genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  75  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24400194--24400226	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
24402202--24402350	48	3.1	48	86	0	208	27	25	21	25	1.99
24404311--24404365	26	2.1	26	93	0	92	29	20	23	27	1.99
24404337--24404454	40	3.0	40	92	2	193	24	19	27	28	1.99
24404337--24404487	80	1.9	79	83	6	198	26	19	25	27	1.99
24412321--24412505	40	4.7	40	86	6	234	24	22	27	25	2.00
24412321--24412505	79	2.3	82	84	6	238	24	22	27	25	2.00
24412322--24412538	40	5.5	39	81	10	194	25	21	27	25	2.00
24412321--24412538	119	1.8	119	80	9	266	25	21	27	25	1.99
24424731--24424835	35	2.9	36	81	13	128	28	22	21	26	1.99
24426027--24426165	37	3.8	37	96	0	233	25	30	19	24	1.98
24426283--24426834	47	11.6	47	88	3	784	29	28	7	33	1.86
24426283--24426834	96	5.8	96	90	2	805	29	28	7	33	1.86
24426814--24426857	23	1.9	23	100	0	88	38	18	0	43	1.50
24426763--24426906	72	2.0	72	98	0	279	33	24	5	36	1.79
24426620--24427052	219	2.0	218	98	0	839	31	27	7	34	1.84
24426816--24426865	23	2.2	23	89	7	75	38	20	0	42	1.52
24426837--24427102	49	5.5	49	90	5	434	31	28	7	33	1.84
24426716--24426953	121	2.0	120	90	3	379	31	27	6	34	1.83
24426835--24427102	147	1.8	146	95	0	491	31	27	7	33	1.84
24430667--24431133	235	2.0	235	92	0	774	37	17	15	28	1.91
24432435--24432601	42	3.9	42	74	4	120	35	20	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24436241--24436390	42	3.5	43	75	13	130	36	26	15	22	1.93
24437644--24437741	24	4.0	24	87	1	133	35	5	37	21	1.76
24439362--24439454	32	2.8	32	75	12	91	25	20	25	27	1.99
24440266--24440315	22	2.3	22	93	3	84	40	8	18	34	1.79
24445444--24445541	24	4.0	24	89	1	142	35	5	38	20	1.75
24453012--24453081	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
24453989--24454096	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
24453986--24454155	54	3.1	54	81	5	175	32	10	17	39	1.83
24454038--24454175	27	5.1	27	78	7	129	29	7	21	41	1.81
24454207--24454351	27	5.4	27	89	0	229	40	9	23	26	1.85
24454197--24454376	81	2.2	79	80	7	218	37	10	23	28	1.88
24463692--24463743	14	3.6	14	78	2	50	15	0	26	57	1.38
24463699--24463762	21	3.0	22	74	17	55	15	0	26	57	1.38
24463911--24463983	7	10.6	7	77	11	53	13	1	35	49	1.51
24463929--24463983	14	3.9	14	86	9	67	14	0	34	50	1.43
24463929--24463983	21	2.7	20	83	8	65	14	0	34	50	1.43
24464176--24464209	18	1.9	17	88	5	50	52	2	0	44	1.16
24466660--24466764	29	3.7	29	72	6	88	25	27	14	32	1.94
24466837--24466883	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
24472486--24472674	43	4.5	42	78	10	152	24	14	26	33	1.94
24472518--24472691	42	4.1	42	76	8	145	25	13	27	33	1.93
24476965--24477327	46	7.7	45	74	13	211	24	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24480946--24481384	93	4.6	94	90	4	681	28	29	8	33	1.87
24480946--24481384	47	9.3	47	91	4	672	28	29	8	33	1.87
24482808--24482926	56	2.1	56	96	1	222	22	23	8	45	1.79
24484195--24484510	40	7.9	40	88	1	411	25	27	21	25	1.99
24484208--24484548	80	4.3	80	86	2	402	24	28	22	24	2.00
24484195--24484510	120	2.6	120	88	1	456	25	27	21	25	1.99
24484212--24484548	40	8.5	41	86	5	197	24	28	22	24	1.99
24484195--24484548	120	3.0	120	85	4	450	24	28	22	24	1.99
24486810--24487251	47	9.3	47	93	2	690	28	29	8	33	1.87
24487530--24487557	13	2.2	13	100	0	56	46	25	0	28	1.53
24488116--24488235	56	2.1	56	95	0	222	22	22	9	45	1.80
24500655--24500706	26	2.0	26	96	0	95	36	19	17	26	1.94
24511850--24511918	30	2.3	30	84	0	93	23	23	31	21	1.98
24513424--24513704	48	5.8	47	73	4	204	28	18	26	26	1.98
24513425--24513703	96	2.9	96	86	1	353	29	18	26	26	1.98
24516706--24516831	64	2.0	64	90	0	198	32	25	18	23	1.97
24520685--24520946	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
