Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  254  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84697960--84698003
21
2.0
22
86
8
63
18
31
27
22
1.97
84701297--84701354
30
1.9
30
89
6
91
13
29
36
20
1.91
84703306--84703358
26
2.0
26
100
0
106
32
26
3
37
1.74
84705410--84705587
86
2.1
81
83
8
214
32
22
23
21
1.98
84705410--84705587
41
4.2
41
81
8
189
32
22
23
21
1.98
84706816--84706856
7
5.9
7
100
0
82
87
0
0
12
0.53
84706816--84706865
21
2.3
22
93
3
84
82
2
0
16
0.77
84706864--84706895
7
4.6
7
100
0
64
40
0
0
59
0.97
84711383--84711436
19
2.9
19
79
15
60
22
0
3
74
0.98
84711383--84711436
6
8.7
6
78
15
56
22
0
3
74
0.98
84712273--84712335
28
2.2
28
77
5
74
71
4
7
15
1.27
84712310--84712339
15
2.0
15
93
0
51
70
10
0
20
1.16
84712348--84712402
6
9.3
6
78
4
58
78
7
0
14
0.96
84712384--84712426
22
2.0
22
90
4
70
72
4
4
18
1.20
84712591--84712828
97
2.5
97
83
8
306
40
7
2
49
1.44
84713725--84713773
13
3.5
13
79
15
53
14
10
2
73
1.18
84718103--84718243
50
2.8
51
77
6
133
34
26
22
16
1.95
84719474--84719526
22
2.5
22
87
9
74
1
35
0
62
1.06
84719827--84719882
19
3.0
18
82
7
67
55
0
3
41
1.17
84719827--84719894
20
3.4
21
76
13
56
54
0
2
42
1.15
84719916--84719960
19
2.4
19
84
0
54
60
8
2
28
1.39
84720062--84720115
10
5.4
10
78
6
56
72
1
3
22
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84720205--84720273
9
7.4
9
73
12
52
24
4
1
69
1.15
84720204--84720262
27
2.2
27
87
6
84
28
3
1
66
1.18
84720222--84720272
19
2.7
18
74
20
50
23
5
1
68
1.22
84726899--84726951
13
4.4
12
81
9
56
62
1
0
35
1.06
84738661--84739284
210
3.0
209
90
0
960
31
9
16
42
1.81
84743798--84743846
2
24.5
2
100
0
98
48
0
51
0
1.00
84746028--84746099
36
2.0
36
97
0
135
26
11
18
44
1.83
84747310--84747340
6
5.2
6
92
0
53
19
3
0
77
0.90
84749845--84749875
16
1.9
16
100
0
62
41
6
25
25
1.79
84750040--84750080
14
3.1
14
79
10
50
58
0
0
41
0.98
84750039--84750180
58
2.4
58
82
4
162
52
3
0
43
1.18
84752955--84753021
32
2.1
32
100
0
134
40
26
2
29
1.71
84767226--84767251
7
3.7
7
100
0
52
46
30
11
11
1.76
84770138--84770210
36
2.0
36
97
0
137
30
6
2
60
1.37
84770146--84770226
36
2.2
36
82
6
90
33
6
4
55
1.46
84772247--84772288
18
2.3
18
83
0
57
45
7
7
40
1.59
84789513--84789826
48
6.5
48
76
5
276
28
19
28
23
1.99
84789501--84789819
144
2.2
144
84
2
399
28
19
28
24
1.98
84790211--84790386
59
3.0
58
91
5
273
27
22
26
23
1.99
84798514--84798540
13
2.1
13
100
0
54
14
33
37
14
1.88
84805732--84805877
37
3.9
37
91
0
220
26
30
19
23
1.98
84806027--84806124
50
2.0
50
89
4
153
29
26
7
36
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84806082--84806274
47
4.1
46
87
4
230
25
29
11
33
1.91
84810360--84810618
40
6.5
40
90
0
392
24
27
22
25
2.00
84811894--84812044
37
4.1
37
91
0
212
27
31
18
22
1.97
84812194--84812291
50
2.0
50
89
4
153
29
26
7
36
1.83
84812249--84812441
47
4.1
46
88
4
235
26
30
10
32
1.90
84820377--84820544
43
4.0
43
85
1
241
23
19
32
25
1.97
84821102--84821135
16
2.0
18
88
11
54
17
11
17
52
1.73
84825684--84825868
39
4.7
39
81
11
198
24
27
21
26
1.99
84825684--84825864
79
2.3
79
83
5
215
24
27
22
25
2.00
84829078--84829249
27
6.4
27
85
0
220
36
18
19
25
1.95
84829900--84829950
26
2.0
26
84
7
68
17
25
21
35
1.95
84829881--84830020
71
2.0
66
81
6
154
18
26
22
32
1.97
84836585--84836756
27
6.4
27
85
2
220
36
18
20
25
1.95
84838791--84838820
13
2.3
13
94
0
51
20
33
33
13
1.91
84843256--84843362
21
5.2
21
80
2
119
45
15
21
16
1.85
84843270--84843362
42
2.2
42
90
0
150
43
15
23
18
1.87
84845872--84846097
40
5.7
40
83
5
260
