genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19977690--19978104	99	4.3	98	82	9	435	27	17	30	23	1.97
19987670--19987884	27	8.0	27	84	1	252	25	20	19	35	1.96
19987661--19987849	54	3.5	54	90	1	290	23	22	19	34	1.96
19987661--19987876	54	4.0	55	86	4	280	25	20	18	35	1.96
19989221--19989291	27	2.6	27	84	0	97	19	14	18	47	1.82
19989325--19989544	74	3.0	74	80	6	259	27	21	16	34	1.95
19992757--19992806	22	2.3	22	79	6	57	58	6	18	18	1.59
19997674--19997803	47	2.8	47	83	4	138	24	15	27	32	1.95
20009804--20009836	17	1.9	17	93	0	57	36	6	24	33	1.80
20022901--20022964	21	3.2	21	63	24	57	56	15	4	23	1.58
20022896--20022973	38	2.1	38	100	0	156	53	15	5	25	1.62
20025209--20025276	33	2.1	33	94	0	118	38	17	8	35	1.81
20028833--20028914	29	2.8	29	75	0	83	43	4	20	30	1.73
20030483--20030508	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
20036058--20036088	10	3.1	10	100	0	62	12	29	0	58	1.35
20038345--20038374	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
20040624--20040768	37	3.9	37	93	0	236	24	31	20	22	1.98
20040887--20041200	47	6.6	47	93	1	504	29	29	7	33	1.84
20056127--20056248	55	2.2	55	80	2	138	19	30	25	24	1.98
20072727--20072775	20	2.5	20	74	12	55	24	6	0	69	1.11
20072847--20072999	3	50.7	3	69	19	61	26	7	3	62	1.38
20072912--20072965	21	2.5	22	87	3	74	27	11	0	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20072877--20072959	30	2.8	30	79	17	84	25	9	1	63	1.32
20073034--20073079	22	2.1	21	88	4	65	28	6	0	65	1.17
20073044--20073079	18	2.1	16	90	10	54	27	2	0	69	1.02
20073240--20073496	125	2.0	126	80	8	279	35	12	15	37	1.84
20074959--20075004	19	2.4	19	85	7	58	21	19	10	47	1.80
20086527--20086648	65	1.9	65	81	3	147	22	17	9	50	1.74
20087031--20087118	46	1.9	46	92	0	149	31	18	25	25	1.97
20087022--20087128	46	2.3	46	83	0	142	36	18	23	21	1.95
20087513--20087630	44	2.7	43	80	2	119	27	20	23	27	1.99
20087469--20087746	88	3.1	87	70	7	263	32	21	20	26	1.98
20087458--20087807	177	2.0	178	86	1	488	32	20	21	26	1.97
20087642--20087947	44	6.9	44	65	9	122	31	21	22	24	1.98
20087513--20087853	177	1.9	176	81	3	380	31	20	21	26	1.98
20087601--20088339	132	5.6	131	83	5	762	29	20	23	25	1.99
20087714--20088339	132	4.8	132	85	3	773	29	21	24	25	1.99
20087714--20088339	263	2.4	263	87	2	864	29	21	24	25	1.99
20088598--20088646	25	1.9	26	91	4	82	40	46	0	12	1.41
20088598--20088646	13	3.8	13	81	5	64	40	46	0	12	1.41
20089080--20089546	3	155.3	3	67	15	94	27	8	4	60	1.44
20089179--20089252	20	3.5	20	71	14	60	27	8	0	64	1.21
20089639--20089683	23	2.0	23	86	0	63	22	8	2	66	1.30
20093169--20093217	24	2.0	24	84	0	62	26	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20095748--20095837	39	2.2	40	86	7	121	50	5	1	43	1.33
20097338--20097428	37	2.5	37	83	0	119	31	19	17	30	1.95
20098485--20098522	19	2.0	20	89	5	60	42	2	5	50	1.39
20100496--20101217	270	2.7	263	84	5	875	35	22	15	27	1.93
20109401--20109436	18	2.0	18	94	0	63	44	8	11	36	1.70
20111689--20111716	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
20116116--20116373	46	5.6	46	90	3	358	20	23	14	41	1.89
20121493--20121534	21	2.0	21	100	0	84	47	14	0	38	1.44
20125858--20125993	69	2.0	69	88	2	202	22	19	21	36	1.96
20131620--20131659	21	1.9	21	89	0	62	30	32	0	37	1.58
20131649--20131690	7	5.9	7	78	15	50	30	14	0	54	1.40
20131650--20131697	14	3.4	14	85	5	69	33	12	0	54	1.38
20132947--20132981	18	2.0	18	88	5	54	54	8	0	37	1.31
20133149--20133179	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
20144979--20145024	23	2.0	23	91	4	76	34	0	2	63	1.07
20149365--20149407	12	3.8	11	82	11	52	67	0	0	32	0.91
20149366--20149411	16	3.0	15	80	20	51	69	0	0	30	0.89
