genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57536767--57536936	40	4.3	40	83	1	189	23	21	30	24	1.99
57544685--57544854	40	4.3	40	84	1	198	23	21	30	24	1.99
57544697--57544852	79	2.0	79	84	1	204	24	21	31	23	1.98
57544707--57544889	79	2.3	80	80	1	199	25	21	30	23	1.99
57545771--57545799	14	2.1	14	100	0	58	34	13	27	24	1.93
57546611--57546647	15	2.5	15	100	0	74	40	43	16	0	1.48
57546832--57546880	18	2.6	20	75	12	50	57	2	6	34	1.35
57550216--57550259	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
57551242--57551283	20	2.2	19	86	4	57	4	38	0	57	1.20
57552676--57552734	20	3.0	20	73	9	66	40	8	16	33	1.79
57552785--57552949	23	7.0	24	83	8	214	28	20	21	30	1.98
57552786--57552928	47	3.1	47	86	5	227	28	19	20	31	1.97
57553143--57553205	31	2.0	31	90	0	99	38	15	22	23	1.93
57558833--57558908	31	2.5	31	88	0	107	21	30	28	19	1.97
57561145--57561266	47	2.6	47	94	0	208	36	14	22	25	1.93
57561253--57561448	106	1.8	106	87	1	293	34	17	26	22	1.96
57561245--57561450	53	3.9	54	82	4	238	34	16	25	22	1.95
57562076--57562187	55	2.0	55	94	0	197	33	5	21	40	1.76
57570156--57570213	28	2.1	28	96	0	107	13	8	17	60	1.58
57577559--57577784	127	1.8	125	84	6	314	39	4	7	47	1.54
57577804--57577837	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
57579375--57579399	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57586221--57586520	47	6.4	47	91	0	447	27	30	8	33	1.87
57602819--57602970	40	3.8	40	86	2	200	21	24	28	25	1.99
57613155--57613381	48	4.7	49	78	7	239	27	21	27	23	1.99
57624862--57624938	29	2.7	29	93	0	127	25	31	16	25	1.97
57625161--57625211	24	2.1	24	89	7	77	11	23	13	50	1.74
57629951--57630074	43	2.9	43	75	4	115	33	26	16	24	1.96
57636126--57636277	46	3.4	46	81	2	184	25	14	23	36	1.93
57637176--57637247	33	2.1	34	87	2	110	25	26	25	23	2.00
57637211--57637270	28	2.2	27	87	3	84	26	26	26	20	1.99
57637393--57637463	26	2.7	26	95	0	124	40	21	22	15	1.90
57637479--57637543	27	2.4	27	84	5	78	35	23	20	21	1.96
57637685--57637777	27	3.5	26	80	4	96	23	23	17	35	1.95
57637708--57637777	27	2.6	27	88	2	97	22	25	17	34	1.96
57637828--57638006	27	6.6	27	81	3	180	32	7	16	43	1.76
57637826--57638006	54	3.3	53	83	6	211	33	7	16	43	1.75
57637807--57638019	27	7.9	27	77	9	164	32	7	17	41	1.78
57637826--57638048	54	4.1	54	77	9	143	33	8	17	40	1.79
57637864--57638067	81	2.5	81	80	4	205	31	7	19	41	1.80
57640782--57640873	33	2.8	33	80	1	105	34	22	9	32	1.87
57658515--57658557	16	2.7	16	75	13	52	37	11	11	39	1.78
57658796--57658860	32	2.0	33	82	8	80	40	23	12	24	1.89
57661441--57661614	96	1.8	96	86	5	253	31	21	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57668905--57669133	56	4.1	56	96	3	428	45	9	23	22	1.80
57668905--57669133	109	2.1	110	96	2	424	45	9	23	22	1.80
57669615--57669799	40	4.7	40	80	7	200	24	21	27	26	1.99
57669670--57669832	79	2.1	79	82	6	197	26	19	27	26	1.99
57676276--57676507	56	4.1	56	99	0	455	44	9	23	22	1.81
57676988--57677172	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
57676989--57677172	40	4.6	40	82	9	207	24	22	27	25	2.00
57677041--57677205	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
57680130--57680275	41	3.6	41	78	3	152	26	29	21	22	1.99
57680917--57680983	33	2.0	33	100	0	134	38	14	11	34	1.84
57684584--57684759	46	3.8	46	78	10	196	21	20	28	29	1.98
57684581--57684752	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
57691691--57691814	41	3.0	41	78	12	155	28	30	21	19	1.98
57694993--57695066	29	2.5	30	91	2	114	40	10	31	17	1.84
57694992--57695183	30	6.4	29	72	8	127	38	11	27	22	1.89
57695168--57695239	30	2.4	30	81	4	83	40	9	23	26	1.85
57707984--57708031	20	2.4	21	80	10	57	31	6	12	50	1.65
57715002--57715053	23	2.3	23	93	0	86	50	15	11	23	1.76
