genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11876164--11876207	16	2.8	16	86	6	63	54	0	2	43	1.12
11876831--11876974	72	2.0	72	100	0	288	36	19	6	37	1.79
11881885--11881950	21	3.2	21	71	4	62	33	1	13	51	1.50
11884973--11885034	31	2.0	31	100	0	124	29	12	16	41	1.85
11888069--11888122	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
11888072--11888142	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
11888607--11888644	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
11889788--11889986	45	4.4	45	67	8	116	29	23	18	28	1.97
11889776--11891004	134	9.1	134	95	1	2138	29	24	19	26	1.99
11889776--11891004	539	2.3	538	94	1	2178	29	24	19	26	1.99
11889776--11891004	673	1.8	673	94	0	2201	29	24	19	26	1.99
11890977--11891321	44	7.9	44	76	8	319	30	25	16	27	1.97
11890955--11891607	132	5.0	132	83	4	831	28	26	16	28	1.97
11891343--11891604	44	6.0	43	73	10	201	29	25	16	28	1.96
11890955--11891550	255	2.3	260	85	4	758	29	26	16	28	1.97
11892615--11892661	16	3.0	16	78	15	62	4	12	0	82	0.80
11892614--11892661	6	7.8	6	80	17	55	4	14	0	81	0.84
11892631--11892669	20	1.9	21	89	5	62	5	12	2	79	1.00
11897049--11897102	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
11897052--11897122	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
11897716--11897752	16	2.3	16	90	0	56	13	2	2	81	0.92
11903203--11903282	27	3.2	27	65	26	75	41	20	5	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11903183--11903282	48	2.1	48	94	0	173	41	16	6	37	1.72
11903198--11903268	21	3.1	21	66	26	54	39	19	7	33	1.79
11906849--11906895	10	4.8	10	76	5	51	68	2	0	29	1.02
11906842--11906884	19	2.1	21	87	8	63	58	4	0	37	1.19
11911210--11911234	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
11914655--11914685	14	2.1	15	94	5	55	38	9	0	51	1.35
11914656--11914697	20	2.2	20	87	12	61	40	9	0	50	1.35
11920108--11920142	13	2.5	14	86	13	54	34	8	17	40	1.80
11920272--11920297	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
11920110--11920425	156	2.0	156	99	0	623	35	10	20	33	1.87
11926160--11926290	69	1.9	69	82	0	163	34	19	16	29	1.94
11929827--11929853	13	2.1	13	100	0	54	44	14	7	33	1.73
11932274--11932524	68	3.7	68	89	0	342	23	21	18	35	1.95
11934543--11934672	47	2.8	46	80	4	143	24	14	27	33	1.94
11937725--11937750	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
11937931--11937964	17	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
11937890--11937963	39	1.9	38	81	13	89	56	2	4	36	1.32
11945016--11945274	131	2.0	131	86	1	367	38	18	15	27	1.91
11949168--11949217	22	2.3	22	83	13	59	48	14	6	32	1.67
11949440--11949481	20	2.1	20	86	8	59	66	9	4	19	1.38
11951920--11952130	40	5.3	40	84	3	266	25	27	23	24	2.00
11954282--11954333	9	5.4	10	82	11	56	55	0	3	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11954282--11954372	9	9.9	9	69	14	53	58	1	4	36	1.25
11954336--11954369	17	1.9	17	88	5	50	67	0	2	29	1.05
11955617--11955696	31	2.7	31	76	14	89	50	3	6	40	1.46
11958006--11958065	19	2.7	24	65	24	58	61	15	21	1	1.42
11959076--11959100	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
11959076--11959137	25	2.5	24	82	14	81	20	6	1	70	1.17
11959087--11959133	12	3.8	12	76	13	51	21	6	2	70	1.20
11961804--11961854	16	3.2	16	78	16	61	50	0	3	45	1.20
11964562--11964629	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
11967028--11967255	46	5.0	46	91	1	332	39	14	23	22	1.91
11970879--11971115	128	1.8	129	90	0	386	29	16	18	35	1.93
11973568--11973714	43	3.4	43	75	4	127	34	17	22	25	1.95
11974897--11974976	39	2.1	39	92	0	133	28	20	6	45	1.75
11975828--11975863	8	4.6	8	96	3	65	41	8	11	38	1.71
11975949--11975973	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
11979453--11979477	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