20149854--20149896	23	1.9	23	90	4	70	39	2	9	48	1.48
20149849--20149900	23	2.5	20	72	19	52	38	1	11	48	1.51
20149964--20149992	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
20150772--20150821	26	1.9	26	84	8	66	38	4	6	52	1.45
20165090--20165168	23	3.2	24	78	7	70	21	22	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20165109--20165178	25	2.8	24	75	14	70	24	22	22	30	1.99
20165061--20165186	50	2.6	48	76	12	121	26	20	19	32	1.97
20171307--20171420	51	2.3	49	90	4	183	36	9	11	42	1.74
20175364--20175492	63	2.0	64	84	1	170	37	24	17	20	1.94
20182183--20182293	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
20183055--20183079	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
20197355--20197430	27	2.8	26	82	9	91	51	15	19	13	1.76
20197364--20197430	13	5.0	13	74	5	62	50	14	19	14	1.77
20202215--20202288	18	4.1	18	80	15	89	74	1	6	17	1.11
20202218--20202287	6	11.5	6	77	8	70	77	1	5	15	1.03
20207411--20207451	20	2.0	20	100	0	82	43	9	4	41	1.59
20211021--20211164	33	4.4	33	89	2	170	34	21	11	33	1.89
20211109--20211213	32	3.2	32	90	4	149	34	21	12	31	1.91
20211019--20211213	33	6.0	33	86	3	155	33	21	11	33	1.89
20211206--20211333	29	4.4	29	88	3	186	25	30	10	33	1.89
20211206--20211330	59	2.1	58	86	4	180	25	30	10	33	1.89
20213133--20213202	35	2.0	35	97	0	131	38	14	15	31	1.88
20221121--20221249	42	3.1	41	80	6	152	44	18	21	15	1.87
20221699--20221748	22	2.5	20	84	15	61	42	10	0	48	1.37
20224706--20224752	24	2.0	24	95	4	87	25	21	4	48	1.68
20233300--20233371	35	2.1	35	100	0	144	48	11	13	26	1.76
20244438--20244479	20	2.2	20	86	4	59	54	7	4	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20253641--20253694	27	2.0	27	100	0	108	55	18	14	11	1.68
20256547--20256630	38	2.2	38	89	0	123	34	11	8	45	1.71
20257755--20257804	24	2.1	24	96	3	93	46	0	0	54	1.00
20258437--20258513	30	2.5	32	79	14	90	42	5	0	51	1.24
20258426--20258517	38	2.4	36	79	13	96	43	6	0	50	1.28
20262141--20262183	21	1.9	24	86	13	65	32	2	60	4	1.30
20268260--20268300	19	2.2	19	86	8	57	70	0	0	29	0.87
20270619--20270651	5	6.4	5	93	6	57	39	0	0	60	0.97
20270619--20270649	16	1.9	16	100	0	62	38	0	0	61	0.96
20274053--20274095	18	2.5	17	85	14	54	46	6	0	46	1.30
20290819--20290866	23	2.0	24	84	4	62	43	33	4	18	1.69
20292281--20292378	24	4.0	25	77	9	112	36	7	2	54	1.40
20292281--20292377	48	2.0	49	88	6	144	37	6	2	54	1.37
20296587--20296629	19	2.2	20	87	4	61	30	18	4	46	1.69
20304690--20305079	134	2.9	134	91	0	629	31	23	21	23	1.99
20307000--20307097	24	4.0	25	77	9	112	36	7	2	54	1.40
20307000--20307096	48	2.0	49	88	6	144	37	6	2	54	1.37
20314222--20314553	38	8.0	38	73	16	250	29	14	25	30	1.95
20314302--20314553	123	2.0	123	94	0	441	29	14	25	30	1.95
20314392--20314548	85	1.8	85	93	0	269	29	14	25	30	1.95
20315261--20315408	74	2.0	74	100	0	296	51	5	13	29	1.63
20315293--20315408	37	3.1	37	72	18	132	50	6	12	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20319528--20319567	21	1.9	21	100	0	80	50	10	20	20	1.76
20320529--20320570	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
20323378--20323624	38	6.0	38	77	15	260	29	14	25	30	1.95
20323326--20323617	85	3.4	85	96	0	530	29	14	24	30	1.95
20323416--20323579	47	3.7	47	79	14	220	29	14	24	31	1.95
20328850--20328892	16	2.6	16	77	3	50	34	2	2	60	1.22
20341447--20341517	21	3.2	21	76	9	54	42	8	0	49	1.33
20342644--20342675	14	2.3	14	94	0	55	25	9	25	40	1.85
20346073--20346131	23	2.6	23	83	5	75	42	27	15	15	1.86
20356317--20356404	30	2.9	30	86	6	99	25	30	25	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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