genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97616993--97617193	88	2.3	87	81	4	217	34	13	11	40	1.81
97617160--97617318	85	1.9	85	85	2	221	30	10	12	45	1.76
97617162--97617383	85	2.7	83	79	7	209	33	10	11	44	1.75
97617439--97617674	74	3.1	74	81	9	269	45	11	9	33	1.74
97620649--97620734	37	2.3	37	95	0	154	40	9	8	41	1.67
97622456--97622547	25	3.6	25	74	9	80	33	20	27	18	1.96
97624702--97624747	22	2.0	23	87	4	67	30	6	30	32	1.83
97624709--97624758	23	2.2	22	85	3	64	30	4	30	36	1.76
97625362--97625477	40	2.9	40	92	5	191	48	3	18	29	1.65
97629910--97629940	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
97637847--97638629	203	3.8	203	94	2	1304	29	18	22	29	1.97
97637847--97638629	408	1.9	407	92	3	1308	29	18	22	29	1.97
97638663--97639204	44	12.4	43	76	11	437	30	18	25	25	1.98
97638726--97639205	44	11.0	44	76	10	441	30	18	25	25	1.98
97638726--97639197	133	3.6	132	92	2	758	30	18	25	25	1.98
97639187--97639211	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
97639659--97639715	22	2.5	23	85	2	71	29	3	31	35	1.75
97639666--97639715	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
97640293--97640457	78	2.1	77	82	4	204	52	2	16	28	1.57
97640316--97640469	39	3.9	40	93	2	251	47	3	19	29	1.65
97648444--97648519	39	2.0	39	82	7	95	61	0	36	1	1.04
97656091--97656147	9	6.2	9	74	9	53	35	3	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97656129--97656169	22	2.0	22	85	9	59	41	0	2	56	1.13
97656088--97656179	29	3.2	28	80	9	96	41	2	1	55	1.19
97656137--97656186	15	3.4	15	71	13	50	44	0	2	54	1.11
97658013--97658046	15	2.4	14	85	9	50	61	2	5	29	1.34
97658298--97658345	21	2.4	19	77	12	51	29	2	2	66	1.14
97659509--97659542	8	4.2	8	100	0	68	88	0	11	0	0.52
97664163--97664191	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
97664415--97664463	24	2.0	24	100	0	98	32	42	8	16	1.77
97670827--97670868	13	3.3	13	96	3	77	85	0	0	14	0.59
97670827--97670868	6	6.7	6	89	10	66	85	0	0	14	0.59
97671748--97671783	12	3.1	12	92	8	65	44	0	0	55	0.99
97671748--97671779	11	2.8	11	95	4	55	40	0	0	59	0.97
97672580--97672606	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
97673796--97673830	16	2.1	17	89	5	54	25	2	2	68	1.17
97676597--97676652	20	2.8	20	86	8	69	44	35	1	17	1.60
97678910--97678970	29	2.2	28	82	8	72	29	4	14	50	1.64
97679032--97679085	21	2.5	22	80	19	62	68	1	1	27	1.10
97679448--97679487	21	1.9	21	90	10	64	22	12	10	55	1.67
97679787--97679892	19	5.2	19	66	23	63	39	0	1	57	1.16
97679861--97679920	20	3.1	19	83	9	59	45	1	3	50	1.28
97681126--97681194	26	2.7	26	81	2	86	15	26	24	33	1.95
97688678--97688746	24	2.9	24	74	10	61	20	20	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97688743--97688812	25	2.8	25	78	8	79	21	28	17	32	1.96
97692188--97692231	21	2.1	21	86	0	61	52	18	4	25	1.64
97695557--97695657	23	4.4	23	77	3	87	22	20	18	37	1.94
97695832--97695927	20	4.8	19	78	8	84	31	8	20	39	1.82
97695832--97695935	40	2.6	37	78	13	100	30	7	20	41	1.80
97697971--97698012	21	1.9	23	85	9	61	30	4	21	42	1.73
97702815--97703444	316	2.0	316	100	0	1260	29	24	19	26	1.98
97707846--97707982	68	2.0	68	95	0	247	43	18	4	34	1.70
97708129--97708154	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
97713262--97713587	131	2.5	131	83	2	404	39	13	15	31	1.86
97716053--97716167	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
97716053--97716167	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
97717780--97717941	26	6.2	26	94	0	261	35	24	5	33	1.79
97717783--97717937	78	2.0	78	97	0	292	35	25	5	33	1.80
97718822--97718871	21	2.4	21	80	6	57	14	26	30	30	1.94
97719836--97719860	12	2.1	12	100	0	50	20	0	32	48	1.50
97720265--97720328	25	2.5	24	78	9	65	26	7	0	65	1.19
97720389--97720436	26	1.9	26	91	8	82	31	0	4	64	1.12
