genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62456080--62456183	54	1.9	54	80	3	120	34	15	16	33	1.90
62456103--62456254	54	2.8	54	83	3	160	37	15	15	31	1.89
62456169--62456255	30	3.0	30	85	5	117	40	14	14	29	1.87
62464788--62464849	24	2.5	24	82	7	72	20	19	19	40	1.92
62466046--62466179	57	2.4	57	80	8	141	28	31	11	28	1.92
62466034--62466179	29	5.1	30	79	9	146	28	31	12	28	1.93
62467631--62467664	17	2.0	17	94	0	59	14	5	29	50	1.67
62472991--62473094	29	3.6	29	84	1	129	24	33	15	26	1.95
62477369--62477421	26	2.0	27	82	10	65	32	15	11	41	1.82
62484030--62484075	24	2.0	23	86	4	65	21	23	21	32	1.98
62487122--62487169	25	1.9	25	83	8	62	41	2	6	50	1.39
62487189--62487266	37	2.1	37	100	0	156	38	7	14	39	1.74
62493680--62493849	40	4.3	40	87	2	209	25	21	27	25	1.99
62501622--62501793	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
62501622--62501793	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
62501649--62501826	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
62511829--62511974	37	3.9	37	91	0	229	26	30	18	24	1.98
62512121--62512255	48	2.8	48	98	0	261	31	27	6	34	1.83
62512225--62512418	47	4.1	47	90	1	291	26	29	10	32	1.90
62512318--62512389	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
62512129--62512418	94	3.1	94	81	9	306	27	29	9	33	1.88
62521237--62521459	119	1.9	120	82	6	283	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62521235--62521459	40	5.7	40	83	6	269	26	28	21	24	1.99
62523127--62523298	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
62523120--62523295	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
62549070--62549138	34	2.0	34	86	5	95	24	28	20	26	1.99
62553176--62553298	41	3.0	41	92	0	201	25	29	23	21	1.99
62553555--62553851	27	11.0	27	81	2	227	30	10	17	40	1.84
62553884--62553924	21	2.0	21	85	0	55	7	31	46	14	1.72
62556337--62556442	48	2.2	48	89	0	158	33	4	26	34	1.77
62556576--62556647	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
62557810--62557860	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
62557822--62557870	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
62568390--62568570	40	4.6	40	88	2	249	26	23	24	25	2.00
62583710--62583748	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
62584212--62584301	27	3.2	27	79	7	92	31	24	24	20	1.98
62584407--62584471	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
62587326--62587487	6	26.3	6	71	18	95	48	13	18	19	1.81
62587305--62587356	18	2.9	18	83	8	54	51	15	13	19	1.75
62587335--62587487	37	4.3	37	72	18	128	48	13	18	19	1.81
62587377--62587443	25	2.7	25	90	0	116	47	10	19	22	1.79
62587384--62587486	43	2.4	43	85	4	136	48	12	19	19	1.80
62587606--62587665	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
62588020--62588251	27	8.6	27	83	0	239	25	19	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62588018--62588248	81	2.8	80	83	5	277	25	19	18	36	1.94
62588235--62588500	27	9.9	27	79	5	128	34	9	18	37	1.83
62588235--62588420	81	2.3	80	80	3	203	34	9	18	37	1.83
62588287--62588574	81	3.6	82	80	8	295	33	8	19	38	1.82
62588287--62588574	27	10.7	27	79	3	258	33	8	19	38	1.82
62588369--62588574	107	1.9	108	87	1	306	33	7	18	39	1.79
62591331--62591445	62	1.9	61	82	8	146	49	3	6	40	1.44
62593072--62593158	43	2.0	43	97	0	165	40	16	12	31	1.85
62599204--62599230	14	1.9	14	100	0	54	44	0	25	29	1.54
62599825--62600250	27	16.0	27	79	4	407	27	14	18	39	1.89
62600600--62600674	18	4.1	18	70	6	62	18	14	18	48	1.82
62603385--62603454	24	2.9	24	84	0	95	45	18	27	8	1.78
62603869--62604293	27	16.0	27	76	8	311	27	14	17	40	1.89
62603869--62604295	81	5.3	81	79	8	344	27	14	17	40	1.89
62606674--62607033	180	2.0	180	93	0	612	32	18	13	35	1.90
62607257--62607304	25	1.9	25	83	8	62	33	20	29	16	1.95