57715091--57715144	17	3.2	17	86	0	72	37	18	7	37	1.79
57715782--57715817	19	1.9	18	88	5	54	58	5	2	33	1.36
57719953--57719994	21	2.0	21	90	0	66	26	23	19	30	1.98
57728600--57728647	19	2.5	19	76	6	53	62	0	4	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57728673--57728741	29	2.3	30	76	14	72	30	7	13	49	1.68
57729028--57729093	28	2.4	28	80	12	73	48	0	16	34	1.47
57729023--57729086	27	2.3	28	76	10	69	46	0	17	35	1.48
57729067--57729158	32	2.8	32	85	6	123	38	2	17	42	1.61
57736097--57736129	5	6.6	5	100	0	66	18	0	81	0	0.68
57736097--57736138	15	2.8	15	89	7	50	21	0	78	0	0.75
57736165--57736224	12	4.9	12	72	11	50	46	0	1	51	1.10
57736215--57736289	27	2.6	28	71	25	68	36	0	1	62	1.04
57736225--57736288	27	2.3	27	83	8	74	34	0	1	64	1.03
57736313--57736367	20	2.7	21	73	18	62	38	0	3	58	1.16
57738122--57738182	27	2.3	27	91	5	97	45	8	9	36	1.67
57739264--57739369	51	2.1	52	84	8	137	43	8	3	44	1.52
57739095--57739380	145	2.0	143	85	6	389	43	9	3	44	1.54
57739930--57739983	26	2.1	26	82	0	63	66	5	1	25	1.23
57740259--57740311	14	3.5	14	73	16	52	77	0	11	11	1.00
57742076--57742131	24	2.4	23	84	3	67	33	21	26	17	1.96
57742090--57742134	23	1.9	24	90	4	74	33	17	24	24	1.96
57742373--57742478	52	2.0	52	96	0	194	40	14	14	31	1.85
57755404--57755445	18	2.3	19	80	12	61	71	0	0	28	0.86
57755554--57755593	9	4.8	9	79	14	50	32	0	0	67	0.91
57755555--57755584	16	1.9	15	100	0	51	33	0	0	66	0.92
57755546--57755605	24	2.5	24	73	10	59	41	1	0	56	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57755719--57755764	8	5.5	8	85	10	65	28	0	0	71	0.86
57755715--57755764	18	2.9	17	91	5	75	28	0	0	72	0.86
57757017--57757055	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
57757212--57757242	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
57760604--57760633	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
57761375--57761413	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
57761570--57761600	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
57763588--57763655	21	3.2	21	80	0	64	16	36	22	25	1.94
57766909--57766938	13	2.3	13	94	0	51	6	36	33	23	1.81
57772616--57772771	42	3.7	42	82	5	199	26	27	17	28	1.98
57776292--57776477	40	4.7	40	87	5	234	24	20	27	27	1.99
57776292--57776510	80	2.7	79	80	7	212	25	20	27	26	1.99
57779912--57780095	40	4.6	40	81	6	187	24	20	26	28	1.99
57779919--57780092	80	2.2	81	83	10	216	25	20	26	28	1.99
57787664--57787847	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
57787664--57787844	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
57794730--57794787	27	2.2	27	84	3	73	34	37	17	10	1.84
57807369--57807553	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
57807370--57807553	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
57807422--57807576	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
57815590--57815649	11	6.0	10	75	21	63	41	0	0	58	0.98
57815590--57815648	31	1.9	30	83	10	75	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57815592--57815649	19	2.9	19	80	16	73	41	0	0	58	0.98
57825610--57825747	40	3.5	40	88	4	183	26	28	23	22	1.99
57833833--57834010	40	4.5	41	85	5	215	27	28	22	21	1.99
57836105--57836270	40	4.2	40	92	3	289	24	30	24	20	1.98
57839583--57839767	40	4.6	40	88	4	266	24	21	27	27	1.99
57839579--57839799	80	2.8	78	84	6	264	26	20	25	26	1.99
57840025--57840068	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
57842064--57842106	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
57845487--57845565	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
57845684--57846205	47	11.1	47	93	0	765	27	30	10	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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