genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61171107--61171171	23	2.9	22	82	13	62	16	3	4	75	1.10
61172315--61172357	23	1.9	23	85	4	61	62	11	2	23	1.40
61173390--61173519	29	4.6	29	90	3	176	27	30	16	26	1.96
61173381--61173526	57	2.6	56	84	5	177	27	30	15	26	1.96
61173713--61173755	8	5.4	8	83	10	61	4	23	23	48	1.69
61173713--61173755	16	2.7	16	96	0	77	4	23	23	48	1.69
61177050--61177107	30	1.9	30	89	0	89	22	34	29	13	1.93
61177253--61177300	5	9.8	5	78	13	55	20	2	0	77	0.88
61177266--61177315	24	2.1	24	88	7	75	22	6	0	72	1.07
61177261--61177309	14	3.4	15	81	15	59	20	4	0	75	0.96
61179299--61179409	43	2.6	43	81	1	134	34	25	15	25	1.95
61181362--61181402	18	2.4	17	84	15	57	80	2	4	12	0.97
61183799--61183844	7	6.4	7	77	22	51	13	0	0	86	0.56
61183799--61183847	6	8.2	6	88	11	66	14	0	0	85	0.59
61183799--61183844	14	3.1	15	84	9	67	13	0	0	86	0.56
61184360--61184502	72	2.0	72	97	1	270	41	16	11	30	1.83
61187992--61188030	18	2.2	17	86	4	51	30	2	12	53	1.52
61188960--61188986	14	1.9	14	100	0	54	33	14	7	44	1.73
61190137--61190163	13	2.1	13	100	0	54	7	40	37	14	1.74
61192195--61192239	19	2.4	19	85	7	56	11	11	0	77	0.99
61192239--61192281	16	2.6	17	85	3	61	37	0	2	60	1.10
61192642--61192771	49	2.7	49	85	2	172	29	21	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61193964--61194003	21	2.0	21	85	5	55	17	32	22	27	1.96
61198302--61198341	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
61203158--61203190	12	2.8	12	90	9	50	3	21	51	24	1.62
61206355--61206384	15	2.1	15	93	6	53	50	6	0	43	1.28
61206889--61206943	27	2.0	28	85	3	76	49	20	0	30	1.49
61207452--61207495	14	3.1	14	90	6	63	40	0	2	56	1.11
61207425--61207495	7	10.0	7	75	14	56	40	1	1	56	1.17
61207411--61207494	35	2.3	35	82	8	89	41	2	2	53	1.27
61222487--61222659	46	3.8	45	80	13	217	22	20	27	28	1.99
61222486--61222654	93	1.8	93	96	0	311	22	20	28	28	1.99
61228225--61228258	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
61228453--61228492	11	3.6	11	86	0	62	62	10	7	20	1.50
61228446--61228488	22	2.0	22	85	0	59	62	11	6	18	1.50
61229468--61229493	11	2.4	11	100	0	52	46	30	15	7	1.74
61231461--61231494	15	2.2	16	89	5	52	26	26	0	47	1.53
61236820--61236855	17	2.1	17	89	0	54	41	19	8	30	1.81
61249507--61249585	21	3.9	21	72	9	56	27	25	15	31	1.95
61249540--61249602	18	3.3	18	75	12	72	25	26	19	28	1.98
61249512--61249602	39	2.3	39	94	0	155	27	24	17	30	1.97
61250186--61250270	43	2.0	43	84	9	111	36	20	22	21	1.95
61251769--61251794	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
61252269--61252446	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61252270--61252425	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
61252266--61252446	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
61265534--61265705	40	4.3	40	87	2	204	26	28	21	23	1.99
61265534--61265758	80	2.8	79	79	7	204	26	28	21	24	1.99
61265690--61265767	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
61281376--61281400	7	3.6	7	100	0	50	32	24	0	44	1.54
61284358--61284529	6	27.8	6	73	16	129	47	14	19	18	1.82
61284358--61284529	19	9.3	18	73	17	129	47	14	19	18	1.82
61284360--61284529	37	4.6	37	78	8	111	47	14	18	18	1.82
61284363--61284528	62	2.7	62	94	0	287	47	15	19	18	1.83
61284363--61284529	25	6.7	25	79	8	125	47	14	19	18	1.83
61284648--61284699	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
61284632--61284785	67	2.3	67	98	0	299	31	22	28	17	1.97
61284715--61284766	27	2.0	26	92	3	86	38	21	23	17	1.93
61285024--61285335	27	11.6	27	85	1	392	25	18	20	35	1.95
61285340--61285757	27	15.4	27	82	3	329	37	8	21	33	1.83
61285455--61285527	28	2.7	27	91	2	110	28	6	20	43	1.77
61285340--61285757	81	5.1	81	75	4	365	37	8	21	33	1.83
