genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62860661--62860712	26	2.0	26	100	0	104	42	0	11	46	1.40
62861194--62861463	49	5.6	49	80	5	259	29	16	28	25	1.97
62861231--62861465	98	2.4	98	87	4	316	28	17	29	24	1.97
62867103--62867205	43	2.4	43	96	0	188	23	14	34	27	1.94
62867187--62867260	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
62867571--62867806	40	5.9	40	80	2	208	24	22	28	24	2.00
62873388--62873442	15	3.7	15	70	18	51	14	16	14	54	1.71
62874927--62875032	42	2.5	42	86	3	124	28	25	16	30	1.96
62874952--62875177	48	4.9	42	74	16	116	32	26	13	26	1.93
62874961--62875197	96	2.6	93	81	10	283	32	27	13	27	1.93
62874996--62875197	48	4.2	48	89	2	289	33	26	12	27	1.92
62879169--62879339	93	1.8	93	85	0	243	29	29	19	21	1.97
62880710--62880867	43	3.7	43	78	13	157	25	17	25	31	1.97
62880707--62880872	85	2.0	85	81	9	196	24	16	25	33	1.96
62885144--62885280	43	3.2	42	76	11	127	29	25	19	25	1.99
62885656--62885680	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
62888212--62888389	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62888233--62888388	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62905540--62905572	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
62910960--62911011	6	9.0	6	83	12	65	17	1	0	80	0.80
62910974--62911040	5	12.8	5	81	12	57	19	4	0	76	0.96
62910960--62911040	12	6.9	11	79	11	74	18	4	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62910961--62911040	28	2.8	29	81	11	92	18	5	0	76	0.97
62920395--62920480	45	1.9	44	85	2	118	27	15	23	33	1.94
62921950--62922300	173	2.0	173	98	0	684	39	20	3	35	1.72
62927274--62927304	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62927271--62927310	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62927496--62927745	55	4.7	53	80	8	242	22	24	18	34	1.96
62927543--62927740	108	1.8	110	87	4	303	23	25	17	33	1.96
62936422--62936474	25	2.1	25	92	0	88	22	28	28	20	1.99
62942356--62942479	42	2.9	43	81	12	141	33	28	14	24	1.94
62949063--62949238	46	3.8	46	72	10	151	30	27	21	21	1.98
62949072--62949241	93	1.8	93	88	0	259	28	27	21	21	1.99
62952726--62952789	34	1.9	34	87	9	96	59	6	26	7	1.49
62954727--62954874	43	3.5	43	72	11	144	33	22	14	29	1.93
62954705--62954874	43	4.1	41	72	12	139	34	22	13	29	1.93
62963438--62963549	43	2.6	42	84	5	127	33	26	16	24	1.96
62967622--62967673	26	2.0	26	88	0	77	38	30	13	17	1.88
62967702--62967869	46	3.6	46	71	16	150	33	29	16	20	1.94
62967648--62967860	93	2.3	93	88	4	322	32	30	15	21	1.94
62972884--62972936	27	2.0	27	82	14	65	35	15	11	37	1.83
62975578--62975844	40	6.7	40	96	0	471	29	20	28	22	1.98
62989230--62989488	129	2.0	129	94	0	455	17	18	26	37	1.93
62997215--62997475	130	2.0	130	94	0	459	37	26	18	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63008036--63008123	17	5.2	17	85	9	110	18	1	3	77	0.97
63008027--63008123	6	16.8	6	80	12	98	18	1	4	76	1.01
63026646--63026787	73	1.9	73	89	0	221	10	18	26	45	1.81
63028134--63028191	27	2.1	27	96	0	107	34	17	13	34	1.89
63029387--63029545	27	5.9	27	77	10	155	33	22	23	19	1.97
63029405--63029548	54	2.7	54	92	2	227	34	23	23	18	1.96
63031165--63031272	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
63034460--63034597	46	3.1	45	83	12	178	24	30	18	26	1.98
63034791--63034848	30	2.0	28	90	6	89	29	20	10	39	1.86
63037414--63037716	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
63051279--63051539	130	2.0	130	94	0	459	37	26	18	17	1.93
63062090--63062160	9	7.3	10	73	20	62	16	1	2	78	0.94
63062079--63062178	6	16.8	6	82	8	116	18	1	4	77	0.99
63065040--63065216	40	4.4	40	87	2	259	23	30	22	23	1.99
63074023--63074047	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
63074539--63074576	18	2.1	18	95	0	67	28	7	18	44	1.78
