genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63329878--63330877	500	2.0	500	98	0	1910	24	17	23	34	1.96
63335345--63335493	55	2.8	53	82	6	183	34	19	26	19	1.96
63335362--63335505	53	2.7	53	84	2	180	35	18	25	20	1.95
63336452--63336477	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
63338670--63338713	22	2.0	22	86	4	61	34	0	2	63	1.07
63338670--63338719	24	2.1	23	85	3	64	30	0	4	66	1.10
63342271--63342355	37	2.2	36	82	12	100	25	7	1	65	1.25
63342290--63342665	3	123.3	3	70	12	144	27	6	3	61	1.40
63342290--63342450	16	9.6	17	71	15	79	27	6	3	62	1.36
63342310--63342487	28	6.5	28	75	6	107	26	7	4	61	1.41
63342421--63342662	106	2.3	106	98	0	466	27	6	4	61	1.39
63344840--63344883	23	1.9	23	81	9	54	59	0	4	36	1.18
63350994--63351069	40	1.9	40	88	0	116	15	11	34	38	1.84
63368592--63368783	44	4.4	44	85	1	242	38	21	13	26	1.90
63368592--63368992	88	4.4	88	74	12	297	35	19	15	28	1.93
63368823--63368948	51	2.6	51	84	8	167	32	18	19	30	1.95
63368873--63368997	44	2.8	44	84	4	137	32	17	18	31	1.94
63372317--63372387	30	2.3	31	92	2	117	29	15	9	45	1.78
63372759--63374502	921	1.9	928	87	3	2587	24	15	18	41	1.89
63375023--63375093	37	1.9	37	97	0	133	23	18	14	43	1.86
63382194--63382247	24	2.3	24	81	15	60	59	0	1	38	1.08
63383473--63383530	25	2.3	26	84	3	73	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63388177--63388229	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
63389714--63389771	26	2.2	26	96	0	107	36	25	5	32	1.78
63394129--63394373	41	6.0	41	90	4	340	29	20	26	24	1.99
63394927--63395053	7	17.9	7	70	15	57	18	2	37	41	1.63
63394982--63395049	29	2.3	29	87	0	100	19	1	41	38	1.60
63395078--63395123	14	3.4	14	71	17	51	26	2	32	39	1.68
63395293--63395397	28	3.9	28	69	21	73	30	0	27	40	1.63
63395318--63395358	21	2.0	21	95	0	73	24	0	31	43	1.54
63395266--63395379	49	2.2	51	87	6	160	29	0	28	40	1.63
63395112--63395582	256	1.9	252	93	3	811	27	2	26	43	1.67
63395474--63395532	28	2.1	28	84	6	75	15	1	33	49	1.55
63395517--63395560	21	2.0	22	86	4	63	25	4	27	43	1.74
63395529--63395600	29	2.5	30	80	10	89	27	2	27	41	1.70
63396959--63397081	44	2.7	45	81	5	131	34	14	22	28	1.94
63398666--63398695	6	5.0	6	100	0	60	0	66	0	33	0.92
63400449--63400478	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
63400549--63400917	183	2.0	183	97	0	702	26	15	14	43	1.85
63401808--63401912	53	2.1	49	82	7	120	44	6	3	44	1.48
63404511--63404554	19	2.3	19	96	0	79	34	13	18	34	1.90
63408580--63408763	40	4.6	39	87	3	165	25	21	28	25	1.99
63408594--63408763	80	2.1	79	83	1	205	24	21	28	25	1.99
63408620--63408798	79	2.3	80	81	1	200	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63410939--63411182	42	5.7	42	78	12	214	28	20	22	29	1.98
63411624--63411661	17	2.2	17	90	0	58	60	0	5	34	1.19
63418094--63418160	24	2.7	23	80	17	64	58	7	4	29	1.46
63418120--63418210	46	2.0	46	88	0	137	63	6	1	28	1.26
63418009--63418441	26	17.7	24	68	17	153	60	4	5	28	1.40
63418240--63418289	24	2.1	24	85	7	66	66	0	4	30	1.10
63418386--63418441	25	2.2	27	87	9	82	62	5	3	28	1.34
63420186--63420612	44	9.6	45	73	9	216	28	21	18	31	1.97
63420169--63420612	133	3.3	131	82	3	507	28	21	18	31	1.96
63420228--63420610	44	8.7	43	72	10	229	28	21	18	30	1.97
63428733--63428779	19	2.5	20	89	6	71	48	6	19	25	1.72
63432485--63432593	46	2.3	48	84	6	132	60	6	3	29	1.39
63432391--63432835	26	17.7	24	66	17	140	60	4	6	28	1.42
63432633--63432689	30	1.9	30	88	0	87	66	1	1	29	1.12
63432781--63432835	25	2.1	27	86	6	78	61	5	5	27	1.40
63432780--63432842	25	2.5	24	80	10	72	57	4	6	31	1.45
63441657--63441690	17	2.0	17	88	0	50	2	17	17	61	1.46