11979989--11980032	20	2.1	20	83	8	52	59	4	0	36	1.18
12005883--12005977	17	5.3	19	87	9	146	36	13	11	37	1.81
12005882--12005986	54	2.0	54	90	3	169	39	12	11	37	1.79
12006289--12006488	45	4.5	45	84	1	258	25	28	14	32	1.95
12006289--12006472	89	2.1	90	87	1	262	26	28	14	30	1.95
12006502--12006883	78	4.8	78	85	8	516	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12006422--12006883	166	2.8	165	89	6	671	25	24	17	32	1.97
12006630--12007365	376	2.0	374	92	1	1222	27	22	17	32	1.97
12006624--12007181	298	1.9	287	83	7	721	27	23	17	31	1.97
12007047--12007234	78	2.4	78	90	3	315	24	23	18	34	1.96
12007211--12007496	131	2.2	131	92	0	464	27	22	18	31	1.97
12013207--12013232	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
12016014--12016073	19	3.3	19	95	4	106	36	15	10	38	1.80
12016014--12016081	19	3.8	19	90	7	81	36	13	11	38	1.81
12016192--12016231	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
12016675--12016747	38	1.9	38	83	5	94	38	6	15	39	1.74
12016996--12017060	32	2.0	32	100	0	130	47	0	9	43	1.35
12022645--12022761	25	4.9	23	72	17	78	58	0	6	34	1.24
12024397--12025300	206	4.4	206	88	2	1303	29	21	18	30	1.97
12036923--12037039	25	4.9	23	72	17	78	58	0	6	34	1.24
12044496--12044545	25	2.0	25	100	0	100	24	16	4	56	1.57
12045979--12046114	42	3.2	42	83	7	141	25	17	25	30	1.97
12048343--12048401	30	2.0	30	89	0	91	30	5	11	52	1.59
12048890--12048914	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
12048920--12048972	26	2.0	26	85	0	70	62	15	3	18	1.47
12053848--12053890	20	2.2	20	100	0	86	32	25	13	27	1.94
12054586--12054678	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
12054700--12054739	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12074307--12074401	42	2.3	43	88	3	140	50	12	4	32	1.59
12074419--12074458	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
12081937--12082028	46	2.0	47	97	2	177	33	20	15	30	1.93
12083034--12083065	12	2.7	12	90	0	55	46	12	3	37	1.57
12091058--12091124	35	1.9	35	87	0	98	28	2	25	43	1.69
12091184--12091251	35	2.0	34	88	8	102	39	0	16	44	1.48
12091244--12091279	17	2.1	17	89	0	54	47	0	13	38	1.44
12091274--12091306	7	4.7	7	92	0	57	15	0	27	57	1.38
12091312--12091392	28	2.8	29	85	7	103	39	1	17	41	1.57
12091452--12091957	126	4.0	126	86	4	691	39	15	16	27	1.90
12092810--12092917	54	2.0	54	92	3	182	34	12	28	25	1.91
12095508--12095551	18	2.4	18	92	0	70	43	9	27	20	1.82
12100926--12100950	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
12101865--12101963	30	3.5	29	70	19	84	62	4	4	29	1.32
12101874--12101984	53	2.1	54	93	1	188	62	2	2	32	1.23
12103066--12103111	14	2.9	16	81	12	60	34	2	2	60	1.21
12102471--12103269	249	3.3	238	79	11	661	38	9	6	45	1.63
12107270--12107338	36	1.9	36	81	0	84	26	23	31	18	1.97
12124070--12124157	23	3.9	23	69	19	60	43	5	5	45	1.51
12124098--12124168	19	3.4	19	72	20	70	45	2	4	47	1.36
12124086--12124180	44	2.2	44	98	0	181	45	4	4	46	1.42
12128270--12128306	17	2.2	18	90	9	60	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12130844--12131017	46	3.8	44	80	10	188	21	20	29	28	1.98
12130838--12131009	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
12133350--12133392	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
12136986--12137017	11	2.9	11	100	0	64	65	0	0	34	0.93
12143409--12143461	25	2.1	25	89	0	79	54	1	1	41	1.22
12143464--12143554	42	2.1	43	91	2	148	43	0	1	54	1.07
12143530--12143559	14	2.2	13	94	5	51	26	0	0	73	0.84
12143480--12143556	21	3.7	21	75	6	84	38	0	1	59	1.06
12143753--12143785	16	2.1	16	94	0	57	36	27	0	36	1.57
12147631--12147707	32	2.4	32	82	0	100	24	23	6	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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