genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1387703--1387737	15	2.3	15	90	5	52	28	25	2	42	1.69
1388858--1388950	18	5.2	18	88	0	141	27	23	16	32	1.96
1395768--1395808	19	2.2	19	86	4	57	58	7	0	34	1.26
1395835--1395861	13	2.1	13	100	0	54	70	0	7	22	1.12
1395835--1395868	12	2.8	12	90	4	50	64	2	5	26	1.30
1404529--1404621	18	5.2	18	88	0	141	32	16	23	27	1.96
1404530--1404621	36	2.6	36	94	0	157	32	16	22	28	1.96
1405657--1405697	14	3.0	14	82	7	57	46	0	0	53	1.00
1408859--1408893	16	2.2	16	89	0	52	8	8	0	82	0.83
1409516--1409655	3	46.3	3	71	9	79	28	7	2	62	1.33
1409567--1409614	14	3.1	14	73	21	51	25	10	0	64	1.25
1409674--1409711	15	2.6	15	91	4	60	23	5	0	71	1.07
1409938--1409979	5	8.6	5	80	15	52	19	2	0	78	0.86
1409922--1409979	29	2.0	29	86	6	82	18	5	1	74	1.10
1409938--1409979	20	2.2	19	87	12	59	19	2	0	78	0.86
1416179--1416271	18	5.2	18	88	0	141	33	17	21	27	1.96
1417523--1417552	7	4.3	7	100	0	60	56	16	13	13	1.67
1421183--1421216	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1425822--1425855	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1436404--1436485	43	1.9	43	85	9	114	41	3	4	50	1.41
1449119--1449153	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
1460602--1460657	18	3.3	17	73	22	55	30	0	5	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461853--1462598	102	7.2	102	80	10	659	34	13	13	38	1.85
1461853--1462598	103	7.2	101	79	10	663	34	13	13	38	1.85
1462303--1462328	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
1463736--1463796	29	2.1	28	82	11	70	45	4	0	49	1.23
1466173--1466225	23	2.3	23	93	0	88	56	9	0	33	1.32
1481355--1481385	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
1485439--1485531	18	5.2	18	92	0	150	31	17	23	27	1.97
1486077--1486107	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
1501363--1501540	89	2.0	89	98	0	347	35	19	21	24	1.96
1503092--1503116	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
1503139--1503164	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
1503201--1503256	21	2.6	21	83	11	60	39	1	1	57	1.20
1503254--1503315	23	2.9	21	77	18	65	56	3	0	40	1.15
1503256--1503315	21	2.8	23	74	20	67	56	3	0	40	1.16
1503409--1503485	23	3.2	22	74	15	64	54	2	1	41	1.22
1503404--1503498	49	2.0	48	83	10	122	54	3	1	41	1.23
1503526--1503559	9	3.8	9	96	0	59	73	5	11	8	1.24
1503525--1503569	9	5.0	9	86	8	56	73	4	13	8	1.23
1517620--1517746	57	2.2	58	79	9	134	22	18	18	40	1.91
1520199--1520300	23	4.3	23	80	12	102	4	0	30	63	1.22
1520210--1520300	26	3.7	24	79	13	96	5	1	31	61	1.26
1521006--1521044	3	13.0	3	88	0	60	28	0	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1521346--1521585	132	1.8	132	84	1	329	24	18	20	37	1.94
1532583--1533790	44	28.2	44	87	5	1605	29	17	32	21	1.96
1532583--1533780	213	5.6	214	89	4	1661	28	17	32	21	1.96
1532590--1533790	257	4.7	259	87	5	1687	28	17	32	21	1.96
1534246--1534336	24	3.7	24	85	11	121	6	0	29	63	1.19
1534250--1534336	26	3.5	26	89	7	119	6	0	28	64	1.19
1534645--1534695	9	5.7	9	81	9	50	25	1	0	72	0.95
1534654--1534695	12	3.5	12	83	0	57	28	2	0	69	1.01
1534666--1534818	83	1.8	83	80	8	186	26	9	3	60	1.45
1536635--1536828	40	4.8	40	90	0	280	25	22	28	23	1.99
1538283--1538321	3	13.0	3	88	0	60	28	0	2	69	1.02
1538627--1538865	132	1.8	132	87	1	363	23	18	20	37	1.94
1539396--1539420	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1539795--1539837	16	2.6	16	79	17	52	4	18	0	76	0.95
1540301--1540325	13	1.9	13	100	0	50	32	0	32	36	1.58
1542161--1542191	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
