genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60854222--60854322	33	3.0	33	83	9	107	27	19	23	28	1.99
60856119--60856174	24	2.3	24	84	0	67	16	23	21	39	1.92
60858716--60858837	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
60858688--60858944	47	5.4	47	89	3	365	26	30	9	33	1.88
60862382--60862451	35	2.0	36	88	2	106	35	22	12	28	1.91
60865737--60865852	54	2.1	54	84	3	144	24	23	24	28	2.00
60866071--60866100	15	1.9	16	93	6	53	26	6	13	53	1.64
60873599--60873752	42	3.6	42	74	12	127	27	24	17	30	1.97
60876511--60876550	19	2.0	20	85	4	55	42	15	10	32	1.79
60882022--60882218	55	3.6	54	82	6	220	22	23	17	36	1.95
60882200--60882296	47	2.1	47	90	0	149	25	22	16	35	1.95
60886413--60886587	44	3.8	43	77	12	129	19	30	20	29	1.97
60894200--60894225	13	2.0	13	100	0	52	7	23	23	46	1.78
60899238--60899326	27	3.3	27	85	3	108	30	13	16	39	1.87
60899252--60899355	27	3.9	27	84	5	113	31	9	20	38	1.85
60907529--60907627	52	1.9	51	93	2	171	30	29	13	27	1.94
60915580--60916064	47	10.4	47	93	1	789	32	9	29	29	1.88
60915580--60916064	185	2.6	187	92	2	805	32	9	29	29	1.88
60916183--60916261	37	2.1	37	86	9	108	24	18	30	26	1.98
60918124--60918226	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
60918208--60918281	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
60918678--60918794	40	2.9	40	88	0	171	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60918637--60918794	80	2.0	80	82	5	194	27	20	25	25	1.99
60922159--60922645	47	10.4	47	80	12	490	32	8	29	29	1.87
60922330--60922546	72	3.1	72	94	2	377	33	6	27	31	1.83
60922377--60922433	25	2.3	25	100	0	114	35	0	28	36	1.58
60922283--60922642	119	3.1	117	79	14	425	32	8	29	29	1.86
60922465--60922508	22	2.0	22	100	0	88	31	9	27	31	1.88
60922346--60922555	69	3.0	69	93	2	348	33	8	27	30	1.86
60922763--60922841	37	2.1	37	83	4	97	25	16	30	27	1.97
60928358--60928401	22	2.0	22	82	8	54	70	13	2	13	1.26
60930302--60930374	37	2.0	37	88	0	110	27	34	19	19	1.96
60930553--60930633	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
60930576--60930658	25	3.5	24	66	11	71	33	27	4	33	1.78
60930496--60930718	47	4.7	47	96	1	383	30	30	8	30	1.88
60934244--60934500	119	2.2	120	87	2	365	26	27	22	24	2.00
60934240--60934579	40	8.5	40	82	5	350	25	27	22	24	2.00
60934247--60934579	119	2.8	119	81	5	318	26	27	22	24	2.00
60934889--60934967	29	2.7	29	82	5	97	26	34	15	24	1.94
60934949--60935094	43	3.4	43	99	0	283	26	36	15	22	1.93
60936962--60937034	37	2.0	37	88	0	110	27	34	19	19	1.96
60937213--60937293	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
60937156--60937330	47	3.7	47	96	2	305	30	29	9	30	1.88
60937236--60937318	25	3.5	24	66	11	71	33	27	4	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60940715--60940749	8	4.4	8	89	10	54	22	0	0	77	0.78
60940716--60940754	14	2.7	14	92	4	60	23	0	0	76	0.78
60940829--60940890	3	20.0	3	80	6	70	29	1	4	64	1.23
60940835--60940908	9	7.8	9	73	10	58	25	2	8	63	1.35
60947582--60947609	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
60949620--60949771	50	3.2	48	69	14	134	29	18	25	26	1.98
60949594--60950318	94	7.8	94	80	4	740	32	20	21	26	1.98
60949449--60950106	44	14.0	50	66	17	234	31	20	21	26	1.98
60949590--60950319	282	2.6	271	82	5	867	31	20	21	26	1.98
60950291--60950381	45	2.0	44	91	2	146	31	18	19	29	1.96
60952329--60952372	14	3.3	14	81	9	56	22	0	0	77	0.77
60952329--60952372	16	2.9	14	81	18	52	22	0	0	77	0.77
60952437--60952468	13	2.5	13	94	0	55	21	3	9	65	1.35
60952455--60952503	3	16.3	3	78	0	53	26	2	8	63	1.34
60955723--60955787	26	2.5	26	79	18	80	49	0	6	44	1.27
60956521--60956546	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
60962093--60962138	22	2.1	22	88	8	67	52	4	8	34	1.52
