genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55194032--55194152	42	2.9	42	79	0	107	30	26	16	26	1.97
55194170--55194294	48	2.6	48	84	2	144	25	29	17	27	1.98
55209656--55210068	47	8.7	47	94	1	693	32	8	30	28	1.87
55209703--55209781	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
55209656--55210068	143	2.9	141	93	2	693	32	8	30	28	1.87
55209656--55210068	190	2.2	188	93	1	702	32	8	30	28	1.87
55210187--55210265	37	2.1	37	85	0	104	24	16	31	27	1.96
55211835--55212053	46	4.7	46	85	1	242	20	22	15	42	1.89
55212028--55212065	16	2.4	16	86	8	51	23	23	15	36	1.94
55211840--55212057	93	2.4	93	83	2	251	19	22	15	42	1.88
55211992--55212115	62	2.0	62	95	0	221	25	23	12	37	1.91
55212038--55212069	16	2.0	16	100	0	64	25	25	12	37	1.91
55217086--55217133	26	1.9	24	83	8	60	70	4	14	10	1.29
55223753--55223838	43	2.0	42	88	6	129	23	16	24	36	1.94
55226727--55226751	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
55227166--55227224	28	2.2	26	78	6	64	44	1	1	52	1.21
55228741--55228779	17	2.2	19	86	9	55	43	2	17	35	1.63
55228871--55228914	16	2.6	17	82	13	56	31	9	0	59	1.29
55228871--55228915	17	2.8	16	80	16	56	31	11	0	57	1.33
55229701--55229737	12	3.1	12	96	0	65	59	10	8	21	1.56
55233556--55233603	3	15.7	3	78	4	51	62	0	31	6	1.20
55238131--55238518	188	2.0	191	98	2	746	33	19	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55238681--55238752	3	23.7	3	97	2	135	68	0	0	31	0.90
55239211--55239402	9	21.4	9	65	21	50	61	3	4	30	1.31
55239389--55239446	19	2.9	19	85	12	73	70	1	1	25	1.06
55240510--55240646	61	2.2	61	93	0	229	37	18	3	40	1.68
55243208--55243247	13	3.1	13	82	10	55	57	10	10	22	1.61
55243208--55243252	13	3.4	14	79	11	51	55	11	11	22	1.66
55267235--55267670	217	2.0	218	98	0	847	25	19	18	37	1.94
55268900--55268994	27	3.5	27	80	0	100	18	20	24	36	1.95
55275650--55275704	21	2.6	21	76	0	56	16	32	30	20	1.94
55276475--55276566	37	2.5	37	83	5	105	21	9	38	30	1.86
55278099--55278178	36	2.2	36	85	10	103	35	0	2	62	1.09
55278151--55278188	19	2.0	19	85	10	51	39	2	0	57	1.12
55278998--55279045	24	1.9	26	83	8	64	64	0	10	25	1.25
55279678--55279718	20	2.0	20	90	9	66	41	7	2	48	1.44
55279738--55279781	22	2.0	22	95	0	79	29	6	9	54	1.58
55285839--55285890	26	2.0	26	96	0	95	44	11	3	40	1.59
55287054--55287094	17	2.4	17	100	0	82	9	21	7	60	1.52
55289639--55289678	21	1.9	21	84	0	53	22	12	2	62	1.42
55297648--55297682	17	2.1	17	88	0	52	28	0	8	62	1.24
55297732--55297806	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
55297778--55297833	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
55297890--55297926	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55297994--55298029	9	4.0	9	85	0	54	38	0	2	58	1.13
55297995--55298032	18	2.1	18	95	0	67	36	0	2	60	1.11
55298100--55298135	16	2.3	15	90	4	54	47	0	5	47	1.25
55298101--55298135	15	2.2	16	90	5	54	48	0	5	45	1.26
55298254--55298323	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
55298430--55298485	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
55311471--55311525	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
55313026--55313196	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	22	1.98
55313021--55313190	46	3.7	46	76	14	188	29	28	19	22	1.98
55314615--55314651	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
55314708--55314763	24	2.3	24	82	14	62	57	8	3	30	1.47
55314735--55314809	30	2.5	30	81	10	82	56	6	2	34	1.40
55319622--55319691	35	1.9	35	85	5	95	51	8	17	22	1.72
55330022--55330107	25	3.5	25	79	1	84	33	22	20	23	1.97
55343714--55343760	23	2.0	23	91	0	76	36	21	12	29	1.91
55346761--55346790	4	7.2	4	96	3	51	76	0	23	0	0.78
