genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39030569--39030631	31	2.0	31	96	0	117	47	12	3	36	1.58
39033537--39033610	6	12.3	6	89	0	103	36	12	47	4	1.60
39033552--39033633	18	4.2	21	79	13	68	39	13	42	4	1.66
39033579--39033654	21	3.8	20	80	11	59	39	11	38	10	1.77
39033639--39033760	9	12.9	9	68	10	73	36	13	28	21	1.92
39033637--39033714	30	2.6	30	85	0	102	35	14	29	20	1.92
39033699--39033774	15	4.9	15	71	9	62	35	13	28	22	1.92
39033687--39033775	24	3.7	24	77	5	81	34	12	29	23	1.91
39033667--39033779	30	3.8	30	77	2	102	35	12	29	23	1.91
39033627--39033779	21	7.0	21	66	14	76	35	13	28	21	1.92
39034096--39034149	23	2.4	23	96	3	101	35	24	3	37	1.73
39037340--39037511	93	1.8	93	90	2	274	27	29	20	22	1.98
39037332--39037500	46	3.7	46	75	10	182	29	28	19	21	1.98
39044431--39044479	23	2.1	23	100	0	98	51	16	16	16	1.78
39044615--39044736	39	3.1	39	80	0	145	28	18	30	22	1.97
39061642--39061865	95	2.4	95	76	8	233	23	28	20	28	1.99
39063306--39063579	145	1.9	145	96	0	503	31	23	14	29	1.95
39063562--39063629	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
39063419--39063778	174	2.1	174	98	0	702	30	25	14	29	1.95
39063731--39063809	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
39069590--39069661	29	2.5	28	86	11	101	27	15	29	27	1.96
39069620--39069947	174	1.9	174	94	0	584	30	14	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39073823--39074026	46	4.4	46	74	11	148	22	26	20	29	1.98
39093627--39093705	34	2.3	34	82	0	86	24	26	27	21	1.99
39103684--39104001	47	6.7	46	70	14	182	23	28	20	28	1.99
39103682--39104001	94	3.4	94	79	8	330	23	28	20	28	1.98
39105110--39105187	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
39105140--39105502	174	2.1	175	96	0	674	29	14	25	31	1.95
39105318--39105613	146	2.0	145	94	0	520	30	13	23	32	1.93
39108970--39109194	40	5.7	40	84	5	260	26	28	21	24	1.99
39108972--39109194	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	1.99
39118852--39118924	29	2.5	28	85	14	96	27	16	28	27	1.97
39118882--39119209	174	1.9	174	94	0	584	29	14	24	30	1.95
39123063--39123266	46	4.4	46	74	11	157	23	26	20	29	1.98
39123102--39123269	93	1.8	91	83	7	223	23	27	20	28	1.99
39143623--39143800	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
39143644--39143799	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
39143623--39143799	54	3.3	54	81	6	196	29	27	15	27	1.96
39148537--39148615	34	2.3	34	82	0	86	24	26	27	21	1.99
39156169--39156251	34	2.4	34	89	0	121	26	24	27	21	1.99
39162565--39162694	27	4.9	26	84	4	134	17	22	20	40	1.92
39162565--39162694	54	2.5	53	84	2	154	17	22	20	40	1.92
39176170--39176409	55	4.5	54	80	8	226	37	17	22	22	1.94
39176178--39176380	108	1.9	110	83	4	268	35	17	22	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39176468--39176578	37	3.0	37	98	0	213	45	8	28	17	1.76
39180268--39180445	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
39180269--39180424	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39180265--39180445	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
39185954--39186158	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
39191575--39191752	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
39191576--39191731	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39191572--39191752	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
39194039--39194221	40	4.6	40	91	4	282	25	26	22	25	2.00
39197347--39197476	43	3.0	43	80	2	145	32	27	18	21	1.97
39205977--39206157	40	4.6	40	89	2	267	24	23	25	25	2.00
39211199--39211361	40	4.1	40	84	3	222	22	21	28	27	1.99
39213267--39213302	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
39219220--39219391	40	4.3	40	83	5	188	23	20	27	28	1.99
39222435--39222466	12	2.7	12	100	0	64	28	9	31	31	1.88