60962163--60962202	20	2.0	20	100	0	80	35	25	0	40	1.56
60964107--60964227	41	2.9	41	83	3	154	35	23	18	23	1.95
60970820--60970877	31	1.9	30	89	3	89	29	12	18	39	1.87
60974522--60974550	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
60976054--60976091	18	2.1	19	85	5	51	50	15	10	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60977179--60977244	24	2.8	24	77	6	64	25	22	16	34	1.95
60977415--60977478	19	3.3	19	78	4	65	32	6	18	42	1.76
60977444--60977499	18	2.9	20	81	10	80	37	7	12	42	1.70
60977425--60977494	18	3.7	18	76	12	61	35	5	15	42	1.71
60977425--60977499	38	1.9	38	86	7	107	36	6	14	42	1.72
60978683--60978707	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60980671--60980940	47	5.7	47	91	0	405	34	8	28	28	1.87
60982400--60982780	40	9.6	40	89	1	550	24	21	28	26	1.99
60984975--60984999	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60986963--60987232	47	5.7	47	93	0	423	33	8	29	28	1.87
60991302--60991518	46	4.8	43	76	17	167	29	18	28	24	1.98
60993020--60993092	10	7.2	10	77	13	78	57	12	1	28	1.43
60993016--60993092	30	2.5	30	95	2	136	58	12	1	27	1.43
60993061--60993110	20	2.5	20	84	12	68	56	10	2	32	1.44
60993061--60993127	20	3.4	19	78	15	66	56	8	1	32	1.39
60995872--60996174	40	7.6	40	89	2	387	24	20	27	27	1.99
61013422--61013684	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
61021363--61021625	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
61024886--61024958	24	3.0	24	64	7	58	24	8	21	45	1.79
61030227--61030278	19	2.8	18	82	11	61	67	1	7	23	1.27
61030553--61030587	18	1.9	18	88	0	52	17	8	2	71	1.23
61030599--61030651	10	5.7	10	76	13	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61030603--61030671	18	3.8	18	80	16	72	39	1	0	59	1.06
61030603--61030661	19	3.2	19	81	15	63	42	1	0	55	1.09
61030599--61030701	18	5.6	17	74	13	71	36	1	0	61	1.07
61030760--61030880	63	1.9	64	79	5	138	39	9	19	30	1.85
61034038--61034075	16	2.2	18	86	9	53	47	2	0	50	1.15
61039864--61039974	27	4.1	27	87	4	145	36	21	22	18	1.95
61040078--61040141	26	2.4	27	89	2	94	29	10	23	35	1.89
61042375--61042408	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
61042869--61043058	96	2.0	96	89	2	292	35	11	18	33	1.87
61050417--61050596	28	6.6	27	94	2	288	31	28	13	26	1.94
61050417--61050596	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
61050417--61050596	83	2.2	82	93	1	306	31	28	13	26	1.94
61058546--61058682	28	5.0	28	84	8	113	31	27	13	28	1.94
61058560--61058682	27	4.6	27	92	4	194	30	29	13	26	1.94
61062442--61062625	40	4.6	40	87	4	237	26	27	21	23	1.99
61069475--61069553	37	2.1	37	88	0	113	25	17	31	25	1.97
61077885--61078146	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
61103796--61103845	21	2.4	21	75	15	50	62	6	10	22	1.48
61106168--61106280	40	2.8	40	91	1	183	24	21	27	26	1.99
61114083--61114245	40	4.1	40	84	3	222	23	21	26	27	1.99
61127580--61127612	16	2.1	16	94	0	57	39	6	9	45	1.61
61129008--61129185	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61129029--61129184	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61131291--61131327	19	1.9	19	88	0	56	32	27	5	35	1.79
61133011--61133100	46	2.0	46	97	2	173	25	16	24	33	1.96
61133088--61133190	43	2.4	43	87	6	131	30	17	23	29	1.97
61135798--61136176	47	8.1	47	94	0	598	33	11	29	26	1.91
61136058--61136133	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
61136150--61136332	46	4.0	46	92	0	276	35	9	30	24	1.87
61141169--61141255	39	2.2	39	85	0	120	28	24	21	25	1.99
61160082--61160338	47	5.4	47	91	1	379	27	29	8	34	1.86
61165806--61166109	47	6.4	47	90	1	419	27	29	8	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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