55353162--55353202	18	2.2	19	91	4	66	56	9	7	26	1.58
55353743--55353804	26	2.3	26	86	2	88	37	9	19	33	1.84
55362917--55363002	34	2.5	34	83	5	93	29	10	16	44	1.81
55362948--55363017	34	2.1	34	91	0	113	27	8	14	50	1.72
55373488--55373557	3	24.0	3	73	16	58	67	1	1	30	1.08
55374165--55374247	22	3.5	24	75	17	68	53	3	3	39	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55374353--55374579	123	1.9	124	82	8	295	55	6	6	31	1.49
55374555--55374594	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
55375076--55375110	11	3.2	11	95	0	61	42	0	57	0	0.99
55384957--55385059	24	3.9	26	79	9	84	53	2	6	36	1.43
55385012--55385097	21	4.0	22	72	14	63	55	2	5	36	1.37
55385055--55385119	32	2.0	32	88	5	96	58	4	3	33	1.34
55385046--55385146	53	1.9	53	86	11	145	60	3	1	33	1.26
55385099--55385146	21	2.3	20	83	13	62	60	2	2	35	1.20
55387616--55387669	24	2.2	25	83	3	65	50	5	1	42	1.36
55388651--55388917	55	4.9	55	91	1	414	37	17	13	30	1.89
55388651--55388917	109	2.5	110	92	1	432	37	17	13	30	1.89
55389007--55389159	79	1.9	79	97	0	288	33	20	18	27	1.96
55388867--55389531	178	3.8	173	83	8	805	35	18	17	28	1.93
55389185--55389349	75	2.2	75	85	3	215	35	20	15	29	1.93
55389168--55389530	166	2.2	165	86	4	500	37	17	15	28	1.91
55402099--55402159	22	2.7	24	75	17	67	60	3	8	27	1.41
55402471--55402579	26	4.4	25	70	15	75	55	3	6	33	1.43
55402597--55402661	32	2.0	32	88	5	96	58	4	3	33	1.34
55402588--55402686	53	1.9	51	86	12	139	60	4	2	33	1.27
55405153--55405207	25	2.2	25	83	6	67	50	7	0	41	1.30
55407090--55407124	18	1.9	18	88	0	52	71	0	11	17	1.14
55407086--55407125	19	2.1	19	85	0	53	72	0	12	15	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55409376--55409427	26	2.0	27	85	11	72	55	3	7	32	1.46
55409635--55409665	12	2.7	11	90	9	53	48	6	6	38	1.55
55409876--55409904	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
55412636--55412742	26	4.1	25	89	2	151	33	22	8	35	1.84
55412636--55412742	52	2.1	52	90	0	169	33	22	8	35	1.84
55413549--55413659	48	2.4	48	85	11	151	55	7	6	30	1.52
55413555--55413635	24	3.4	24	67	12	60	55	7	6	30	1.52
55413662--55413716	24	2.2	25	90	6	85	58	3	5	32	1.38
55413673--55413737	21	2.9	22	84	6	69	60	7	1	30	1.34
55413756--55413807	20	2.7	18	83	13	68	59	1	3	34	1.27
55413703--55413806	55	1.9	55	80	11	124	56	3	2	36	1.32
55415014--55415585	54	10.6	54	85	3	677	28	22	8	40	1.84
55415014--55415585	81	7.1	80	85	4	668	28	22	8	40	1.84
55415014--55415585	27	21.2	27	86	3	605	28	22	8	40	1.84
55415590--55415785	54	3.6	54	85	2	259	35	18	19	26	1.95
55415590--55415785	27	7.3	27	84	2	232	35	18	19	26	1.95
55415985--55416063	27	3.0	26	83	10	97	21	22	18	36	1.95
55416153--55416211	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
55416567--55416768	6	33.3	6	73	15	166	20	17	13	48	1.81
55416567--55416747	85	2.1	85	92	4	303	20	17	13	48	1.81
55416756--55416789	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
55420131--55420170	16	2.5	16	88	8	55	42	0	25	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55420309--55420363	11	5.1	11	76	10	51	54	1	0	43	1.10
55420366--55420474	34	3.3	33	82	10	150	42	0	0	55	1.12
55424095--55424209	9	12.6	9	67	20	51	65	1	1	31	1.13
55424149--55424200	10	5.4	10	79	6	63	71	0	0	28	0.87
55424149--55424220	21	3.6	19	79	11	74	70	0	1	27	0.95
55424129--55424211	19	4.2	19	83	13	89	65	0	1	33	1.01
55424149--55424245	9	10.2	9	70	13	61	70	2	2	25	1.09
55424149--55424220	10	7.2	10	76	6	56	70	0	1	27	0.95
55424540--55424627	26	3.2	27	78	18	92	32	0	0	67	0.91
55424554--55424611	19	2.9	19	76	7	62	36	0	0	63	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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