genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66705635--66705901	139	1.9	140	87	0	392	52	13	11	22	1.72
66707261--66707302	22	1.9	22	90	0	66	40	16	7	35	1.76
66710335--66710378	20	2.3	19	80	7	52	50	0	11	38	1.39
66711010--66711081	25	2.8	25	75	8	65	22	26	19	31	1.97
66718644--66718819	68	2.6	67	77	15	159	22	27	15	34	1.94
66721426--66721527	43	2.4	43	83	3	125	27	17	24	30	1.97
66725327--66725394	7	9.6	7	83	3	82	8	33	0	57	1.30
66725327--66725394	21	3.2	21	83	4	91	8	33	0	57	1.30
66725348--66725409	29	2.1	29	87	0	88	4	37	0	58	1.20
66735304--66735382	40	2.0	40	85	5	106	39	20	12	27	1.89
66738037--66738089	20	2.7	20	84	0	70	41	5	26	26	1.78
66746151--66746328	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
66756125--66756348	79	2.8	80	81	7	269	25	26	21	25	1.99
66756125--66756348	40	5.7	40	84	6	253	25	26	21	25	1.99
66763544--66763721	27	6.6	27	83	5	189	28	28	15	26	1.96
66763565--66763720	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
66797380--66797423	23	2.0	23	86	8	65	27	4	29	38	1.76
66798333--66798486	79	1.9	79	85	0	209	30	10	16	42	1.82
66798967--66799012	15	3.1	15	77	0	56	2	21	21	54	1.56
66811127--66811155	11	2.7	11	94	5	51	55	6	0	37	1.27
66811218--66811272	21	2.5	22	77	13	60	60	1	9	29	1.38
66811336--66811411	31	2.3	33	82	8	84	57	0	7	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66811556--66811651	31	2.9	31	81	13	86	58	5	4	32	1.39
66812417--66812448	10	3.1	10	91	8	55	87	0	3	9	0.64
66822867--66822913	25	2.0	24	83	8	60	6	14	12	65	1.44
66824600--66824796	3	67.7	3	72	13	101	30	5	3	60	1.37
66824600--66824796	23	8.3	23	70	14	100	30	5	3	60	1.37
66824600--66824674	17	3.8	20	74	18	68	32	5	1	61	1.27
66824600--66824681	20	4.2	20	79	18	84	32	4	1	60	1.25
66824619--66824712	26	3.7	26	76	12	81	32	4	5	57	1.41
66831315--66831563	124	2.0	124	84	0	327	32	22	20	24	1.98
66842873--66842971	50	2.0	50	86	4	137	54	12	4	29	1.55
66844346--66844396	21	2.6	20	82	11	70	37	0	21	41	1.54
66844357--66844398	21	2.0	21	100	0	84	38	0	19	42	1.51
66844983--66845087	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
66846673--66846780	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
66846776--66846801	10	2.6	10	100	0	52	34	11	7	46	1.69
66847146--66847198	25	2.1	25	96	0	97	32	13	11	43	1.79
66848902--66848932	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
66851958--66852014	26	2.2	24	80	17	62	52	17	8	21	1.71
66855688--66856066	210	1.8	210	97	0	722	27	18	29	24	1.98
66864846--66864880	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
66867487--66867671	35	5.3	35	84	5	214	30	15	21	32	1.94
66870285--66870475	56	3.4	56	92	0	310	28	14	24	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66870285--66870504	56	3.9	55	81	8	201	28	15	25	31	1.95
66870285--66870504	112	2.0	112	85	3	300	28	15	25	31	1.95
66888060--66888117	30	1.9	30	82	6	73	22	29	29	18	1.98
66890009--66890059	24	2.0	26	85	11	70	13	11	17	56	1.66
66892623--66892683	20	3.0	21	83	9	90	36	9	13	40	1.77
66892722--66892765	20	2.2	20	95	0	79	45	4	11	38	1.61
66892793--66892841	20	2.4	20	72	3	53	42	14	14	28	1.84
66894505--66894669	88	1.9	88	87	5	244	33	10	30	25	1.89
66900193--66900225	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
66904461--66904493	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
66907752--66907806	23	2.4	23	96	0	101	43	14	5	36	1.69
66913042--66913163	46	2.6	47	82	11	153	30	22	27	20	1.98
66918242--66918299	23	2.5	23	82	0	71	22	13	10	53	1.70
66921001--66921039	19	2.0	20	85	5	53	23	5	12	58	1.54
66935663--66935688	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
66945526--66945648	33	3.8	33	80	7	126	30	24	13	31	1.93
66949955--66950571	48	12.9	48	97	0	1144	34	6	29	30	1.82