1545668--1545714	23	2.1	23	88	4	69	42	0	4	53	1.20
1555733--1555790	30	1.9	30	93	6	100	41	1	24	32	1.65
1556527--1556602	31	2.5	30	80	8	82	27	10	13	48	1.75
1557826--1558051	51	4.7	51	82	12	278	43	13	5	38	1.66
1557826--1557902	22	3.2	22	66	22	55	45	14	5	35	1.67
1557912--1557991	39	2.1	39	97	0	151	43	13	3	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1557862--1558042	90	2.0	90	93	0	308	43	13	4	37	1.66
1558956--1559148	96	2.0	95	82	3	235	13	32	17	36	1.89
1560795--1560979	51	3.6	51	93	0	289	42	12	6	37	1.69
1560795--1560871	22	3.2	22	66	22	55	45	14	5	35	1.67
1560866--1560944	22	3.3	22	67	21	59	39	12	6	41	1.69
1560821--1560922	29	3.8	29	66	18	85	43	12	5	38	1.67
1566489--1566513	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
1570802--1570893	31	3.1	29	69	17	73	38	10	10	40	1.75
1582250--1582307	17	3.4	17	66	4	53	20	12	18	48	1.80
1582244--1582313	35	2.0	35	100	0	140	17	11	20	51	1.75
1591198--1591236	19	2.1	19	90	0	60	41	0	5	53	1.23
1592005--1592058	27	2.0	27	100	0	108	33	11	14	40	1.82
1612087--1612117	14	2.2	14	94	0	53	16	0	35	48	1.46
1616314--1616356	19	2.3	19	100	0	86	46	4	11	37	1.61
1619783--1619844	31	2.0	31	96	0	115	43	14	22	19	1.87
1628385--1628479	26	3.7	26	70	18	72	45	1	2	51	1.20
1628452--1628485	17	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
1637734--1637838	52	2.0	52	100	0	210	37	9	15	38	1.80
1640098--1640158	30	2.0	30	90	0	95	13	27	32	26	1.93
1644837--1644948	29	3.9	29	79	5	111	26	32	15	25	1.95
1644844--1644956	58	2.0	57	85	5	156	26	30	14	28	1.95
1645152--1645202	24	2.1	24	92	0	84	11	15	19	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1655185--1655242	30	1.9	30	100	0	116	36	13	12	37	1.82
1655810--1655848	19	2.1	19	100	0	78	20	25	0	53	1.45
1660412--1660500	39	2.3	39	92	0	151	14	24	22	38	1.92
1660429--1660494	20	3.3	20	70	21	66	13	25	21	39	1.90
1666786--1666878	18	5.2	18	88	0	132	33	16	22	27	1.95
1666787--1666878	36	2.6	36	91	0	148	33	16	21	28	1.95
1678661--1678722	18	3.4	18	79	0	70	37	17	11	33	1.86
1678875--1678966	44	2.1	44	83	4	114	32	21	21	23	1.98
1684643--1684801	27	5.9	27	81	11	166	36	22	23	17	1.95
1684643--1684801	54	3.0	54	87	2	223	36	22	23	17	1.95
1686424--1686531	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
1688932--1688965	5	6.6	5	86	6	50	76	0	5	17	0.98
1700725--1700837	39	2.9	39	88	2	156	39	23	24	12	1.89
1700875--1700918	20	2.2	19	84	8	52	47	15	18	18	1.83
1706493--1706577	37	2.3	37	93	0	143	28	17	23	30	1.97
1707781--1707820	21	1.9	21	89	0	62	72	2	5	20	1.15
1708257--1708387	28	4.8	28	81	7	133	32	25	16	25	1.96
1708820--1708904	42	2.0	42	100	0	170	30	29	2	37	1.70
1714280--1714420	27	5.2	27	81	11	173	19	24	21	34	1.97
1714277--1714420	54	2.7	54	93	2	236	18	25	22	34	1.96
1714293--1714435	27	5.3	26	74	20	98	21	25	18	34	1.96
1716201--1716327	62	2.0	63	93	4	222	22	12	28	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721425--1721568	54	2.7	54	91	2	227	18	25	22	33	1.97
1721428--1721586	27	5.9	27	80	11	166	20	25	21	33	1.97
1721428--1721586	81	2.0	80	81	8	189	20	25	21	33	1.97
1723091--1723356	46	6.0	46	85	7	352	21	24	15	39	1.91
1723272--1723345	38	1.9	38	100	0	148	22	25	18	32	1.97
1728157--1728203	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
1728464--1728774	46	7.0	46	86	6	417	21	24	15	38	1.92
1728690--1728763	38	1.9	38	100	0	148	22	25	18	32	1.97
1733080--1733131	25	2.1	25	100	0	104	51	5	11	30	1.61
1742676--1742718	23	1.9	23	90	4	70	67	2	0	30	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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