genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23397305--23397470	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
23399727--23399912	40	4.7	40	87	5	234	26	26	22	24	2.00
23407426--23407499	37	2.0	37	94	0	130	32	10	10	45	1.74
23418661--23418703	17	2.3	18	84	15	52	41	6	4	46	1.51
23423466--23423524	30	1.9	31	89	3	93	32	13	23	30	1.93
23426776--23427329	48	11.6	48	76	11	437	28	17	29	24	1.97
23426776--23427284	191	2.7	191	91	2	792	28	17	29	24	1.97
23426776--23427329	146	3.9	142	78	9	438	28	17	29	24	1.97
23434782--23435202	47	8.9	47	73	14	251	27	16	30	26	1.97
23434922--23435192	95	2.8	98	81	7	272	25	15	30	28	1.96
23437355--23437383	14	2.1	14	100	0	58	27	34	31	6	1.83
23438804--23438866	19	3.4	19	66	27	53	53	11	6	28	1.60
23438795--23438881	37	2.3	38	90	6	131	54	12	4	28	1.58
23440937--23440991	26	2.3	23	84	9	65	40	0	3	56	1.17
23453881--23454058	60	2.9	59	78	9	162	41	4	12	41	1.64
23453928--23454058	61	2.2	60	82	8	149	41	4	13	40	1.65
23454192--23454224	16	2.1	16	100	0	66	30	6	30	33	1.82
23458974--23459125	40	3.8	40	78	9	150	29	25	21	24	1.99
23458972--23459121	80	1.9	79	86	6	214	28	26	20	25	1.99
23459167--23459261	40	2.4	40	84	7	113	27	23	18	30	1.98
23459510--23459625	58	2.0	58	83	3	144	21	0	35	43	1.53
23460422--23460526	40	2.7	40	92	1	167	49	15	10	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23464972--23465354	49	7.9	49	92	1	616	29	29	8	32	1.87
23470906--23470951	22	2.1	22	88	8	67	52	4	2	41	1.33
23473596--23473695	35	2.8	36	81	1	121	28	20	9	43	1.81
23474888--23475113	65	3.5	65	77	8	201	30	17	12	39	1.87
23481475--23481743	47	5.7	48	80	8	266	24	29	17	28	1.97
23481474--23481792	94	3.4	92	81	10	344	24	29	17	28	1.97
23493947--23493985	19	2.1	19	100	0	78	38	25	0	35	1.56
23495559--23495600	20	2.1	20	86	0	57	42	9	2	45	1.49
23498278--23498304	7	3.9	7	100	0	54	25	0	44	29	1.54
23500433--23500487	28	1.9	29	92	3	94	38	25	1	34	1.67
23500404--23500569	82	2.0	82	98	0	323	45	23	2	28	1.66
23500515--23500572	28	2.0	29	93	3	100	36	25	3	34	1.73
23504131--23504162	13	2.5	13	100	0	64	46	0	0	53	1.00
23516186--23516210	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23522016--23522041	10	2.6	10	100	0	52	50	30	0	19	1.48
23522666--23522775	42	2.6	43	80	1	123	31	23	16	28	1.96
23529367--23529414	25	1.9	25	82	0	60	35	25	14	25	1.94
23529462--23529517	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
23529451--23529517	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
23529568--23529717	24	6.1	24	92	3	230	31	19	20	28	1.97
23538439--23538584	50	3.0	48	75	11	129	61	2	6	30	1.31
23538430--23538605	20	8.9	20	71	15	93	62	1	6	28	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23538791--23538844	20	2.9	19	76	10	58	37	0	1	61	1.07
23539819--23539877	16	3.9	15	71	20	52	47	0	0	52	1.00
23540317--23540363	16	2.9	17	73	20	55	38	8	12	40	1.74
23543018--23543043	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
23545462--23545687	49	4.6	49	74	8	156	26	27	16	29	1.97
23547474--23547504	13	2.3	14	94	5	55	45	19	6	29	1.75
23552984--23553160	47	3.8	46	81	6	196	25	31	18	25	1.97
23552984--23553155	94	1.8	93	86	6	249	25	30	17	26	1.97
23556957--23557091	70	1.9	70	92	0	225	31	13	18	36	1.89
23557868--23558033	42	3.9	43	81	6	187	28	18	28	24	1.98
23557879--23558033	43	3.7	43	82	3	172	29	18	29	23	1.98
23561699--23561787	30	3.0	30	84	0	115	25	30	28	15	1.96
23571892--23572086	55	3.6	54	82	7	234	20	24	17	36	1.94
23572065--23572186	47	2.6	47	94	0	217	26	23	13	36	1.91
23597447--23597649	55	3.8	53	82	7	230	21	24	18	36	1.95
23597447--23597649	54	3.8	54	83	7	250	21	24	18	36	1.95
23597622--23597734	47	2.4	47	96	0	208	25	24	14	35	1.93
