genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83443518--83443556	21	1.9	19	85	10	51	56	2	7	33	1.41
83446048--83446300	48	5.3	47	86	6	323	45	11	10	32	1.75
83447589--83447743	43	3.6	43	77	5	125	28	15	24	31	1.95
83466577--83466726	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
83466549--83466726	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
83466550--83466705	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
83488588--83488639	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
83496461--83496522	30	2.1	30	100	0	124	33	22	16	27	1.95
83498969--83499119	43	3.5	43	78	7	146	30	14	22	32	1.94
83503163--83503241	34	2.3	34	86	4	106	29	18	24	27	1.98
83508855--83509171	47	6.7	47	93	1	503	32	8	30	29	1.86
83509290--83509368	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
83510584--83510815	40	5.8	40	85	0	329	26	21	26	25	2.00
83514641--83515030	47	8.3	47	95	0	672	33	8	29	28	1.87
83515149--83515226	37	2.1	36	88	2	111	24	17	32	25	1.97
83518128--83518185	29	2.0	29	96	0	107	53	8	0	37	1.32
83524510--83524553	22	2.0	22	86	8	63	2	15	20	61	1.45
83525748--83525804	9	5.8	10	76	15	57	36	8	21	33	1.84
83525766--83525821	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
83525766--83525821	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
83525873--83525993	52	2.4	51	90	2	190	23	22	24	28	1.99
83525873--83525993	26	4.7	26	86	1	165	23	22	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83528489--83528553	15	4.5	15	77	11	55	67	1	9	21	1.27
83537893--83537934	20	2.1	20	95	0	75	19	14	23	42	1.87
83548936--83548976	14	2.9	14	88	3	55	80	2	2	14	0.92
83552054--83552085	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
83560309--83560422	43	2.7	42	79	2	147	31	14	23	29	1.95
83561384--83561469	31	2.8	31	91	1	138	25	25	16	32	1.96
83561688--83561756	24	2.8	25	86	4	95	23	24	24	27	2.00
83561866--83561911	24	1.9	24	86	0	65	30	13	23	32	1.93
83565365--83565440	38	2.0	38	94	0	134	28	13	26	31	1.93
83571587--83571917	49	6.7	48	79	5	331	29	25	18	26	1.98
83571587--83571917	99	3.3	99	85	2	414	29	25	18	26	1.98
83573523--83573632	43	2.6	43	78	4	116	27	18	21	32	1.96
83573468--83573617	43	3.5	43	71	15	123	28	16	23	32	1.95
83576442--83576649	56	3.7	56	84	3	258	37	23	12	26	1.91
83577616--83577645	13	2.3	13	94	0	51	6	23	0	70	1.11
83578733--83578863	64	2.0	64	97	0	244	30	4	20	44	1.72
83591332--83591426	29	3.4	28	82	4	111	26	13	31	28	1.94
83596318--83596371	27	2.0	27	100	0	108	33	3	18	44	1.67
83596789--83596919	50	2.6	50	78	2	138	28	16	24	30	1.97
83596607--83596888	141	2.0	141	85	0	375	29	17	22	30	1.96
83601157--83601191	13	2.7	13	86	0	52	37	8	42	11	1.72
83610925--83611006	39	2.1	39	95	2	148	24	12	15	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83615966--83616134	39	4.3	39	93	0	284	25	19	26	28	1.99
83620736--83620770	15	2.2	16	90	5	54	74	0	14	11	1.08
83620743--83620784	20	2.1	20	86	0	57	73	0	14	11	1.09
83623935--83623977	15	2.8	16	79	13	54	79	0	11	9	0.95
83625280--83625317	18	2.2	17	86	13	51	21	10	13	55	1.67
83625977--83626031	27	2.0	27	86	6	76	38	12	14	34	1.84
83633845--83634116	6	44.8	6	74	18	226	48	13	16	21	1.80
83633824--83633988	30	5.3	29	78	13	134	49	12	16	21	1.79
83633845--83634116	61	4.8	58	77	17	155	48	13	16	21	1.80
83633977--83634116	61	2.3	61	98	0	271	47	15	15	20	1.82
83633845--83634116	73	4.0	71	79	15	315	48	13	16	21	1.80
83636552--83636601	22	2.3	22	100	0	100	42	26	4	28	1.73
83637406--83637797	195	2.0	195	95	0	712	32	17	13	36	1.89
83640180--83640373	40	4.8	40	82	5	232	25	21	27	25	1.99
83640182--83640399	79	2.7	78	77	14	221	25	21	27	25	1.99
83642792--83642851	30	2.0	30	83	0	75	30	21	8	40	1.83
83656182--83656241	30	2.0	30	83	0	75	30	21	8	40	1.83
83658662--83658737	39	1.9	40	84	7	102	23	14	26	35	1.93
