genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51272650--51272777	45	2.8	46	88	4	188	32	29	19	18	1.96
51279211--51279324	36	3.2	36	87	3	160	36	20	6	36	1.77
51279213--51279325	34	3.3	34	86	2	145	36	20	6	37	1.78
51280959--51281160	43	4.7	43	84	2	271	28	26	18	26	1.98
51281875--51281926	28	1.9	26	84	7	68	51	5	5	36	1.50
51282949--51283027	31	2.5	31	95	0	140	26	25	17	30	1.97
51283051--51283142	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
51283287--51283461	26	6.8	26	90	0	255	26	22	24	26	2.00
51284264--51284342	27	2.9	26	73	16	70	22	21	20	35	1.96
51284473--51284665	54	3.6	53	78	7	219	30	8	20	40	1.82
51284501--51284652	80	1.9	80	85	5	209	29	9	19	41	1.83
51284387--51284692	27	11.3	27	77	7	185	32	8	19	39	1.83
51284581--51284760	54	3.3	54	77	7	159	35	8	20	36	1.82
51284642--51284746	27	3.9	27	87	5	149	41	9	19	29	1.82
51284581--51284757	27	6.6	27	82	1	122	35	8	20	36	1.83
51287914--51288205	33	8.9	33	79	2	302	36	22	10	30	1.88
51287905--51288189	65	4.4	65	90	0	417	36	22	11	29	1.90
51288198--51288267	29	2.4	29	92	0	113	25	30	7	37	1.83
51296542--51296628	27	3.2	27	75	6	86	31	25	13	29	1.94
51297894--51297926	15	2.2	15	100	0	66	36	21	24	18	1.95
51298876--51299017	70	2.0	70	97	0	266	33	21	16	29	1.95
51299576--51299619	17	2.5	18	79	17	56	70	6	0	22	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51299579--51299620	18	2.3	18	80	8	50	71	7	0	21	1.09
51301293--51301331	20	2.1	18	90	9	60	58	0	7	33	1.26
51309119--51309188	36	1.9	36	83	13	90	30	21	7	41	1.80
51312554--51312613	20	3.0	20	80	9	77	23	28	0	48	1.51
51314462--51314500	16	2.4	16	91	0	60	46	17	23	12	1.83
51314715--51314835	29	4.2	28	82	2	134	28	15	28	26	1.96
51317855--51318025	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
51317850--51318023	46	3.8	46	75	13	185	28	27	21	22	1.99
51327959--51328015	29	2.0	29	92	0	96	61	14	14	10	1.57
51327960--51328018	15	4.0	15	80	4	75	62	15	11	10	1.54
51331019--51331336	49	6.5	49	86	5	430	28	27	17	25	1.98
51337223--51337343	42	2.9	42	91	0	206	26	29	19	23	1.98
51344873--51344922	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
51345704--51345862	7	21.7	7	72	11	68	38	36	3	22	1.70
51345785--51345839	23	2.5	22	82	8	67	38	34	1	25	1.67
51346360--51346445	38	2.2	37	82	8	100	17	1	31	50	1.54
51346462--51346632	41	4.2	41	79	5	179	22	21	17	38	1.94
51346462--51346632	79	2.1	80	82	7	204	22	21	17	38	1.94
51346612--51346664	23	2.3	23	86	0	70	13	16	20	49	1.79
51349120--51349198	31	2.5	31	93	0	140	26	26	17	29	1.98
51349222--51349313	42	2.2	42	84	0	112	33	18	14	33	1.91
51349458--51349555	26	3.8	26	86	1	144	24	24	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51349458--51349555	52	1.9	51	91	2	160	24	24	24	26	2.00
51350358--51350422	27	2.4	27	89	0	103	16	27	18	36	1.93
51350480--51350732	27	9.3	27	76	6	161	34	8	20	35	1.83
51350473--51350637	56	3.0	54	77	7	170	32	9	18	40	1.83
51350453--51350678	54	4.1	54	76	4	184	33	8	20	37	1.84
51350630--51350840	27	7.8	27	90	0	278	38	8	25	27	1.84
51350846--51350935	27	3.3	27	81	3	101	33	8	16	41	1.80
51353706--51353826	42	2.8	43	76	5	120	27	20	24	27	1.99
51355285--51355344	20	3.0	20	85	9	86	50	0	25	25	1.50
51356623--51356661	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
51356623--51356662	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
51356625--51356670	21	2.2	21	92	0	74	34	19	15	30	1.93
51367593--51367645	27	2.0	27	84	0	70	37	13	13	35	1.83
51374591--51374754	39	4.2	39	93	1	267	17	21	29	32	1.96
51378789--51378841	27	2.0	27	88	0	79	33	18	15	32	1.92
51383319--51383372	27	2.0	27	88	0	81	33	20	14	31	1.93
51383435--51383465	5	6.2	5	96	0	53	41	19	16	22	1.89
