genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58675768--58675880	36	3.5	35	64	26	86	20	55	10	13	1.67
58675653--58676022	120	3.1	118	85	4	343	22	56	9	12	1.64
58675653--58676023	180	2.1	178	81	6	435	22	56	9	12	1.64
58676004--58676103	15	6.5	15	68	19	62	27	59	5	9	1.49
58676040--58676104	24	2.7	24	80	4	69	27	58	6	7	1.50
58676118--58676227	21	5.4	21	72	18	97	22	60	6	10	1.53
58676118--58676239	18	6.3	18	70	15	82	23	59	6	10	1.54
58676004--58676163	78	2.1	78	87	0	230	25	58	5	10	1.53
58676156--58676227	24	3.1	24	76	11	69	22	61	5	11	1.50
58676084--58676202	60	2.0	60	96	0	220	22	58	5	12	1.55
58676084--58676235	60	2.5	59	86	6	155	23	58	6	11	1.56
58676278--58676312	12	2.9	12	86	0	52	42	51	2	2	1.31
58680257--58680369	43	2.6	42	85	9	140	29	23	19	27	1.98
58683382--58683423	12	3.5	12	90	0	57	9	23	38	28	1.86
58683926--58684028	39	2.6	39	78	1	98	35	12	27	24	1.91
58683938--58684167	40	5.8	40	78	5	182	34	14	28	22	1.93
58683970--58684151	80	2.3	80	82	6	217	34	13	30	21	1.91
58684049--58684111	20	3.2	19	68	8	54	33	12	36	17	1.88
58690261--58690335	27	2.8	27	83	0	78	32	21	10	36	1.88
58690288--58690375	27	3.3	27	93	0	140	27	23	7	40	1.82
58690411--58690508	27	3.7	26	80	9	108	44	22	6	26	1.76
58693080--58693266	27	7.0	27	90	0	259	42	16	14	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58694604--58694775	93	1.8	93	91	0	281	27	28	21	22	1.99
58694597--58694772	46	3.8	46	77	10	187	28	28	21	21	1.98
58694648--58694792	46	3.1	46	71	20	124	29	26	20	23	1.98
58699153--58699263	27	4.1	27	81	7	111	18	23	19	38	1.93
58702055--58702120	20	3.3	20	69	0	60	25	19	36	18	1.94
58702054--58702157	40	2.6	40	87	0	136	29	21	31	17	1.96
58705696--58705746	24	2.1	24	82	13	61	17	25	21	35	1.95
58715767--58715988	46	4.8	46	80	7	227	25	30	18	26	1.98
58717968--58718145	48	3.7	46	77	5	144	23	17	25	33	1.96
58726304--58726410	43	2.5	43	84	3	135	36	24	13	26	1.92
58728974--58729144	86	2.0	85	91	3	281	26	20	14	38	1.91
58731886--58732063	46	3.8	46	77	4	196	29	28	20	21	1.98
58731895--58732065	93	1.8	93	89	0	270	28	29	19	21	1.98
58734948--58735103	76	2.1	76	97	0	294	21	23	24	31	1.98
58736847--58736997	43	3.5	43	85	0	194	34	25	15	25	1.94
58744079--58744103	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
58746311--58746382	27	2.7	27	82	0	81	30	16	16	36	1.91
58746342--58746404	27	2.3	27	83	5	83	38	12	9	39	1.76
58746418--58746677	27	9.7	27	84	2	265	31	10	20	38	1.86
58746418--58746674	107	2.4	108	81	5	290	31	10	21	37	1.86
58746994--58747057	28	2.3	28	94	0	110	23	35	18	21	1.95
58773953--58773987	18	2.1	17	89	10	54	25	48	11	14	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58776770--58776945	46	3.8	45	78	11	196	22	19	28	29	1.98
58776766--58776937	93	1.8	93	91	2	283	22	20	29	28	1.98
58779868--58779936	15	4.6	15	79	0	75	11	17	11	59	1.61
58779859--58779946	30	3.0	30	78	8	90	10	17	14	57	1.64
58782328--58782502	46	3.8	46	77	10	194	21	20	28	29	1.98
58782323--58782494	93	1.8	93	89	0	272	21	21	29	27	1.99
58784464--58784522	27	2.2	26	82	5	73	33	18	16	30	1.94
58795867--58796104	45	5.0	47	75	12	220	29	24	19	26	1.99
58809747--58809849	28	3.7	28	89	0	152	28	33	13	24	1.93
58815805--58815929	50	2.5	50	84	8	175	24	16	27	32	1.96
58816141--58816170	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
58822532--58822826	50	5.9	50	74	5	220	27	17	25	30	1.97
58823024--58823053	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
58834341--58834393	27	2.0	27	92	0	88	33	16	16	32	1.92
58836363--58836538	46	3.8	45	78	11	187	28	28	21	21	1.98
58836371--58836542	93	1.8	93	89	0	272	27	29	21	21	1.99
58838898--58838992	15	6.4	15	75	10	72	58	13	16	10	1.62
58838901--58838985	44	1.9	44	85	4	118	58	14	16	10	1.62
