genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  197  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65719720--65720014	152	1.9	152	100	0	590	33	16	10	39	1.83
65720069--65720190	40	3.2	40	69	9	117	36	20	21	21	1.95
65720069--65720315	76	3.3	74	77	6	235	36	21	19	23	1.95
65727428--65727525	38	2.5	39	81	1	117	41	23	22	12	1.87
65727447--65727520	39	1.9	38	86	2	103	43	22	22	10	1.84
65730734--65731264	47	10.9	49	92	5	818	32	8	29	29	1.86
65730789--65730879	27	3.3	27	68	29	82	35	4	27	32	1.77
65731383--65731461	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65744733--65744881	46	3.2	45	81	6	120	24	27	16	31	1.96
65744765--65744881	46	2.5	46	86	4	146	23	27	17	31	1.97
65744805--65744975	46	3.7	44	75	12	132	22	28	19	29	1.98
65747631--65747690	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65747658--65747799	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.97
65747729--65747780	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
65748375--65748438	27	2.4	26	82	5	74	34	18	21	25	1.96
65748429--65748546	27	4.4	27	83	1	148	25	19	18	36	1.94
65761626--65761738	27	4.2	26	78	8	109	38	20	23	18	1.94
65761617--65761738	55	2.2	54	79	4	138	36	20	24	18	1.95
65762155--65762203	16	3.1	16	82	11	64	10	24	16	48	1.76
65764714--65764901	40	4.7	40	91	0	295	28	27	19	25	1.98
65772665--65772777	27	4.2	26	85	8	145	36	22	24	16	1.94
65772667--65772774	55	2.0	54	89	5	164	37	20	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65773208--65773242	16	2.2	16	89	0	52	8	25	14	51	1.70
65775294--65775397	52	2.0	52	100	0	208	48	13	28	9	1.74
65777172--65777226	29	1.9	29	88	3	85	32	27	18	21	1.96
65789648--65789705	30	1.9	30	86	6	82	18	29	31	20	1.97
65792759--65792965	53	3.8	54	80	1	236	37	18	24	19	1.94
65797467--65797728	46	5.5	47	75	9	187	27	17	30	24	1.97
65797467--65797728	94	2.8	93	81	8	287	27	17	30	24	1.97
65803287--65803314	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
65803729--65803861	55	2.5	53	82	6	160	37	19	22	20	1.94
65803718--65803924	53	3.8	54	77	1	209	38	18	23	19	1.94
65807090--65807117	13	2.2	13	100	0	56	42	14	0	42	1.45
65807378--65807411	15	2.1	17	89	10	54	0	23	0	76	0.79
65809304--65809350	22	2.1	22	100	0	94	25	19	12	42	1.86
65815775--65815967	43	4.5	43	80	3	183	32	25	14	27	1.95
65821805--65821976	64	2.7	64	77	7	177	25	29	16	28	1.97
65822710--65822770	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
65825232--65825314	36	2.4	34	87	4	121	37	1	12	49	1.48
65825336--65825413	35	2.2	35	93	0	129	43	8	3	43	1.54
65826285--65826309	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65826456--65826493	19	2.0	19	85	10	51	44	0	2	52	1.14
65826760--65826789	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
65826757--65826789	12	2.8	12	95	0	57	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65826900--65827051	39	3.8	39	80	4	144	30	18	20	30	1.96
65826900--65827064	40	4.1	40	78	4	154	31	19	20	28	1.97
65827047--65827314	146	1.8	146	81	6	337	32	20	19	27	1.97
65827567--65827705	7	19.7	7	74	10	86	19	0	36	43	1.51
65828474--65828653	84	2.1	84	83	0	216	37	16	16	29	1.91
65833373--65833427	20	2.6	22	77	5	60	32	20	36	10	1.87
65833373--65833437	22	3.0	21	76	8	69	32	20	35	12	1.89
65836588--65836637	26	1.9	26	91	0	82	46	16	12	26	1.81
65859557--65859615	28	2.1	28	100	0	118	25	22	13	38	1.90
65861275--65861338	31	2.1	30	85	8	85	39	1	3	56	1.25
65867093--65867134	4	10.5	4	80	10	50	69	2	4	23	1.20
65867096--65867134	16	2.4	16	87	12	62	69	2	5	23	1.21
65868743--65868785	16	2.5	17	85	11	61	81	2	9	6	0.95
65869586--65869891	124	2.5	125	87	5	442	36	15	18	28	1.92
65871389--65871457	34	2.0	34	100	0	138	40	2	30	26	1.70