63441920--63441963	23	2.0	24	86	13	67	15	11	27	45	1.81
63446201--63446229	14	2.0	15	93	6	51	31	13	13	41	1.84
63450066--63450106	19	2.2	18	91	4	64	65	0	4	29	1.13
63455382--63455414	9	3.5	10	88	12	52	30	6	0	63	1.18
63455662--63455686	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63457201--63457309	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
63457472--63457610	47	3.0	47	85	0	179	27	30	10	32	1.89
63465173--63465227	24	2.3	23	90	6	83	87	1	10	0	0.63
63465663--63465763	49	2.1	48	90	1	157	19	20	9	49	1.77
63466342--63466925	181	3.2	181	88	0	857	34	16	20	28	1.94
63468568--63468691	15	7.7	15	71	22	74	29	7	2	61	1.36
63468651--63468691	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
63469247--63469302	28	2.0	28	96	0	103	28	10	19	41	1.85
63469534--63469596	22	2.9	22	83	6	76	22	31	38	7	1.83
63470689--63470957	46	5.8	48	78	10	224	23	30	19	27	1.98
63470689--63470954	94	2.8	93	81	8	267	22	30	19	27	1.98
63474200--63474410	40	5.3	40	90	2	327	22	22	28	26	1.99
63481542--63481664	46	2.6	46	84	7	151	24	27	19	28	1.99
63481536--63481713	46	3.8	45	78	10	135	23	27	20	28	1.99
63481588--63481761	94	1.9	92	86	7	253	24	27	20	28	1.99
63484485--63484531	24	1.9	25	86	4	69	51	14	6	27	1.67
63485492--63485519	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
63489845--63489887	5	8.6	5	100	0	86	18	0	0	81	0.69
63492025--63492072	22	2.2	22	85	7	62	33	0	8	58	1.28
63492555--63492580	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
63492780--63492825	24	1.9	24	100	0	92	41	13	15	30	1.85
63495830--63495897	31	2.2	31	86	5	93	41	5	14	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63497803--63497848	17	2.7	17	80	10	58	39	0	0	60	0.97
63497999--63498043	24	1.9	24	90	4	74	48	20	15	15	1.80
63498325--63499169	131	6.3	134	85	6	936	25	18	23	32	1.97
63498387--63499169	261	2.9	263	86	4	1013	25	18	23	32	1.97
63499484--63499559	7	10.4	7	76	7	71	15	0	35	48	1.46
63499484--63499559	15	5.2	14	81	7	71	15	0	35	48	1.46
63500230--63500286	22	2.6	21	72	5	51	71	1	5	21	1.14
63500833--63500966	35	3.9	34	92	3	214	11	46	23	19	1.82
63503631--63503663	11	3.0	11	95	0	57	0	21	0	78	0.75
63506022--63506113	46	2.0	46	100	0	184	36	4	13	45	1.63
63510903--63511054	75	2.0	75	82	8	186	26	9	19	44	1.81
63511248--63511331	35	2.4	35	82	9	109	22	21	15	40	1.91
63511248--63511343	35	2.7	34	76	17	106	21	20	15	41	1.90
63511242--63511572	108	3.1	106	72	7	274	27	20	16	35	1.94
63511508--63511745	38	6.4	37	73	10	148	28	17	17	36	1.93
63511294--63511632	36	9.4	36	70	10	118	27	18	17	36	1.93
63511513--63511717	75	2.7	73	78	7	196	31	16	17	34	1.92
63511788--63511877	35	2.5	36	85	3	119	24	20	14	41	1.89
63512528--63512565	14	2.6	15	83	4	51	71	2	2	23	1.12
63513490--63513547	27	2.2	28	81	12	77	63	1	0	34	1.04
63515378--63515432	18	2.9	18	91	5	83	34	16	10	38	1.84
63517212--63517237	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63517586--63517624	17	2.2	18	86	4	53	33	2	2	61	1.23
63517848--63517921	31	2.4	31	79	2	87	47	13	10	28	1.76
63518334--63518363	14	2.1	14	100	0	60	40	6	46	6	1.56
63519933--63519973	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
63519936--63519975	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
63519993--63520096	9	11.6	9	83	0	91	26	9	19	44	1.81
63520863--63521196	179	1.9	179	96	0	623	39	12	12	35	1.81
63522803--63523022	51	4.3	51	78	4	210	32	26	15	25	1.96
63522824--63523022	50	3.9	50	78	5	193	32	26	16	25	1.96
63528552--63528604	24	2.2	24	86	0	70	33	11	18	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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