66950419--66950499	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
66950712--66950814	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
66953179--66953236	13	4.4	13	82	8	55	32	22	1	43	1.64
66955391--66955515	6	20.3	6	73	16	105	48	15	17	19	1.82
66955405--66955515	31	3.6	31	95	0	177	47	15	18	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66955448--66955505	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
66955925--66956166	27	9.0	27	84	3	290	25	21	18	34	1.96
66955921--66956160	81	3.0	80	86	3	320	25	21	18	34	1.96
66956148--66956545	27	14.7	27	83	0	391	32	8	19	39	1.82
66955942--66956196	81	3.1	81	82	4	221	27	18	18	35	1.95
66958519--66958598	6	13.0	6	72	15	65	50	15	16	18	1.79
66958497--66958598	31	3.3	31	90	0	132	50	13	16	19	1.78
66959000--66959276	27	10.3	27	84	0	329	25	20	18	36	1.95
66959016--66959276	81	3.2	81	87	1	380	25	19	18	36	1.95
66959260--66959655	27	14.7	27	80	4	284	31	8	20	40	1.81
66959369--66959655	27	10.6	27	86	0	358	31	8	19	41	1.80
66961018--66961062	23	2.0	23	81	0	54	28	20	24	26	1.99
66965106--66965401	151	2.0	150	98	0	574	37	27	9	25	1.87
66968549--66968673	48	2.8	46	80	9	134	29	18	24	28	1.98
66978575--66978599	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
66982189--66982225	20	1.9	18	89	10	56	16	29	35	18	1.93
66982642--66982697	23	2.4	23	96	0	103	26	3	19	50	1.64
66984455--66984625	65	2.6	65	86	0	243	32	11	22	33	1.89
66984447--66984626	33	5.5	33	79	7	179	32	11	22	33	1.90
66988206--66988253	26	2.0	23	84	15	62	41	14	4	39	1.65
66988440--66988494	23	2.5	22	76	5	58	52	1	1	43	1.22
66988432--66988500	31	2.3	30	82	5	84	52	1	1	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66988624--66988663	18	2.2	18	100	0	80	32	10	20	37	1.85
66988715--66988921	25	8.5	24	76	9	206	34	18	27	19	1.96
66988675--66988921	72	3.5	71	81	10	265	34	19	27	19	1.95
66988717--66988922	97	2.1	97	98	0	394	33	18	27	19	1.96
66988740--66988921	47	3.8	47	88	4	292	34	18	26	19	1.95
66994145--66994374	25	9.4	25	79	9	260	34	19	26	20	1.96
66994145--66994374	72	3.2	72	78	12	263	34	19	26	20	1.96
66994125--66994375	97	2.6	97	96	0	457	35	19	26	19	1.95
66997134--66997216	39	2.1	39	90	0	130	10	27	24	37	1.89
66997152--66997216	21	3.2	20	72	12	53	10	29	23	36	1.88
66997146--66997233	39	2.3	39	85	0	113	10	29	23	36	1.88
67003168--67004063	222	4.0	224	96	2	1655	23	9	21	45	1.80
67003168--67004063	446	2.0	444	96	1	1663	23	9	21	45	1.80
67004066--67004364	149	2.0	149	98	0	580	30	17	14	36	1.90
67006908--67007046	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
67017732--67017763	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
67018755--67018780	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
67019982--67020037	23	2.4	23	84	0	67	60	0	37	1	1.07
67024307--67024819	112	4.7	112	82	9	495	26	1	14	57	1.48
67024532--67024819	102	2.8	102	87	4	407	28	2	14	54	1.53
67025143--67025172	12	2.5	12	94	0	51	6	3	13	76	1.11
67025159--67025209	18	2.7	19	72	6	50	13	7	11	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67035746--67036176	126	3.5	126	82	7	520	37	19	16	26	1.92
67036821--67036868	16	2.9	16	74	17	53	72	6	0	20	1.05
67036881--67036924	18	2.4	18	85	7	54	65	0	11	22	1.24
67038194--67038502	84	3.7	83	86	1	377	16	21	22	39	1.92
67038194--67038502	167	1.8	168	83	3	408	16	21	22	39	1.92
67049811--67050220	128	3.2	126	84	3	518	38	18	15	26	1.91
67050954--67051001	18	2.6	18	83	6	51	62	0	10	27	1.27
67051119--67051149	15	2.1	15	100	0	62	51	16	6	25	1.68
67051373--67051415	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
67051396--67051428	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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