genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47020758--47020936	27	6.7	26	77	11	130	30	9	20	40	1.84
47020929--47021112	27	6.8	27	88	2	235	36	8	25	28	1.86
47020756--47020974	81	2.7	81	83	3	183	32	9	20	36	1.85
47021118--47021207	27	3.3	27	85	3	119	32	11	15	41	1.82
47021118--47021222	27	3.9	27	81	7	90	34	10	15	40	1.81
47024306--47024482	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
47024306--47024457	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
47031889--47032040	55	2.8	55	91	0	232	29	28	13	27	1.94
47031889--47032040	27	5.6	27	92	3	223	29	28	13	27	1.94
47031918--47032059	27	5.2	27	77	13	78	30	29	12	26	1.93
47034864--47034927	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
47035120--47035265	25	6.0	23	83	11	177	26	22	21	29	1.99
47035120--47035265	49	3.0	48	86	7	190	26	22	21	29	1.99
47035311--47035381	20	3.5	20	90	0	115	30	21	11	36	1.88
47036608--47036695	27	3.3	28	83	13	98	26	25	19	29	1.98
47036623--47036706	27	3.1	27	89	3	116	22	26	20	30	1.98
47036768--47036819	27	1.9	27	84	7	70	36	11	11	40	1.78
47036851--47037013	27	6.0	27	77	11	163	31	9	19	39	1.84
47036859--47037050	54	3.6	54	78	8	176	30	9	19	40	1.83
47036856--47037050	81	2.4	81	87	2	268	30	9	20	39	1.84
47037029--47037212	27	6.8	27	86	2	208	37	7	25	29	1.83
47036856--47037077	81	2.8	81	84	3	207	32	9	19	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47037029--47037212	54	3.4	54	84	3	235	37	7	25	29	1.83
47037218--47037307	27	3.3	27	85	3	119	32	11	16	40	1.84
47037191--47037312	54	2.2	54	78	7	131	31	9	19	39	1.84
47037218--47037322	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
47042986--47043037	22	2.5	21	71	6	52	78	3	1	15	0.98
47043278--47043311	18	1.9	17	88	5	50	50	11	5	32	1.63
47048455--47048504	25	2.0	25	84	0	64	10	30	0	60	1.30
47050920--47050957	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
47050963--47051037	34	2.2	34	92	0	123	40	16	24	20	1.91
47051058--47051231	46	3.8	46	77	10	183	24	21	27	27	1.99
47051052--47051224	93	1.9	93	90	2	276	24	21	27	26	2.00
47056777--47056927	27	5.6	27	84	3	169	28	29	15	27	1.96
47056777--47056926	55	2.8	54	84	4	176	28	29	15	26	1.96
47064729--47064906	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
47064750--47064905	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
47067369--47067396	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
47082795--47082965	93	1.8	93	96	0	315	28	27	21	22	1.99
47082787--47082962	46	3.8	46	80	10	223	28	27	21	22	1.99
47083388--47083447	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
47086717--47086831	46	2.5	46	80	1	124	19	17	13	50	1.78
47086866--47086967	45	2.3	46	88	6	147	23	20	18	37	1.94
47086968--47087061	46	2.0	47	89	2	145	19	12	18	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47088732--47088824	40	2.3	42	87	7	129	32	16	20	31	1.94
47088813--47088906	41	2.3	41	96	0	170	23	15	29	30	1.96
47088752--47088931	41	4.4	40	80	7	139	29	16	23	30	1.96
47092475--47092652	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	26	1.96
47092496--47092651	82	1.9	81	86	3	224	29	27	16	26	1.96
47092475--47092666	82	2.3	83	76	11	207	30	26	15	28	1.96
47099133--47099248	58	2.0	58	100	0	232	36	22	15	25	1.94
47102076--47102245	49	3.5	48	77	7	157	25	27	20	26	1.99
47102308--47102416	46	2.4	46	77	10	125	23	27	19	29	1.98
47106096--47106134	20	2.0	20	90	10	62	35	17	0	46	1.49
47110777--47110888	29	3.9	29	86	6	149	28	31	15	25	1.95
47110768--47110878	58	1.9	57	88	1	168	27	31	15	25	1.95
47116658--47116733	26	2.9	26	74	3	71	22	13	22	42	1.88
47118894--47118959	32	2.1	32	97	0	123	30	15	18	36	1.91
47119718--47119798	40	2.0	40	95	0	144	35	13	18	32	1.90
47120534--47120568	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