39224222--39224363	43	3.3	42	78	8	135	28	16	23	31	1.96
39229369--39229671	47	6.4	48	70	16	154	23	28	20	27	1.99
39229468--39229672	47	4.4	46	73	12	170	23	28	20	27	1.99
39229612--39229733	61	2.0	61	100	0	244	24	27	19	27	1.99
39230459--39230483	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
39234193--39234218	13	2.0	13	100	0	52	0	46	15	38	1.46
39235132--39235357	49	4.7	49	78	14	231	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39235132--39235357	96	2.3	96	84	8	273	23	30	19	26	1.98
39240136--39240293	39	4.1	39	88	0	217	27	21	22	27	1.99
39253141--39253277	49	2.7	50	82	7	170	25	20	25	28	1.99
39253141--39253286	51	2.9	51	79	10	165	26	19	25	28	1.99
39255615--39255702	43	2.0	43	95	0	158	36	12	12	38	1.81
39260896--39260949	27	2.0	27	88	0	81	37	7	16	38	1.77
39261201--39261433	49	4.7	49	80	2	259	26	18	27	27	1.98
39261201--39261433	101	2.3	98	81	3	270	26	18	27	27	1.98
39264032--39264119	43	2.0	43	97	0	167	38	13	18	29	1.89
39270654--39270917	47	5.6	46	74	13	173	24	29	18	26	1.98
39272421--39272467	24	2.0	24	95	0	85	38	14	19	27	1.91
39272503--39272649	51	2.9	51	92	2	242	32	13	25	28	1.94
39276967--39277086	43	2.9	41	79	8	125	25	20	25	29	1.99
39276967--39277125	85	1.9	84	80	5	185	25	20	26	28	1.99
39280727--39280901	46	3.8	45	77	13	176	30	28	18	22	1.98
39280735--39280904	93	1.8	93	88	0	259	30	28	19	22	1.98
39285189--39285412	40	5.6	40	95	3	364	24	22	27	25	2.00
39287945--39288113	47	3.6	47	76	11	166	24	28	20	26	1.99
39287996--39288161	47	3.5	48	76	10	171	24	31	17	26	1.97
39287856--39288161	94	3.3	93	79	6	309	25	28	18	27	1.98
39292311--39292486	46	3.8	47	73	7	155	22	19	27	29	1.98
39292307--39292478	93	1.8	93	88	4	267	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39296984--39297010	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
39297371--39297396	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
39307681--39307735	21	2.6	21	79	0	65	21	32	25	20	1.97
39308621--39308700	18	4.4	18	82	0	97	38	17	11	32	1.85
39308619--39308700	36	2.3	36	86	0	119	37	18	10	32	1.86
39310357--39310388	15	2.0	17	88	11	50	34	12	6	46	1.67
39310482--39310521	20	2.0	20	85	9	55	42	5	0	52	1.23
39319702--39319735	17	2.0	17	94	0	59	20	11	5	61	1.50
39322653--39322823	93	1.8	93	91	0	279	21	23	28	26	1.99
39322657--39322828	46	3.7	46	75	13	181	22	23	27	27	1.99
39331248--39331378	40	3.3	40	92	0	181	23	22	28	25	1.99
39331196--39331378	80	2.3	80	82	4	210	24	21	27	25	1.99
39339096--39339226	40	3.3	40	92	0	181	23	22	28	25	1.99
39339043--39339226	80	2.3	81	82	3	212	24	21	27	26	1.99
39341047--39341217	93	1.8	93	87	2	254	21	19	29	29	1.98
39341051--39341222	46	3.7	46	74	13	163	21	19	28	30	1.98
39356964--39356992	14	2.0	15	93	6	51	3	0	55	41	1.17
39358506--39358545	18	2.2	18	90	0	62	20	20	17	42	1.89
39361899--39361926	13	2.2	13	100	0	56	35	14	7	42	1.73
39363200--39363231	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
39363498--39363717	46	4.7	48	78	11	208	24	29	17	28	1.97
39363498--39363717	93	2.3	93	79	12	236	24	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39363502--39363741	47	5.1	46	73	15	154	24	28	18	29	1.98
39371160--39371300	57	2.5	57	85	0	183	31	24	16	28	1.96
39374568--39374697	40	3.3	40	83	1	145	26	28	20	25	1.99
39382448--39382579	40	3.3	40	83	1	167	26	29	19	24	1.98
39382564--39382641	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39387434--39387458	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
39390332--39390515	101	1.8	99	82	2	233	27	27	18	26	1.98
39396058--39396180	50	2.5	49	86	1	156	30	26	17	26	1.97
39396058--39396241	101	1.8	98	83	6	244	29	26	17	26	1.98
39401752--39401927	50	3.5	48	83	4	199	30	27	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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