83659364--83659414	22	2.3	23	80	10	61	27	1	31	39	1.68
83663621--83663763	43	3.3	42	79	9	139	34	25	16	23	1.95
83666948--83666990	21	2.1	21	83	8	54	65	2	6	25	1.30
83667656--83667990	141	2.4	141	88	1	438	34	11	28	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83667618--83667956	47	7.2	47	91	0	507	34	11	27	25	1.91
83667970--83668060	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
83674217--83674626	40	10.4	40	92	2	677	30	20	27	22	1.98
83674217--83674626	79	5.2	80	92	2	677	30	20	27	22	1.98
83683222--83683654	40	10.8	40	94	0	749	29	20	27	22	1.98
83687800--83687874	28	2.7	28	77	4	80	29	12	29	29	1.92
83691707--83691884	46	3.8	46	78	4	205	28	28	20	22	1.99
83691715--83691885	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
83694215--83694303	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
83694215--83694297	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
83694226--83694303	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
83700098--83700271	46	3.8	46	78	11	187	29	27	20	22	1.98
83700105--83700274	93	1.8	93	89	2	270	29	27	20	22	1.98
83707829--83707882	24	2.3	24	87	3	74	31	22	29	16	1.96
83707994--83708059	27	2.5	27	85	9	91	34	19	25	19	1.96
83708471--83708509	21	1.9	20	89	5	60	38	15	0	46	1.46
83711801--83711884	32	2.6	32	82	0	105	28	29	17	23	1.97
83720199--83720346	40	3.7	40	82	5	201	25	27	22	25	2.00
83728210--83728353	40	3.6	40	91	3	229	24	28	24	22	2.00
83730167--83730351	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
83730148--83730351	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
83737602--83737786	40	4.7	40	80	6	207	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83737602--83737786	79	2.3	82	80	7	211	25	26	22	25	2.00
83747054--83747224	93	1.8	93	87	0	252	29	28	20	21	1.98
83747049--83747221	46	3.7	46	76	10	163	30	27	20	21	1.98
83755516--83756032	27	19.6	27	76	8	341	29	8	21	40	1.83
83755779--83755913	49	2.8	48	89	4	198	29	8	23	38	1.84
83760533--83760569	18	1.9	19	89	10	58	64	13	0	21	1.27
83767354--83767399	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
83773592--83773691	50	2.0	50	98	0	191	32	23	12	33	1.91
83776252--83776331	37	2.2	37	86	0	115	27	31	17	23	1.97
83776450--83776962	47	10.7	47	92	2	812	29	29	8	32	1.86
83776450--83776962	96	5.4	95	93	2	818	29	29	8	32	1.86
83781251--83781442	30	6.4	30	74	9	142	37	12	25	24	1.91
83781226--83781417	91	2.1	89	81	4	224	36	12	26	25	1.91
83781226--83781497	121	2.2	120	81	1	321	36	12	24	26	1.91
83781432--83781497	30	2.2	31	86	2	89	39	9	19	31	1.83
83789324--83789383	23	2.6	23	89	0	102	25	31	31	11	1.91
83789474--83789536	28	2.2	28	91	0	99	19	42	20	17	1.89
83793387--83793460	38	1.9	38	94	0	130	27	13	21	37	1.91
83797472--83797517	20	2.3	20	92	0	74	34	10	15	39	1.82
83797847--83798029	40	4.5	40	77	6	172	27	14	24	32	1.95
83797869--83798028	83	2.0	82	81	5	189	28	14	25	31	1.95
83797874--83798028	41	3.8	42	79	5	147	26	14	25	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83801287--83801347	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83802933--83802992	17	3.4	17	72	17	59	33	1	23	41	1.64
83802909--83802992	36	2.6	32	79	17	100	34	1	23	40	1.63
83802919--83802992	36	2.1	36	97	0	139	33	1	25	39	1.65
83802919--83802977	19	3.2	19	72	18	70	33	0	27	38	1.57
83809474--83809645	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
83809476--83809698	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
83809474--83809698	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
83809630--83809707	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
83837568--83837781	46	4.6	46	77	9	195	27	19	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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