23597883--23597966	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
23600215--23600397	51	3.7	49	81	7	190	27	27	18	25	1.98
23600215--23600401	101	1.9	99	86	4	268	27	28	18	25	1.98
23601889--23601939	25	2.0	25	88	0	75	27	19	19	33	1.96
23607205--23607341	46	3.0	46	85	0	193	24	30	8	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607315--23607650	47	7.1	47	90	2	465	26	29	10	33	1.90
23607474--23607551	25	3.2	25	66	29	69	30	30	8	29	1.88
23610227--23610361	57	2.4	57	77	14	143	28	31	18	22	1.97
23610367--23610603	40	5.9	40	90	1	361	25	26	21	25	2.00
23612091--23612227	46	3.0	46	85	0	184	25	32	8	34	1.85
23612201--23612538	47	7.1	47	89	3	451	26	29	11	32	1.91
23614609--23614641	13	2.3	15	90	10	52	39	3	0	57	1.14
23614654--23614690	16	2.3	16	95	0	65	24	5	16	54	1.63
23615111--23615156	22	2.1	22	100	0	92	47	21	0	30	1.51
23615664--23617026	692	2.0	683	88	3	2020	38	16	13	31	1.88
23637381--23637457	40	1.9	40	89	0	118	35	25	16	22	1.95
23644856--23644895	19	2.1	19	86	9	55	60	5	0	35	1.19
23645275--23645370	11	8.8	11	65	22	51	44	0	5	50	1.24
23645300--23645387	26	3.2	26	71	22	90	45	0	5	48	1.26
23645284--23645396	56	2.0	56	93	5	192	45	0	7	47	1.30
23645474--23645525	25	2.0	26	85	3	70	42	3	9	44	1.55
23648048--23648085	6	6.3	6	82	11	51	18	0	0	81	0.69
23648523--23648625	26	3.8	28	68	11	79	29	19	15	35	1.93
23648476--23648629	55	2.8	55	79	3	139	29	20	15	34	1.93
23653057--23653338	140	2.0	141	88	3	426	34	12	18	34	1.89
23656086--23656289	91	2.3	90	78	8	209	33	13	23	29	1.92
23659775--23659819	22	2.0	22	95	0	81	40	20	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23666910--23666969	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
23670288--23670475	48	3.9	47	87	4	243	32	28	18	19	1.96
23671028--23671066	21	1.9	20	89	5	60	46	20	2	30	1.64
23680441--23680469	7	4.1	7	100	0	58	31	27	13	27	1.94
23696082--23696106	13	1.9	13	100	0	50	40	28	32	0	1.57
23700320--23700391	31	2.3	31	79	9	92	13	36	29	20	1.92
23704743--23704866	20	6.2	20	65	7	72	35	21	32	10	1.88
23704768--23704893	60	2.1	60	86	0	171	35	21	32	10	1.87
23704885--23704965	40	2.0	40	83	4	101	33	14	32	19	1.92
23704905--23704965	20	3.0	20	72	9	61	31	14	31	22	1.94
23709321--23709453	40	3.3	40	93	2	223	24	19	27	28	1.98
23717379--23717544	80	2.1	79	83	7	203	25	19	27	27	1.99
23717326--23717511	40	4.7	40	85	6	209	24	21	27	26	1.99
23721534--23721607	29	2.6	28	80	8	69	55	4	1	39	1.27
23723124--23723187	32	2.0	32	100	0	128	40	18	6	34	1.76
23725011--23725065	15	3.5	15	88	9	83	58	0	41	0	0.98
23725011--23725086	6	13.8	6	80	14	60	51	1	47	0	1.09
23725331--23725379	16	3.1	16	75	21	57	22	0	6	71	1.08
23725345--23725387	18	2.4	18	76	0	50	16	0	11	72	1.13
23725575--23725618	23	2.0	23	86	8	65	29	0	4	65	1.12
23726181--23726206	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
23727704--23727743	12	3.3	12	89	0	53	22	35	32	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23731418--23731454	14	2.4	16	86	8	51	0	27	2	70	1.01
23731899--23731932	17	2.0	17	100	0	68	29	23	0	47	1.52
23732035--23732096	28	2.3	26	78	21	67	66	3	0	30	1.08
23732042--23732087	20	2.3	20	85	10	60	67	4	0	28	1.10
23734957--23735006	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
23739595--23739644	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
23742054--23742117	33	2.0	31	90	6	101	35	0	23	40	1.55
23749045--23749084	21	1.9	21	84	0	53	35	32	0	32	1.58
23751830--23751877	16	3.1	15	82	8	53	56	2	0	41	1.11
23751830--23751885	15	4.1	13	80	11	51	57	1	0	41	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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