genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50004285--50004402	37	3.2	37	92	2	184	25	29	18	26	1.98
50004538--50004722	48	3.8	48	85	5	264	30	26	7	35	1.84
50004541--50004722	98	1.9	98	89	4	287	30	26	7	35	1.85
50004692--50004816	47	2.7	47	89	0	196	24	27	12	35	1.92
50008070--50008139	37	1.9	36	82	8	88	42	2	2	51	1.31
50010183--50010275	34	2.7	34	89	0	114	25	24	22	26	2.00
50010268--50010344	18	4.3	17	69	18	50	40	12	19	27	1.88
50010672--50010815	27	5.3	27	86	3	191	20	17	21	40	1.91
50010807--50010988	27	6.7	27	90	0	274	37	15	14	31	1.89
50018121--50018157	18	2.1	18	100	0	74	29	32	0	37	1.58
50029945--50030119	46	3.8	46	73	13	169	29	30	20	19	1.97
50029952--50030121	93	1.8	93	89	0	268	29	30	20	20	1.97
50034724--50034781	23	2.5	23	91	0	98	24	20	15	39	1.91
50036413--50036466	21	2.5	20	82	8	54	38	1	37	22	1.65
50058844--50059087	40	6.1	40	86	5	257	27	27	21	23	1.99
50058844--50059084	80	3.0	79	86	4	306	27	27	21	23	1.99
50066932--50067161	40	5.8	39	90	2	302	25	27	22	24	2.00
50071955--50072156	40	5.1	40	89	4	284	21	24	28	25	1.99
50071955--50072133	80	2.2	80	94	0	313	20	24	29	25	1.99
50074294--50074498	27	7.6	27	85	3	241	31	26	14	27	1.95
50082377--50082581	27	7.6	27	87	3	259	31	27	14	26	1.95
50085173--50085329	85	1.8	85	84	9	212	22	17	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50085173--50085329	43	3.6	42	78	10	158	22	17	28	31	1.96
50091876--50091985	41	2.8	38	76	6	105	30	26	20	22	1.99
50091887--50091985	38	2.5	40	76	14	98	28	27	20	24	1.99
50097015--50097072	28	2.1	28	96	0	107	24	27	17	31	1.97
50098731--50098802	31	2.3	32	80	7	85	45	9	8	36	1.67
50100067--50100097	14	2.2	14	100	0	62	16	38	12	32	1.86
50101243--50101280	20	1.9	20	88	0	58	36	18	13	31	1.89
50102918--50102953	10	3.6	10	96	0	63	63	0	16	19	1.30
50103971--50104087	56	2.1	56	95	0	207	43	7	24	23	1.80
50105341--50105565	40	5.7	40	84	5	269	24	21	27	26	1.99
50105380--50105598	79	2.8	79	84	5	248	26	20	26	25	1.99
50110739--50110822	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
50114472--50114547	26	2.9	26	94	0	134	30	5	27	36	1.79
50126758--50126787	6	5.0	6	91	0	51	3	16	0	80	0.85
50135172--50135226	28	2.0	28	89	10	87	21	29	23	25	1.99
50135200--50135370	46	3.7	45	81	7	200	22	29	20	27	1.98
50135201--50135373	94	1.9	92	86	7	251	22	30	20	27	1.98
50138429--50138747	47	6.7	47	93	2	505	32	8	30	28	1.87
50138476--50138554	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
50138450--50138747	143	2.1	143	93	1	510	32	8	30	28	1.87
50138866--50138944	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
50140157--50140547	40	9.8	40	91	1	633	23	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50140723--50140774	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
50144093--50144411	47	6.7	47	92	2	496	32	8	30	28	1.87
50144140--50144218	25	3.3	25	64	10	74	32	3	29	34	1.75
50144114--50144411	143	2.1	143	92	1	501	32	8	30	28	1.87
50144530--50144608	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
50152718--50152795	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
50152748--50153074	173	1.9	174	92	0	548	29	13	24	31	1.94
50155993--50156132	49	2.8	50	86	1	183	30	27	15	27	1.96
50156364--50156416	27	2.0	27	84	0	70	39	11	7	41	1.69
50169753--50169811	29	2.0	30	86	3	84	28	23	8	38	1.84
50177963--50178072	46	2.3	48	84	3	134	26	27	16	30	1.97
50183996--50184190	49	3.9	49	83	5	257	28	18	24	29	1.98
50183989--50184185	100	2.0	101	87	2	288	27	18	24	29	1.98
50187176--50187227	15	3.5	15	77	17	63	11	13	13	61	1.57
50187168--50187227	30	2.0	30	90	6	95	10	11	16	61	1.55
50189239--50189380	51	2.8	51	78	8	157	26	19	24	29	1.99