47123380--47123433	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
47125908--47125952	15	2.9	16	77	12	58	55	13	11	20	1.68
47128773--47128817	22	2.0	22	100	0	90	26	22	22	28	1.99
47130000--47130051	27	1.9	27	84	0	68	42	13	7	36	1.73
47133504--47133545	19	2.3	19	95	4	77	23	19	9	47	1.78
47134434--47134476	22	2.0	23	86	9	63	58	4	4	32	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47134496--47134520	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
47135354--47135390	20	1.9	18	89	10	56	37	5	8	48	1.56
47138979--47139010	15	2.1	15	100	0	64	50	25	6	18	1.70
47140551--47140602	25	2.1	24	89	3	77	28	40	9	21	1.84
47141713--47141772	21	2.8	22	78	16	63	26	1	1	70	1.07
47141711--47141772	22	3.1	20	74	17	58	25	1	1	70	1.05
47141903--47141950	16	2.7	19	75	12	57	64	4	0	31	1.12
47159429--47160239	47	16.6	49	88	7	1122	29	29	8	32	1.86
47159429--47160239	96	8.3	94	87	8	1102	29	29	8	32	1.86
47159617--47159652	19	2.0	18	89	10	56	36	22	5	36	1.78
47159521--47159750	115	2.0	115	99	0	451	31	28	7	32	1.85
47159568--47159701	66	2.0	67	97	2	252	32	26	7	33	1.84
47159480--47159797	164	2.0	162	96	1	591	30	28	7	32	1.86
47159636--47160239	145	4.2	143	95	1	1023	29	28	8	33	1.86
47160101--47160176	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
47162739--47162837	40	2.5	40	86	3	128	24	18	24	33	1.97
47162807--47162905	41	2.4	41	83	3	110	27	13	26	33	1.93
47165562--47165789	40	5.7	40	95	0	366	21	27	21	29	1.98
47173106--47173132	12	2.2	12	100	0	54	29	7	40	22	1.81
47179773--47179872	27	3.7	28	82	9	109	40	20	10	30	1.85
47179773--47179879	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
47179857--47179917	27	2.3	27	85	0	77	32	29	8	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47179868--47180078	27	7.8	27	90	0	278	27	25	8	38	1.84
47179814--47180078	54	4.9	54	79	1	217	29	24	8	36	1.85
47179992--47180196	54	3.8	54	82	2	169	35	20	8	35	1.84
47179814--47180105	81	3.6	81	77	1	217	30	23	8	36	1.86
47180057--47180309	81	3.1	80	72	8	206	38	19	9	32	1.84
47180030--47180286	27	9.4	27	80	1	154	38	18	9	33	1.83
47180317--47180404	27	3.3	26	73	12	70	39	20	18	21	1.92
47181179--47181328	26	5.8	26	90	0	230	26	21	24	28	1.99
47181179--47181328	52	2.9	52	94	1	257	26	21	24	28	1.99
47181473--47181564	42	2.2	42	88	0	139	29	13	21	35	1.91
47181587--47181665	31	2.5	31	91	0	131	30	17	25	26	1.97
47183752--47184070	46	6.8	46	91	3	417	20	23	14	41	1.90
47183800--47184074	46	6.0	46	96	0	424	21	23	14	40	1.91
47191260--47191480	101	2.2	101	86	4	304	32	25	13	28	1.94
47192020--47192061	20	2.1	20	100	0	84	52	23	4	19	1.65
47200904--47201091	94	2.0	94	100	0	376	24	15	15	43	1.86
47202339--47202368	12	2.5	12	100	0	60	46	13	0	40	1.43
47209419--47209443	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
47212672--47212754	28	2.9	28	81	10	80	57	4	0	37	1.20
47212849--47212895	22	2.1	22	92	0	76	40	12	27	19	1.88
47214245--47214314	26	2.7	27	74	22	69	58	1	0	40	1.07
47214963--47214992	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47215245--47215310	9	6.6	10	79	11	73	39	1	0	59	1.07
47215245--47215310	19	3.3	19	74	14	62	39	1	0	59	1.07
47217426--47217571	73	2.0	73	100	0	292	41	8	16	34	1.78
47217657--47217683	10	2.7	10	100	0	54	22	22	29	25	1.99
47222012--47222152	40	3.5	40	96	0	246	30	29	18	21	1.97
47229354--47229427	37	2.0	37	97	0	139	36	21	25	16	1.94
47232404--47232437	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
47246685--47246907	64	3.5	64	95	1	367	44	9	5	39	1.61
47249364--47249411	22	2.2	22	88	0	69	45	10	10	33	1.72
47252075--47252130	23	2.8	19	80	17	60	67	1	3	26	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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