65873014--65873391	131	2.9	130	94	2	643	55	3	4	35	1.40
65873493--65873535	21	2.0	22	86	4	61	2	13	48	34	1.56
65873798--65873840	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
65875652--65875701	11	4.5	11	90	9	68	38	0	36	26	1.57
65878241--65878292	17	3.2	17	79	12	56	32	0	3	63	1.12
65883246--65883469	40	5.6	40	84	7	269	24	22	28	24	2.00
65883245--65883502	119	2.2	119	81	6	292	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65895853--65895881	12	2.3	13	94	5	51	0	27	0	72	0.85
65895941--65895977	20	1.9	20	88	5	58	24	2	5	67	1.25
65899195--65899267	36	2.0	36	94	0	128	35	15	12	36	1.84
65902588--65902679	44	2.1	44	83	4	114	35	21	22	19	1.96
65912276--65912327	20	2.8	18	72	16	52	59	1	3	34	1.27
65915314--65915345	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
65916180--65916215	15	2.3	16	90	4	56	52	5	5	36	1.48
65927012--65927150	6	23.3	6	97	1	262	33	0	16	49	1.46
65927640--65927896	87	2.9	89	84	8	312	46	11	6	35	1.66
65927718--65927896	91	1.9	91	85	4	241	45	12	6	35	1.69
65927879--65927929	24	2.1	25	96	3	95	29	15	3	50	1.62
65929820--65929868	20	2.5	20	89	0	71	22	24	0	53	1.47
65932936--65933053	40	3.0	40	85	6	154	25	23	26	24	2.00
65936517--65936558	21	2.0	21	90	0	66	40	2	7	50	1.43
65950668--65950976	46	6.5	47	74	13	201	27	17	31	23	1.97
65957129--65957172	22	2.0	22	100	0	88	22	27	22	27	1.99
65957162--65957329	46	3.6	45	80	6	192	21	27	21	29	1.99
65957165--65957335	94	1.8	92	87	5	254	21	28	21	29	1.98
65957924--65958170	123	2.0	123	92	1	406	31	12	17	39	1.86
65968109--65968147	19	2.1	19	85	9	53	33	0	5	61	1.18
65971985--65972045	28	2.1	29	88	8	90	29	13	27	29	1.94
65974126--65974161	18	2.0	18	100	0	72	38	5	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65974128--65974185	18	3.1	18	82	14	64	39	5	6	48	1.52
65974561--65974589	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
65978761--65978855	37	2.6	36	86	8	129	14	12	32	40	1.84
65982336--65982463	47	2.7	47	85	0	157	34	27	14	23	1.94
65983028--65983093	29	2.3	29	81	5	71	30	22	1	45	1.62
66005074--66005230	43	3.7	44	75	10	139	30	25	17	26	1.97
66005069--66005238	86	2.0	84	81	5	198	32	25	16	25	1.96
66012192--66012365	94	1.9	92	85	7	244	22	28	21	27	1.99
66012192--66012381	46	4.1	45	76	13	170	24	27	20	26	1.99
66015344--66015457	42	2.6	43	86	4	140	35	25	16	22	1.95
66015356--66015474	44	2.8	42	82	6	132	31	26	18	22	1.97
66020268--66020375	27	4.0	26	83	9	126	36	22	24	17	1.95
66020268--66020375	55	2.0	54	85	5	146	36	22	24	17	1.95
66024199--66024317	44	2.8	43	79	13	129	34	26	15	22	1.95
66024156--66024317	43	3.8	42	76	11	141	33	25	16	24	1.95
66036928--66036981	27	2.0	27	96	0	99	29	3	27	38	1.74
66042650--66042904	43	6.0	43	83	7	313	27	15	23	33	1.95
66047771--66047827	30	1.9	30	96	0	105	22	12	26	38	1.89
66049711--66049804	45	2.1	45	100	0	188	21	6	19	53	1.67
66050399--66050530	43	3.1	43	86	2	167	23	13	24	38	1.91
66051504--66051542	17	2.3	17	86	8	53	76	10	2	10	1.10
66051504--66051542	16	2.4	17	86	4	53	76	10	2	10	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66060602--66060816	67	3.1	67	93	2	358	32	16	30	20	1.95
66079669--66079945	40	6.9	40	92	0	455	27	20	27	24	1.99
66094782--66094821	21	1.9	21	85	10	55	25	35	15	25	1.94
66097669--66097823	43	3.6	43	93	0	265	30	32	24	11	1.91
66097821--66097895	38	2.0	38	83	0	96	32	26	20	21	1.97
66100884--66101049	40	4.2	40	92	2	255	23	21	28	27	1.99
66108847--66109052	40	5.2	40	91	1	308	23	20	27	28	1.99
66113841--66114008	43	3.9	43	90	1	266	29	33	23	13	1.93
66114001--66114084	38	2.2	38	84	0	114	32	26	20	21	1.98
66122339--66122391	7	7.4	7	91	4	88	45	26	13	15	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344