50191484--50191541	26	2.2	26	78	6	64	44	8	13	32	1.75
50193560--50193784	40	5.7	40	86	5	287	24	22	27	25	2.00
50193560--50193817	80	3.2	80	82	7	224	25	21	27	24	1.99
50193560--50193817	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	24	1.99
50196237--50196414	48	3.8	48	72	15	167	28	17	28	25	1.98
50196375--50196542	90	1.9	89	81	7	205	27	21	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50198400--50198504	47	2.2	47	94	0	183	27	31	7	33	1.85
50207684--50208148	40	11.6	40	95	0	806	27	20	27	24	1.99
50212416--50212488	35	2.1	35	97	0	137	45	15	5	34	1.69
50212416--50212497	35	2.4	35	91	2	121	45	14	6	34	1.70
50212620--50212648	6	5.0	6	95	4	51	34	0	0	65	0.93
50214221--50214251	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
50214232--50214291	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
50215801--50215866	28	2.4	28	82	5	80	30	3	15	51	1.58
50215817--50215865	15	3.4	16	71	23	54	30	0	16	53	1.43
50216042--50216085	20	2.2	21	84	8	56	47	2	13	36	1.56
50216613--50216670	30	1.9	30	96	0	107	22	18	17	41	1.90
50219225--50219307	25	3.4	25	81	6	98	31	16	24	27	1.97
50223332--50223357	9	2.9	9	100	0	52	57	0	11	30	1.34
50230572--50230751	6	30.0	6	94	0	270	17	38	32	12	1.86
50231382--50231416	14	2.5	14	90	0	52	42	2	5	48	1.41
50231322--50231636	62	5.2	62	77	16	258	48	6	6	38	1.56
50231412--50231488	24	3.2	24	63	14	59	53	10	3	32	1.53
50231396--50231512	48	2.4	48	94	0	198	49	8	5	35	1.58
50231340--50231574	110	2.1	110	97	1	445	48	8	6	36	1.58
50231554--50231588	14	2.5	14	90	0	52	42	2	5	48	1.41
50234736--50234779	14	3.2	14	87	3	63	2	27	0	70	0.99
50234742--50234787	23	2.0	24	87	12	69	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50244229--50244491	39	6.7	38	86	4	328	20	20	28	30	1.97
50244229--50244491	78	3.4	78	88	2	377	20	20	28	30	1.97
50244229--50244491	117	2.2	117	87	0	373	20	20	28	30	1.97
50252359--50252582	39	5.7	39	87	0	304	20	21	27	30	1.98
50257446--50257487	7	6.0	7	88	0	66	45	0	52	2	1.13
50260280--50260304	10	2.5	10	100	0	50	68	8	0	24	1.16
50262612--50262658	3	15.7	3	82	8	51	0	31	4	63	1.13
50265468--50265512	20	2.2	21	84	11	58	28	2	0	68	1.01
50265851--50265893	19	2.3	19	79	0	50	18	23	25	32	1.97
50268101--50268132	15	2.1	15	94	0	55	65	6	0	28	1.16
50271288--50271368	35	2.3	35	89	0	117	14	4	33	46	1.66
50272806--50272840	18	1.9	18	88	11	54	51	0	8	40	1.33
50272874--50272910	18	2.0	19	89	5	58	75	0	21	2	0.92
50274878--50274945	34	2.0	34	100	0	136	26	17	8	47	1.77
50277746--50277781	16	2.3	16	90	4	56	13	2	2	80	0.93
50281002--50281060	30	2.0	30	86	0	82	33	13	23	28	1.93
50281389--50281610	46	4.8	45	80	11	211	24	19	31	23	1.98
50297467--50297633	39	4.3	39	92	0	289	28	28	23	19	1.98
50297626--50297717	39	2.4	39	85	5	125	22	27	19	30	1.98
50303368--50303534	39	4.3	39	92	0	289	28	28	23	19	1.98
50303528--50303619	39	2.4	39	85	3	123	25	22	19	32	1.97
50316355--50316398	15	3.0	14	83	9	52	63	2	25	9	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50318024--50318141	50	2.3	52	86	2	168	34	15	13	36	1.87
50318010--50318141	50	2.6	51	81	3	167	35	14	12	37	1.84
50320035--50320083	17	3.0	16	73	5	53	73	0	16	10	1.09
50321768--50321866	50	1.9	52	89	4	157	32	13	13	41	1.82
50321780--50321886	52	2.1	50	84	3	133	34	14	13	37	1.85
50324625--50324671	16	2.9	16	81	9	51	61	4	14	19	1.49
50332375--50332431	30	1.9	29	82	3	69	43	8	22	24	1.81
50332654--50332700	19	2.3	20	82	10	60	36	2	14	46	1.57
50333051--50333428	50	7.8	50	67	15	168	27	17	24	29	1.97
50333064--50333424	142	2.5	142	86	3	467	27	17	24	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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