.74
103044060--103044341	115	2.5	114	84	3	361	33	19	16	29	1.94
103044740--103044787	22	2.2	22	84	0	60	22	0	27	50	1.50
103044748--103044800	14	3.7	14	77	5	52	20	0	28	50	1.48
103044748--103044843	29	3.3	28	77	4	93	23	2	29	44	1.65
103044828--103044877	21	2.3	21	86	10	66	24	0	40	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103045395--103045460	15	4.5	15	77	9	57	42	40	0	16	1.48
103047421--103047470	21	2.4	21	96	0	91	6	0	68	26	1.13
103048904--103048928	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
103049909--103050095	87	2.2	86	90	2	295	25	19	30	24	1.98
103049904--103050073	43	3.9	43	93	2	286	24	18	34	22	1.96
103050148--103050230	31	2.6	31	80	3	85	61	19	3	15	1.48
103054655--103054712	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
103054924--103054955	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
103055050--103055340	50	5.7	50	87	4	370	26	24	29	19	1.98
103055050--103055340	150	1.9	153	86	6	421	26	24	29	19	1.98
103058943--103059132	9	20.6	9	71	13	100	37	2	13	46	1.55
103058943--103059105	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
103058979--103059163	96	2.0	90	86	9	259	38	2	11	47	1.55
103058919--103059132	114	1.9	114	83	5	281	38	1	13	46	1.53
103058979--103059163	87	2.1	87	83	9	227	38	2	11	47	1.55
103059237--103059266	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
103059394--103059555	70	2.3	72	93	4	285	59	4	6	29	1.41
103059482--103060582	274	4.0	275	99	0	2145	39	11	12	35	1.81
103060844--103060872	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
103061072--103061440	183	2.0	183	97	0	693	42	14	15	27	1.86
103064361--103064409	15	3.5	15	76	21	61	30	0	53	16	1.43
103064689--103064746	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103064723--103064766	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
103064948--103064996	15	3.5	15	76	21	61	30	0	53	16	1.43
103065275--103065332	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
103065309--103065352	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
103065574--103065621	7	6.9	7	97	0	87	29	54	0	16	1.43
103065727--103065805	41	1.9	41	94	0	140	22	24	18	34	1.97
103065748--103065867	62	1.9	62	98	0	231	22	26	20	30	1.99
103065810--103065926	41	2.9	41	89	1	182	19	23	20	35	1.95
103070434--103070463	14	2.1	14	100	0	60	30	40	16	13	1.87
103071680--103071741	24	2.6	25	77	12	67	35	6	3	54	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344