97721155--97721304	68	2.2	68	86	2	203	30	12	16	40	1.86
97735376--97735412	12	3.2	12	85	11	51	56	0	0	43	0.99
97738222--97738296	39	1.9	39	100	0	150	26	9	6	57	1.55
97748075--97748156	42	1.9	43	82	2	103	23	25	34	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97749987--97750031	23	2.0	23	86	4	65	4	22	0	73	1.01
97749998--97750031	11	3.0	11	91	8	59	0	20	0	79	0.73
97750004--97750056	19	2.8	18	77	5	52	5	18	0	75	0.99
97753279--97753331	26	2.0	26	96	0	97	33	22	3	39	1.72
97754203--97754248	19	2.4	19	81	0	56	58	0	4	36	1.18
97756242--97756325	32	2.8	28	76	23	82	27	28	19	25	1.98
97756181--97756325	61	2.3	61	85	8	179	28	26	18	25	1.98
97756427--97756468	22	1.9	22	85	9	59	16	54	2	26	1.54
97758944--97758983	20	1.9	22	85	10	57	42	10	0	47	1.37
97762404--97762452	25	2.0	25	84	8	64	36	12	10	40	1.77
97762415--97762464	25	2.0	25	84	3	66	38	12	6	44	1.66
97763800--97763847	23	2.1	23	92	0	78	31	2	8	58	1.39
97766335--97766465	64	2.0	64	98	0	253	29	12	20	37	1.89
97768016--97768181	38	4.3	38	86	4	226	33	25	20	20	1.97
97773120--97773230	54	2.1	54	86	3	152	20	31	23	24	1.98
97775052--97775101	27	1.9	26	88	8	75	46	6	2	46	1.39
97775486--97775532	22	2.1	23	84	4	60	34	2	8	55	1.42
97778496--97778535	20	2.1	19	90	4	62	47	7	0	45	1.31
97778497--97778537	11	4.0	11	84	15	52	51	7	0	41	1.30
97783943--97784160	40	5.5	40	87	2	271	25	27	23	22	2.00
97791965--97792177	39	5.5	40	88	7	287	25	29	22	23	1.99
97797488--97797578	40	2.3	40	92	0	146	24	8	15	51	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97800809--97800841	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
97802320--97802426	29	3.8	28	75	10	110	26	15	33	24	1.95
97802312--97802424	58	2.0	57	87	5	165	28	15	31	24	1.95
97809441--97809510	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
97812452--97812508	29	2.0	29	86	3	80	35	24	19	21	1.96
97814778--97814864	43	2.0	43	84	4	113	24	17	29	28	1.97
97816680--97816848	46	3.7	46	75	16	177	23	19	27	30	1.98
97816674--97816842	93	1.8	92	92	1	284	22	20	27	29	1.98
97823691--97823863	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	30	1.98
97823688--97823858	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	29	1.98
97825507--97825542	13	2.8	13	100	0	72	27	30	41	0	1.56
97840433--97840472	21	2.0	21	85	5	55	10	35	30	25	1.88
97853488--97853639	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	31	1.94
97853488--97853639	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	31	1.94
97856830--97856974	43	3.4	42	81	7	166	27	16	24	31	1.96
97867834--97868095	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
97872260--97872482	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
97872335--97872517	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
97878992--97879201	39	5.3	39	93	2	325	25	22	27	24	2.00
97878941--97879201	39	6.7	38	87	8	257	25	22	27	24	2.00
97896640--97896971	164	2.0	165	96	0	612	35	12	12	38	1.82
97897700--97897783	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97902772--97902826	20	2.7	21	76	21	62	45	7	3	43	1.49
97903676--97903701	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
97907368--97907505	63	2.2	63	81	5	163	27	25	24	22	2.00
97912276--97912300	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
97916606--97916648	12	3.8	11	81	12	52	76	2	0	20	0.89
97916606--97916649	16	2.6	16	80	20	54	77	2	0	20	0.88
97916606--97916660	18	2.8	20	72	27	55	72	3	0	23	1.00
97916622--97916646	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
97916893--97916930	20	1.9	20	84	10	51	50	7	5	36	1.54
97917176--97917213	14	2.7	14	84	11	51	60	10	0	28	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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