26
27
20
24
1.99
84849856--84849889
17
1.9
18
88
5
52
26
38
8
26
1.85
84854009--84854140
47
2.8
47
79
8
151
35
25
12
26
1.92
84858769--84858990
122
1.8
121
86
3
322
41
9
17
31
1.82
84871259--84871336
28
2.8
28
84
0
102
26
25
8
38
1.86
84880009--84880050
18
2.3
18
84
12
59
14
26
47
11
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84887152--84887329
27
6.6
27
81
3
169
29
28
15
26
1.96
84887173--84887328
82
1.9
81
85
3
215
28
28
16
26
1.97
84892094--84892271
27
6.6
27
83
3
178
29
28
15
26
1.96
84892115--84892270
82
1.9
81
86
3
224
28
28
15
26
1.96
84892094--84892270
54
3.3
54
81
6
196
29
28
15
26
1.96
84894005--84894100
45
2.1
45
96
0
174
15
30
4
50
1.63
84894085--84894130
16
2.9
16
78
18
51
0
26
2
71
0.97
84896553--84896731
27
6.6
27
83
5
191
29
27
15
27
1.96
84896579--84896729
82
1.9
81
87
4
223
28
27
15
27
1.96
84897279--84897303
13
1.9
13
100
0
50
32
16
20
32
1.94
84909782--84909806
13
1.9
13
100
0
50
32
20
16
32
1.94
84910353--84910529
27
6.6
27
83
4
196
27
15
28
29
1.96
84910354--84910508
82
1.9
80
86
5
222
27
15
28
29
1.96
84910350--84910529
82
2.2
80
82
3
218
27
15
27
29
1.96
84910434--84910540
27
3.9
27
85
1
70
26
14
28
30
1.95
84912608--84912702
44
2.1
46
88
7
151
50
4
29
15
1.63
84927275--84927453
27
6.6
27
82
5
164
29
27
14
27
1.95
84927301--84927451
82
1.9
81
87
4
223
28
27
15
27
1.96
84927999--84928023
13
1.9
13
100
0
50
32
16
20
32
1.94
84937240--84937344
26
4.0
26
93
0
183
32
7
23
36
1.83
84947779--84947964
49
3.7
50
81
2
230
26
17
26
30
1.97
84947850--84948087
122
2.0
122
94
1
424
25
19
25
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84948121--84948361
50
4.8
50
84
1
295
26
17
26
29
1.97
84948249--84948327
24
3.2
24
64
30
58
24
12
30
32
1.92
84952222--84952255
13
2.6
13
100
0
68
35
14
14
35
1.87
84952896--84953226
50
6.6
49
80
3
333
25
17
26
29
1.98
84952896--84953550
101
6.4
99
82
6
621
27
17
25
29
1.97
84953001--84953489
262
1.9
264
89
1
777
26
17
26
29
1.97
84953263--84953552
50
5.8
49
86
1
364
28
17
24
29
1.97
84953263--84953551
100
2.9
100
86
2
409
28
17
24
29
1.97
84953001--84953579
312
1.9
312
88
0
890
27
16
26
29
1.97
84954938--84954968
15
2.1
15
93
0
53
38
12
3
45
1.59
84958488--84958595
37
2.9
37
92
0
180
25
32
18
23
1.97
84958736--84958977
48
5.0
48
91
0
385
31
25
6
36
1.82
84973068--84973100
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
84973147--84973205
21
2.8
22
80
7
61
22
0
8
69
1.15
84973176--84973225
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
84977263--84977575
157
2.0
157
96
0
572
26
13
20
39
1.90
84978265--84978308
22
2.0
22
90
0
70
54
0
0
45
0.99
84978328--84978369
13
2.9
14
80
13
50
54
0
0
45
0.99
84978332--84978368
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
84978401--84978458
15
3.6
15
72
17
53
50
1
1
46
1.22
84979843--84979897
16
3.4
16
75
22
60
52
3
1
41
1.29
84979844--84979897
17
3.2
17
72
15
58
53
3
1
40
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84979853--84979904
15
3.3
15
75
15
59
46
1
3
48
1.31
84979841--84979907
33
2.0
33
97
0
125
49
2
2
44
1.32
84980551--84980580
1
30.0
1
100
0
60
0
0
0
100
0.00
84982057--84982116
22
2.7
23
73
19
63
66
6
0
26
1.16
84982066--84982099
4
8.0
4
90
9
50
73
2
0
23
0.97
84983491--84983529
18
2.2
18
85
0
51
12
23
2
61
1.43
84985860--84985919
22
2.7
23
73
19
63
66
6
0
26
1.16
84985869--84985902
4
8.0
4
90
9
50
73
2
0
23
0.97
84992108--84992145
17
2.1
19
85
9
53
47
2
0
50
1.15
84992466--84992490
7
3.6
7
100
0
50
88
0
0
12
0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344