51389605--51389658	27	2.0	27	88	0	81	33	20	14	31	1.93
51389721--51389751	5	6.2	5	96	0	53	41	19	16	22	1.89
51411050--51411119	33	2.1	33	89	0	104	28	25	21	24	1.99
51411088--51411147	28	2.2	27	81	3	66	30	26	23	20	1.98
51411282--51411353	27	2.7	27	73	4	74	38	19	22	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51411509--51411613	27	3.9	27	80	7	115	22	21	20	35	1.96
51411631--51411866	27	8.7	27	75	6	163	30	8	19	40	1.82
51411861--51411930	27	2.6	27	86	0	95	28	22	17	31	1.96
51416278--51416355	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
51416308--51416634	173	1.9	174	92	0	557	30	14	24	31	1.94
51425222--51425391	79	2.1	79	82	3	198	25	21	27	25	1.99
51425222--51425391	40	4.3	39	86	5	189	25	21	27	25	1.99
51427574--51427651	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
51427604--51427930	173	1.9	174	92	0	548	29	14	24	31	1.94
51429710--51429780	26	2.7	27	88	4	108	28	18	19	33	1.95
51434317--51434349	15	2.3	15	89	5	50	54	30	6	9	1.56
51441766--51441956	96	2.0	96	90	0	301	27	23	27	21	1.99
51441775--51441954	48	3.8	48	84	0	243	26	24	27	21	1.99
51442160--51442418	48	5.5	48	78	8	257	26	16	30	27	1.97
51449371--51449408	19	2.0	19	85	10	51	13	15	44	26	1.83
51465775--51465805	16	1.9	16	93	0	53	25	25	19	29	1.99
51466036--51466114	32	2.5	32	91	4	124	24	18	27	29	1.98
51467474--51467602	48	2.7	48	85	0	168	33	21	22	22	1.97
51467856--51468029	48	3.6	48	86	0	249	25	17	29	27	1.98
51471852--51472017	46	3.6	45	75	10	158	23	29	19	27	1.98
51472235--51472262	9	3.1	9	100	0	56	21	10	21	46	1.81
51482414--51482620	55	3.8	53	78	3	182	19	23	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51487059--51487189	27	4.9	27	81	1	147	32	18	20	29	1.96
51487059--51487189	54	2.4	54	87	0	181	32	18	20	29	1.96
51490894--51491008	49	2.5	47	84	7	146	24	28	21	25	1.99
51494270--51494308	20	2.0	20	85	10	53	35	17	0	46	1.49
51497620--51497797	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
51497621--51497776	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
51497617--51497797	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
51505796--51505944	27	5.5	26	84	4	165	26	16	27	29	1.97
51505795--51505944	55	2.8	53	81	5	176	27	16	27	29	1.96
51505796--51505944	82	1.8	80	87	5	219	26	16	27	29	1.97
51511032--51511155	48	2.6	48	80	0	122	32	20	22	24	1.98
51511366--51511537	48	3.6	48	89	0	236	26	15	30	27	1.96
51514445--51514501	28	2.0	28	100	0	114	54	7	10	28	1.60
51532340--51532601	39	6.7	40	86	7	319	26	22	26	24	2.00
51539985--51540029	22	2.0	22	91	0	72	44	2	11	42	1.52
51547473--51547497	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
51547933--51547988	25	2.1	27	87	6	80	60	1	5	32	1.29
51547978--51548016	19	2.1	19	85	9	53	35	0	10	53	1.35
51549751--51550013	40	6.6	40	91	1	359	26	28	23	21	1.99
51549717--51550013	80	3.7	79	88	3	402	25	28	23	22	1.99
51549743--51550013	120	2.3	120	89	0	400	25	29	23	21	1.99
51581967--51582020	27	2.0	27	88	0	81	25	16	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51588962--51589000	20	2.0	20	84	0	51	12	0	17	69	1.19
51592309--51592345	18	2.0	19	89	5	58	8	35	2	54	1.44
51593323--51593374	24	2.1	25	82	7	70	50	7	19	23	1.73
51595476--51595519	15	2.9	15	82	0	52	18	0	2	79	0.83
51599031--51599150	39	3.1	39	91	0	204	19	22	33	25	1.97
51601376--51601529	28	5.4	28	74	6	139	16	16	35	31	1.92
51601400--51601556	29	5.4	29	70	7	122	17	15	35	31	1.91
51601370--51601556	57	3.2	57	91	1	284	17	16	35	31	1.92
51604619--51604736	39	3.0	39	88	2	184	22	22	29	26	1.99
51606438--51606625	40	4.7	40	88	3	281	24	26	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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