genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94711585--94711623	19	2.1	18	90	9	60	38	2	5	53	1.37
94712963--94713008	18	2.6	18	92	0	74	21	32	28	17	1.96
94723593--94723749	78	2.0	79	91	1	253	29	12	15	41	1.85
94724253--94724301	15	3.3	15	75	11	55	6	22	12	59	1.55
94725599--94725689	41	2.3	41	82	3	105	39	2	4	53	1.33
94726413--94726536	32	3.9	31	81	8	126	33	16	8	40	1.80
94729212--94729261	26	2.0	26	84	7	68	22	10	14	54	1.69
94732005--94732094	21	4.3	21	88	0	135	28	26	26	17	1.98
94732026--94732120	42	2.2	42	88	3	136	31	23	24	21	1.98
94732493--94732532	15	2.7	14	85	11	53	55	12	0	32	1.38
94738424--94738463	15	2.7	14	85	11	53	55	12	0	32	1.38
94744677--94744826	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
94746982--94747020	20	2.0	20	90	10	62	35	2	20	41	1.66
94748744--94748770	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
94749522--94749551	14	2.1	14	93	0	51	70	6	6	16	1.31
94749379--94749716	89	3.8	90	88	3	468	36	18	14	30	1.91
94750501--94750612	42	2.7	42	90	0	161	13	22	14	50	1.77
94761218--94761309	46	2.0	46	100	0	184	50	8	6	34	1.59
94761235--94761326	25	3.9	24	71	23	79	52	7	5	34	1.53
94761243--94761326	24	3.6	24	72	20	72	53	7	4	34	1.49
94761289--94761372	36	2.3	37	79	10	91	57	4	5	32	1.44
94761445--94761485	18	2.2	19	86	4	57	63	2	2	31	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94763199--94763243	21	2.1	21	83	0	54	22	0	20	57	1.40
94763430--94763476	19	2.5	19	80	13	60	34	2	4	59	1.29
94767086--94767156	14	5.1	14	87	0	106	57	14	9	18	1.63
94767066--94767156	42	2.2	42	85	0	119	57	10	9	21	1.62
94767116--94767161	22	2.1	22	87	0	65	58	13	6	21	1.57
94769529--94769563	18	2.0	18	88	5	54	11	25	45	17	1.81
94778782--94778850	25	2.8	25	88	2	95	31	18	30	18	1.96
94778790--94778862	25	2.9	25	89	0	101	31	19	28	20	1.97
94780361--94780442	41	2.0	41	100	0	164	39	7	9	43	1.65
94780367--94780451	41	2.1	40	89	4	127	40	7	11	41	1.69
94784091--94784131	16	2.5	17	84	4	50	41	7	0	51	1.30
94784099--94784134	16	2.2	17	95	5	65	47	5	0	47	1.25
94787054--94787105	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
94789023--94789074	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
94789532--94789591	27	2.2	28	87	3	86	45	1	0	53	1.10
94793141--94793165	11	2.3	11	100	0	50	8	8	44	40	1.63
94795525--94795589	12	5.4	12	75	0	67	21	0	52	26	1.47
94795525--94795598	36	2.1	36	81	0	85	22	1	51	24	1.56
94795528--94795605	24	3.2	24	90	0	111	24	1	50	24	1.57
94798354--94798389	19	1.9	18	94	5	63	41	16	0	41	1.48
94802360--94802449	45	2.0	45	97	0	171	47	11	14	26	1.77
94802566--94802756	96	2.0	96	90	0	301	29	13	24	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94806317--94806381	31	1.9	34	82	14	82	49	4	1	44	1.32
94808724--94808761	3	12.3	3	94	5	67	68	0	31	0	0.90
94808720--94808758	19	2.1	18	95	4	69	69	0	30	0	0.89
94808774--94808828	16	3.2	17	80	15	60	40	0	5	54	1.23
94811132--94811197	22	3.2	21	83	12	84	25	3	6	65	1.30
94811140--94811197	20	2.9	21	87	12	86	27	3	5	63	1.31
94818139--94818253	39	2.9	38	75	7	106	10	51	4	33	1.56
94826469--94826497	14	2.1	14	100	0	58	51	6	27	13	1.66
94838506--94838535	14	2.1	14	93	0	51	43	20	10	26	1.83
94839017--94839138	54	2.3	54	94	1	210	32	11	21	34	1.89
94841161--94841307	41	3.6	41	76	7	140	33	27	17	21	1.96
94844043--94844089	21	2.2	21	84	0	58	34	12	8	44	1.73
94844054--94844102	21	2.4	21	96	3	91	24	12	12	51	1.73
94844153--94844202	20	2.5	20	83	6	66	28	12	16	44	1.83
94846632--94846741	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
94848667--94848705	15	2.6	15	91	0	69	30	23	23	23	1.99
94850921--94850955	17	2.1	17	88	0	52	57	11	2	28	1.48
