genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  225  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74579947--74580046	37	2.7	36	77	10	103	28	16	20	36	1.93
74587218--74587249	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
74590993--74591090	41	2.4	41	96	3	180	25	29	21	23	1.99
74592054--74592078	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
74593165--74593292	42	3.0	41	80	10	141	23	16	26	33	1.96
74602892--74602918	13	2.1	13	100	0	54	55	0	14	29	1.40
74607927--74607985	5	10.6	5	80	20	64	76	5	1	16	1.05
74607927--74607985	12	5.2	11	78	13	66	76	5	1	16	1.05
74607927--74607985	18	3.5	16	84	15	75	76	5	1	16	1.05
74611596--74611631	13	2.8	13	95	0	63	30	41	22	5	1.76
74627652--74627712	30	2.0	30	84	6	79	27	24	8	39	1.84
74631345--74631377	17	2.0	17	94	5	59	12	24	0	63	1.28
74632435--74632549	27	4.3	26	85	5	131	20	22	21	35	1.96
74635896--74635984	42	2.1	42	95	0	160	51	14	5	28	1.65
74636009--74636048	19	2.2	18	95	4	71	42	17	0	40	1.49
74642998--74643055	30	1.9	30	96	0	107	36	24	6	32	1.82
74642815--74643241	215	2.0	215	91	0	692	26	23	8	41	1.82
74643028--74643568	187	2.9	185	87	3	739	25	23	8	41	1.82
74646846--74646898	23	2.3	23	86	3	70	39	9	7	43	1.65
74648608--74648681	31	2.5	30	78	8	80	48	4	2	44	1.35
74648949--74649005	26	2.2	26	81	6	62	70	0	5	24	1.08
74649230--74649309	23	3.2	23	65	21	61	36	3	1	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74649654--74649695	21	2.0	21	90	0	66	30	26	11	30	1.92
74653014--74653058	18	2.5	19	85	10	67	44	0	2	53	1.13
74653172--74653231	29	2.0	29	83	6	75	50	13	10	26	1.73
74665991--74666034	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
74670211--74670394	79	2.3	81	82	7	225	24	22	27	25	2.00
74670210--74670394	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
74670263--74670427	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
74678133--74678317	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
74678133--74678317	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
74678186--74678350	79	2.1	79	82	6	192	26	20	26	26	1.99
74681186--74681403	47	4.7	47	75	8	187	29	19	28	22	1.98
74681185--74681356	94	1.8	94	87	2	256	29	19	28	22	1.98
74681186--74681395	94	2.2	94	82	5	246	30	19	28	22	1.98
74687860--74687889	16	1.9	15	93	6	51	26	3	10	60	1.45
74690598--74690705	26	4.2	26	90	0	171	37	24	5	32	1.78
74694274--74694322	17	2.8	18	81	6	55	79	4	0	16	0.88
74694781--74694811	8	3.8	8	95	4	53	19	3	0	77	0.90
74700963--74701027	32	2.0	32	93	0	112	41	6	30	21	1.77
74705000--74705058	22	2.6	22	76	15	66	61	3	1	33	1.23
74705091--74705206	42	2.8	43	83	6	123	27	18	25	27	1.98
74714018--74714064	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
74714325--74714589	46	5.9	46	84	7	323	21	24	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74714507--74714579	38	1.9	38	100	0	146	23	26	17	32	1.97
74722169--74722200	16	2.0	16	93	0	55	21	6	28	43	1.77
74734390--74734429	7	5.7	7	82	11	55	30	2	25	42	1.68
74734390--74734446	21	2.6	22	76	17	57	26	1	24	47	1.62
74735722--74735761	20	1.9	22	90	10	66	35	10	15	40	1.80
74738162--74738212	22	2.3	22	96	0	93	25	29	33	11	1.91
74740169--74740381	46	4.5	47	78	11	179	22	31	18	27	1.97
74750248--74750639	196	2.0	197	93	1	671	43	4	17	34	1.70
74763953--74764122	45	3.8	44	78	5	135	22	20	14	43	1.87
74764111--74764259	45	3.3	45	71	5	122	22	16	18	42	1.88
74769442--74769604	25	6.6	24	68	17	86	35	20	25	19	1.95
74769543--74769621	25	3.2	25	78	3	79	35	18	25	20	1.95
74774140--74774206	8	8.4	8	81	0	71	47	17	23	10	1.79
74774140--74774198	24	2.5	24	85	0	82	47	18	23	10	1.79
74778281--74778323	8	5.4	8	80	0	50	48	18	23	9	1.76