58848533--58848582	17	2.9	17	77	19	59	10	24	2	64	1.35
58855320--58855504	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
58855301--58855504	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
58857952--58858161	27	7.8	27	84	1	260	30	25	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58857951--58858161	81	2.6	81	86	0	287	30	25	11	32	1.91
58871210--58871477	40	6.7	40	93	0	455	32	20	26	21	1.98
58879688--58879953	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
58879688--58879953	119	2.2	120	95	0	480	29	20	28	21	1.98
58883803--58884019	46	4.6	47	81	10	232	22	30	18	28	1.98
58883803--58884062	46	5.6	46	75	17	168	23	28	18	28	1.98
58883799--58884063	94	2.9	91	79	12	292	23	28	18	28	1.98
58887773--58888308	40	13.6	40	91	4	858	25	27	19	26	1.99
58887989--58888048	31	1.9	31	100	0	120	31	30	15	23	1.95
58895345--58895925	40	14.6	40	93	2	956	25	27	19	27	1.99
58895345--58895925	119	4.9	120	93	2	965	25	27	19	27	1.99
58904528--58904587	31	1.9	31	86	0	84	28	20	16	35	1.94
58904799--58904882	26	3.4	24	80	11	98	28	22	20	28	1.98
58904938--58905014	9	7.9	9	75	16	73	36	22	6	35	1.80
58904930--58905016	20	4.3	20	97	0	165	34	20	9	35	1.85
58904916--58905014	40	2.5	40	90	6	123	35	20	9	35	1.84
58905053--58905098	24	1.9	24	86	0	65	28	15	23	32	1.95
58914892--58915116	40	5.6	40	82	2	263	23	26	24	26	2.00
58914856--58915116	80	3.3	79	82	5	287	24	25	23	26	2.00
58919590--58919814	40	5.6	40	83	2	281	23	26	24	26	2.00
58919554--58919814	80	3.3	78	83	3	299	23	26	23	26	2.00
58924642--58924873	40	5.8	40	90	2	306	23	19	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58929167--58929226	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
58936828--58936857	15	1.9	16	93	6	53	20	0	6	73	1.05
58938124--58938156	13	2.5	13	100	0	66	15	24	39	21	1.91
58944151--58944335	79	2.3	82	83	7	238	25	27	21	25	2.00
58944132--58944335	40	5.1	40	81	8	238	25	26	21	25	2.00
58963990--58964022	15	2.1	16	88	5	50	30	18	0	51	1.46
58970694--58970729	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
58971295--58971325	16	1.9	16	100	0	62	51	9	6	32	1.60
58971587--58971632	22	2.0	23	91	4	76	52	4	0	43	1.21
58981744--58981768	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
58984861--58984898	9	4.2	9	89	0	58	36	34	7	21	1.82
58987603--58987646	19	2.2	20	80	4	54	9	13	4	72	1.24
58990594--58990635	21	1.9	22	90	9	68	40	0	14	45	1.45
58990786--58990840	25	2.2	25	100	0	110	29	30	10	29	1.91
58990846--58990882	19	1.9	19	94	0	65	21	29	27	21	1.99
58993505--58993556	11	4.8	11	75	11	54	44	0	1	53	1.11
58994995--58995074	29	2.7	29	78	5	88	36	6	11	46	1.65
58995016--58995073	29	2.0	30	89	3	91	32	5	12	50	1.62
58996225--58996269	21	2.1	21	83	0	54	51	0	15	33	1.44
58996392--58996780	3	129.0	3	70	16	173	59	3	7	29	1.41
58998240--58998585	44	7.8	44	74	5	241	29	22	17	30	1.97
58998602--58999026	88	4.8	88	88	1	573	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58999042--58999864	44	18.9	44	67	8	270	25	22	19	32	1.98
58999042--58999460	130	3.2	130	90	0	615	26	23	19	30	1.98
58999331--58999762	175	2.5	174	82	4	523	23	22	19	33	1.97
58999336--58999755	88	4.8	87	80	9	419	23	23	19	33	1.97
59003403--59003437	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
59003691--59003766	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
59003720--59003817	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
59003727--59003817	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
59004166--59004319	45	3.4	44	81	3	164	25	24	14	35	1.94
59004336--59004630	78	3.8	78	91	1	457	25	24	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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