61290037--61290149	27	4.2	28	88	3	153	35	21	23	19	1.96
61290041--61290147	55	2.0	55	88	5	164	35	20	23	20	1.96
61297852--61297935	27	3.1	27	87	1	123	39	20	22	17	1.92
61305990--61306068	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61306186--61306622	47	9.2	47	89	2	640	29	30	8	31	1.86
61306186--61306624	96	4.6	95	90	2	648	29	30	8	31	1.86
61306186--61306622	143	3.1	143	90	3	684	29	30	8	31	1.86
61314983--61315054	25	3.0	23	82	10	72	27	22	20	29	1.99
61315010--61315079	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
61330056--61330088	8	4.1	8	100	0	66	12	0	0	87	0.53
61337790--61337857	23	2.7	25	84	8	86	25	16	33	25	1.95
61338451--61338491	20	2.0	20	100	0	82	36	9	9	43	1.71
61341121--61341221	42	2.4	43	83	1	132	26	16	28	27	1.97
61343251--61343289	16	2.4	17	91	4	62	51	38	2	7	1.44
61345932--61346188	80	3.2	80	91	3	387	23	22	27	26	2.00
61345932--61346162	40	5.8	40	93	3	385	22	22	28	26	1.99
61352261--61352432	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
61352263--61352485	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
61352261--61352485	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
61352417--61352494	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
61360187--61360358	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
61360189--61360411	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
61360187--61360411	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
61360343--61360420	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
61365221--61365614	47	8.4	47	92	0	599	29	30	8	31	1.86
61365531--61365606	22	3.3	22	66	10	62	30	31	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61369369--61369760	40	9.8	40	90	0	595	26	27	21	24	1.99
61372629--61372884	80	3.2	80	90	3	367	24	22	26	26	2.00
61372629--61372858	40	5.8	40	92	1	356	23	22	27	26	1.99
61374576--61374650	29	2.6	29	91	0	114	24	18	29	28	1.98
61384719--61384758	18	2.2	19	91	8	66	17	47	25	10	1.78
61388094--61388271	27	6.6	27	83	3	196	29	28	14	26	1.95
61388115--61388270	82	1.9	81	86	3	224	29	28	14	26	1.95
61390733--61390917	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
61390733--61390917	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
61393868--61394359	53	9.5	52	68	15	182	36	16	23	23	1.94
61393832--61394092	47	5.3	47	67	15	143	36	14	22	26	1.93
61393832--61394149	101	3.2	101	90	3	491	36	14	22	25	1.93
61394074--61394372	53	5.6	54	75	11	235	34	18	24	22	1.96
61393832--61394380	101	5.4	100	82	8	449	35	16	23	24	1.95
61394082--61394372	107	2.7	107	84	6	362	34	19	24	21	1.96
61412274--61412351	30	2.6	30	97	0	147	20	34	24	20	1.96
61413240--61413385	50	3.0	50	82	4	172	24	25	19	30	1.98
61416032--61416226	55	3.6	54	79	7	216	23	24	15	36	1.93
61416205--61416326	47	2.6	47	92	5	210	26	24	13	35	1.93
61424257--61424373	48	2.4	48	91	0	180	25	20	24	29	1.99
61427045--61427172	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
61427045--61427172	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61431035--61431129	49	1.9	49	91	0	154	26	18	27	27	1.98
61431996--61432053	22	2.7	21	84	7	71	34	5	18	41	1.73
61432168--61432314	74	2.0	73	95	1	267	22	19	13	44	1.85
61437181--61437231	19	2.9	17	83	11	66	37	9	17	35	1.83
61437203--61437247	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
61437213--61437257	23	2.0	23	82	4	56	33	6	15	44	1.73
61437943--61438017	36	2.1	36	92	0	123	26	9	30	33	1.88
61443744--61443886	48	3.0	47	90	3	214	27	20	23	27	1.99
61443743--61443907	48	3.4	47	85	5	161	29	20	24	26	1.99
61445941--61446031	29	3.2	30	81	9	111	25	14	32	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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