74778281--74778323	16	2.7	16	88	0	68	48	18	23	9	1.76
74778546--74778632	29	3.0	29	86	0	102	27	14	25	32	1.95
74780943--74781053	48	2.3	48	87	0	159	36	27	14	21	1.93
74782554--74782619	34	2.0	33	90	3	105	19	22	27	30	1.98
74789949--74789983	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
74790648--74790888	41	5.9	41	88	2	324	33	27	18	20	1.96
74791003--74791130	64	2.0	64	86	11	185	41	17	8	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74796796--74796830	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
74797495--74797735	41	5.9	41	88	2	324	33	27	18	20	1.96
74797850--74797977	64	2.0	64	86	11	185	41	17	8	32	1.80
74813573--74813683	47	2.4	48	80	11	140	35	21	17	26	1.95
74814447--74814483	4	9.2	4	100	0	74	0	24	0	75	0.80
74816482--74816516	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
74817181--74817421	41	5.9	41	88	2	324	33	27	18	20	1.96
74817536--74817663	64	2.0	64	86	11	185	41	17	8	32	1.80
74823334--74823368	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
74824033--74824273	41	5.9	41	88	2	324	33	27	18	20	1.96
74824388--74824515	64	2.0	64	86	11	185	41	17	8	32	1.80
74827589--74827740	48	3.2	48	85	1	207	32	29	17	20	1.96
74827603--74827765	48	3.4	48	84	5	206	33	28	18	20	1.96
74837162--74837254	43	2.2	43	96	0	168	34	29	20	16	1.94
74837353--74837423	33	2.2	33	97	0	133	50	19	9	19	1.75
74842677--74842913	40	5.9	40	91	0	384	23	28	21	27	1.99
74850914--74851148	40	5.9	40	90	1	364	23	28	20	26	1.99
74853813--74853853	21	2.0	20	86	13	57	58	4	0	36	1.20
74853862--74853909	25	2.0	24	91	4	78	58	2	0	39	1.10
74854557--74854618	26	2.3	26	76	15	65	43	3	4	48	1.40
74856629--74856719	46	2.0	46	100	0	182	54	2	1	41	1.19
74856687--74856749	15	4.4	14	75	11	56	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74856638--74856742	46	2.3	46	88	8	151	60	0	0	37	1.09
74856705--74856746	14	2.8	15	85	7	50	66	0	0	33	0.92
74857830--74857881	24	2.2	24	100	0	104	15	21	15	48	1.81
74860971--74860995	13	1.9	13	100	0	50	16	32	0	52	1.44
74860907--74861085	77	2.3	78	86	5	249	18	36	3	41	1.67
74861737--74861767	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
74861837--74863008	583	2.0	583	100	0	2344	35	12	15	36	1.85
74871145--74871184	17	2.4	17	95	0	71	10	15	52	22	1.71
74874089--74874169	22	3.9	20	73	12	74	54	11	12	22	1.69
74874156--74874212	24	2.4	24	87	0	87	45	12	12	29	1.78
74874186--74874294	42	2.5	44	86	8	150	57	13	6	22	1.59
74876841--74876876	11	3.3	11	88	0	54	63	2	5	27	1.30
74876883--74876929	22	2.1	22	84	0	58	74	8	6	10	1.22
74876917--74877095	91	2.0	90	85	2	243	36	19	13	30	1.90
74885122--74885169	18	2.7	18	83	3	62	18	2	4	75	1.07
74891415--74891447	8	4.0	8	96	4	57	63	24	0	12	1.28
74894004--74894322	48	6.7	46	76	10	236	27	18	30	23	1.98
74894005--74894373	94	3.9	94	75	10	322	28	18	29	23	1.98
74894046--74894369	48	6.7	49	77	9	206	28	18	29	23	1.98
74898009--74898094	43	2.0	43	95	0	154	22	22	19	36	1.96
74900925--74901126	27	7.5	27	85	2	145	30	23	7	38	1.82
74900927--74901126	54	3.7	54	88	0	283	29	24	7	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74900927--74901126	81	2.5	81	90	0	310	29	24	7	39	1.82
74901116--74901279	27	6.2	26	79	6	159	39	20	10	29	1.87
74901157--74901281	27	4.7	27	85	2	162	40	21	8	29	1.83
74901125--74901281	53	2.9	53	81	2	181	39	19	10	29	1.86
74901157--74901389	54	4.3	54	75	5	175	39	19	9	31	1.83
74901157--74901370	27	7.9	27	81	5	144	39	18	9	32	1.83
74901423--74901487	27	2.4	27	77	10	71	33	15	24	26	1.95
74902298--74902367	25	2.8	24	89	4	95	22	27	25	24	2.00
74902298--74902394	25	4.0	23	81	12	88	26	24	23	24	2.00
74902515--74902606	42	2.2	42	96	0	166	32	15	19	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344