94854927--94854965	19	2.0	20	90	5	62	23	25	17	33	1.96
94856636--94856715	40	2.0	40	95	0	142	51	11	8	28	1.67
94858091--94858155	34	1.9	35	81	6	80	41	7	6	44	1.58
94863343--94863420	38	2.1	38	85	0	102	32	8	12	46	1.73
94863631--94863675	10	4.8	9	83	5	54	6	8	2	82	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94863635--94863671	19	1.9	20	88	5	58	8	10	2	78	1.06
94867820--94867870	23	2.1	23	82	10	57	64	3	5	25	1.33
94868115--94868140	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
94868159--94868216	26	2.3	25	88	5	89	62	5	5	27	1.38
94868863--94868896	10	3.3	10	88	8	50	79	0	2	17	0.86
94878313--94878388	36	2.1	36	92	0	125	46	1	2	50	1.24
94878480--94878522	17	2.5	18	82	17	56	34	2	0	62	1.08
94881148--94881347	100	2.0	100	98	0	382	30	14	12	43	1.82
94881550--94881619	35	2.0	35	100	0	140	28	8	14	48	1.73
94887339--94887377	15	2.7	14	88	7	60	28	0	2	69	1.02
94891667--94892217	105	5.3	105	81	4	549	33	13	18	34	1.89
94891667--94892217	209	2.6	210	81	3	619	33	13	18	34	1.89
94899599--94899666	32	2.1	32	94	0	118	22	58	11	7	1.57
94901160--94901199	12	3.4	12	89	3	55	15	5	2	77	1.04
94911884--94911952	25	2.7	26	81	16	83	27	20	23	28	1.99
94916249--94916415	43	3.9	43	75	6	160	30	23	14	31	1.95
94916249--94916411	86	1.9	85	84	3	220	30	23	15	31	1.95
94921599--94921722	61	2.0	61	98	0	239	17	12	15	54	1.72
94941884--94942109	113	2.0	113	98	0	434	25	16	25	32	1.96
94943934--94944019	20	4.3	20	83	0	91	12	22	16	48	1.79
94945064--94945239	38	4.5	38	80	5	183	32	24	21	22	1.98
94945064--94945227	78	2.1	78	82	4	206	34	24	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94945106--94945255	78	1.9	78	84	8	198	30	24	22	23	1.99
94949860--94949908	24	2.0	26	88	11	77	38	0	0	61	0.96
94949860--94949918	24	2.5	23	79	15	68	38	0	0	61	0.96
94951656--94951830	87	2.0	87	97	0	332	30	16	21	32	1.95
94958493--94958622	43	3.0	44	83	4	149	25	16	26	31	1.97
94982311--94982340	8	3.6	8	95	4	51	23	0	0	76	0.78
94983926--94983976	21	2.4	22	81	15	63	60	9	5	23	1.50
94988521--94988913	195	2.0	195	100	0	786	41	7	19	31	1.79
94990110--94990134	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
94990171--94990202	16	1.9	17	93	6	57	31	0	9	59	1.29
94990591--94990706	45	2.6	45	90	0	169	25	18	13	41	1.88
94996717--94996793	12	6.2	13	68	24	51	36	0	5	58	1.21
94996722--94996763	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
94996717--94996791	20	3.9	19	68	25	52	36	0	5	58	1.21
94997296--94997329	17	1.9	18	88	5	52	67	0	29	2	1.05
94998316--94998410	45	2.1	45	90	3	147	22	16	18	42	1.89
94998394--94998428	6	5.7	6	89	3	52	20	20	14	45	1.85
95002996--95003031	15	2.3	16	90	4	56	66	8	5	19	1.38
95004861--95005015	44	3.4	46	73	10	140	28	22	20	29	1.98
95004861--95005065	91	2.3	90	83	5	236	28	21	19	30	1.98
95005138--95005551	223	1.9	222	89	2	652	27	28	17	26	1.98
95005262--95005551	44	6.5	43	73	12	160	27	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95005121--95005584	223	2.1	217	82	7	599	26	29	17	26	1.97
95005306--95005867	178	3.2	177	88	2	795	27	26	18	28	1.98
95005707--95006001	134	2.2	134	89	0	455	26	25	18	30	1.98
95005535--95006109	312	1.8	312	88	0	882	26	26	17	29	1.98
95005939--95006041	44	2.3	44	81	1	116	27	27	18	27	1.98
95007383--95007437	16	3.3	16	85	9	74	18	0	7	74	1.04
95007392--95007450	6	10.0	6	76	10	50	16	0	8	74	1.05
95007389--95007443	13	4.6	13	72	25	50	18	0	9	72	1.10
95008000--95008055	19	3.1	17	82	10	58	12	5	1	80	0.96
95008000--95008055	6	9.2	6	82	3	67	12	5	1	80	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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