Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  307  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101393187--101393220
17
2.0
17
88
0
50
44
14
2
38
1.61
101393437--101393563
64
2.0
66
87
3
186
57
3
5
33
1.38
101393787--101393840
27
2.0
26
82
10
65
29
3
7
59
1.42
101396275--101396316
22
1.9
22
85
0
57
28
0
2
69
1.01
101397022--101397068
18
2.5
19
83
13
62
36
2
2
59
1.21
101398469--101398706
118
2.0
120
89
5
363
38
12
12
36
1.81
101402940--101403021
26
3.2
26
96
0
146
31
7
24
36
1.83
101407616--101407645
12
2.5
12
94
0
51
36
3
13
46
1.60
101408682--101408732
7
7.4
7
88
4
77
27
31
13
27
1.94
101410693--101410746
26
2.1
26
100
0
108
38
18
0
42
1.50
101412555--101412604
20
2.5
19
81
15
57
66
2
4
28
1.21
101415279--101415331
3
17.7
3
100
0
106
33
0
0
66
0.92
101417893--101417934
14
2.9
14
89
3
57
21
7
0
71
1.09
101417968--101418219
3
83.7
3
72
9
113
29
8
2
59
1.40
101418081--101418118
13
2.8
14
84
8
51
28
13
0
57
1.36
101418147--101418188
22
1.9
22
95
0
75
35
4
0
59
1.19
101418218--101418257
3
13.0
3
94
5
71
0
2
32
65
1.06
101423038--101423089
14
3.9
14
76
19
56
76
0
0
23
0.78
101423046--101423083
13
2.9
13
81
11
51
73
0
0
26
0.83
101423038--101423089
20
2.6
20
79
11
70
76
0
0
23
0.78
101431269--101431329
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
101436101--101436177
32
2.4
32
80
0
91
44
6
24
24
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101440208--101440305
27
3.5
28
88
5
128
32
28
13
25
1.93
101449700--101449776
32
2.4
32
80
0
91
44
6
24
24
1.77
101453631--101453672
15
2.9
14
82
10
57
35
0
11
52
1.38
101454056--101454129
21
3.4
23
72
14
75
14
16
25
43
1.86
101454066--101454129
21
3.0
21
81
0
83
15
17
25
42
1.88
101462585--101462653
28
2.4
29
78
2
77
24
13
30
31
1.93
101478842--101478880
18
2.2
18
100
0
78
28
17
10
43
1.82
101482911--101482958
24
2.0
24
100
0
96
20
29
8
41
1.81
101492698--101492829
26
5.0
26
70
17
85
40
6
14
37
1.72
101492665--101492827
81
2.0
81
98
0
317
40
7
12
38
1.73
101493541--101493585
19
2.3
18
82
14
54
62
6
0
31
1.21
101494440--101494470
15
2.1
15
100
0
62
32
0
0
67
0.91
101497323--101497373
24
2.1
25
96
3
95
37
11
19
31
1.88
101498347--101498396
15
3.3
15
85
0
64
38
18
32
12
1.87
101500717--101500749
12
2.6
13
85
9
50
60
9
0
30
1.27
101500965--101501014
20
2.4
21
80
10
57
44
2
10
44
1.49
101502358--101502398
21
2.0
21
90
4
66
51
2
0
46
1.14
101502350--101502407
22
2.7
21
76
12
64
48
3
0
48
1.18
101503380--101503429
20
2.5
19
81
9
55
54
8
6
32
1.54
101505230--101505281
24
2.2
24
89
0
77
55
9
1
32
1.43
101507199--101507250
24
2.2
24
89
0
77
55
9
1
32
1.43
101512479--101512677
25
8.3
24
83
8
221
36
19
25
19
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101512479--101512653
47
3.7
46
89
6
228
37
19
24
18
1.94
101512520--101512677
72
2.2
72
87
5
219
36
19
24
19
1.95
101512479--101512677
47
4.2
49
88
6
225
36
19
25
19
1.94
101521067--101521525
227
2.0
227
99
0
909
31
21
15
32
1.94
101522395--101522424
8
3.8
8
95
0
51
43
0
0
56
0.99
101525451--101525476
12
2.2
12
100
0
52
19
19
15
46
1.85
101532576--101532604
15
1.9
15
100
0
58
27
6
0
65
1.18
101533984--101534017
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
101536914--101536991
38
2.1
38
95
0
138
39
12
23
24
1.89
101537040--101537264
48
4.7
48
77
5
204
28
21
28
20
1.98
101546016--101546074
28
2.1
28
96
0
109
27
8
13
50
1.70
101552160--101552188
15
2.0
15
93
6
51
13
0
0
86
0.58
101557883--101557912
12
2.6
12
94
5
53
16
0
0
83
0.65
101559044--101559085
14
3.0
14
79
6
50
28
4
0
66
1.12
101561677--101561710
17
2.1
16
88
5
50
41
0
17
41
1.50
101563484--101563522
3
12.7