62607390--62607440	23	2.2	23	82	6	59	35	17	25	21	1.95
62614033--62614125	25	3.8	25	74	7	82	35	13	25	24	1.93
62614258--62614377	64	1.9	64	83	0	159	37	22	16	23	1.94
62623042--62623090	20	2.4	21	80	10	57	22	10	6	61	1.50
62642833--62642918	34	2.5	34	98	0	163	23	18	27	30	1.98
62642899--62643112	48	4.5	48	78	8	215	27	20	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62642899--62643161	96	2.8	94	81	9	300	26	20	28	24	1.99
62650564--62650941	48	7.9	48	75	2	301	26	17	29	26	1.97
62663042--62663081	21	2.0	21	90	5	64	10	35	30	25	1.88
62664763--62664882	43	2.8	41	81	9	152	30	12	25	31	1.92
62671682--62671799	43	2.8	42	81	10	150	31	16	24	27	1.97
62672359--62672402	18	2.4	19	92	7	81	18	0	22	59	1.38
62674138--62674169	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
62674380--62674762	50	7.6	50	82	2	417	30	26	17	25	1.97
62689500--62689792	47	6.1	47	87	6	388	31	11	29	26	1.92
62689766--62689856	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
62689511--62689841	141	2.3	140	83	8	364	32	12	29	25	1.92
62690002--62690145	37	3.9	37	92	0	234	24	18	29	27	1.98
62692264--62692308	15	3.0	15	83	0	63	55	13	15	15	1.69
62694484--62694563	40	2.0	40	100	0	160	35	22	2	40	1.68
62694492--62694559	23	3.2	23	68	23	76	33	22	2	41	1.69
62696636--62696848	105	2.0	105	91	3	349	32	6	28	32	1.82
62698424--62698460	6	6.2	6	96	0	56	16	0	43	40	1.48
62703180--62704343	390	3.0	389	85	1	1555	27	20	16	35	1.94
62705162--62705210	24	2.0	24	100	0	98	44	8	4	42	1.53
62720982--62721054	34	2.1	34	97	0	137	46	8	1	43	1.42
62729410--62729503	41	2.2	43	79	7	104	28	18	24	28	1.98
62732788--62732961	46	3.8	46	77	11	194	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62732784--62732954	93	1.8	92	91	3	281	21	21	28	28	1.98
62738553--62738630	29	2.7	28	82	11	95	24	15	30	29	1.95
62738583--62738909	173	1.9	174	92	0	557	29	14	24	31	1.94
62743482--62743657	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
62743479--62743650	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
62747593--62747777	40	4.7	40	86	6	234	27	28	21	23	1.99
62756623--62756796	46	3.8	47	76	10	162	25	18	31	24	1.98
62756625--62756796	92	1.9	94	90	2	276	25	18	30	25	1.98
62756623--62756830	92	2.2	94	82	5	251	27	18	29	25	1.98
62765721--62765892	67	2.7	64	75	9	170	29	17	28	24	1.97
62767860--62768018	46	3.5	44	80	14	153	24	15	32	27	1.96
62770792--62770838	20	2.3	20	92	0	76	31	10	23	34	1.89
62770889--62771029	23	6.1	23	93	0	237	26	21	21	30	1.98
62772214--62772254	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
62775722--62775795	37	2.0	37	91	0	121	35	12	13	39	1.82
62778270--62778313	22	2.0	23	86	4	63	52	4	2	40	1.34
62785410--62785605	40	4.9	40	86	2	268	26	27	20	25	1.99
62793385--62793580	40	4.9	40	83	2	250	27	27	19	25	1.99
62802691--62802925	28	8.4	28	93	1	357	25	11	28	34	1.91
62810932--62811166	28	8.4	28	94	1	366	25	12	28	33	1.92
62814418--62814683	94	2.8	94	79	10	269	27	18	29	23	1.98
62814421--62814785	96	3.9	90	78	10	301	27	19	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62814609--62814779	49	3.5	47	78	8	155	25	19	29	25	1.98
62818258--62818346	29	3.1	29	86	1	126	25	14	30	29	1.95
62826642--62826707	29	2.3	29	91	0	105	24	12	30	33	1.91
62829900--62829969	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
62829900--62829997	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
62845088--62845193	40	2.7	41	82	5	137	22	27	25	24	2.00
62846874--62846925	26	2.0	26	88	0	77	57	11	5	25	1.55
62856250--62856334	39	2.2	40	82	2	109	23	30	23	22	1.99
62856261--62856358	40	2.5	39	80	8	108	22	30	22	24	1.99
62860473--62860515	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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