63088324--63088431	43	2.5	43	87	0	135	25	14	24	35	1.94
63091516--63091639	43	2.9	42	72	8	115	30	22	16	29	1.96
63099897--63099958	30	2.1	30	84	0	79	32	22	8	37	1.83
63107376--63107499	27	4.6	27	93	2	149	30	29	13	26	1.94
63107376--63107499	55	2.3	54	91	1	194	30	29	13	26	1.94
63118394--63118458	28	2.3	29	79	10	73	30	20	3	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63120237--63120280	24	1.9	22	86	9	61	45	2	22	29	1.65
63123349--63123517	47	3.6	46	83	2	212	25	18	25	30	1.98
63132117--63132164	23	2.1	23	85	11	64	60	18	0	20	1.36
63139056--63139279	40	5.7	40	83	7	244	25	26	21	25	2.00
63139077--63139279	79	2.6	79	78	11	227	25	26	21	26	2.00
63139084--63139275	39	4.9	38	81	11	167	25	26	20	27	1.99
63147024--63147208	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
63147024--63147208	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
63155339--63155386	23	2.1	23	85	11	64	18	0	20	60	1.36
63156722--63156888	43	3.9	43	75	9	135	27	15	24	32	1.95
63168439--63168629	40	4.8	40	88	1	258	27	27	20	24	1.99
63168439--63168629	79	2.4	80	87	0	285	27	27	20	24	1.99
63179572--63179729	24	6.6	24	70	7	106	32	29	14	23	1.94
63193594--63194049	47	9.6	47	91	2	723	33	8	29	28	1.86
63193594--63194049	96	4.8	96	95	1	812	33	8	29	28	1.86
63193594--63194049	143	3.2	141	91	3	741	33	8	29	28	1.86
63196478--63196590	38	3.0	38	92	2	174	30	18	26	23	1.98
63196644--63196951	40	7.7	40	92	0	474	24	21	28	25	1.99
63200395--63200899	47	10.6	47	92	2	803	33	8	29	28	1.86
63200395--63200899	96	5.3	94	94	1	803	33	8	29	28	1.86
63203327--63203439	38	3.0	38	92	2	174	30	18	26	23	1.98
63203493--63203799	40	7.7	40	92	1	474	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63207260--63207335	22	3.3	22	69	16	73	32	11	30	25	1.91
63207243--63207698	96	4.8	94	92	2	723	33	8	29	28	1.87
63207243--63207698	47	9.6	47	92	1	705	33	8	29	28	1.87
63214424--63214522	32	3.1	32	91	0	144	28	24	10	37	1.88
63214598--63214671	28	2.6	28	89	6	114	22	22	21	32	1.98
63214570--63214698	28	4.6	28	73	12	86	24	29	19	27	1.98
63218369--63218591	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
63218367--63218591	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
63222679--63223155	47	10.1	47	93	1	742	30	9	31	28	1.89
63223318--63223396	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
63225250--63225352	43	2.4	43	96	0	188	23	15	33	27	1.95
63225334--63225407	29	2.6	29	91	0	112	27	16	31	25	1.96
63225720--63225915	40	4.9	40	86	0	248	22	22	29	25	1.99
63229361--63229792	47	9.1	47	94	0	711	30	9	30	28	1.89
63229955--63230033	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
63235140--63235346	28	7.4	28	92	2	301	25	12	28	33	1.92
63243379--63243613	28	8.4	28	92	1	348	24	11	29	34	1.91
63248117--63248229	56	2.0	56	96	0	208	32	18	18	30	1.95
63257479--63257781	40	7.6	40	89	2	387	27	27	20	24	1.99
63273653--63273805	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
63273653--63273805	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
63281808--63281929	26	4.6	27	83	9	153	24	13	30	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63281808--63281953	53	2.8	52	83	13	192	23	13	30	31	1.94
63285654--63285719	15	4.4	15	82	0	60	30	13	3	53	1.55
63292194--63292302	53	2.1	53	100	0	218	23	9	32	34	1.87
63292848--63292888	17	2.4	17	87	0	55	82	0	12	4	0.81
63302264--63302301	13	2.7	14	84	12	51	52	0	7	39	1.31
63322330--63322369	19	2.1	19	90	0	62	27	0	5	67	1.11
63326060--63326230	93	1.8	93	92	0	288	28	28	19	22	1.98
63326051--63326226	46	3.8	46	73	15	164	29	28	19	22	1.98
63327665--63327702	17	2.2	18	90	4	60	55	10	13	21	1.67
63329343--63329383	21	2.0	21	90	9	66	26	39	12	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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