genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110009142--110009180	18	2.2	18	95	0	69	48	17	25	7	1.74
110009277--110009329	16	3.2	16	86	2	70	30	1	32	35	1.69
110009545--110009595	15	3.5	15	81	10	61	52	0	0	47	1.00
110009549--110009599	16	3.0	17	78	18	61	54	0	0	45	0.99
110009452--110009779	156	2.1	156	95	0	584	43	3	6	47	1.44
110009721--110009755	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
110009638--110009893	137	1.9	137	90	0	386	44	3	4	47	1.39
110009647--110009859	67	3.2	66	64	19	159	46	3	3	46	1.37
110009659--110009937	137	2.0	135	81	6	321	45	5	3	45	1.43
110012507--110012562	21	2.6	21	91	2	85	41	25	12	21	1.88
110013634--110013767	33	4.2	33	79	12	172	60	11	18	8	1.57
110022817--110023044	46	5.0	46	91	0	339	23	23	14	38	1.92
110024048--110024073	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
110029116--110029219	32	3.2	32	91	6	165	18	3	20	57	1.55
110032890--110032941	24	2.2	24	82	6	61	46	9	3	40	1.55
110039744--110039816	18	4.1	18	89	0	92	35	8	19	36	1.81
110042150--110042195	20	2.3	20	96	0	83	13	30	8	47	1.72
110049910--110050123	109	2.0	109	90	1	342	42	14	3	39	1.63
110061251--110061291	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
110064868--110069602	439	10.8	440	90	3	6887	34	9	13	42	1.76
110066769--110066818	18	2.8	18	75	0	55	22	4	0	74	0.99
110072760--110072860	52	1.9	53	80	11	118	58	3	5	31	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110075346--110075434	18	4.9	18	84	0	106	30	21	14	33	1.93
110075344--110075434	36	2.5	36	87	0	128	29	20	15	34	1.94
110082777--110082821	23	2.0	23	86	8	65	37	0	6	55	1.26
110082282--110084838	443	5.9	440	88	4	3378	33	9	13	43	1.76
110082282--110084838	883	2.9	871	86	5	3386	33	9	13	43	1.76
110091026--110091335	46	6.7	46	92	0	451	21	22	13	41	1.89
110093641--110093708	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
110098471--110098530	31	1.9	31	90	6	95	48	6	3	41	1.46
110101217--110101244	8	3.5	8	100	0	56	0	14	35	50	1.43
110101299--110101479	15	11.7	15	80	12	190	17	7	20	54	1.67
110101319--110101479	32	5.0	32	89	8	240	16	8	22	53	1.68
110101877--110101924	25	1.9	25	95	0	87	29	10	31	29	1.90
110102554--110102861	54	5.7	54	95	0	535	36	17	15	30	1.91
110102505--110102861	163	2.3	153	90	4	561	36	18	15	29	1.92
110102554--110102861	109	2.8	108	93	0	535	36	17	15	30	1.91
110102868--110103824	145	6.6	145	96	0	1747	34	17	16	31	1.92
110105398--110105426	12	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
110106009--110106064	26	2.2	26	83	6	69	0	10	7	82	0.85
110106022--110106064	16	2.7	16	82	10	61	0	6	6	86	0.72
110110855--110110984	15	8.5	15	80	13	149	16	8	18	56	1.65
110110830--110110924	44	2.1	44	83	7	120	12	9	20	57	1.62
110110854--110110988	31	4.4	30	83	9	173	16	8	18	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110110854--110110989	48	2.9	45	80	14	141	16	8	18	56	1.65
110115026--110115379	130	2.7	131	82	4	421	34	16	18	30	1.93
110121392--110121626	126	1.9	125	87	2	346	31	22	15	31	1.95
110122839--110122870	15	2.1	15	94	0	55	50	0	28	21	1.49
110126368--110126408	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
110132849--110132909	32	1.9	31	83	9	79	54	1	4	39	1.32
110134452--110134506	21	2.6	21	80	5	58	32	9	10	47	1.70
110134558--110134622	26	2.6	25	70	18	62	56	1	1	40	1.18
110139981--110140040	20	3.0	20	78	11	68	20	18	3	58	1.53
110140500--110145361	798	6.1	798	99	0	9541	25	15	19	39	1.91
110148357--110148411	28	2.0	28	89	7	85	32	7	7	52	1.56
110160259--110165628	427	12.6	428	93	1	8654	33	8	13	44	1.74
110171453--110171492	19	2.1	19	100	0	80	45	15	20	20	1.86
110174402--110174431	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
110175355--110175536	49	3.7	49	78	5	213	29	26	18	26	1.98
110175347--110175534	100	1.9	100	90	0	304	29	25	19	26	1.98