3
83
5
51
33
2
2
61
1.23
101563790--101563866
20
3.8
20
75
13
68
35
3
3
57
1.36
101563992--101564058
30
2.2
31
80
17
79
28
5
7
58
1.49
101564299--101564362
26
2.4
26
80
17
78
31
1
3
64
1.19
101564299--101564362
27
2.4
27
80
12
78
31
1
3
64
1.19
101569085--101569239
77
2.0
77
94
0
274
34
19
22
23
1.96
101577018--101577052
14
2.5
15
90
9
56
25
14
5
54
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101577017--101577051
15
2.5
13
83
16
52
22
14
5
57
1.59
101576951--101577174
87
2.6
87
88
2
315
27
17
19
35
1.94
101577105--101577134
14
2.1
14
93
0
51
16
13
6
63
1.50
101577117--101577284
55
3.0
54
91
5
255
27
15
16
39
1.89
101577229--101577603
73
5.2
73
69
9
257
28
16
20
35
1.94
101577388--101577500
55
2.0
57
88
6
169
27
15
16
39
1.90
101577174--101577713
216
2.5
214
93
2
917
27
16
19
36
1.93
101577605--101577711
54
2.0
54
94
1
189
27
16
18
37
1.93
101579664--101579711
3
15.7
3
86
4
69
33
2
2
62
1.18
101579979--101580055
20
3.8
20
75
13
68
35
3
3
57
1.36
101580180--101580245
30
2.2
30
79
15
75
28
6
7
57
1.50
101580484--101580546
26
2.4
26
80
15
76
31
1
3
63
1.19
101588936--101588975
19
2.1
19
90
0
62
55
2
7
35
1.42
101590382--101590432
25
2.0
25
92
0
84
33
3
15
47
1.64
101596869--101596910
21
2.0
22
85
4
59
33
0
4
61
1.17
101602614--101602822
25
8.5
24
67
16
83
20
24
21
33
1.97
101602623--101602807
49
3.8
49
73
13
148
19
24
20
35
1.96
101606599--101606661
31
2.1
31
85
8
85
25
4
9
60
1.47
101606742--101606781
18
2.1
18
86
9
53
25
0
10
65
1.24
101606781--101606812
11
3.0
11
95
4
57
75
0
0
25
0.81
101615732--101615759
14
2.0
14
100
0
56
28
7
28
35
1.84
101618886--101618926
6
6.8
6
97
0
64
17
21
17
43
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101634810--101634863
21
2.5
22
80
19
69
11
37
29
22
1.89
101640365--101640445
33
2.5
33
80
8
101
29
20
13
35
1.91
101650741--101650816
40
1.9
40
100
0
152
39
6
2
51
1.42
101654334--101654370
5
7.2
5
96
3
65
21
0
0
78
0.75
101660802--101660875
5
14.0
5
79
12
60
18
4
0
77
0.93
101660796--101660872
30
2.5
31
85
8
97
16
6
0
76
0.98
101660830--101660875
21
2.2
20
85
11
58
21
0
0
78
0.76
101660982--101661072
42
2.2
42
85
0
119
31
34
12
21
1.90
101660994--101661093
42
2.4
42
84
1
119
30
34
12
24
1.91
101661872--101662084
118
1.8
118
93
0
372
22
17
31
28
1.96
101662229--101662278
11
4.5
11
83
14
59
86
0
14
0
0.58
101662228--101662268
8
5.2
8
82
11
50
87
0
12
0
0.53
101662228--101662278
19
2.5
19
90
9
75
86
0
13
0
0.58
101662228--101662279
22
2.3
23
87
9
72
86
0
13
0
0.57
101662909--101662937
10
3.0
10
95
5
51
31
6
0
62
1.22
101663923--101663985
30
2.1
30
91
5
101
58
11
4
25
1.51
101666136--101666168
15
2.2
15
89
10
50
66
0
0
33
0.92
101678430--101678483
23
2.5
23
82
8
60
61
7
0
31
1.24
101678431--101678587
25
6.3
25
68
10
72
57
3
7
31
1.43
101678647--101678754
44
2.5
42
82
8
119
62
0
7
29
1.22
101678695--101678742
15
3.1
15
90
6
69
62
0
8
29
1.24
101678689--101678775
15
6.0
14
75
15
63
64
0
8
27
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101678691--101678776
44
2.0
44
84
13
115
63
0
8
27
1.22
101683120--101683219
39
2.6
39
91
0
155
37
24
26
13
1.91
101683137--101683201
21
3.2
21
70
12
73
38
21
27
12
1.89
101694287--101694311
13
1.9
13
100
0
50
40
16
16
28
1.89
101710780--101710826
18
2.8
16
84
9
58
68
2
0
29
1.02
101719552--101719730
41
4.4
41
92
1
270
32
22
23
20
1.98
101719772--101719819
22
2.1
22
84
3
60
50
25
0
25
1.50
101720140--101720182
15
2.9
15
75
3
52
23
2
25
48
1.62
101720233--101720286
15
3.7
15
77
5
56
25
0
35
38
1.57
101720238--101720288
22
2.4
21
80
3
57
25
0
37
37
1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344