24527293--24527434	63	2.2	64	87	3	198	29	24	20	25	1.99
24538723--24538893	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	27	1.99
24538724--24538898	46	3.8	46	77	10	203	22	21	27	28	1.99
24541585--24541666	43	1.9	43	85	5	112	21	17	29	31	1.96
24548124--24548299	48	3.6	48	74	7	158	30	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24548124--24548302	98	1.8	96	86	2	259	30	19	25	24	1.98
24555607--24555913	40	7.7	40	88	1	429	26	28	21	23	1.99
24555967--24556041	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
24558472--24558767	47	6.3	47	91	1	421	27	30	8	33	1.86
24561360--24561537	40	4.4	40	84	4	200	25	27	21	25	2.00
24569504--24569680	40	4.4	40	87	4	225	24	28	22	24	2.00
24574575--24574608	13	2.5	13	95	4	59	20	26	5	47	1.73
24583113--24583339	43	5.3	43	78	7	237	32	30	15	21	1.95
24583113--24583339	86	2.6	84	84	6	269	32	30	15	21	1.95
24588804--24588837	18	1.9	18	94	5	61	47	0	2	50	1.16
24589029--24589077	7	7.0	7	90	0	62	48	30	0	20	1.50
24589029--24589077	14	3.5	14	85	0	71	48	30	0	20	1.50
24589029--24589094	7	9.6	7	82	9	55	48	31	0	19	1.49
24589029--24589094	14	4.8	14	76	10	64	48	31	0	19	1.49
24589262--24589312	14	3.7	14	84	2	68	54	33	0	11	1.37
24589255--24589308	28	1.9	28	84	0	72	57	31	0	11	1.34
24589431--24589464	7	4.9	7	92	0	50	61	23	0	14	1.33
24590034--24590143	40	2.7	40	87	1	157	27	20	20	30	1.98
24590468--24590602	40	3.3	40	86	3	173	25	20	20	34	1.96
24590658--24590800	23	6.2	23	85	8	87	24	23	18	32	1.97
24590666--24590817	45	3.3	44	79	10	144	23	22	21	32	1.98
24592434--24592602	47	3.6	47	77	13	213	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24592388--24592651	93	2.8	93	94	0	456	29	27	20	23	1.99
24592383--24592648	46	5.7	46	73	15	242	29	26	19	23	1.98
24593071--24593130	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
24594445--24594531	35	2.4	36	80	1	95	42	16	6	34	1.74
24594445--24594552	18	6.1	18	79	2	101	41	15	5	37	1.71
24596207--24596253	22	2.0	24	88	8	71	31	17	6	44	1.73
24597256--24597338	43	1.9	43	95	0	148	20	28	25	25	1.99
24612887--24613076	40	4.8	40	85	3	251	23	23	27	25	2.00
24612890--24613069	78	2.3	79	86	2	245	23	23	26	26	2.00
24620923--24621108	39	4.8	39	85	5	236	23	21	29	25	1.99
24620926--24621073	77	1.9	76	89	4	226	24	19	29	27	1.99
24620921--24621108	77	2.4	77	83	4	218	24	21	28	25	1.99
24622867--24622914	25	1.9	25	86	0	69	43	20	18	16	1.88
24625051--24625108	26	2.2	26	85	11	75	29	15	12	43	1.83
24628350--24628409	13	4.2	14	72	17	52	16	26	25	31	1.96
24631605--24632096	48	10.0	48	87	6	689	35	5	26	32	1.79
24631605--24632096	102	5.0	96	89	4	689	35	5	26	32	1.79
24631605--24632096	150	3.3	148	90	5	730	35	5	26	32	1.79
24632242--24632350	37	2.9	37	91	0	164	22	18	31	27	1.97
24634473--24634537	24	2.7	24	75	15	71	36	1	1	60	1.16
24637314--24637440	59	2.2	59	80	4	150	26	14	11	47	1.78
24638023--24638163	67	2.1	67	97	0	264	38	9	9	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24649151--24649236	36	2.5	34	88	7	145	40	10	11	37	1.76
24650612--24650637	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
24654255--24654432	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
24654276--24654431	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
24662299--24662476	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
24662320--24662475	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
24670075--24670173	27	3.6	27	84	1	126	18	25	23	33	1.97
24677981--24678092	27	4.1	27	83	3	118	16	23	23	36	1.94
24677981--24678092	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	36	1.94
24722652--24722701	6	8.3	6	80	6	57	78	2	4	16	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344