110181889--110181981	36	2.6	36	92	0	168	34	23	9	32	1.87
110181889--110181985	18	5.4	18	80	9	126	35	22	10	31	1.88
110189843--110189899	25	2.3	25	100	0	114	26	19	19	35	1.95
110199424--110199470	24	2.0	24	87	8	69	55	2	2	40	1.24
110202857--110202967	36	3.1	36	96	0	195	24	8	29	37	1.84
110203652--110203726	36	2.1	36	97	0	141	25	13	25	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110207127--110207235	52	2.1	52	98	0	209	36	16	18	28	1.92
110208117--110208185	35	2.0	35	97	0	129	63	11	14	10	1.51
110212120--110212158	17	2.2	19	90	9	64	64	5	5	25	1.35
110212873--110212910	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
110214548--110214596	25	2.0	25	92	8	82	73	0	2	24	0.94
110218289--110218338	10	5.0	10	76	13	50	66	2	8	24	1.29
110221291--110221624	167	2.0	167	98	0	650	26	20	22	29	1.98
110224440--110224507	34	2.0	34	100	0	136	38	20	20	20	1.94
110224445--110224499	17	3.2	17	66	19	51	40	23	20	16	1.91
110229783--110229872	39	2.3	39	86	0	126	42	12	25	20	1.86
110231920--110232018	19	5.2	19	73	14	62	61	2	8	28	1.35
110231932--110232018	19	4.5	19	72	14	63	62	1	6	29	1.29
110232223--110232373	10	16.4	9	70	19	73	30	3	1	63	1.24
110232222--110232267	24	1.9	24	90	0	74	28	2	2	67	1.14
110232324--110232373	25	2.0	25	84	7	66	26	2	2	70	1.09
110234981--110235036	28	2.0	28	100	0	112	35	17	21	25	1.95
110243969--110243995	12	2.2	12	100	0	54	7	0	25	66	1.17
110252560--110252588	15	1.9	15	100	0	58	20	34	10	34	1.87
110253379--110253421	15	2.9	15	89	0	59	51	2	30	16	1.57
110259464--110259631	46	3.6	45	79	10	187	20	22	30	26	1.98
110259460--110259633	93	1.9	93	92	0	294	20	21	31	26	1.98
110269555--110269656	48	2.0	49	83	10	127	20	29	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110270126--110270232	54	2.0	54	98	0	205	29	14	19	36	1.91
110273183--110273217	10	3.6	10	88	3	54	37	2	8	51	1.47
110275758--110275798	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
110280314--110280406	46	2.0	46	100	0	186	41	6	8	43	1.61
110281263--110281292	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
110283874--110283902	11	2.5	12	94	5	51	17	24	0	58	1.38
110297618--110297666	20	2.5	19	83	6	62	40	2	0	57	1.10
110315816--110316051	126	1.9	126	88	1	357	30	22	15	30	1.95
110317264--110317295	15	2.1	15	94	0	55	50	0	28	21	1.49
110320706--110320746	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
110335560--110335634	18	4.2	18	84	0	105	34	12	20	33	1.89
110339948--110340326	3	125.7	3	67	13	129	57	2	8	31	1.40
110339941--110340008	29	2.4	28	79	15	70	63	2	4	29	1.29
110341137--110341168	9	3.6	9	100	0	64	81	18	0	0	0.70
110343308--110343341	15	2.3	15	90	10	52	61	5	0	32	1.20
110353553--110353639	44	2.0	43	93	2	147	49	14	6	28	1.70
110358289--110358375	44	2.0	43	90	2	138	49	16	6	27	1.71
110364179--110364208	15	2.0	15	93	0	51	50	6	23	20	1.71
110371295--110371931	189	3.4	189	90	1	965	32	18	18	30	1.95
110372404--110372438	3	11.7	3	93	0	61	34	0	31	34	1.58
110384130--110384199	30	2.3	30	100	0	140	52	8	0	38	1.32
110384948--110384981	16	2.1	16	94	0	59	47	5	26	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110389571--110389622	20	2.6	21	82	14	65	28	13	7	50	1.69
110391541--110392177	189	3.4	189	89	0	918	32	18	17	30	1.94
110395169--110395425	39	6.5	39	91	1	399	19	21	29	29	1.98
110403524--110403726	47	4.3	47	86	3	268	27	29	8	33	1.87
110403638--110403716	25	3.3	25	63	22	69	31	30	5	32	1.79
110413047--110413078	10	3.1	10	95	4	55	46	18	25	9	1.79
110417637--110417712	38	2.0	38	92	0	125	32	15	11	39	1.84
110417768--110417815	23	2.1	23	84	3	62	25	4	27	43	1.72
110419713--110419766	27	2.0	27	100	0	108	25	7	11	55	1.61
110419704--110419761	27	2.3	24	80	13	71	27	5	12	55	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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